Lysine functionalised amyloid fibrils: The design and assembly of a TTR1-based peptide

Soft Matter

Volumn 9, Issue 12, 2013, Pages 3315-3330

  Bongiovanni, Marie N ^a,b   Caruso, Frank ^a   Gras, Sally L ^a,b  

^a UNIVERSITY OF MELBOURNE   (Australia)

^b UNIVERSITY OF MELBOURNE   (Australia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMYLOID DISEASE; AMYLOID FIBRIL; ASSEMBLY PROCESS; CHAOTROPIC ANIONS; CORE STRUCTURE; DESIGN AND ASSEMBLIES; FIBRIL SCAFFOLDS; FUNCTIONALISATION; HIGH IONIC STRENGTH; HIGH SALT CONCENTRATION; HYDROPHOBIC INTERACTIONS; INITIAL CONTACT; LYSINE RESIDUES; PEPTIDE SEQUENCES; PROTOFILAMENTS; SECONDARY STRUCTURES; SELF-ASSEMBLING; SELF-ASSEMBLING PEPTIDES; SOLUTION CONDITIONS; SOLUTION PH; SPECIFIC ION EFFECTS;

AMINO ACIDS; CALCIUM CHLORIDE; FUNCTIONAL GROUPS; GLYCOPROTEINS; IONIC STRENGTH; IONS; NUCLEATION; SCAFFOLDS; SODIUM CHLORIDE;

PEPTIDES;

EID: 84874407281     PISSN: 1744683X     EISSN: 17446848     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3sm27244c     Document Type: Article

References (75)

1. C. M. Dobson Nature 2003 426 884 890
2. D. Romero C. Aguilar R. Losick R. Kolter Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 2230 2234
3. C. Dirix F. Meersman C. E. MacPhee C. M. Dobson K. Heremans J. Mol. Biol. 2005 347 903 909
4. J. Zurdo J. I. Guijarro C. M. Dobson J. Am. Chem. Soc. 2001 123 8141 8142
5. J. F. Smith T. P. J. Knowles C. M. Dobson C. E. MacPhee M. E. Welland Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 15806 15811
6. J. Adamcik C. Lara I. Usov J. S. Jeong F. S. Ruggeri G. Dietler H. A. Lashuel I. W. Hamley R. Mezzenga Nanoscale 2012 4 4426
7. T. P. J. Knowles C. A. Waudby G. L. Devlin S. I. A. Cohen A. Aguzzi M. Vendruscolo E. M. Terentjev M. E. Welland C. M. Dobson Science 2009 326 1533 1537
8. T. P. Knowles A. W. Fitzpatrick S. Meehan H. R. Mott M. Vendruscolo C. M. Dobson M. E. Welland Science 2007 318 1900 1903
9. M. N. Bongiovanni D. B. Scanlon S. L. Gras Biomaterials 2011 32 6099 6110
10. S. L. Gras A. K. Tickler A. M. Squires G. L. Devlin M. A. Horton C. M. Dobson C. E. MacPhee Biomaterials 2008 29 1553 1562
11. A. J. Baldwin R. Bader J. Christodoulou C. E. MacPhee C. M. Dobson P. D. Barker J. Am. Chem. Soc. 2006 128 2162 2163
12. G. Cinar H. Ceylan M. Urel T. S. Erkal E. Deniz Tekin A. B. Tekinay A. Dâna M. O. Guler Biomacromolecules 2012 13 3377 3387
13. J. H. Collier J. S. Rudra J. Z. Gasiorowski J. P. Jung Chem. Soc. Rev. 2010 39 3413 3424
14. O. G. Jones R. Mezzenga Soft Matter 2012 8 876 895
15. M. N. Bongiovanni D. Puri K. N. Goldie S. L. Gras J. Mol. Biol. 2012 421 256 269
16. J. T. Berryman S. E. Radford S. A. Harris Biophys. J. 2011 100 2234 2242
17. J.-P. Colletier A. Laganowsky M. Landau M. Zhao A. B. Soriaga L. Goldschmidt D. Flot D. Cascio M. R. Sawaya D. Eisenberg Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 16938 16943
18. J. Madine E. Jack P. G. Stockley S. E. Radford L. C. Serpell D. A. Middleton J. Am. Chem. Soc. 2008 130 14990 15001
19. J. Meinhardt C. Sachse P. Hortschansky N. Grigorieff M. Fändrich J. Mol. Biol. 2009 386 869 877
20. K. E. Marshall K. L. Morris D. Charlton N. O'Reilly L. Lewis H. Walden L. C. Serpell Biochemistry 2011 50 2061 2071
21. M. Reches Y. Porat E. Gazit J. Biol. Chem. 2002 277 35475 35480
22. S. Nath J. Goodwin Y. Engelborghs D. L. Pountney Mol. Cell. Neurosci. 2011 46 516 526
23. M. S. Dueholm S. B. Nielsen K. L. Hein P. Nissen M. Chapman G. Christiansen P. H. Nielsen D. E. Otzen Biochemistry 2011 50 8281 8290
24. K. Klement K. Wieligmann J. Meinhardt P. Hortschansky W. Richter M. Fändrich J. Mol. Biol. 2007 373 1321 1333
25. B. Raman E. Chatani M. Kihara T. Ban M. Sakai K. Hasegawa H. Naiki C. M. Rao Y. Goto Biochemistry 2005 44 1288 1299
26. M. Muzaffar A. Ahmad PLoS One 2011 6 e27906
27. L. A. Sikkink M. Ramirez-Alvarado Biophys. Chem. 2008 135 25 31
28. P. Lo Nostro B. W. Ninham Chem. Rev. 2012 112 2286 2322
29. Y. Zhang P. S. Cremer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 15249 15253
30. J. S. Pedersen J. M. Flink D. Dikov D. E. Otzen Biophys. J. 2006 90 4181 4194
31. S. Jain J. B. Udgaonkar Biochemistry 2010 49 7615 7624
32. L. A. Munishkina J. Henriques V. N. Uversky A. L. Fink Biochemistry 2004 43 3289 3300
33. V. Yeh J. M. Broering A. Romanyuk B. Chen Y. O. Chernoff A. S. Bommarius Protein Sci. 2010 19 47 56
34. S. M. Loveday J. Su M. A. Rao S. G. Anema H. Singh Int. Dairy J. 2012 26 133 140
35. S. M. Loveday X. L. Wang M. A. Rao S. G. Anema L. K. Creamer H. Singh Int. Dairy J. 2010 20 571 579
36. P. J. Marek V. Patsalo D. F. Green D. P. Raleigh Biochemistry 2012 51 8478 8490
37. J. Adamcik R. Mezzenga Soft Matter 2011 7 5437 5443
38. C. P. Jaroniec C. E. MacPhee N. S. Astrof C. M. Dobson R. G. Griffin Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 16748 16753
39. M. A. Caporini V. S. Bajaj M. Veshtort A. Fitzpatrick C. E. MacPhee M. Vendruscolo C. M. Dobson R. G. Griffin J. Phys. Chem. B 2010 114 13555 13561
40. A. Udomprasert, M. N. Bongiovanni, R. Sha, W. B. Sherman, P. Arora, J. W. Canary, S. L. Gras and N. C. Seeman, unpublished data, 2012
41. S. Bulut T. S. Erkal S. Toksoz A. B. Tekinay T. Tekinay M. O. Guler Biomacromolecules 2011 12 3007 3014
42. E. Gasteiger, C. Hoogland, A. Gattiker, S. Duvand, M. Wilkins, R. Appel and A. Bairoch, Protein identification and analysis tools on the ExPASy server, Humana Press Inc., Totowa, New Jersey, 2005
43. A. Gustavsson U. Engstrom P. Westermark Biochem. Biophys. Res. Commun. 1991 175 1159 1164
44. G. T. Hermanson, Bioconjugate Techniques, Academic Press, 2nd edn, 2008
45. A. G. Street S. L. Mayo Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 9074 9076
46. E. Paci J. Gsponer X. Salvatella M. Vendruscolo J. Mol. Biol. 2004 340 555 569
47. S. Maurer-Stroh M. Debulpaep N. Kuemmerer M. Lopez de la Paz I. C. Martins J. Reumers K. L. Morris A. Copland L. Serpell L. Serrano J. W. H. Schymkowitz F. Rousseau Nat. Methods 2010 7 237 242
48. A.-M. Fernandez-Escamilla F. Rousseau J. Schymkowitz L. Serrano Nat. Biotechnol. 2004 22 1302 1306
49. O. Conchillo-Solé N. S. de Groot F. X. Avilés J. Vendrell X. Daura S. Ventura BMC Bioinf. 2007 8 65
50. G. G. Tartaglia A. P. Pawar S. Campioni C. M. Dobson F. Chiti M. Vendruscolo J. Mol. Biol. 2008 380 425 436
51. C. Blake L. Serpell Structure 1996 4 989 998
52. S. Udenfriend S. Stein P. Böhlen W. Dairman W. Leimgruber M. Weigele Science 1972 178 871 872
53. A. J. Baldwin T. P. J. Knowles G. G. Tartaglia A. W. Fitzpatrick G. L. Devlin S. L. Shammas C. A. Waudby M. F. Mossuto S. Meehan S. L. Gras J. Christodoulou S. J. Anthony-Cahill P. D. Barker M. Vendruscolo C. M. Dobson J. Am. Chem. Soc. 2011 133 14160 14163
54. T. Scheibel A. S. Kowal J. D. Bloom S. L. Lindquist Curr. Biol. 2001 11 366 369
55. C. C. Vandenakker M. F. M. Engel K. P. Velikov M. Bonn G. H. Koenderink J. Am. Chem. Soc. 2011 133 18030 18033
56. S. I. A. Cohen M. Vendruscolo C. M. Dobson T. P. J. Knowles Int. J. Mol. Sci. 2011 12 5844 5852
57. C. P. Jaroniec C. E. MacPhee N. S. Astrof C. M. Dobson R. G. Griffin Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 16748 16753
58. P. Hortschansky V. Schroeckh T. Christopeit G. Zandomeneghi M. Fändrich Protein Sci. 2005 14 1753 1759
59. S. H. White W. C. Wimley Biochim. Biophys. Acta 1998 1376 339 352
60. K. F. DuBay A. P. Pawar F. Chiti J. Zurdo C. M. Dobson M. Vendruscolo J. Mol. Biol. 2004 341 1317 1326
61. B. Morel L. Varela A. I. Azuaga F. Conejero-Lara Biophys. J. 2010 99 3801 3810
62. P. Lo Nostro N. Peruzzi M. Severi B. W. Ninham P. Baglioni J. Am. Chem. Soc. 2010 132 6571 6577
63. M. Calamai N. Taddei M. Stefani G. Ramponi F. Chiti Biochemistry 2003 42 15078 15083
64. M. López De La Paz K. Goldie J. Zurdo E. Lacroix C. M. Dobson A. Hoenger L. Serrano Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 16052 16057
65. Y. Zhang P. S. Cremer Annu. Rev. Phys. Chem. 2010 61 63 83
66. D. T. Gjerde G. Schmuckler J. S. Fritz J. Chromatogr., A 1980 187 35 45
67. J. Adamcik R. Mezzenga Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 2012 17 369 376
68. N. J. Greenfield G. D. Fasman Biochemistry 1969 8 4108 4116
69. I. W. Hamley G. D. Brown V. Castelletto G. Cheng M. Venanzi M. Caruso E. Placidi C. Aleman G. Revilla-López D. Zanuy J. Phys. Chem. B 2010 114 10674 10683
70. J. Kyte R. F. Doolittle J. Mol. Biol. 1982 157 105 132
71. F. Chiti M. Stefani N. Taddei G. Ramponi C. M. Dobson Nature 2003 424 805 808
72. R. L. Schowen J. Chem. Educ. 2011 70 A223
73. C. Tanford J. G. Kirkwood J. Am. Chem. Soc. 2011 79 5333 5339
74. T. M. McPhillips S. E. McPhillips H. J. Chiu A. E. Cohen A. M. Deacon P. J. Ellis E. Garman A. Gonzalez N. K. Sauter R. P. Phizackerley S. M. Soltis P. Kuhn J. Synchrotron Radiat. 2002 9 401 406
75. A. M. Squires G. L. Devlin S. L. Gras A. K. Tickler C. E. MacPhee C. M. Dobson J. Am. Chem. Soc. 2006 128 11738 11739