Dynamics-based discovery of allosteric inhibitors: Selection of new ligands for the C-terminal domain of Hsp90

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 6, Issue 9, 2010, Pages 2978-2989

  Morra, Giulia ^a   Neves, Marco A C ^a   Plescia, Christopher J ^b   Tsustsumi, Shinji ^c   Neckers, Len ^c   Verkhivker, Gennady ^d   Altieri, Dario C ^b   Colombo, Giorgio ^a  

^a CNR   (Italy)

^b UNIVERSITY OF MASSACHUSETTS MEDICAL SCHOOL   (United States)

^c NATIONAL CANCER INSTITUTE   (United States)

^d UNIVERSITY OF KANSAS   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 77956566842     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct100334n     Document Type: Article

References (45)

1. Henzler-Wildman, K.; Kern, D. Nature 2007, 450, 964-972
2. Smock, R. G.; Gierasch, L. M. Science 2009, 324, 198-203
3. Schrank, T. P.; Bolen, D. W.; Hilser, V. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 16984-16989
4. Hilser, V. J. Science 2010, 327, 653-654
5. Boehr, D. D.; Nussinov, R.; Wright, P. E. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 789-796
6. del Sol, A.; Tsai, C.-J.; Ma, B.; Nussinov, R. Structure 2009, 17, 1042-1050
7. Hardy, J. A.; Wells, J. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 706-715
8. Wells, J. A.; McCLendon, C. L. Nature 2007, 450, 1001-1009
9. Morra, G.; Verkhivker, G. M.; Colombo, G. PLoS Comput. Biol. 2009, 5 e1000323
10. Ali, M. M. U.; Roe, S. M.; Vaughan, C. K.; Meyer, P.; Panaretou, B.; Piper, P. W.; Prodromou, C.; Pearl, L. H. Nature 2006, 440, 1013-1017
11. Shiau, A. K.; Harris, S. F.; Southworth, D. R.; Agard, D. A. Cell 2006, 127, 329-340
12. Dollins, D. E.; Warren, J. J.; Immormino, R. M.; Gewirth, D. T. Mol. Cell 2007, 28, 41-56
13. Pearl, L. H.; Prodromou, C.; Workman, P. Biochem. J. 2008, 410, 439-453
14. Zuehlke, A.; Johnson, J. L. Biopolymers 2010, 93, 211-217
15. Biamonte, M. A.; Van de Water, R.; Arndt, J. W.; Scannevin, R. H.; Perret, D.; Lee, W. C. J. Med. Chem. 2010, 53, 3-17
16. Van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701-1718
17. Scott, W. R. P.; Hunenberger, P. H.; Tironi, I. G.; Mark, A. E.; Billeter, S. R.; Fennen, J.; Torda, A. E.; Huber, T.; Kruger, P.; Gunsteren, W. F. V. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 3596-3607
18. Berendsen, H. J. C.; Grigera, J. R.; Straatsma, P. R. J. Phys. Chem. 1987, 91, 6269-6271
19. Hess, B.; Bekker, H.; Fraaije, J. G. E. M.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472
20. Miyamoto, S.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 952-962
21. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Di Nola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
22. Daura, X.; Jaun, B.; Seebach, D.; Gunsteren, W. F. v.; Mark, A. E. J. Mol. Biol. 1998, 280, 925-932
23. Chennubhotla, C.; Bahar, I. PLoS Comput. Biol. 2007, 3, 1716-1726
24. Goodford, P. J. J. Med. Chem. 1985, 28, 849-857
25. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K.. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38
26. Abagyan, R. A.; Totrov, M. M.; Kuznetsov, D. A. J. Comput. Chem. 1994, 15, 488-506
27. Irwin, J. J.; Shoichet, B. K. J. Chem. Inf. Model. 2005, 45, 177-182
28. MacroModel, version 8.1; Schrodinger: New York, NY, 2008.
29. Mohamadi, F.; Richards, N. G. J.; Guida, W. C.; Liskamp, R.; Lipton, M.; Caufield, C.; Chang, G.; Hendrickson, T.; Still, W. C. J. Comput. Chem. 1990, 11, 440-467
30. Halgren, T. A. J. Comput. Chem. 1996, 490-519
31. Still, W. C.; Tempczyk, A.; Hawley, R. C.; Hendrickson, T. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6127-6129
32. Gasteiger, J.; Marsili, M. Tetrahedron 1980, 3219-3228
33. Morris, G. M.; Goodsell, D. S.; Halliday, R. S.; Huey, R.; Hart, W. E.; Belew, R. K.; Olson, A. J. J. Comput. Chem. 1998, 19, 1639-1662
34. Tsutsumi, S.; Mollapour, M.; Graf, C.; Lee, C. T.; Scroggins, B. T.; Xu, W. P.; Haslerova, L.; Hessling, M.; Konstantinova, A. A.; Trepel, J. B.; Panaretou, B.; Buchner, J.; Mayer, M. P.; Prodromou, C.; Neckers, L. Nat. Struct. Mol. Biol. 2009, 16, 1141-1147
35. Neves, M. A. C.; Dinis, T. C. P.; Colombo, G.; Melo, M. L. S. J. Med. Chem. 2009, 52, 143-150
36. Le Bras, G.; Radanyi, C.; Peyrat, J. F.; Brion, J. D.; Alami, M.; Marsaud, V.; Stella, B.; Renoir, J. M. J. Med. Chem. 2007, 50, 6189-6200
37. Yu, X. M.; Shen, G.; Neckers, L.; Blake, H.; Holzbeierlein, J.; Cronk, B.; Blagg, B. S. J. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 12778-12779
38. Hardy, J. A.; Wells, J. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 706-715
39. Swain, J. F.; Gierasch, L. M. Curr. Opin. Struct. Biol. 2006, 16, 102-108
40. Zorn, J. A.; Wells, J. A. Nat. Chem. Biol. 2010, 6, 179-188
41. Suel, G. M.; Lockless, S. W.; Wall, M. A.; Ranganathan, R. Nat. Struct. Biol. 2003, 10, 59-69
42. Lee, J.; Natarajan, M.; Nashine, V. C.; Socolich, M.; Vo, T.; Russ, W. P.; Benkovic, S. J.; Ranganathan, R. Science 2008, 322, 438-441
43. Swain, J. F.; Dinler, G.; Sivendran, R.; Montgomery, D. L.; Stotz, M.; Gierasch, L. M. Mol. Cell 2007, 26, 27-39
44. Peng, J. W. Structure 2009, 17, 310-320
45. Zuehlke, A.; Johnson, J. L. Biopolymers 2010, 93, 211-217