Native state conformational heterogeneity of HP35 revealed by time-resolved FRET

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 35, 2012, Pages 10631-10638

  Serrano, Arnaldo L ^a   Bilsel, Osman ^b   Gai, Feng ^a  

^a UNIVERSITY OF PENNSYLVANIA   (United States)

^b UNIVERSITY OF MASSACHUSETTS MEDICAL SCHOOL   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; ENERGY TRANSFER; EQUIPMENT TESTING; PROTEIN FOLDING;

COMPUTATIONAL INVESTIGATION; COMPUTATIONAL STUDIES; CONFORMATIONAL HETEROGENEITY; DONOR-ACCEPTOR DISTANCE; ENERGY BASINS; FLUORESCENCE DECAYS; FLUORESCENCE LIFETIMES; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; FOLDING MECHANISM; HELICITIES; MODEL SYSTEM; NATIVE STATE; PROTEIN CONFORMATION; SUBDOMAIN; TIME-RESOLVED; ULTRAFAST FOLDING; VILLIN HEADPIECE;

FLUORESCENCE;

EID: 84865957909     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp211296e     Document Type: Article

References (61)

1. Ansari, A.; Berendzen, J.; Bowne, S. F.; Frauenfelder, H.; Iben, I. E. T.; Sauke, T. B.; Shyamsunder, E.; Young, R. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1985, 82, 5000-5004
2. Kondrashov, D. A.; Zhang, W.; Aranda, R.; Stec, B.; Phillips, G. N., Jr. Proteins 2008, 70, 353-362
3. Korzhnev, D. M.; Kay, L. E. Acc. Chem. Res. 2008, 41, 442-451
4. Hoffmann, A.; Nettels, D.; Clark, J.; Borgia, A.; Radford, S. E.; Clarke, J.; Schuler, B. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 1857-1871
5. Haas, E. ChemPhysChem 2005, 6, 858-870
6. Wu, Y.; Kondrashkina, E.; Kayatekin, C.; Matthews, C. R.; Bilsel, O. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 13367-13372
7. Xia, T. B.; Becker, H. C.; Wan, C. Z.; Frankel, A.; Roberts, R. W.; Zewail, A. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 8119-8123
8. Zhao, L.; Xia, T. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 4118-4119
9. Haran, G.; Haas, E.; Szpikowska, B.; Mas, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 11764-11768
10. Eis, P.; Lakowicz, J. Biochemistry 1993, 32, 7981-7993
11. Sridevi, K.; Lakshmikanth, G. S.; Krishnamoorthy, G.; Udgaonkar, J. B. J. Mol. Biol. 2004, 337, 699-711
12. Sarkar, S. S.; Udgaonkar, J. B.; Krishnamoorthy, G. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 7479-7486
13. Nagarajan, S.; Amir, D.; Grupi, A.; Goldenberg, D. P.; Minton, A. P.; Haas, E. Biophys. J. 2011, 100, 2991-2999
14. McKnight, C. J.; Doering, D. S.; Matsudaira, P. T.; Kim, P. S. J. Mol. Biol. 1996, 260, 126-134
15. Duan, Y.; Kollman, P. A. Science 1998, 282, 740-744
16. Shen, M. Y.; Freed, K. F. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2002, 49, 439-445
17. Kubelka, J.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. J. Mol. Biol. 2003, 329, 625-630
18. Jang, S. M.; Kim, E.; Shin, S.; Pak, Y. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 14841-14846
19. Ripoll, D. R.; Vila, J. A.; Scheraga, H. A. J. Mol. Biol. 2004, 339, 915-925
20. Bandyopadhyay, S.; Chakraborty, S.; Balasubramanian, S.; Bagchi, B. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4071-4075
21. Brewer, S. H.; Vu, D. M.; Tang, Y. F.; Li, Y.; Franzen, S.; Raleigh, D. P.; Dyer, R. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 16662-16667
22. Carr, J. M.; Wales, D. J. J. Chem. Phys. 2005, 123, 234901
23. Lei, H. X.; Wu, C.; Liu, H. G.; Duan, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 4925-4930
24. Brewer, S. H.; Song, B.; Raleigh, D. P.; Dyer, R. B. Biochemistry 2007, 46, 3279-3285
25. Cellmer, T.; Henry, E. R.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 18320-18325
26. Ding, F.; Tsao, D.; Nie, H. F.; Dokholyan, N. V. Structure 2008, 16, 1010-1018
27. Yang, J. S.; Wallin, S.; Shakhnovich, E. I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 895-900
28. Piana, S.; Laio, A.; Marinelli, F.; Van Troys, M.; Bourry, D.; Ampe, C.; Martins, J. C. J. Mol. Biol. 2008, 375, 460-470
29. Bunagan, M. R.; Gao, J.; Kelly, J. W.; Gai, F. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 7470-7476
30. Bowman, G. R.; Pande, V. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 10890-10895
31. Freddolino, P. L.; Schulten, K. Biophys. J. 2009, 97, 2338-2347
32. Cellmer, T.; Buscaglia, M.; Henry, E. R.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 6103-6108
33. Zhu, L.; Ghosh, K.; King, M.; Cellmer, T.; Bakajin, O.; Lapidus, L. J. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 12632-12637
34. Beauchamp, K. A.; Ensign, D. L.; Das, R.; Pande, V. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 12734-12739
35. Vugmeyster, L.; Ostroysky, D.; Khadjinoya, A.; Ellden, J.; Hoatson, G. L.; Vold, R. L. Biochemistry 2011, 50, 10637-10646
36. Glasscock, J. M.; Zhu, Y.; Chowdhury, P.; Tang, J.; Gai, F. Biochemistry 2008, 47, 11070-11076
37. Bagchi, S.; Falvo, C.; Mukamel, S.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 11260-11273
38. Rogers, J. M. G.; Lippert, L. G.; Gai, F. Anal. Biochem. 2010, 399, 182-189
39. Goldberg, J. M.; Batjargal, S.; Petersson, E. J. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 14718-14720
40. Reiner, A.; Henklein, P.; Kiefhaber, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 4955-4960
41. Urbanek, D. C.; Vorobyev, D. Y.; Serrano, A. L.; Gai, F.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. Lett. 2010, 1, 3311-3315
42. Chen, Y.; Rich, R. L.; Gai, F.; Petrich, J. W. J. Phys. Chem. 1993, 97, 1770-1780
43. Smirnov, A.; English, D.; Rich, R.; Lane, J.; Teyton, L.; Schwabacher, A.; Luo, S.; Thornburg, R.; Petrich, J. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 2758-2769
44. Serrano, A. L.; Troxler, T.; Tucker, M. J.; Gai, F. Chem. Phys. Lett. 2010, 487, 303-306
45. Tang, Y. F.; Rigotti, D. J.; Fairman, R.; Raleigh, D. P. Biochemistry 2004, 43, 3264-3272
46. Meng, W.; Shan, B.; Tang, Y.; Raleigh, D. P. Protein Sci. 2009, 18, 1692-1701
47. Fersht, A. R.; Requena, Y. J. Mol. Biol. 1971, 60, 279-290
48. Lu, H. P.; Xun, L. Y.; Xie, X. S. Science 1998, 282, 1877-1882
49. Michalet, X.; Weiss, S.; Jager, M. Chem. Rev. 2006, 106, 1785-1813
50. Rajan, A.; Freddolino, P. L.; Schulten, K. PLoS One 2010, 5, e9890
51. Xiao, S.; Raleigh, D. P. J. Mol. Biol. 2010, 401, 274-285
52. Förster, T. Discuss. Faraday Soc. 1959, 7-17
53. Lewis, F. D.; Holman, B. J. Phys. Chem. 1980, 84, 2326-2328
54. Albinsson, B.; Norden, B. J. Phys. Chem. 1992, 96, 6204-6212
55. Saladino, G.; Marenchino, M.; Gervasio, F. L. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2675-2680
56. Chung, J. K.; Thielges, M. C.; Fayer, M. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 3578-3583
57. Tucker, M. J.; Oyola, R.; Gai, F. Biopolymers 2006, 83, 571-576
58. Doering, D. S.; Matsudaira, P. Biochemistry 1996, 35, 12677-12685
59. McKnight, C. J.; Matsudaira, P. T.; Kim, P. S. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 180-184
60. Chiu, T. K.; Kubelka, J.; Herbst-Irmer, R.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J.; Davies, D. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 7517-7522
61. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38