Structure-and ligand-based drug design approaches for neglected tropical diseases

Pure and Applied Chemistry

Volumn 84, Issue 9, 2012, Pages 1857-1966

  Guido, Rafael V C ^a   Oliva, Glaucius ^a   Andricopulo, Adriano D ^a  

^a UNIVERSITY OF SÃO PAULO   (Brazil)

Author keywords

Biological activity; Computer aided molecular design; Drug discovery; Enzyme inhibitors; Enzymes; Ligand based drug design; Medicinal chemistry; Neglected tropical diseases; Structure activity relationships; Structure based drug design

Indexed keywords

COMPUTER AIDED MOLECULAR DESIGN; DRUG DESIGN; DRUG DISCOVERY; ENZYME INHIBITORS; MEDICINAL CHEMISTRY; STRUCTURE ACTIVITY RELATIONSHIPS; STRUCTURE-BASED DRUG DESIGN; TROPICAL DISEASE;

BIOACTIVITY; ENZYMES; LIGANDS; TROPICS;

DESIGN;

EID: 84865370542     PISSN: 00334545     EISSN: 13653075     Source Type: Journal    
DOI: 10.1351/PAC-CON-11-11-07     Document Type: Article

References (55)

1. P. G. Ruminski. Future Med. Chem. 3, 1253 (2011).
2. R. S. Ferreira, R. V. C. Guido, A. D. Andricopulo, G. Oliva. Expert Opin. Drug Discov. 6, 481 (2011).
3. E. Chatelain, J. R. Ioset. Drug Discov. Dev. Ther. 5, 175 (2011).
4. J. Cohen, M. S. Dibner, A. Wilson. PLoS One 5, e10610 (2010).
5. P. H. Jakobsen, M. W. Wang, S. Nwaka. PLoS Negl. Trop. Dis. 5, e1221 (2011).
6. S. Nwaka, B. Ramirez, R. Brun, L. Maes, F. Douglas, R. Ridley. PLoS Negl. Trop. Dis. 3, e440 (2009).
7. L. D. Chiaradia, P. G. A. Martins, M. N. S. Cordeiro, R. V. C. Guido, G. Ecco, A. D. Andricopulo, R. A. Yunes, J. Vernal, R. J. Nunes, H. Terenzi. J. Med. Chem. 55, 390 (2012).
8. A. D. Andricopulo, R. A. Yunes, R. J. Nunes, A. O. S. Savi, R. Correa, A. B. Cruz, V. Cechinel. Quim. Nova 21, 573 (1998).
9. R. V. C. Guido, G. Oliva, A. D. Andricopulo. Comb. Chem. High Throughput Screening 14, 830 (2011).
10. L. Tan, J. Batista, J. Bajorath. Chem. Biol. Drug Des. 76, 191 (2010).
11. T. T. Talele, S. A. Khedkar, A. C. Rigby. Curr. Top. Med. Chem. 10, 127 (2010).
12. R. V. C. Guido, G. Oliva. Curr. Top. Med. Chem. 9, 824 (2009).
13. P. J. Hajduk, J. Greer. Nat. Rev. Drug Discov. 6, 211 (2007).
14. L. B. Salum, A. D. Andricopulo. Mol. Divers. 13, 277 (2009).
15. V. Olin-Sandoval, R. Moreno-Sanchez, E. Saavedra. Curr. Drug Targets 11, 1614 (2010).
16. R. L. Krauth-Siegel, H. Bauer, H. Schirmer. Angew. Chem., Int. Ed. 44, 690 (2005).
17. R. L. Krauth-Siegel, O. Inhoff. Parasitol. Res. 90, S77 (2003).
18. S. Patterson, D. C. Jones, E. J. Shanks, J. A. Frearson, I. H. Gilbert, P. G. Wyatt, A. H. Fairlamb. ChemMedChem 4, 1341 (2009).
19. C. Eberle, B. S. Lauber, D. Fankhauser, M. Kaiser, R. Brun, R. L. Krauth-Siegel, F. Diederich. ChemMedChem 6, 292 (2011).
20. H. M. Berman, J. Westbrook, Z. Feng, G. Gilliland, T. N. Bhat, H. Weissig, I. N. Shindyalov, P. E. Bourne. Nucleic Acids Res. 28, 235 (2000).
21. M. Bredel, E. Jacoby. Nat. Rev. Genet. 5, 262 (2004).
22. C. J. Harris, A. P. Stevens. Drug Discov. Today 11, 880 (2006).
23. Y. L. Yang, S. J. Adelstein, A. I. Kassis. Drug Discov. Today 14, 147 (2009).
24. J. H. McKerrow, P. J. Rosenthal, R. Swenerton, P. Doyle. Curr. Opin. Infect. Dis. 21, 668 (2008).
25. J. H. McKerrow, C. Caffrey, B. Kelly, P. Loke, M. Sajid. Annu. Rev. Pathol. 1, 497 (2006).
26. L. H. Miller, D. I. Baruch, K. Marsh, O. K. Doumbo. Nature 415, 673 (2002).
27. C. Teixeira, J. R. B. Gomes, P. Gomes. Curr. Med. Chem. 18, 1555 (2011).
28. J. H. McKerrow, J. C. Engel, C. R. Caffrey. Bioorg. Med. Chem. 7, 639 (1999).
29. V. Ehmke, C. Heindl, M. Rottmann, C. Freymond, W. B. Schweizer, R. Brun, A. Stich, T. Schirmeister, F. Diederich. ChemMedChem 6, 273 (2011).
30. K. Brak, P. S. Doyle, J. H. McKerrow, J. A. Ellman. J. Am. Chem. Soc. 130, 6404 (2008).
31. B. T. Mott, R. S. Ferreira, A. Simeonov, A. Jadhav, K. K. H. Ang, W. Leister, M. Shen, J. T. Silveira, P. S. Doyle, M. R. Arkin, J. H. McKerrow, J. Inglese, C. P. Austin, C. J. Thomas, B. K. Shoichet, D. J. Maloney. J. Med. Chem. 53, 52 (2010).
32. R. V. C. Guido, G. H. Trossini, M. S. Castilho, G. Oliva, E. I. Ferreira, A. D. Andricopulo. J. Enzyme Inhib. Med. Chem. 23, 964 (2008).
33. K. M. Honorio, R. C. Garratt, I. Polikarpov, A. D. Andricopulo. J. Mol. Graphics Model. 25, 921 (2007).
34. R. V. C. Guido, M. S. Castilho, S. G. R. Mota, G. Oliva, A. D. Andricopulo. QSAR Comb. Sci. 27, 768 (2008).
35. C. L. Cardoso, V. V. Lima, A. Zottis, G. Oliva, A. D. Andricopulo, I. W. Wainer, R. Moaddel, Q. B. Cass. J. Chromatogr., A 1120, 151 (2006).
36. R. V. C. Guido, C. L. Cardoso, M. C. de Moraes, A. D. Andricopulo, Q. B. Cass, G. Oliva. J. Braz. Chem. Soc. 21, 1845 (2010).
37. K. N. de Oliveira, L. D. Chiaradia, P. G. A. Martins, A. Mascarello, M. N. S. Cordeiro, R. V. C. Guido, A. D. Andricopulo, R. A. Yunes, R. J. Nunes, J. Vernal, H. Terenzi. Med. Chem. Comm. 2, 500 (2011).
38. A. Mascarello, L. D. Chiaradia, J. Vernal, A. Villarino, R. V. Guido, P. Perizzolo, V. Poirier, D. Wong, P. G. Martins, R. J. Nunes, R. A. Yunes, A. D. Andricopulo, Y. Av-Gay, H. Terenzi. Bioorg. Med. Chem. 18, 3783 (2010).
39. R. D. Cramer, D. E. Patterson, J. D. Bunce. J. Am. Chem. Soc. 110, 5959 (1988).
40. R. D. Cramer 3rd D. E. Patterson, J. D. Bunce. Prog. Clin. Biol. Res. 291, 161 (1989).
41. G. Klebe, U. Abraham, T. Mietzner. J. Med. Chem. 37, 4130 (1994).
42. G. Klebe, U. Abraham. J. Comput.-Aided Mol. Des. 13, 1 (1999).
43. I. Garcia, Y. Fall, G. Gomez. Curr. Pharm. Des. 16, 2666 (2010).
44. I. Garcia, Y. Fall, G. Gomez. Curr. Bioinf. 6, 215 (2011).
45. K. K. Roy, S. S. Bhunia, A. K. Saxena. Chem. Biol. Drug Des. 78, 483 (2011).
46. A. H. Xie, S. Odde, S. Prasanna, R. J. Doerksen. J. Comput.-Aided Mol. Des. 23, 431 (2009).
47. R. V. C. Guido, G. Oliva, C. A. Montanari, A. D. Andricopulo. J. Chem. Inf. Model. 48, 918 (2008).
48. G. H. Trossini, R. V. Guido, G. Oliva, E. I. Ferreira, A. D. Andricopulo. J. Mol. Graph. Model. 28, 3 (2009).
49. P. B. McKay, M. B. Peters, G. Carta, C. T. Flood, E. Dempsey, A. Bell, C. Berry, D. G. Lloyd, D. Fayne. Bioorg. Med. Chem. Lett. 21, 3335 (2011).
50. G. F. Ruda, G. Campbell, V. P. Alibu, M. P. Barrett, R. Brenk, I. H. Gilbert. Bioorg. Med. Chem. 18, 5056 (2010).
51. M. Jacobsson, M. Garedal, J. Schultz, A. Karlen. J. Med. Chem. 51, 2777 (2008).
52. P. V. Desai, A. Patny, J. Gut, P. J. Rosenthal, B. Tekwani, A. Srivastava, M. Avery. J. Med. Chem. 49, 1576 (2006).
53. M. S. Castilho, M. P. Postigo, H. M. Pereira, G. Oliva, A. D. Andricopulo. Bioorg. Med. Chem. 18, 1421 (2010).
54. M. P. Postigo, R. Krogh, M. F. Terni, H. M. Pereira, G. Oliva, M. S. Castilho, A. D. Andricopulo. J. Braz. Chem. Soc. 22, 583 (2011).
55. M. P. Postigo, R. V. Guido, G. Oliva, M. S. Castilho, R. P. I. da, J. F. de Albuquerque, A. D. Andricopulo. J. Chem. Inf. Model. 50, 1693 (2010).