QPCA: A scalable assay to measure the perturbation of protein-protein interactions in living cells

Molecular BioSystems

Volumn 9, Issue 1, 2013, Pages 36-43

  Freschi, Luca ^a   Torres Quiroz, Francisco ^a   Dubé, Alexandre K ^a   Landry, Christian R ^a  

^a UNIVERSITÉ LAVAL   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CYCLIC AMP DEPENDENT PROTEIN KINASE; DIHYDROFOLATE REDUCTASE; FUNGAL PROTEIN; METHOTREXATE;

ALGORITHM; ANIMAL; ARTICLE; CYTOLOGY; DRUG EFFECT; GENE EXPRESSION PROFILING; GENETIC COMPLEMENTATION; GENETICS; METABOLISM; METABOLOME; METHODOLOGY; MOUSE; PROTEIN ANALYSIS; SIGNAL TRANSDUCTION; SYSTEMS BIOLOGY; YEAST;

ALGORITHMS; ANIMALS; CYCLIC AMP-DEPENDENT PROTEIN KINASES; FUNGAL PROTEINS; GENE EXPRESSION PROFILING; GENETIC COMPLEMENTATION TEST; METABOLOME; METHOTREXATE; MICE; PROTEIN INTERACTION MAPPING; SIGNAL TRANSDUCTION; SYSTEMS BIOLOGY; TETRAHYDROFOLATE DEHYDROGENASE; YEASTS;

EID: 84874473100     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2mb25265a     Document Type: Article

References (38)

1. M. Vidal M. E. Cusick A. L. Barabasi Cell 2011 144 986 998
2. K. Tarassov V. Messier C. R. Landry S. Radinovic M. M. S. Molina I. Shames Y. Malitskaya J. Vogel H. Bussey S. W. Michnick Science 2008 320 1465 1470
3. N. J. Krogan G. Cagney H. Y. Yu G. Q. Zhong X. H. Guo A. Ignatchenko J. Li S. Y. Pu N. Datta A. P. Tikuisis T. Punna J. M. Peregrin-Alvarez M. Shales X. Zhang M. Davey M. D. Robinson A. Paccanaro J. E. Bray A. Sheung B. Beattie D. P. Richards V. Canadien A. Lalev F. Mena P. Wong A. Starostine M. M. Canete J. Vlasblom S. Wu C. Orsi S. R. Collins S. Chandran R. Haw J. J. Rilstone K. Gandi N. J. Thompson G. Musso P. St Onge S. Ghanny M. H. Y. Lam G. Butland A. M. Altaf-Ui S. Kanaya A. Shilatifard E. O'Shea J. S. Weissman C. J. Ingles T. R. Hughes J. Parkinson M. Gerstein S. J. Wodak A. Emili J. F. Greenblatt Nature 2006 440 637 643
4. T. Ito T. Chiba R. Ozawa M. Yoshida M. Hattori Y. Sakaki Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 4569 4574
5. J. F. Rual K. Venkatesan T. Hao T. Hirozane-Kishikawa A. Dricot N. Li G. F. Berriz F. D. Gibbons M. Dreze N. Ayivi-Guedehoussou N. Klitgord C. Simon M. Boxem S. Milstein J. Rosenberg D. S. Goldberg L. V. Zhang S. L. Wong G. Franklin S. M. Li J. S. Albala J. H. Lim C. Fraughton E. Llamosas S. Cevik C. Bex P. Lamesch R. S. Sikorski J. Vandenhaute H. Y. Zoghbi A. Smolyar S. Bosak R. Sequerra L. Doucette-Stamm M. E. Cusick D. E. Hill F. P. Roth M. Vidal Nature 2005 437 1173 1178
6. S. M. Li C. M. Armstrong N. Bertin H. Ge S. Milstein M. Boxem P. O. Vidalain J. D. J. Han A. Chesneau T. Hao D. S. Goldberg N. Li M. Martinez J. F. Rual P. Lamesch L. Xu M. Tewari S. L. Wong L. V. Zhang G. F. Berriz L. Jacotot P. Vaglio J. Reboul T. Hirozane-Kishikawa Q. R. Li H. W. Gabel A. Elewa B. Baumgartner D. J. Rose H. Y. Yu S. Bosak R. Sequerra A. Fraser S. E. Mango W. M. Saxton S. Strome S. van den Heuvel F. Piano J. Vandenhaute C. Sardet M. Gerstein L. Doucette-Stamm K. C. Gunsalus J. W. Harper M. E. Cusick F. P. Roth D. E. Hill M. Vidal Science 2004 303 540 543
7. L. Giot J. S. Bader C. Brouwer A. Chaudhuri B. Kuang Y. Li Y. L. Hao C. E. Ooi B. Godwin E. Vitols G. Vijayadamodar P. Pochart H. Machineni M. Welsh Y. Kong B. Zerhusen R. Malcolm Z. Varrone A. Collis M. Minto S. Burgess L. McDaniel E. Stimpson F. Spriggs J. Williams K. Neurath N. Ioime M. Agee E. Voss K. Furtak R. Renzulli N. Aanensen S. Carrolla E. Bickelhaupt Y. Lazovatsky A. DaSilva J. Zhong C. A. Stanyon R. L. Finley K. P. White M. Braverman T. Jarvie S. Gold M. Leach J. Knight R. A. Shimkets M. P. McKenna J. Chant J. M. Rothberg Science 2003 302 1727 1736
8. T. Ideker N. J. Krogan Mol. Syst. Biol. 2012 8 565
9. M. Morell S. Ventura F. X. Aviles FEBS Lett. 2009 583 1684 1691
10. S. W. Michnick P. H. Ear E. N. Manderson I. Remy E. Stefan Nat. Rev. Drug Discovery 2007 6 569 582
11. M. Wang M. Weiss M. Simonovic G. Haertinger S. P. Schrimpf M. O. Hengartner C. von Mering Mol. Cell Proteomics 2012 11 492 500
12. S. Ghaemmaghami W. Huh K. Bower R. W. Howson A. Belle N. Dephoure E. K. O'Shea J. S. Weissman Nature 2003 425 737 741
13. C. Block R. Janknecht C. Herrmann N. Nassar A. Wittinghofer Nat. Struct. Biol. 1996 3 244 251
14. P. Zhang E. V. Smith-Nguyen M. M. Keshwani M. S. Deal A. P. Kornev S. S. Taylor Science 2012 335 712 716
15. R. Dechant M. Peter Curr. Opin. Cell Biol. 2008 20 678 687
16. M. P. Ashe S. K. De Long A. B. Sachs Mol. Biol. Cell 2000 11 833 848
17. D. E. Martin A. Soulard M. N. Hall Cell 2004 119 969 979
18. V. Ramachandran K. H. Shah P. K. Herman Mol. Cell 2011 43 973 981
19. Y. V. Budovskaya J. S. Stephan S. J. Deminoff P. K. Herman Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 13933 13938
20. V. D. Longo Exp. Gerontol. 2003 38 807 811
21. T. Toda S. Cameron P. Sass M. Zoller M. Wigler Cell 1987 50 277 287
22. K. E. Johnson S. Cameron T. Toda M. Wigler M. J. Zoller J. Biol. Chem. 1987 262 8636 8642
23. P. Portela P. Van Dijck J. M. Thevelein S. Moreno FEMS Yeast Res. 2003 3 119 126
24. A. Soulard A. Cremonesi S. Moes F. Schutz P. Jeno M. N. Hall Mol. Biol. Cell 2010 21 3475 3486
25. S. Bandyopadhyay M. Mehta D. Kuo M. K. Sung R. Chuang E. J. Jaehnig B. Bodenmiller K. Licon W. Copeland M. Shales D. Fiedler J. Dutkowski A. Guenole H. van Attikum K. M. Shokat R. D. Kolodner W. K. Huh R. Aebersold M. C. Keogh N. J. Krogan T. Ideker Science 2010 330 1385 1389
26. J. S. Searle M. D. Wood M. Kaur D. V. Tobin Y. Sanchez PLoS Genet. 2011 7 e1002176
27. P. S. Ma S. Wera P. Van Dijck J. M. Thevelein Mol. Biol. Cell 1999 10 91 104
28. U. Schlecht M. Miranda S. Suresh R. W. Davis R. P. St Onge Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 9213 9218
29. E. Stefan S. Aquin N. Berger C. R. Landry B. Nyfeler M. Bouvier S. W. Michnick Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 16916 16921
30. The R Project for Statistical Computing, http://www.r-project.org/
31. D. A. Treco and F. Winston, Current protocols in molecular biology, 2008, Ch. 13, Unit 13.12-Unit 13.12
32. D. C. Amberg, D. J. Burke and J. N. Strathern, Methods in yeast genetics, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2005
33. J. A. Hill S. P. Otto Genetics 2007 175 1419 1427
34. P. H. Ear S. W. Michnick Nat. Methods 2009 6 813 816
35. C. H. Ho L. Magtanong S. L. Barker D. Gresham S. Nishimura P. Natarajan J. L. Y. Koh J. Porter C. A. Gray R. J. Andersen G. Giaever C. Nislow B. Andrews D. Botstein T. R. Graham M. Yoshida C. Boone Nat. Biotechnol. 2009 27 369 377
36. E. A. Winzeler D. D. Shoemaker A. Astromoff H. Liang K. Anderson B. Andre R. Bangham R. Benito J. D. Boeke H. Bussey A. M. Chu C. Connelly K. Davis F. Dietrich S. W. Dow M. EL Bakkoury F. Foury S. H. Friend E. Gentalen G. Giaever J. H. Hegemann T. Jones M. Laub H. Liao N. Liebundguth D. J. Lockhart A. Lucau-Danila M. Lussier N. M'Rabet P. Menard M. Mittmann C. Pai C. Rebischung J. L. Revuelta L. Riles C. J. Roberts P. Ross-MacDonald B. Scherens M. Snyder S. Sookhai-Mahadeo R. K. Storms S. Veronneau M. Voet G. Volckaert T. R. Ward R. Wysocki G. S. Yen K. X. Yu K. Zimmermann P. Philippsen M. Johnston R. W. Davis Science 1999 285 901 906
37. C. Janke M. M. Magiera N. Rathfelder C. Taxis S. Reber H. Maekawa A. Moreno-Borchart G. Doenges E. Schwob E. Schiebel M. Knop Yeast 2004 21 947 962
38. ImageJ, http://rsbweb.nih.gov/ij/