Quantifying heterogeneity and conformational dynamics from single molecule FRET of diffusing molecules: Recurrence analysis of single particles (RASP)

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 13, Issue 5, 2011, Pages 1857-1871

  Hoffmann, Armin ^a,d   Nettels, Daniel ^a   Clark, Jennifer ^a,b   Borgia, Alessandro ^a,c   Radford, Sheena E ^b   Clarke, Jane ^c   Schuler, Benjamin ^a  

^a UNIVERSITY OF ZURICH   (Switzerland)

^b UNIVERSITY OF LEEDS   (United Kingdom)

^c UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

^d UNIVERSITY OF ALBERTA   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

STAPHYLOCOCCUS PROTEIN A;

ARTICLE; CHEMISTRY; CONFORMATION; DIFFUSION; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; KINETICS; METHODOLOGY; PROBABILITY; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE;

DIFFUSION; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; KINETICS; MOLECULAR CONFORMATION; PROBABILITY; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; STAPHYLOCOCCAL PROTEIN A;

EID: 78751678107     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c0cp01911a     Document Type: Article

References (47)

1. B. W. Van Der Meer, G. Coker III and S. Y. S. Chen, Resonance energy transfer: theory and data, VCH Publishers, Inc., New York, 1994
2. L. Stryer Annu. Rev. Biochem. 1978 47 819 846
3. X. Michalet S. Weiss M. Jäger Chem. Rev. 2006 106 1785 1813
4. G. Haran J. Phys.: Condens. Matter 2003 15 R1291 R1317
5. P. R. Selvin and T. Ha, Single-Molecule Techniques: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2008
6. B. Schuler W. A. Eaton Curr. Opin. Struct. Biol. 2008 18 16 26
7. E. Sisamakis A. Valeri S. Kalinin P. J. Rothwell C. A. M. Seidel Methods Enzymol. 2010 475 455 514
8. A. A. Deniz T. A. Laurence M. Dahan D. S. Chemla P. G. Schultz S. Weiss Annu. Rev. Phys. Chem. 2001 52 233 253
9. B. Schuler Methods Mol. Biol. 2007 350 115 138
10. R. Rigler and E. S. Elson, Flourescence Correlation Spectroscopy: Theory and Applications, Springer, Berlin, 2001
11. Z. Földes-Papp Exp. Mol. Pathol. 2007 82 147 155
12. G. Zumofen J. Hohlbein C. G. Hubner Phys. Rev. Lett. 2004 93 260601
13. J. B. Edel E. K. Hill A. J. de Mello Analyst 2001 126 1953 1957
14. B. Schuler E. A. Lipman W. A. Eaton Nature 2002 419 743 747
15. A. Hoffmann A. Kane D. Nettels D. E. Hertzog P. Baumgärtel J. Lengefeld G. Reichardt D. A. Horsley R. Seckler O. Bakajin B. Schuler Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 105 110
16. B. Schuler E. A. Lipman P. J. Steinbach M. Kumke W. A. Eaton Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 2754 2759
17. L. P. Watkins H. Y. Chang H. Yang J. Phys. Chem. A 2006 110 5191 5203
18. S. Doose H. Neuweiler H. Barsch M. Sauer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 17400 17405
19. R. Best K. Merchant I. V. Gopich B. Schuler A. Bax W. A. Eaton Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 18964 18969
20. I. V. Gopich A. Szabo J. Phys. Chem. B 2009 113 10965 10973
21. K. A. Merchant R. B. Best J. M. Louis I. V. Gopich W. A. Eaton Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 1528 1533
22. I. V. Gopich A. Szabo J. Chem. Phys. 2005 122 014707 18
23. I. V. Gopich A. Szabo J. Phys. Chem. B 2007 111 12925 12932
24. I. V. Gopich and A. Szabo, in Theory and Evaluation of Single-Molecule Signals, ed., E. Barkai,,, F. L. H. Brown,,, M. Orrit, and, H. Yang,, World Scientific Pub. Co., Singapore, 2009, pp. 1-64
25. E. Nir X. Michalet K. M. Hamadani T. A. Laurence D. Neuhauser Y. Kovchegov S. Weiss J. Phys. Chem. B 2006 110 22103 22124
26. M. Antonik S. Felekyan A. Gaiduk C. A. M. Seidel J. Phys. Chem. B 2006 110 6970 6978
27. J. Jeener B. H. Meier P. Bachmann R. R. Ernst J. Chem. Phys. 1979 71 4546 4553
28. I. Rasnik S. A. McKinney T. Ha Nat. Methods 2006 3 891 893
29. J. Vogelsang R. Kasper C. Steinhauer B. Person M. Heilemann M. Sauer P. Tinnefeld Angew. Chem., Int. Ed. 2008 47 5465 5469
30. H. S. Chung J. M. Louis W. A. Eaton Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 11837 11844
31. J. Rösgen B. M. Pettitt D. W. Bolen Biophys. J. 2005 89 2988 2997
32. Y. Chen J. D. Muller P. T. So E. Gratton Biophys. J. 1999 77 553 567
33. P. Kask K. Palo D. Ullmann K. Gall Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 13756 13761
34. K. A. Scott S. Batey K. A. Hooton J. Clarke J. Mol. Biol. 2004 344 195 205
35. B. G. Wensley S. Batey F. A. C. Bone Z. M. Chan N. R. Tumelty A. Steward L. G. Kwa A. Borgia J. Clarke Nature 2010 463 685 U122
36. J. K. Myers T. G. Oas Nat. Struct. Biol. 2001 8 552 558
37. G. Dimitriadis A. Drysdale J. K. Myers P. Arora S. E. Radford T. G. Oas D. A. Smith Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 3809 3814
38. T. Kiefhaber H. H. Kohler F. X. Schmid J. Mol. Biol. 1992 224 217 229
39. C. Eggeling S. Berger L. Brand J. R. Fries J. Schaffer A. Volkmer C. A. Seidel J. Biotechnol. 2001 86 163 180
40. E. A. Lipman B. Schuler O. Bakajin W. A. Eaton Science 2003 301 1233 1235
41. S. H. Pfeil C. E. Wickersham A. Hoffmann E. A. Lipman Rev. Sci. Instrum. 2009 80 055105
42. K. M. Hamadani S. Weiss Biophys. J. 2008 95 352 365
43. D. Nettels I. V. Gopich A. Hoffmann B. Schuler Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 2655 2660
44. I. V. Gopich D. Nettels B. Schuler A. Szabo J. Chem. Phys. 2009 131 095102
45. H. Neuweiler A. Schulz M. Bohmer J. Enderlein M. Sauer J. Am. Chem. Soc. 2003 125 5324 5330
46. J. Widengren A. Chmyrov C. Eggeling P. A. Lofdahl C. A. M. Seidel J. Phys. Chem. A 2007 111 429 440
47. H. Hofmann F. Hillger S. H. Pfeil A. Hoffmann D. Streich D. Haenni D. Nettels E. A. Lipman B. Schuler Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 11793 11798