Templated synthesis of nylon nucleic acids and characterization by nuclease digestion

Chemical Science

Volumn 3, Issue 6, 2012, Pages 1930-1937

  Liu, Yu ^a,b   Wang, Risheng ^a   Ding, Liang ^a   Sha, Roujie ^a   Seeman, Nadrian C ^a   Canary, James W ^a  

^a NEW YORK UNIVERSITY   (United States)

^b NORTHERN MICHIGAN UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDE LINKAGES; BACTERIAL ALKALINE PHOSPHATASE; BINDING AFFINITIES; DEPHOSPHORYLATIONS; DIGESTION PROCEDURE; DNA-TEMPLATED SYNTHESIS; INVERSE DEPENDENCE; LC-MS ANALYSIS; LINEAR STRUCTURES; MODIFIED NUCLEOTIDES; NEW SPECIES; NUCLEASE DIGESTION; NUCLEOTIDE FRAGMENT; OCTAMERS; PHOSPHODIESTERASES; RIBONUCLEOSIDES; SALT CONCENTRATION; SNAKE VENOM PHOSPHODIESTERASE; TARGET STRUCTURE; TEMPLATED SYNTHESIS; TEMPLATION;

AMIDES; BINDING ENERGY; CARBOXYLATION; DEGRADATION; DNA; DNA SEQUENCES; ESTERS; NUCLEOTIDES; PHOSPHATASES; POLYAMIDES; SYNTHESIS (CHEMICAL);

RAYON;

EID: 84864212668     PISSN: 20416520     EISSN: 20416539     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2sc20129a     Document Type: Article

References (76)

1. N. C. Seeman Nature 2003 421 427 431
2. A. V. Pinheiro D. Han W. M. Shih H. Yan Nat. Nanotechnol. 2011 6 763 772
3. E. Katz I. Willner Angew. Chem., Int. Ed. 2004 43 6042 6108
4. Y. Z. An C. H. B. Chen J. L. Anderson D. S. Sigman C. S. Foote Y. Rubin Tetrahedron 1996 52 5179 5189
5. M. Bergamin T. Da Ros G. Spalluto A. Boutorine M. Prato Chem. Commun. 2001 17 18
6. J. Zheng P. E. Constantinou C. Micheel A. P. Alivisatos R. A. Kiehl N. C. Seeman Nano Lett. 2006 6 1502 1504
7. A. Merkoci M. Aldavert S. Marin S. Alegret TrAC, Trends Anal. Chem. 2005 24 341 349
8. K. Sato K. Hosokawa M. Maeda Anal. Sci. 2007 23 17 20
9. C. Ignác Adv. Colloid Interface Sci. 2011 163 123 143
10. S. N. Li P. G. He J. H. Dong Z. X. Guo L. M. Dai J. Am. Chem. Soc. 2005 127 14 15
11. H. J. Xin A. T. Woolley Nanotechnology 2005 16 2238 2241
12. E. Katz I. Willner ChemPhysChem 2004 5 1085 1104
13. G. Zuccheri M. Brucale B. Samori Small 2005 1 590 592
14. E. Braun Y. Eichen U. Sivan G. Ben-Yoseph Nature 1998 391 775 778
15. J. Richter M. Mertig W. Pompe I. Monch H. K. Schackert Appl. Phys. Lett. 2001 78 536 538
16. C. F. Monson A. T. Woolley Nano Lett. 2003 3 359 363
17. G. A. Burley J. Gierlich M. R. Mofid H. Nir S. Tal Y. Eichen T. Carell J. Am. Chem. Soc. 2006 128 1398 1399
18. K. Keren R. S. Berman E. Buchstab U. Sivan E. Braun Science 2003 302 1380 1382
19. J. Li H. T. Ng A. Cassell W. Fan H. Chen Q. Ye J. Koehne J. Han M. Meyyappan Nano Lett. 2003 3 597 602
20. P. G. He L. M. Dai Chem. Commun. 2004 348 349
21. C. Staii A. T. Johnson Nano Lett. 2005 5 1774 1778
22. C. Briones J. A. Martin-Gago Curr. Nanosci. 2006 2 257 273
23. C. D. Mao W. Q. Sun Z. Y. Shen N. C. Seeman Nature 1999 397 144 146
24. J. Fritz M. K. Baller H. P. Lang H. Rothuizen P. Vettiger E. Meyer H. J. Guntherodt C. Gerber J. K. Gimzewski Science 2000 288 316 318
25. N. C. Seeman Trends Biochem. Sci. 2005 30 119 125
26. J. Bath A. J. Turberfield Nat. Nanotechnol. 2007 2 275 284
27. H. Liu D. Liu Chem. Commun. 2009 2625 2636
28. X. Li D. R. Liu Angew. Chem., Int. Ed. 2004 43 4848 4870
29. S. Park and H. Sugiyama, Angew. Chem., Int. Ed., 49, pp. 3870-3878
30. T. N. Grossmann A. Strohbach O. Seitz ChemBioChem 2008 9 2185 2192
31. F. E. Alemdaroglu K. Ding R. Berger A. Herrmann Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 4206 4210
32. B. Datta G. B. Schuster A. McCook S. C. Harvey K. Zakrzewska J. Am. Chem. Soc. 2006 128 14428 14429
33. B. Datta G. B. Schuster J. Am. Chem. Soc. 2008 130 2965 2973
34. R. E. Kleiner Y. Brudno M. E. Birnbaum D. R. Liu J. Am. Chem. Soc. 2008 130 4646 4659
35. Y. Liu R. Sha R. Wang L. Ding J. W. Canary N. C. Seeman Tetrahedron 2008 64 8417 8422
36. Y. Liu A. Kuzuya R. Sha J. Guillaume R. Wang J. W. Canary N. C. Seeman J. Am. Chem. Soc. 2008 130 10882 10883
37. L. Zhu P. S. Lukeman J. W. Canary N. C. Seeman J. Am. Chem. Soc. 2003 125 10178 10179
38. L. Zhu O. dos Santos N. C. Seeman J. W. Canary Nucleosides, Nucleotides Nucleic Acids 2002 21 723 735
39. Y. Liu R. S. Wang L. Ding R. J. Sha P. S. Lukeman J. W. Canary N. C. Seeman ChemBioChem 2008 9 1641 1648
40. P. J. Hagerman Biopolymers 1985 24 1881 1897
41. F. Liu H. Wang N. C. Seeman Nanobiology 1999 4 257 262
42. P. A. Limbach Mass Spectrom. Rev. 1996 15 297 336
43. I. P. Smirnov M. T. Roskey P. Juhasz E. J. Takach S. A. Martin L. A. Haff Anal. Biochem. 1996 238 19 25
44. N. Tretyakova B. Matter A. Ogdie J. S. Wishnok S. R. Tannenbaum Chem. Res. Toxicol. 2001 14 1058 1070
45. W. P. Bartolini C. M. Bentzley M. V. Johnston B. S. Larsen J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1999 10 521 528
46. J. M. Asara J. S. Hess E. Lozada K. R. Dunbar J. Allison J. Am. Chem. Soc. 2000 122 8 13
47. J. H. Banoub R. P. Newton E. Esmans D. F. Ewing G. Mackenzie Chem. Rev. 2005 105 1869 1915
48. O. J. Schmitz Anal. Bioanal. Chem. 2006 384 34 36
49. C. L. Andrews P. Vouros A. Harsch J. Chromatogr., A 1999 856 515 526
50. R. Singh P. B. Farmer Carcinogenesis 2006 27 178 196
51. K. P. Roberts J. A. Sobrino J. Payton L. B. Mason R. J. Turesky Chem. Res. Toxicol. 2006 19 300 309
52. H. C. Box H. B. Patrzyc J. B. Dawidzik H. Iijima H. G. Freund A. J. Higbee E. E. Budzinski Radiat. Res. 2002 158 538 542
53. J. A. Kowalak E. Bruenger P. F. Crain J. A. McCloskey J. Biol. Chem. 2000 275 24484 24489
54. J. A. McCloskey D. E. Graham S. L. Zhou P. F. Crain M. Ibba J. Konisky D. Soll G. J. Olsen Nucleic Acids Res. 2001 29 4699 4706
55. C. G. Barry H. Baruah U. Bierbach J. Am. Chem. Soc. 2003 125 9629 9637
56. U. Pieles W. Zurcher M. Schar H. E. Moser Nucleic Acids Res. 1993 21 3191 3196
57. J. S. Eadie L. J. McBride J. W. Efcavitch L. B. Hoff R. Cathcart Anal. Biochem. 1987 165 442
58. A. Andrus R. G. Kuimelis Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry 2000
59. T. Wada N. Minaminoto Y. Inaki Y. Inoue J. Am. Chem. Soc. 2000 122 6900 6910
60. N. Sawa T. Wada Y. Inoue Tetrahedron 2010 66 344 349
61. P. E. Nielsen M. Egholm R. H. Berg O. Buchardt Science 1991 254 1497 1500
62. P. E. Nielsen Acc. Chem. Res. 1999 32 624 630
63. P. E. Nielsen Chem. Biodiversity 2010 7 786 804
64. J. Brahms Michelso.Am K. E. Vanholde J. Mol. Biol. 1966 15 467 488
65. R. Naylor P. T. Gilham Biochemistry 1966 5 2722 2728
66. P. D. Ross F. B. Howard Biopolymers 2003 68 210 222
67. F. B. Howard Biopolymers 2005 78 221 229
68. V. A. Bloomfield, D. M. Crothers, I. Tinoco Jr, Nucleic Acids Structures, Properties, and Functions, University Science Book, Sausalito, CA, pp. 475-534, 2000
69. A. Sen P. E. Nielsen Biophys. J. 2006 90 1329 1337
70. J. C. Leitzel D. G. Lynn Chem. Rec. 2001 1 53 62
71. S. A. Noble M. A. Bonham J. E. Bisi D. A. Bruckenstein P. H. Brown S. C. Brown R. Cadilla M. D. Gaul J. C. Hanvey C. F. Hassman J. A. Josey M. J. Luzzio P. M. Myers A. J. Pipe D. J. Ricca C. W. Su C. L. Stevenson S. A. Thomson R. W. Wiethe L. E. Babiss Drug Dev. Res. 1995 34 184 195
72. K. E. Lundin L. Good R. Stromberg A. Graslund C. I. E. Smith Adv. Genet. 2006 56 1 51
73. K. Lund B. Williams Y. G. Ke Y. Liu H. Yan Curr. Nanosci. 2006 2 113 122
74. N. C. Seeman Method. Mol. Biol. 2005 303 143 166
75. N. C. Seeman P. S. Lukeman Rep. Prog. Phys. 2005 68 237 270
76. U. Feldkamp C. M. Niemeyer Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 1856 1876