Unusually high-affinity Mg2+ binding at the AU-rich sequence within the antiterminator hairpin of a Mg2+ riboswitch

Chemistry and Biodiversity

Volumn 9, Issue 9, 2012, Pages 2035-2049

  Korth, Maximiliane M T ^a   Sigel, Roland K O ^a  

^a UNIVERSITY OF ZURICH   (Switzerland)

Author keywords

Metal binding; NMR Spectroscopy; Riboswitch; RNA

Indexed keywords

ADENINE; AU RICH PROTEIN; BINDING PROTEIN; MAGNESIUM ION; MGTA PROTEIN; NUCLEAR PROTEIN; RNA; UNCLASSIFIED DRUG;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMAL EXPERIMENT; ARTICLE; BINDING AFFINITY; BINDING SITE; CHEMICAL INTERACTION; CONTROLLED STUDY; CRYSTAL STRUCTURE; MEDIATOR; NONHUMAN; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PROTEIN EXPRESSION; PROTEIN FUNCTION; RIBOSWITCH; YERSINIA ENTEROCOLITICA;

AMINO ACID MOTIFS; AU RICH ELEMENTS; BINDING SITES; CODON, TERMINATOR; MAGNESIUM; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; RIBOSWITCH;

YERSINIA ENTEROCOLITICA;

EID: 84866387404     PISSN: 16121872     EISSN: 16121880     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cbdv.201200031     Document Type: Article

References (60)

1. G. J. Hannon, Nature 2002, 418, 244.
2. C. L. Beisel, G. Storz, FEMS Microbiol. Rev. 2010, 34, 866.
3. M. Mandal, R. R. Breaker, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2004, 5, 451.
4. T. M. Henkin, Genes Dev. 2008, 22, 3383.
5. R. K. Montange, R. T. Batey, Annu. Rev. Biophys. 2008, 37, 117.
6. M. J. Cromie, Y. X. Shi, T. Latifi, E. A. Groisman, Cell 2006, 125, 71.
7. C. E. Dann III, C. A. Wakeman, C. L. Sieling, S. C. Baker, I. Irnov, W. C. Winkler, Cell 2007, 130, 878.
8. E. A. Groisman, J. Bacteriol. 2001, 183, 1835.
9. S.-Y. Park, M. J. Cromie, E.-J. Lee, E. A. Groisman, Cell 2010, 142, 737.
10. G. Zhao, W. Kong, N. Weatherspoon-Griffin, J. Clark-Curtiss, Y. Shi, EMBO J. 2011, 1.
11. S. V. Spinelli, L. B. Pontel, E. García Véscovi, F. C. Soncini, FEMS Microbiol. Lett. 2008, 280, 226.
12. E. Freisinger, R. K. O. Sigel, Coord. Chem. Rev. 2007, 251, 1834.
13. J. Schnabl, R. K. O. Sigel, Curr. Opin. Chem. Biol. 2010, 14, 269.
14. A. M. Pyle, J. Biol. Inorg. Chem. 2002, 7, 679.
15. R. K. O. Sigel, A. M. Pyle, Chem. Rev. 2007, 107, 97.
16. R. K. O. Sigel, H. Sigel, Acc. Chem. Res. 2010, 43, 974.
17. R. K. O. Sigel, D. G. Sashital, D. L. Abramovitz, A. G. Palmer III, S. E. Butcher, A. M. Pyle, Nat. Struct. Mol. Biol. 2004, 11, 187.
18. M. C. Erat, R. K. O. Sigel, Inorg. Chem. 2007, 46, 11224.
19. S. E. Butcher, F. H.-T. Allain, J. Feigon, Biochemistry 2000, 39, 2174.
20. M. C. Erat, O. Zerbe, T. Fox, R. K. O. Sigel, ChemBioChem 2007, 8, 306.
21. A. Huppler, L. J. Nikstad, A. M. Allmann, D. A. Brow, S. E. Butcher, Nat. Struct. Mol. Biol. 2002, 9, 431.
22. D. R. Groebe, O. C. Uhlenbeck, Nucleic Acids Res. 1988, 16, 11725.
23. M. J. Serra, M. H. Lyttle, T. J. Axenson, C. A. Schadt, D. H. Turner, Nucleic Acids Res. 1993, 21, 3845.
24. S. Gallo, M. Furler, R. K. O. Sigel, Chimia 2005, 59, 812.
25. A. J. Dingley, S. Grzesiek, J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 8293.
26. K. Pervushin, A. Ono, C. Fernández, T. Szyperski, M. Kainosho, K. Wüthrich, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 14147.
27. H. Sigel, Pure Appl. Chem. 2004, 76, 375.
28. H. A. Heus, A. Pardi, Science 1991, 253, 191.
29. X.-J. Lu, W. K. Olson, Nucleic Acids Res. 2003, 31, 5108.
30. M. A. El Hassan, C. R. Calladine, J. Mol. Biol. 1998, 282, 331.
31. K. H. Scheller, F. Hofstetter, P. R. Mitchell, B. Prijs, H. Sigel, J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 247.
32. J. A. N. F. Gomes, R. B. Mallion, Chem. Rev. 2001, 101, 1349.
33. S. A. Woodson, Curr. Opin. Chem. Biol. 2005, 9, 104.
34. J. K. Frederiksen, R. Fong, J. A. Piccirilli, in 'Nucleic Acid-Metal Ion Interactions', Eds. N. V. Hud, Royal Society of Chemistry, Cambridge, UK, 2009, pp. 260-306.
35. S. Johannsen, M. M. T. Korth, J. Schnabl, R. K. O. Sigel, Chimia 2009, 63, 146.
36. M. C. Erat, R. K. O. Sigel, Met. Ions Life Sci. 2011, 9, 37.
37. D. Donghi, R. K. O. Sigel, Methods Mol. Biol. 2012, 848, 253.
38. J. Feigon, S. E. Butcher, L. D. Finger, N. V. Hud, Methods Enzymol. 2001, 338, 400.
39. M. Pechlaner, R. K. O. Sigel, Met. Ions. Life Sci. 2012, 10, 1.
40. E. M. Bianchi, S. A. A. Sajadi, B. Song, H. Sigel, Chem.-Eur. J. 2003, 9, 881.
41. H. Sigel, R. Griesser, Chem. Soc. Rev. 2005, 34, 875.
42. H. Sigel, E. M. Bianchi, N. A. Corfã, Y. Kinjo, R. Tribolet, R. B. Martin, Chem.-Eur. J. 2001, 7, 3729.
43. R. K. O. Sigel, H. Sigel, Met. Ions Life Sci. 2007, 2, 109.
44. M. R. Hansen, J. P. Simorre, P. Hanson, V. Mokler, L. Bellon, L. Beigelman, A. Pardi, RNA 1999, 5, 1099.
45. S. Rüdisser, I. Tinoco Jr., J. Mol. Biol. 2000, 295, 1211.
46. M. C. Erat, J. Coles, C. Finazzo, B. Knobloch, R. K. O. Sigel, Coord. Chem. Rev. 2012, 256, 279.
47. K. Chin, K. A. Sharp, B. Honig, A. M. Pyle, Nat. Struct. Mol. Biol. 1999, 6, 1055.
48. N. V. Hud, J. Plavec, Biopolymers 2003, 69, 144.
49. R. E. Dickerson, Nucleic Acids Res. 1998, 26, 1906.
50. R. Stefl, H. H. Wu, S. Ravindranathan, V. Sklenáå, J. Feigon, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 1177.
51. A. C. Dock-Bregeon, B. Chevrier, A. Podjarny, J. Johnson, J. S. de Bear, G. R. Gough, P. T. Gilham, D. Moras, J. Mol. Biol. 1989, 209, 459.
52. A. C. Dock-Bregeon, B. Chevrier, A. Podjarny, D. Moras, J. S. de Bear, G. R. Gough, P. T. Gilham, J. E. Johnson, Nature 1988, 335, 375.
53. P. Davanloo, A. H. Rosenberg, J. J. Dunn, F. W. Studier, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1984, 81, 2035.
54. M. C. Erat, H. Kovacs, R. K. O. Sigel, J. Inorg. Biochem. 2010, 104, 611.
55. B. Luy, J. P. Marino, J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 8095.
56. P. Güntert, C. Mumenthaler, K. Wüthrich, J. Mol. Biol. 1997, 273, 283.
57. A. T. Brünger, P. D. Adams, G. M. Clore, W. L. DeLano, P. Gros, R. W. Grosse-Kunstleve, J. S. Jiang, J. Kuszewski, M. Nilges, N. S. Pannu, R. J. Read, L. M. Rice, T. Simonson, G. L. Warren, Acta Crystallogr., Sect. D 1998, 54, 905.
58. C. D. Schwieters, J. J. Kuszewski, N. Tjandra, G. M. Clore, J. Magn. Reson. 2003, 160, 65.
59. R. Koradi, M. Billeter, K. Wüthrich, J. Mol. Graphics 1996, 14, 29
60. R. Koradi, M. Billeter, K. Wüthrich, J. Mol. Graphics 1996, 14, 51.