-
1
-
-
77749298172
-
-
Ponder, J. W.; Wu, C.; Ren, P.; Pande, V. S.; Chodera, J. D.; Schnieders, M. J.; Haque, I.; Mobley, D. L.; Lambrecht, D. S.; DiStasio, R. A., Jr.; Head-Gordon, M.; Clark, G. N. I.; Johnson, M. E.; Head-Gordon, T. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 2549-2564
-
(2010)
J. Phys. Chem. B
, vol.114
, pp. 2549-2564
-
-
Ponder, J.W.1
Wu, C.2
Ren, P.3
Pande, V.S.4
Chodera, J.D.5
Schnieders, M.J.6
Haque, I.7
Mobley, D.L.8
Lambrecht, D.S.9
Distasio Jr., R.A.10
Head-Gordon, M.11
Clark, G.N.I.12
Johnson, M.E.13
Head-Gordon, T.14
-
2
-
-
47549089896
-
-
Cisneros, G.; Tholander, N.-I.; Parisel, O.; Darden, T.; Elking, D.; Perera, L.; Piquemal, J.-P. Int. J. Quantum Chem. 2008, 108, 1905-1912
-
(2008)
Int. J. Quantum Chem.
, vol.108
, pp. 1905-1912
-
-
Cisneros, G.1
Tholander, N.-I.2
Parisel, O.3
Darden, T.4
Elking, D.5
Perera, L.6
Piquemal, J.-P.7
-
3
-
-
65249108161
-
-
Xie, W.; Orozco, M.; Truhlar, D.; Gao, J. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 459-467
-
(2009)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.5
, pp. 459-467
-
-
Xie, W.1
Orozco, M.2
Truhlar, D.3
Gao, J.4
-
4
-
-
0004016501
-
-
Jorgensen, W.; Chandrasekhar, D.; Madura, J.; Impey, R.; Klein, M. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
-
(1983)
J. Chem. Phys.
, vol.79
, pp. 926-935
-
-
Jorgensen, W.1
Chandrasekhar, D.2
Madura, J.3
Impey, R.4
Klein, M.5
-
5
-
-
1242346370
-
-
Berendsen, H.; Grigera, J.; Straatsma, T. J. Phys. Chem. 1987, 91, 6269-6271
-
(1987)
J. Phys. Chem.
, vol.91
, pp. 6269-6271
-
-
Berendsen, H.1
Grigera, J.2
Straatsma, T.3
-
7
-
-
0041784950
-
-
MacKerell, A., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R., Jr.; Evanseck, J.; Field, M.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D.; Prodhom, B.; Reiher, I.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616
-
(1998)
J. Phys. Chem. B
, vol.102
, pp. 3586-3616
-
-
Mackerell Jr., A.1
Bashford, D.2
Bellott, M.3
Dunbrack Jr., R.4
Evanseck, J.5
Field, M.6
Fischer, S.7
Gao, J.8
Guo, H.9
Ha, S.10
Joseph, D.11
Kuchnir, L.12
Kuczera, K.13
Lau, F.14
Mattos, C.15
Michnick, S.16
Ngo, T.17
Nguyen, D.18
Prodhom, B.19
Reiher, I.20
Roux, B.21
Schlenkrich, M.22
Smith, J.23
Stote, R.24
Straub, J.25
Watanabe, M.26
Wiorkiewicz-Kuczera, J.27
Yin, D.28
Karplus, M.29
more..
-
8
-
-
0029011701
-
-
Cornell, W.; Cieplak, P.; Bayly, C.; Gould, I.; Merz, K. J.; Ferguson, D.; Spellmeyer, D.; Fox, T.; Caldwell, J.; Kollman, P. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197
-
(1995)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.117
, pp. 5179-5197
-
-
Cornell, W.1
Cieplak, P.2
Bayly, C.3
Gould, I.4
Merz, K.J.5
Ferguson, D.6
Spellmeyer, D.7
Fox, T.8
Caldwell, J.9
Kollman, P.10
-
9
-
-
33645961739
-
-
U., E.; Perera, L.; Berkowitz, M.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593
-
(1995)
J. Chem. Phys.
, vol.103
, pp. 8577-8593
-
-
Perera, L.1
Berkowitz, M.2
Darden, T.3
Lee, H.4
Pedersen, L.5
-
10
-
-
27344436659
-
-
Phillips, J.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R.; Kalé, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802
-
(2005)
J. Comput. Chem.
, vol.26
, pp. 1781-1802
-
-
Phillips, J.1
Braun, R.2
Wang, W.3
Gumbart, J.4
Tajkhorshid, E.5
Villa, E.6
Chipot, C.7
Skeel, R.8
Kalé, L.9
Schulten, K.10
-
11
-
-
46249092554
-
-
Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447
-
(2008)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.4
, pp. 435-447
-
-
Hess, B.1
Kutzner, C.2
Van Der Spoel, D.3
Lindahl, E.4
-
12
-
-
79959275847
-
-
Shan, Y.; Kim, E.; Eastwood, M.; Dror, R.; Seeliger, M.; Shaw, D. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 9181-9183
-
(2011)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.133
, pp. 9181-9183
-
-
Shan, Y.1
Kim, E.2
Eastwood, M.3
Dror, R.4
Seeliger, M.5
Shaw, D.6
-
14
-
-
84857463877
-
-
Lindorff-Larsen, K.; Maragakis, P.; Piana, S.; Eastwood, M.; Dror, R.; Shaw, D. PLoS ONE 2012, 7, e32131
-
(2012)
PLoS ONE
, vol.7
, pp. 32131
-
-
Lindorff-Larsen, K.1
Maragakis, P.2
Piana, S.3
Eastwood, M.4
Dror, R.5
Shaw, D.6
-
15
-
-
67650359927
-
-
Freddolino, P.; Park, S.; Roux, B.; Schulten, K. Biophys. J. 2009, 96, 3772-3780
-
(2009)
Biophys. J.
, vol.96
, pp. 3772-3780
-
-
Freddolino, P.1
Park, S.2
Roux, B.3
Schulten, K.4
-
16
-
-
77957835014
-
-
Cerutti, D.; Freddolino, P.; Duke, R.; Case, D. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 12811-12824
-
(2010)
J. Phys. Chem. B
, vol.114
, pp. 12811-12824
-
-
Cerutti, D.1
Freddolino, P.2
Duke, R.3
Case, D.4
-
17
-
-
3042524904
-
-
Bayly, C.; Cieplak, P.; Cornell, W.; Kollman, P. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269-10280
-
(1993)
J. Phys. Chem.
, vol.97
, pp. 10269-10280
-
-
Bayly, C.1
Cieplak, P.2
Cornell, W.3
Kollman, P.4
-
18
-
-
84555218368
-
-
Kimura, S.; Rajamani, R.; Langley, D. J. Chem. Phys. 2011, 135, 231101
-
(2011)
J. Chem. Phys.
, vol.135
, pp. 231101
-
-
Kimura, S.1
Rajamani, R.2
Langley, D.3
-
19
-
-
0242663237
-
-
Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M.; Xiong, G.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999-2012
-
(2003)
J. Comput. Chem.
, vol.24
, pp. 1999-2012
-
-
Duan, Y.1
Wu, C.2
Chowdhury, S.3
Lee, M.4
Xiong, G.5
Zhang, W.6
Yang, R.7
Cieplak, P.8
Luo, R.9
Lee, T.10
-
20
-
-
2942622288
-
-
Horn, H.; Swope, W.; Pitera, J.; Madura, J.; Dick, T.; Hura, G.; Head-Gordon, T. J. Chem. Phys. 2004, 120, 9665-9678
-
(2004)
J. Chem. Phys.
, vol.120
, pp. 9665-9678
-
-
Horn, H.1
Swope, W.2
Pitera, J.3
Madura, J.4
Dick, T.5
Hura, G.6
Head-Gordon, T.7
-
21
-
-
77149168226
-
-
Shaw, K.; Woods, C.; Mulholland, A. J. Phys. Chem. Lett. 2010, 1, 219-223
-
(2010)
J. Phys. Chem. Lett.
, vol.1
, pp. 219-223
-
-
Shaw, K.1
Woods, C.2
Mulholland, A.3
-
22
-
-
84891727890
-
-
Karamertzanis, P.; Raiteri, P.; Galindo, A. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 3153-3161
-
(2010)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.6
, pp. 3153-3161
-
-
Karamertzanis, P.1
Raiteri, P.2
Galindo, A.3
-
23
-
-
84962383016
-
-
Swope, W.; Horn, H.; Rice, J. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 8621-8630
-
(2010)
J. Phys. Chem. B
, vol.114
, pp. 8621-8630
-
-
Swope, W.1
Horn, H.2
Rice, J.3
-
24
-
-
77954345621
-
-
Swope, W.; Horn, H.; Rice, J. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 8631-8645
-
(2010)
J. Phys. Chem. B
, vol.114
, pp. 8631-8645
-
-
Swope, W.1
Horn, H.2
Rice, J.3
-
26
-
-
23444454552
-
-
Case, D.; Cheatham, T.; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. J.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668-1688
-
(2005)
J. Comput. Chem.
, vol.26
, pp. 1668-1688
-
-
Case, D.1
Cheatham, T.2
Darden, T.3
Gohlke, H.4
Luo, R.5
Merz, K.J.6
Onufriev, A.7
Simmerling, C.8
Wang, B.9
Woods, R.10
-
27
-
-
36849077550
-
-
Steinbrecher, T.; Mobley, D.; Case, D. J. Chem. Phys. 2007, 127, 214108
-
(2007)
J. Chem. Phys.
, vol.127
, pp. 214108
-
-
Steinbrecher, T.1
Mobley, D.2
Case, D.3
-
29
-
-
84869065540
-
-
Steinbrecher, T.; Latzer, J.; Case, D. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 4405-4412
-
(2012)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.8
, pp. 4405-4412
-
-
Steinbrecher, T.1
Latzer, J.2
Case, D.3
-
32
-
-
33750985304
-
-
Fujio, M.; McIver, R. J.; Taft, R. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 4017-4029
-
(1981)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.103
, pp. 4017-4029
-
-
Fujio, M.1
McIver, R.J.2
Taft, R.3
-
33
-
-
0019883174
-
-
Wolfenden, R.; Anderson, L.; Cullis, P.; Southgate, C. Biochemistry 1981, 20, 849-855
-
(1981)
Biochemistry
, vol.20
, pp. 849-855
-
-
Wolfenden, R.1
Anderson, L.2
Cullis, P.3
Southgate, C.4
-
34
-
-
0346850017
-
-
Grossfield, A.; Ren, P.; Ponder, J. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15671-15682
-
(2003)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.125
, pp. 15671-15682
-
-
Grossfield, A.1
Ren, P.2
Ponder, J.3
-
35
-
-
0035366784
-
-
Dunning, T. J.; Peterson, K.; Wilson, A. J. Chem. Phys. 2001, 114, 9244-9253
-
(2001)
J. Chem. Phys.
, vol.114
, pp. 9244-9253
-
-
Dunning, T.J.1
Peterson, K.2
Wilson, A.3
-
37
-
-
4143095330
-
-
Kendall, R.; Dunning, T. J.; Harrison, R. J. Chem. Phys. 1992, 96, 6796-6806
-
(1992)
J. Chem. Phys.
, vol.96
, pp. 6796-6806
-
-
Kendall, R.1
Dunning, T.J.2
Harrison, R.3
-
39
-
-
33748518255
-
-
Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins 2006, 65, 712-725
-
(2006)
Proteins
, vol.65
, pp. 712-725
-
-
Hornak, V.1
Abel, R.2
Okur, A.3
Strockbine, B.4
Roitberg, A.5
Simmerling, C.6
-
40
-
-
0033716531
-
-
Badyal, Y.; Saboungi, M.; Price, D.; Shastri, S.; Haeffner, D.; Soper, A. J. Chem. Phys. 2000, 112, 9206-9208
-
(2000)
J. Chem. Phys.
, vol.112
, pp. 9206-9208
-
-
Badyal, Y.1
Saboungi, M.2
Price, D.3
Shastri, S.4
Haeffner, D.5
Soper, A.6
-
41
-
-
0001398008
-
-
Wang, J.; Cieplak, P.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049-1074
-
(2000)
J. Comput. Chem.
, vol.21
, pp. 1049-1074
-
-
Wang, J.1
Cieplak, P.2
Kollman, P.3
-
42
-
-
84863103481
-
-
Mobley, D.; Liu, S.; Cerutti, D.; Swope, W.; Rice, J. J. Comput. Aided Mol. Des. 2012, 26, 551-562
-
(2012)
J. Comput. Aided Mol. Des.
, vol.26
, pp. 551-562
-
-
Mobley, D.1
Liu, S.2
Cerutti, D.3
Swope, W.4
Rice, J.5
-
43
-
-
1842607357
-
-
Schames, J.; Henchamn, R.; Siegel, J.; Sotriffer, C.; Ni, H.; McCammon, J. J. Med. Chem. 2004, 47, 1879-1881
-
(2004)
J. Med. Chem.
, vol.47
, pp. 1879-1881
-
-
Schames, J.1
Henchamn, R.2
Siegel, J.3
Sotriffer, C.4
Ni, H.5
McCammon, J.6
-
44
-
-
0001418850
-
-
Caldwell, G.; Renneboog, R.; Kebarle, P. Can. J. Chem. 1989, 67, 611-618
-
(1989)
Can. J. Chem.
, vol.67
, pp. 611-618
-
-
Caldwell, G.1
Renneboog, R.2
Kebarle, P.3
|