STUbLs in chromatin and genome stability

Biopolymers

Volumn 99, Issue 2, 2013, Pages 146-154

  Garza, Renee ^a   Pillus, Lorraine ^a  

^a SECTION OF MOLECULAR BIOLOGY   (United States)

Author keywords

DNA damage; SUMO; transcription; ubiquitin; yeast

Indexed keywords

CHROMATIN STRUCTURE; DNA DAMAGES; DYNAMIC INTERACTION; GENOME STABILITY; GENOMIC STABILITY; NUCLEAR FUNCTION; NUCLEOSOMES; POST-TRANSLATIONAL MODIFICATIONS; PROTEIN MODIFICATIONS; SUMO; UBIQUITIN;

ENZYMES; GENES; TRANSCRIPTION; YEAST;

PROTEINS;

ARSENIC TRIOXIDE; BIOPOLYMER; HYDROXYUREA; MESYLIC ACID METHYL ESTER; PROMYELOCYTIC LEUKEMIA PROTEIN; PROTEIN; RECQ HELICASE; RIBOSOME DNA; RNA; SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE PROTEIN; SUMO PROTEIN; SUMO TARGETED UBIQUITIN LIGATION; UBIQUITIN; UBIQUITIN PROTEIN LIGASE E3; UNCLASSIFIED DRUG; ZINC FINGER PROTEIN; CHROMATIN; SACCHAROMYCES CEREVISIAE PROTEIN;

CELL NUCLEUS MEMBRANE; CHROMATIN STRUCTURE; DIPTERA; DNA DAMAGE; DNA STRAND BREAKAGE; DOUBLE STRANDED DNA BREAK; DROSOPHILA; ENZYME ACTIVITY; GENE INTERACTION; GENOMIC INSTABILITY; HUMAN; IN VIVO STUDY; LEUKEMIA; MEMBRANE; NONHUMAN; PHENOTYPE; PROTEIN DEGRADATION; PROTEIN EXPRESSION; PROTEIN LOCALIZATION; REVIEW; RING FINGER MOTIF; SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE; SITE DIRECTED MUTAGENESIS; SUMOYLATION; YEAST; CHEMISTRY; CHROMATIN; DISEASES; GENETICS; METABOLISM;

METAZOA;

CHROMATIN; DISEASE; GENOMIC INSTABILITY; HUMANS; SACCHAROMYCES CEREVISIAE PROTEINS; SMALL UBIQUITIN-RELATED MODIFIER PROTEINS;

EID: 84870013890     PISSN: 00063525     EISSN: 10970282     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/bip.22125     Document Type: Review

References (100)

1. Wohlschlegel, J. A.,;, Johnson, E. S.,;, Reed, S. I.,;, Yates, J. R., III., J Biol Chem 2004, 279, 45662-45668.
2. Hannich, J. T.,;, Lewis, A.,;, Kroetz, M. B.,;, Li, S. J.,;, Heide, H.,;, Emili, A.,;, Hochstrasser, M., J Biol Chem 2005, 280, 4102-4110.
3. Panse, V. G.,;, Hardeland, U.,;, Werner, T.,;, Kuster, B.,;, Hurt, E., J Biol Chem 2004, 279, 41346-41351.
4. Makhnevych, T.,;, Sydorskyy, Y.,;, Xin, X.,;, Srikumar, T.,;, Vizeacoumar, F. J.,;, Jeram, S. M.,;, Li, Z.,;, Bahr, S.,;, Andrews, B. J.,;, Boone, C.,;, Raught, B., Mol Cell 2009, 33, 124-135.
5. Denison, C.,;, Rudner, A. D.,;, Gerber, S. A.,;, Bakalarski, C. E.,;, Moazed, D.,;, Gygi, S. P., Mol Cell Proteomics 2005, 4, 246-254.
6. Wykoff, D. D.,;, O'Shea, E. K., Mol Cell Proteomics 2005, 4, 73-83.
7. Tatham, M. H.,;, Matic, I.,;, Mann, M.,;, Hay, R. T., Sci Signal 2011, 4, rs4.
8. Bruderer, R.,;, Tatham, M. H.,;, Plechanovova, A.,;, Matic, I.,;, Garg, A. K.,;, Hay, R. T., Embo Rep 2011, 12, 142-148.
9. Schimmel, J.,;, Larsen, K. M.,;, Matic, I.,;, van Hagen, M.,;, Cox, J.,;, Mann, M.,;, Andersen, J. S.,;, Vertegaal, A. C., Mol Cell Proteomics 2008, 7, 2107-2122.
10. Johnson, E. S., Annu Rev Biochem 2004, 73, 355-382.
11. Melchior, F., Annu Rev Cell Dev Biol 2000, 16, 591-626.
12. Miteva, M.,;, Keusekotten, K.,;, Hofmann, K.,;, Praefcke, G. J.,;, Dohmen, R. J., Subcell Biochem 2010, 54, 195-214.
13. Hecker, C. M.,;, Rabiller, M.,;, Haglund, K.,;, Bayer, P.,;, Dikic, I., J Biol Chem 2006, 281, 16117-16127.
14. Ma, Q.,;, Gao, X.,;, Cao, J.,;, Liu, Z.,;, Jin, C.,;, Ren, J.,;, Xue, Y., submitted.
15. Vogt, B.,;, Hofmann, K., Methods Mol Biol 2012, 832, 249-261.
16. Perry, J. J.,;, Tainer, J. A.,;, Boddy, M. N., Trends Biochem Sci 2008, 33, 201-208.
17. Cook, C. E.,;, Hochstrasser, M.,;, Kerscher, O., Cell Cycle 2009, 8, 1080-1089.
18. Darst, R. P.,;, Garcia, S. N.,;, Koch, M. R.,;, Pillus, L., Mol Cell Biol 2008, 28, 1361-1372.
19. Shirai, C.,;, Mizuta, K., Biosci Biotechnol Biochem 2008, 72, 1881-1886.
20. Sun, H.,;, Leverson, J. D.,;, Hunter, T., Embo J 2007, 26, 4102-4112.
21. Yang, L.,;, Mullen, J. R.,;, Brill, S. J., Nucleic Acids Res 2006, 34, 5541-5551.
22. Nagai, S.,;, Dubrana, K.,;, Tsai-Pflugfelder, M.,;, Davidson, M. B.,;, Roberts, T. M.,;, Brown, G. W.,;, Varela, E.,;, Hediger, F.,;, Gasser, S. M.,;, Krogan, N. J., Science 2008, 322, 597-602.
23. Abed, M.,;, Barry, K. C.,;, Kenyagin, D.,;, Koltun, B.,;, Phippen, T. M.,;, Delrow, J. J.,;, Parkhurst, S. M.,;, Orian, A., Embo J 2011, 30, 1289-1301.
24. Galili, N.,;, Nayak, S.,;, Epstein, J. A.,;, Buck, C. A., Dev Dyn 2000, 218, 102-111.
25. Uzunova, K.,;, Gottsche, K.,;, Miteva, M.,;, Weisshaar, S. R.,;, Glanemann, C.,;, Schnellhardt, M.,;, Niessen, M.,;, Scheel, H.,;, Hofmann, K.,;, Johnson, E. S.,;, Praefcke, G. J.,;, Dohmen, R. J., J Biol Chem 2007, 282, 34167-34175.
26. Mullen, J. R.,;, Kaliraman, V.,;, Ibrahim, S. S.,;, Brill, S. J., Genetics 2001, 157, 103-118.
27. Burgess, R. C.,;, Rahman, S.,;, Lisby, M.,;, Rothstein, R.,;, Zhao, X., Mol Cell Biol 2007, 27, 6153-6162.
28. Putnam, C. D.,;, Hayes, T. K.,;, Kolodner, R. D., Nature 2009, 460, 984-989.
29. Zhang, C.,;, Roberts, T. M.,;, Yang, J.,;, Desai, R.,;, Brown, G. W., DNA Repair (Amst) 2006, 5, 336-346.
30. Xiong, L.,;, Chen, X. L.,;, Silver, H. R.,;, Ahmed, N. T.,;, Johnson, E. S., Mol Biol Cell 2009, 20, 1241-1251.
31. Azam, M.,;, Lee, J. Y.,;, Abraham, V.,;, Chanoux, R.,;, Schoenly, K. A.,;, Johnson, F. B., Nucleic Acids Res 2006, 34, 506-516.
32. Xie, Y.,;, Kerscher, O.,;, Kroetz, M. B.,;, McConchie, H. F.,;, Sung, P.,;, Hochstrasser, M., J Biol Chem 2007, 282, 34176-34184.
33. Xie, Y.,;, Rubenstein, E. M.,;, Matt, T.,;, Hochstrasser, M., Genes Dev 2010, 24, 893-903.
34. Ii, T.,;, Fung, J.,;, Mullen, J. R.,;, Brill, S. J., Cell Cycle 2007, 6, 2800-2809.
35. Stoll, K. E.,;, Brzovic, P. S.,;, Davis, T. N.,;, Klevit, R. E., J Biol Chem 2011, 286, 15165-15170.
36. Al-Hakim, A.,;, Escribano-Diaz, C.,;, Landry, M. C.,;, O'Donnell, L.,;, Panier, S.,;, Szilard, R. K.,;, Durocher, D., DNA Repair (Amst) 2010, 9, 1229-1240.
37. Parnas, O.,;, Amishay, R.,;, Liefshitz, B.,;, Zipin-Roitman, A.,;, Kupiec, M., Cell Cycle 2011, 10, 2894-2903.
38. Bialkowska, A.,;, Kurlandzka, A., Yeast 2002, 19, 1323-1333.
39. Shah, P. P.,;, Zheng, X.,;, Epshtein, A.,;, Carey, J. N.,;, Bishop, D. K.,;, Klein, H. L., Mol Cell 2010, 39, 862-872.
40. Cal-Bakowska, M.,;, Litwin, I.,;, Bocer, T.,;, Wysocki, R.,;, Dziadkowiec, D., Nucleic Acids Res 2011, 39, 8765-8777.
41. Zhang, Z.,;, Buchman, A. R., Mol Cell Biol 1997, 17, 5461-5472.
42. Tanaka, K.,;, Nishide, J.,;, Okazaki, K.,;, Kato, H.,;, Niwa, O.,;, Nakagawa, T.,;, Matsuda, H.,;, Kawamukai, M.,;, Murakami, Y., Mol Cell Biol 1999, 19, 8660-8672.
43. Prudden, J.,;, Perry, J. J.,;, Nie, M.,;, Vashisht, A. A.,;, Arvai, A. S.,;, Hitomi, C.,;, Guenther, G.,;, Wohlschlegel, J. A.,;, Tainer, J. A.,;, Boddy, M. N., Mol Cell Biol 2011, 31, 2299-2310.
44. Prudden, J.,;, Pebernard, S.,;, Raffa, G.,;, Slavin, D. A.,;, Perry, J. J.,;, Tainer, J. A.,;, McGowan, C. H.,;, Boddy, M. N., Embo J 2007, 26, 4089-4101.
45. Kosoy, A.,;, Calonge, T. M.,;, Outwin, E. A.,;, O'Connell, M. J., J Biol Chem 2007, 282, 20388-20394.
46. Poortinga, G.,;, Watanabe, M.,;, Parkhurst, S. M., Embo J 1998, 17, 2067-2078.
47. Barry, K. C.,;, Abed, M.,;, Kenyagin, D.,;, Werwie, T. R.,;, Boico, O.,;, Orian, A.,;, Parkhurst, S. M., Development 2011, 138, 1759-1769.
48. Moilanen, A. M.,;, Poukka, H.,;, Karvonen, U.,;, Hakli, M.,;, Janne, O. A.,;, Palvimo, J. J., Mol Cell Biol 1998, 18, 5128-5139.
49. Chiariotti, L.,;, Benvenuto, G.,;, Fedele, M.,;, Santoro, M.,;, Simeone, A.,;, Fusco, A.,;, Bruni, C. B., Genomics 1998, 47, 258-265.
50. Liew, C. W.,;, Sun, H.,;, Hunter, T.,;, Day, C. L., Biochem J 2010, 431, 23-29.
51. Mullen, J. R.,;, Das, M.,;, Brill, S. J., Genetics 2011, 187, 73-87.
52. Torres-Rosell, J.,;, Sunjevaric, I.,;, De Piccoli, G.,;, Sacher, M.,;, Eckert-Boulet, N.,;, Reid, R.,;, Jentsch, S.,;, Rothstein, R.,;, Aragon, L.,;, Lisby, M., Nat Cell Biol 2007, 9, 923-931.
53. Kalocsay, M.,;, Hiller, N. J.,;, Jentsch, S., Mol Cell 2009, 33, 335-343.
54. Nagai, S.,;, Davoodi, N.,;, Gasser, S. M., Cell Res 2011, 21, 474-485.
55. Heideker, J.,;, Prudden, J.,;, Perry, J. J.,;, Tainer, J. A.,;, Boddy, M. N., PLoS Genet 2011, 7, e1001320.
56. Collins, S. R.,;, Miller, K. M.,;, Maas, N. L.,;, Roguev, A.,;, Fillingham, J.,;, Chu, C. S.,;, Schuldiner, M.,;, Gebbia, M.,;, Recht, J.,;, Shales, M.,;, Ding, H.,;, Xu, H.,;, Han, J.,;, Ingvarsdottir, K.,;, Cheng, B.,;, Andrews, B.,;, Boone, C.,;, Berger, S. L.,;, Hieter, P.,;, Zhang, Z.,;, Brown, G. W.,;, Ingles, C. J.,;, Emili, A.,;, Allis, C. D.,;, Toczyski, D. P.,;, Weissman, J. S.,;, Greenblatt, J. F.,;, Krogan, N. J., Nature 2007, 446, 806-810.
57. Pero, R.,;, Lembo, F.,;, Palmieri, E. A.,;, Vitiello, C.,;, Fedele, M.,;, Fusco, A.,;, Bruni, C. B.,;, Chiariotti, L., J Biol Chem 2002, 277, 3280-3285.
58. Fedele, M.,;, Benvenuto, G.,;, Pero, R.,;, Majello, B.,;, Battista, S.,;, Lembo, F.,;, Vollono, E.,;, Day, P. M.,;, Santoro, M.,;, Lania, L.,;, Bruni, C. B.,;, Fusco, A.,;, Chiariotti, L., J Biol Chem 2000, 275, 7894-7901.
59. Kaiser, F. J.,;, Moroy, T.,;, Chang, G. T.,;, Horsthemke, B.,;, Ludecke, H. J., J Biol Chem 2003, 278, 38780-38785.
60. Poukka, H.,;, Aarnisalo, P.,;, Santti, H.,;, Janne, O. A.,;, Palvimo, J. J., J Biol Chem 2000, 275, 571-579.
61. Poukka, H.,;, Karvonen, U.,;, Yoshikawa, N.,;, Tanaka, H.,;, Palvimo, J. J.,;, Janne, O. A., J Cell Sci 2000, 113 (Part 17), 2991-3001.
62. Pero, R.,;, Lembo, F.,;, Di Vizio, D.,;, Boccia, A.,;, Chieffi, P.,;, Fedele, M.,;, Pierantoni, G. M.,;, Rossi, P.,;, Iuliano, R.,;, Santoro, M.,;, Viglietto, G.,;, Bruni, C. B.,;, Fusco, A.,;, Chiariotti, L., Am J Pathol 2001, 159, 1225-1230.
63. Salonen, J.,;, Butzow, R.,;, Palvimo, J. J.,;, Heikinheimo, M.,;, Heikinheimo, O., Mol Cell Endocrinol 2009, 307, 205-210.
64. Saville, B.,;, Poukka, H.,;, Wormke, M.,;, Janne, O. A.,;, Palvimo, J. J.,;, Stoner, M.,;, Samudio, I.,;, Safe, S., J Biol Chem 2002, 277, 2485-2497.
65. Lyngso, C.,;, Bouteiller, G.,;, Damgaard, C. K.,;, Ryom, D.,;, Sanchez-Munoz, S.,;, Norby, P. L.,;, Bonven, B. J.,;, Jorgensen, P., J Biol Chem 2000, 275, 26144-26149.
66. Hirvonen-Santti, S. J.,;, Rannikko, A.,;, Santti, H.,;, Savolainen, S.,;, Nyberg, M.,;, Janne, O. A.,;, Palvimo, J. J., Eur Urol 2003, 44, 742-747; discussion747.
67. Rosonina, E.,;, Duncan, S. M.,;, Manley, J. L., Genes Dev 2010, 24, 1242-1252.
68. Felberbaum, R.,;, Wilson, N. R.,;, Cheng, D.,;, Peng, J.,;, Hochstrasser, M., Mol Cell Biol 2012, 32, 64-75.
69. Geng, F.,;, Tansey, W. P., Proc Natl Acad Sci USA 2012, 109, 6060-6065.
70. Tsolou, A.,;, Nelson, G.,;, Trachana, V.,;, Chondrogianni, N.,;, Saretzki, G.,;, von Zglinicki, T.,;, Gonos, E. S., IUBMB Life 2012, 64, 432-442.
71. Hu, X. V.,;, Rodrigues, T. M.,;, Tao, H.,;, Baker, R. K.,;, Miraglia, L.,;, Orth, A. P.,;, Lyons, G. E.,;, Schultz, P. G.,;, Wu, X., Proc Natl Acad Sci USA 2010, 107, 15087-15092.
72. Muller, S.,;, Matunis, M. J.,;, Dejean, A., Embo J 1998, 17, 61-70.
73. Lallemand-Breitenbach, V.,;, de The, H., Cold Spring Harb Perspect Biol 2010, 2, a000661.
74. Zhu, J.,;, Koken, M. H.,;, Quignon, F.,;, Chelbi-Alix, M. K.,;, Degos, L.,;, Wang, Z. Y.,;, Chen, Z.,;, de The, H., Proc Natl Acad Sci USA 1997, 94, 3978-3983.
75. Geoffroy, M. C.,;, Jaffray, E. G.,;, Walker, K. J.,;, Hay, R. T., Mol Biol Cell 2012, 21, 4227-4239.
76. Lallemand-Breitenbach, V.,;, Jeanne, M.,;, Benhenda, S.,;, Nasr, R.,;, Lei, M.,;, Peres, L.,;, Zhou, J.,;, Zhu, J.,;, Raught, B.,;, de The, H., Nat Cell Biol 2008, 10, 547-555.
77. Tatham, M. H.,;, Geoffroy, M. C.,;, Shen, L.,;, Plechanovova, A.,;, Hattersley, N.,;, Jaffray, E. G.,;, Palvimo, J. J.,;, Hay, R. T., Nat Cell Biol 2008, 10, 538-546.
78. Weisshaar, S. R.,;, Keusekotten, K.,;, Krause, A.,;, Horst, C.,;, Springer, H. M.,;, Gottsche, K.,;, Dohmen, R. J.,;, Praefcke, G. J., FEBS Lett 2008, 582, 3174-3178.
79. de The, H.,;, Le Bras, M.,;, Lallemand-Breitenbach, V., J Cell Bio 2012, 198, 11-21.
80. Zhang, X. W.,;, Yan, X. J.,;, Zhou, Z. R.,;, Yang, F. F.,;, Wu, Z. Y.,;, Sun, H. B.,;, Liang, W. X.,;, Song, A. X.,;, Lallemand-Breitenbach, V.,;, Jeanne, M.,;, Zhang, Q. Y.,;, Yang, H. Y.,;, Huang, Q. H.,;, Zhou, G. B.,;, Tong, J. H.,;, Zhang, Y.,;, Wu, J. H.,;, Hu, H. Y.,;, de The, H.,;, Chen, S. J.,;, Chen, Z., Science 2010, 328, 240-243.
81. Praefcke, G. J.,;, Hofmann, K.,;, Dohmen, R. J., Trends Biochem Sci 2012, 37, 23-31.
82. Wang, Z.,;, Prelich, G., Mol Cell Biol 2009, 29, 1694-1706.
83. Nixon, C. E.,;, Wilcox, A. J.,;, Laney, J. D., Genetics 2010, 185, 497-511.
84. Guo, B.,;, Sharrocks, A. D., Mol Cell Biol 2009, 29, 3204-3218.
85. Martin, N.,;, Schwamborn, K.,;, Schreiber, V.,;, Werner, A.,;, Guillier, C.,;, Zhang, X. D.,;, Bischof, O.,;, Seeler, J. S.,;, Dejean, A., Embo J 2009, 28, 3534-3548.
86. van Hagen, M.,;, Overmeer, R. M.,;, Abolvardi, S. S.,;, Vertegaal, A. C., Nucleic Acids Res 2010, 38, 1922-1931.
87. Mukhopadhyay, D.,;, Arnaoutov, A.,;, Dasso, M., J Cell Biol 2010, 188, 681-692.
88. Wang, Y. T.,;, Yang, W. B.,;, Chang, W. C.,;, Hung, J. J., J Mol Biol 2011, 414, 1-14.
89. Fryrear, K. A.,;, Guo, X.,;, Kerscher, O.,;, Semmes, O. J., Blood 2012, 119, 1173-1181.
90. Luo, K.,;, Zhang, H.,;, Wang, L.,;, Yuan, J.,;, Lou, Z., Embo J 2012, 31, 3008-3019.
91. Galanty, Y.,;, Belotserkovskaya, R.,;, Coates, J.,;, Jackson, S. P., Genes Dev 2012, 26, 1179-1195.
92. Yin, Y.,;, Seifert, A.,;, Chua, J. S.,;, Maure, J. F.,;, Golebiowski, F.,;, Hay, R. T., Genes Dev 2012, 26, 1196-1208.
93. Zhou, W.,;, Ryan, J. J.,;, Zhou, H., J Biol Chem 2004, 279, 32262-32268.
94. Sydorskyy, Y.,;, Srikumar, T.,;, Jeram, S. M.,;, Wheaton, S.,;, Vizeacoumar, F. J.,;, Makhnevych, T.,;, Chong, Y. T.,;, Gingras, A. C.,;, Raught, B., Mol Cell Biol 2010, 30, 4452-4462.
95. Cremona, C. A.,;, Sarangi, P.,;, Yang, Y.,;, Hang, L. E.,;, Rahman, S.,;, Zhao, X., Mol Cell 2012, 45, 422-432.
96. Kobayashi, T.,;, Wang, T.,;, Qian, H.,;, Brachmann, R. K., Methods Mol Biol 2003, 223, 73-86.
97. Silva, R. D.,;, Manon, S.,;, Goncalves, J.,;, Saraiva, L.,;, Corte-Real, M., Curr Pharm Des 2011, 17, 246-255.
98. Jeong, H.,;, Herskowitz, I.,;, Kroetz, D. L.,;, Rine, J., PLoS Genet 2007, 3, e39.
99. Marini, N. J.,;, Gin, J.,;, Ziegle, J.,;, Keho, K. H.,;, Ginzinger, D.,;, Gilbert, D. A.,;, Rine, J., Proc Natl Acad Sci USA 2008, 105, 8055-8060.
100. Mayfield, J. A.,;, Davies, M. W.,;, Dimster-Denk, D.,;, Pleskac, N.,;, McCarthy, S.,;, Boydston, E. A.,;, Fink, L.,;, Lin, X. X.,;, Narain, A. S.,;, Meighan, M.,;, Rine, J., Genetics 2012, 190, 1309-1323.