Ligand selection from the analysis of protein conformational substates: New leads targeting the N-terminal domain of Hsp90

RSC Advances

Volumn 2, Issue 10, 2012, Pages 4268-4282

  Genoni, Alessandro ^a,b   Pennati, Marzia ^c   Morra, Giulia ^a   Zaffaroni, Nadia ^c   Colombo, Giorgio ^a  

^a CNR   (Italy)

^b Lorraine University   (France)

^c NATIONAL CANCER INSTITUTE   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ATOMISTIC ANALYSIS; CANCER CELLS; CONFORMATIONAL DYNAMICS; CONFORMATIONAL SUBSTATES; DRUG DISCOVERY; DYNAMIC PROPERTY; EXPERIMENTAL MODELS; EXPERIMENTAL VALIDATIONS; HOTSPOTS; MOLECULAR CHAPERONES; N-TERMINAL DOMAINS; N-TERMINALS; NATURAL LIGANDS; PHARMACOPHORE MODELS; PHARMACOPHORES; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FLEXIBILITY; PROTEIN MOTION; SELECTION PROCESS; SMALL MOLECULES; STRUCTURAL CLUSTERING;

CONFORMATIONS; LIGANDS; MOLECULES; PHARMACODYNAMICS;

PROTEINS;

EID: 84863004857     PISSN: None     EISSN: 20462069     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2ra00911k     Document Type: Article

References (38)

1. H. A. Carlson K. M. Masukawa J. A. McCammon J. Phys. Chem. A 1999 103 10213
2. H. A. Carlson K. M. Masukawa K. Rubins F. D. Bushman W. L. Jorgensen R. D. Lins J. M. Briggs J. A. McCammon J. Med. Chem. 2000 43 2100
3. H. A. Carlson Curr. Opin. Chem. Biol. 2002 6 447
4. K. L. Meagher H. A. Carlson J. Am. Chem. Soc. 2004 126 13276
5. K. L. Damn H. A. Carlson J. Am. Chem. Soc. 2007 129 8225
6. A. L. Bowman Z. Nikolovska-Coleska H. Zhong S. Wang H. A. Carlson J. Am. Chem. Soc. 2007 129 12809
7. M. G. Lerner A. L. Bowman H. A. Carlson J. Chem. Inf. Model. 2007 47 2358
8. P. Workman Curr. Cancer Drug Targets 2003 3 297
9. M. M. U. Ali S. M. Roe C. K. Vaughan P. Meyer B. Panaretou P. W. Piper C. Prodromou L. H. Pearl Nature 2006 440 1013
10. S. Frey A. Leskovar J. Reinstein K. Buchner J. Biol. Chem. 2007 282 35612
11. M. Mickler M. Hessling C. Ratzke J. Buchner T. Hugel Nat. Struct. Mol. Biol. 2009 16 281
12. J. Trepel M. Mollapour G. Giaccone L. Neckers Nat. Rev. Cancer 2010 10 537
13. C. A. Lipinski F. Lombardo B. W. Dominy P. J. Feeney Adv. Drug Delivery Rev. 2001 46 3
14. G. Morra M. A. C. Neves C. J. Plescia S. Tsustsumi L. Neckers G. Verkhivker D. C. Altieri G. Colombo J. Chem. Theory Comput. 2010 6 2978
15. D. Van der Spoel E. Lindahl B. Hess G. Groenhof A. E. Mark H. J. C. Berendsen J. Comput. Chem. 2005 26 1701
16. W. R. P. Scott P. H. Hunenberger I. G. Tironi A. E. Mark S. R. Billeter J. Fennen A. E. Torda T. Huber P. Kruger W. F. van Gunsteren J. Phys. Chem. A 1999 103 3596
17. H. J. C. Berendsen J. R. Grigera P. R. Straatsma J. Phys. Chem. 1987 91 6269
18. T. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 1993 98 10089
19. U. Essmann L. Perera M. L. Berkowitz T. Darden H. Lee L. G. Pedersen J. Chem. Phys. 1995 103 8577
20. B. Hess H. Bekker H. J. C. Berendsen J. G. E. M. Fraaije J. Comput. Chem. 1997 18 1463
21. S. Miyamoto P. A. Kollman J. Comput. Chem. 1992 13 952
22. H. J. C. Berendsen J. P. M. Postma W. F. van Gunsteren A. Di Nola J. R. Haak J. Chem. Phys. 1984 81 3684
23. F. Pontiggia A. Zen C. Micheletti Biophys. J. 2008 95 5901
24. L. Kaufman, P. J. Rousseuw, in Finding Groups in Data: An Introduction to Cluster Analysis, Wiley, New York, 2005
25. P. Skehan R. Storeng D. Scudiero A. Monks J. McMahon D. Vistica J. T. Warren H. Bokesch S. Kenney M. R. Boyd J. Natl. Cancer Inst. 1990 82 1107
26. G. M. Morris R. Huey W. Lindstrom M. F. Sanner R. K. Belew D. S. Goodsell A. J. Olson J. Comput. Chem. 2009 30 2785
27. C. E. Stebbins A. A. Russo C. Schneider N. Rosen F. U. Hartl N. P. Pavletich Cell 1997 89 239
28. S. M. Roe C. Prodromou R. O'Brien J. E. Ladbury P. W. Piper L. H. Pearl J. Med. Chem. 1999 42 260
29. R. M. Immormino Y. Kang G. Chiosis D. T. Gewirth J. Med. Chem. 2006 49 4953
30. T. E. Barta J. M. Veal J. W. Rice J. M. Partridge R. P. Fadden W. Ma M. Jenks L. Geng G. J. Hanson K. H. Huang A. F. Barabasz B. E. Foley J. Otto S. E. Hall Bioorg. Med. Chem. Lett. 2008 18 3517
31. A. K. Ghose V. N. Viswanadhan J. J. Wendoloski J. Comb. Chem. 1999 1 55
32. M. Taipale D. F. Jarosz S. Lindquist Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2010 11 515
33. P. Fortugno E. Beltrami J. Plescia J. Fontana D. Pradhan P. C. Marchisio W. C. Sessa D. C. Altieri Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 13791
34. M. Meli M. Pennati M. Curto M. G. Daidone J. Plescia S. Toba D. C. Altieri N. Zaffaroni G. Colombo J. Med. Chem. 2006 49 7721
35. A. Kamal L. Thao J. Sensintaffar L. Zhang M. F. Boehm L. C. Fritz F. J. Burrows Nature 2003 425 407
36. D. E. Shaw P. Maragakis K. Lindorff-Larsen S. Piana R. O. Dror M. P. Eastwood J. A. Bank J. M. Jumper J. K. Salmon Y. B. Shan W. Wiggers Science 2010 330 341
37. Y. B. Shan E. T. Kim M. P. Eastwood R. O. Dror M. A. Seeliger D. E. Shaw J. Am. Chem. Soc. 2011 133 9181
38. R. O. Dror A. C. Pan D. H. Arlow D.W. Borhami P. Maragakis Y. B. Shan H. Xu D. E. Shaw Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 13118