Revised AMBER parameters for bioorganic phosphates

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 11, 2012, Pages 4405-4412

  Steinbrecher, T ^a   Latzer, J ^b   Case, D A ^b  

^a UNIVERSITY OF KARLSRUHE   (Germany)

^b RUTGERS UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84869065540     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct300613v     Document Type: Article

References (41)

1. Ahn, N. Chem. Rev. 2001, 101, 2207-2207
2. Karin, M.; Hunter, T. Curr. Biol. 1995, 5, 747-757
3. Hunter, T.; Karin, M. Cell 1992, 70, 375-387
4. Pawson, T. Cell 2004, 116, 191-203
5. Schlessinger, J. Cell 2000, 103, 211-225
6. Tonks, N. K.; Neel, B. Cell 1996, 87, 365-368
7. Baril, J.; Max, J. J.; Chapados, C. Can. J. Chem. 2000, 78, 490-507
8. Foloppe, N.; MacKerell, A. D. J. Comput. Chem. 2000, 21, 86-104
9. MacKerell, A. D.; Banavali, N. K. J. Comput. Chem. 2000, 21.
10. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E.; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Kolossvary, I.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Wu, X.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Sagui, C.; Babin, V.; Kollman, P. A. AMBER; University of California: San Francisco, 2008.
11. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269-10280
12. Homeyer, N.; Horn, A. H. C.; Lanig, H.; Sticht, H. J. Mol. Model. 2006, 12, 281-289
13. Zhang, N.; Jiang, Y.; Zou, J.; Zhuang, S.; Jin, H.; Yu, Q. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2007, 67, 941-949
14. Pantano, S.; Carafoli, E. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2007, 66, 930-940
15. Gough, C. A.; Gojobori, T.; Imanishi, T. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2007, 66, 69-86
16. Pearson, R. G. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 6109-6114
17. Berendsen, H. J. C.; Grigera, J. R.; Straatsma, T. P. J. Phys. Chem. 1987, 91, 6269-6271
18. Swope, W. C.; Horn, H. W.; Rice, J. E. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 8621-8630
19. Sprik, M.; Klein, M.; Watanabe, K. J. Phys. Chem. 1990, 94, 6483-6488
20. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Cliffordw, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
21. Curtiss, L. A.; Raghavachari, K.; Redfern, P. C.; Rassolov, V.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1998, 109, 7764-7776
22. Noyes, R. M. J. Am. Chem. Soc. 1962, 84, 513-522
23. Range, K.; Riccardi, D.; Cui, Q.; Elstner, M.; York, D. M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 3070-3079
24. Steinbrecher, T.; Case, D. A.; Labahn, A. J. Med. Chem. 2006, 49, 1837-1844
25. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341
26. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092
27. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593
28. Steinbrecher, T.; Joung, I.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2011, 32, 3253-3263
29. Tissandier, M.; Cowen, K.; Tuttle, T., Jr. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 7787-7794
30. Grossfield, A.; Ren, P.; Ponder, J. W. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15671-15682
31. Lamoureux, G.; Roux, B. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3308-3322
32. Joung, I.; Cheatham, T., III. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 9020-9041
33. Linstrom, P. J.; Mallard, W. G. NIST Chemistry WebBook, NIST Standard Reference Database; National Institute of Standards and Technology: Gaithersburg, MD, 2003; Vol. 69
34. Kumler, W. D.; Eiler, J. J. J. Am. Chem. Soc. 1943, 65, 2355-2361
35. Bunton, C. A.; Llewellyn, D. R.; Oldham, K. G.; Vernon, C. A. J. Chem. Soc. 1958, 3574-3587
36. Chanley, J. D.; Feageson, E. J. Am. Chem. Soc. 1955, 77, 4002-4007
37. Wolfenden, R.; Williams, R. J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, 1028-1031
38. Wojciechowski, M.; Grycuk, T.; Antosiewicz, J. M.; Lesyng, B. Biophys. J. 2003, 84, 750-756
39. George, P.; Witonsky, R. J.; Trachtman, M.; Wu, C.; Dorwart, W.; Richman, L.; Richman, W.; Shurayh, F.; Lentz, B. Biochim. Biophys. Acta, Bioenerg. 1970, 223, 1-15
40. Li, J. B.; Zhu, T. H.; Hawkins, G. D.; Winget, P.; Liotard, D. A.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Theor. Chem. Acc. 1999, 103, 9-63
41. Marcus, Y. J. Chem. Soc, Faraday Trans. 1991, 87, 2995-2999