Time-resolved single molecule fluorescence spectroscopy of an α-chymotrypsin catalyzed reaction

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 117, Issue 5, 2013, Pages 1252-1260

  Terentyeva, Tatyana G ^a   Hofkens, Johan ^a   Komatsuzaki, Tamiki ^b   Blank, Kerstin ^c   Li, Chun Biu ^b  

^a UNIVERSITY OF LEUVEN   (Belgium)

^b HOKKAIDO UNIVERSITY   (Japan)

^c RADBOUD UNIVERSITY NIJMEGEN   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ENZYME KINETICS; FLUORESCENCE; FLUORESCENCE SPECTROSCOPY; MOLECULES; REACTION KINETICS;

CATALYZED REACTIONS; CONFOCAL MICROSCOPES; DETECTION SCHEME; ENZYMATIC REACTION; FLUORESCENCE LIFETIMES; FLUOROGENIC SUBSTRATE; HIGH CONCENTRATION; HIGH SUBSTRATE CONCENTRATIONS; LOCAL ENVIRONMENTS; REACTION EVENTS; REPORTER SYSTEMS; SINGLE MOLECULE LEVEL; SINGLE-MOLECULE FLUORESCENCE SPECTROSCOPY; STRONG INTERACTION; TIME-CORRELATED SINGLE-PHOTON COUNTING; TIME-RESOLVED; TWO-STEP REACTIONS;

FLUOROPHORES;

EID: 84873450232     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp310663v     Document Type: Article

References (48)

1. Karplus, M.; Kuriyan, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 6679-6685
2. Henzler-Wildman, K.; Kern, D. Nature 2007, 450, 964-972
3. Swint-Kruse, L.; Fisher, H. F. Trends Biochem. Sci. 2008, 33, 104-112
4. Blank, K.; De Cremer, G.; Hofkens, J. Biotechnol. J. 2009, 4, 465-479
5. Claessen, V. I.; Engelkamp, H.; Christianen, P. C.; Maan, J. C.; Nolte, R. J.; Blank, K.; Rowan, A. E. Annu. Rev. Anal. Chem. 2010, 3, 319-340
6. Ha, T.; Ting, A. Y.; Liang, J.; Caldwell, W. B.; Deniz, A. A.; Chemla, D. S.; Schultz, P. G.; Weiss, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 893-898
7. Chen, Y.; Hu, D. H.; Vorpagel, E. R.; Lu, H. P. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 7947-7956
8. Kuznetsova, S.; Zauner, G.; Aartsma, T. J.; Engelkamp, H.; Hatzakis, N.; Rowan, A. E.; Nolte, R. J.; Christianen, P. C.; Canters, G. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 3250-3255
9. Goldsmith, R. H.; Tabares, L. C.; Kostrz, D.; Dennison, C.; Aartsma, T. J.; Canters, G. W.; Moerner, W. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 17269-17274
10. Yang, H.; Luo, G.; Karnchanaphanurach, P.; Louie, T. M.; Rech, I.; Cova, S.; Xun, L.; Xie, X. S. Science 2003, 302, 262-266
11. Zhang, Z.; Rajagopalan, P. T.; Selzer, T.; Benkovic, S. J.; Hammes, G. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 2764-2769
12. van Oijen, A. M.; Blainey, P. C.; Crampton, D. J.; Richardson, C. C.; Ellenberger, T.; Xie, X. S. Science 2003, 301, 1235-1238
13. Werner, J. H.; Cai, H.; Jett, J. H.; Reha-Krantz, L.; Keller, R. A.; Goodwin, P. M. J. Biotechnol. 2003, 102, 1-14
14. Harris, T. D.; Buzby, P. R.; Babcock, H.; Beer, E.; Bowers, J.; Braslavsky, I.; Causey, M.; Colonell, J.; Dimeo, J.; Efcavitch, J. W. Science 2008, 320, 106-109
15. Xu, M.; Fujita, D.; Hanagata, N. Small 2009, 5, 2638-2649
16. Yildiz, A.; Forkey, J. N.; McKinney, S. A.; Ha, T.; Goldman, Y. E.; Selvin, P. R. Science 2003, 300, 2061-2065
17. Rocha, S.; Hutchison, J. A.; Peneva, K.; Herrmann, A.; Müllen, K.; Skjot, M.; Jorgensen, C. I.; Svendsen, A.; De Schryver, F. C.; Hofkens, J. ChemPhysChem 2009, 10, 151-161
18. Lu, H. P.; Xun, L.; Xie, X. S. Science 1998, 282, 1877-1882
19. Velonia, K.; Flomenbom, O.; Loos, D.; Masuo, S.; Cotlet, M.; Engelborghs, Y.; Hofkens, J.; Rowan, A. E.; Klafter, J.; Nolte, R. J. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 560-564
20. English, B. P.; Min, W.; van Oijen, A. M.; Lee, K. T.; Luo, G.; Sun, H.; Cherayil, B. J.; Kou, S. C.; Xie, X. S. Nat. Chem. Biol. 2006, 2, 87-94
21. De Cremer, G.; Roeffaers, M. B.; Baruah, M.; Sliwa, M.; Sels, B. F.; Hofkens, J.; De Vos, D. E. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 15458-15459
22. Martinez, V. M.; De Cremer, G.; Roeffaers, M. B.; Sliwa, M.; Baruah, M.; De Vos, D. E.; Hofkens, J.; Sels, B. F. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 13192-13193
23. Schaffer, J.; Volkmer, A.; Eggeling, C.; Subramaniam, V.; Striker, G.; Seidel, C. A. M. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 331-336
24. Rothwell, P. J.; Berger, S.; Kensch, O.; Felekyan, S.; Antonik, M.; Wohrl, B. M.; Restle, T.; Goody, R. S.; Seidel, C. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 1655-1660
25. Widengren, J.; Kudryavtsev, V.; Antonik, M.; Berger, S.; Gerken, M.; Seidel, C. A. Anal. Chem. 2006, 78, 2039-2050
26. Terentyeva, T. G.; Engelkamp, H.; Rowan, A. E.; Komatsuzaki, T.; Hofkens, J.; Li, C. B.; Blank, K. ACS Nano 2012, 6, 346-354
27. Enderlein, J.; Goodwin, P. M.; Van Orden, A.; Ambrose, W. P.; Erdmann, R.; Keller, R. A. Chem. Phys. Lett. 1997, 270, 464-470
28. Herten, D. P.; Tinnefeld, P.; Sauer, M. Appl. Phys. B: Lasers Opt. 2000, 71, 765-771
29. Brismar, H.; Trepte, O.; Ulfhake, B. J. Histochem. Cytochem. 1995, 43, 699-707
30. Suhling, K.; Siegel, J.; Phillips, D.; French, P. M.; Leveque-Fort, S.; Webb, S. E.; Davis, D. M. Biophys. J. 2002, 83, 3589-3595
31. Melhado, L. L.; Peltz, S. W.; Leytus, S. P.; Mangel, W. F. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104
32. Leytus, S. P.; Melhado, L. L.; Mangel, W. F. Biochem. J. 1983, 209, 299-307
33. Hofmann, J.; Sernetz, M. Anal. Biochem. 1983, 131, 180-186
34. Huang, Z. J. Biochemistry 1991, 30, 8535-8540
35. Terentyeva, T. G.; Van Rossom, W.; Van der Auweraer, M.; Blank, K.; Hofkens, J. Bioconjugate Chem. 2011, 22, 1932-1938
36. Cotlet, M.; Hofkens, J.; Habuchi, S.; Dirix, G.; Van Guyse, M.; Michiels, J.; Vanderleyden, J.; De Schryver, F. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 14398-14403
37. Watkins, L. P.; Yang, H. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 617-628
38. Zhang, K.; Chang, H.; Fu, A.; Alivisatos, A. P.; Yang, H. Nano Lett. 2006, 6, 843-847
39. Cramer, H. Mathematical Methods of Statistics; Princeton University Press: Princeton, NJ, 1946.
40. Rao, C. R. Proc. Cambridge Philos. Soc. 1949, 45, 213-218
41. Maus, M.; Cotlet, M.; Hofkens, J.; Gensch, T.; De Schryver, F. C.; Schaffer, J.; Seidel, C. A. Anal. Chem. 2001, 73, 2078-2086
42. Apanasovich, V. V.; Novikov, E. G. Opt. Commun. 1990, 78, 279-282
43. Boens, N.; Qin, W.; Basaric, N.; Hofkens, J.; Ameloot, M.; Pouget, J.; Lefevre, J. P.; Valeur, B.; Gratton, E.; vandeVen, M. Anal. Chem. 2007, 79, 2137-2149
44. Baba, A.; Komatsuzaki, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 19297-19302
45. Li, C. B.; Yang, H.; Komatsuzaki, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 536-541
46. Li, C. B.; Yang, H.; Komatsuzaki, T. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 14732-14741
47. Schuetz, P.; Wuttke, R.; Schuler, B.; Caflisch, A. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 15227-15235
48. Schroeyers, W.; Vallee, R.; Patra, D.; Hofkens, J.; Habuchi, S.; Vosch, T.; Cotlet, M.; Müllen, K.; Enderlein, J.; De Schryver, F. C. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 14310-14311