Template induced conformational change of amyloid-β monomer

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 25, 2012, Pages 7398-7405

  Xi, Wenhui ^a   Li, Wenfei ^a   Wang, Wei ^a  

^a NANJING UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; GLYCOPROTEINS; PEPTIDES;

ALANINE PEPTIDE; CONFORMATIONAL CHANGE; CONFORMATIONAL DISTRIBUTION; HELICAL STRUCTURES; KEY FEATURE; REPLICA EXCHANGE MOLECULAR DYNAMICS; TEMPLATE EFFECTS;

CONFORMATIONS;

EID: 84862977174     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp300389g     Document Type: Article

References (67)

1. Selkoe, D. J. Physiol. Rev. 2001, 81, 741-766
2. Finder, V. H.; Glockshuber, R. Neurodegener. Dis. 2007, 4, 13-27
3. Blennow, K.; de Leon, M. J.; Zetterberg, H. Lancet 2006, 368, 387-403
4. Rauk, A. Chem. Soc. Rev. 2009, 38, 2698-2715
5. Chiti, F.; Dobson, C. M. Annu. Rev. Biochem. 2006, 75, 333-366
6. Hardy, J.; Selkoe, D. J. Science 2002, 297, 353-356
7. LaFerla, F. M.; Green, K. N.; Oddo, S. Nat. Rev. Neurosci. 2007, 8, 499-509
8. Luhrs, T.; Ritter, C.; Adrian, M.; Riek-Loher, D.; Bohrmann, B.; Doeli, H.; Schubert, D.; Riek, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 17342-17347
9. Petkova, A. T.; Yau, W.-M.; Tycko, R. Biochemistry 2005, 45, 498-512
10. Tycko, R. Annu. Rev. Phys. Chem. 2011, 62, 279-299
11. Tycko, R. Q. Rev. Biophys. 2006, 39, 1-55
12. Straub, J. E.; Thirumalai, D. Annu. Rev. Phys. Chem. 2011, 62, 437-463
13. Li, W. F.; Zhang, J.; Su, Y.; Wang, J.; Qin, M.; Wang, W. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 13814-13821
14. Esler, W. P.; Stimson, E. R.; Ghilardi, J. R.; Vinters, H. V.; Lee, J. P.; Mantyh, P. W.; Maggio, J. E. Biochemistry 1996, 35, 749-757
15. Esler, W. P.; Stimson, E. R.; Jennings, J. M.; Vinters, H. V.; Ghilardi, J. R.; Lee, J. P.; Mantyh, P. W.; Maggio, J. E. Biochemistry 2000, 39, 6288-6295
16. Ban, T.; Yamaguchi, K.; Goto, Y. Acc. Chem. Res. 2006, 39, 663-670
17. Harper, J. D.; Lieber, C. M.; Lansbury, P. T. Chem. Biol. 1997, 4, 951-959
18. Petkova, A. T.; Leapman, R. D.; Guo, Z. H.; Yau, W. M.; Mattson, M. P.; Tycko, R. Science 2005, 307, 262-265
19. Bellesia, G.; Shea, J. E. J. Chem. Phys. 2009, 130, 145103
20. Ma, K.; Clancy, E. L.; Zhang, Y. B.; Ray, D. G.; Wollenberg, K.; Zagorski, M. G. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8698-8706
21. Khandogin, J.; Brooks, C. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 16880-16885
22. Kusumoto, Y.; Lomakin, A.; Teplow, D. B.; Benedek, G. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 12277-12282
23. Danielsson, J.; Jarvet, J.; Damberg, P.; Graslund, A. FEBS J. 2005, 272, 3938-3949
24. Hamada, D.; Dobson, C. M. Protein Sci. 2002, 11, 2417-2426
25. Wang, S. S. S.; Chen, Y. T.; Chen, P. H.; Liu, K. N. Biochem. Eng. J. 2006, 29, 129-138
26. Klimov, D. K.; Straub, J. E.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 14760-14765
27. Wei, G. H.; Shea, J. E. Biophys. J. 2006, 91, 1638-1647
28. Baumketner, A.; Krone, M. G.; Shea, J. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 6027-6032
29. Miller, Y.; Ma, B. Y.; Nussinov, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 9490-9495
30. Tougu, V.; Tiiman, A.; Palumaa, P. Metallomics 2011, 3, 250-261
31. Drago, D.; Bolognin, S.; Zatta, P. Curr. Alzheimer Res. 2008, 5, 500-507
32. Takeda, T.; Klimov, D. K. Biophys. J. 2009, 96, 442-452
33. Han, M.; Hansmann, U. H. E. J. Chem. Phys. 2011, 135, 065101
34. Auer, S.; Dobson, C. M.; Vendruscolo, M.; Maritan, A. Phys. Rev. Lett. 2008, 101, 258101
35. Bernstein, S. L.; Dupuis, N. F.; Lazo, N. D.; Wyttenbach, T.; Condron, M. M.; Bitan, G.; Teplow, D. B.; Shea, J. E.; Ruotolo, B. T.; Robinson, C. V.; Bowers, M. T. Nat. Chem. 2009, 1, 326-331
36. Massi, F.; Straub, J. E. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2001, 42, 217-229
37. Reddy, G.; Straubb, J. E.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 11948-11953
38. Nguyen, P. H.; Li, M. S.; Stock, G.; Straub, J. E.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 111-116
39. Buchete, N. V.; Hummer, G. Biophys. J. 2007, 92, 3032-3039
40. Wu, C.; Lei, H. X.; Duan, Y. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 13530-13537
41. Krone, M. G.; Hua, L.; Soto, P.; Zhou, R. H.; Berne, B. J.; Shea, J. E. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 11066-11072
42. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Roberts, B. P.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Kolossvai, I.;; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Liu, J.; Wu, X.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Cai, Q.; Ye, X.; Wang, J.; Hsieh, M.-J.; Cui, G.; Roe, D. R.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Sagui, C.; Babin, V.; Luchko, T.; Gusarov, S.; Kovalenko, A.; Kollman, P.A. AMBER 11; University of California: San Francisco, CA, 2010.
43. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G. M.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J. M.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999-2012
44. Qiu, D.; Shenkin, P. S.; Hollinger, F. P.; Still, W. C. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 3005-3014
45. Onufriev, A.; Bashford, D.; Case, D. A. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 3712-3720
46. Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141-151
47. Li, W. F.; Qin, M.; Tie, Z. X.; Wang, W. Phys. Rev. E 2011, 84
48. Takeda, T.; Klimov, D. K. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 11848-11857
49. Jiang, P.; Xu, W. X.; Mu, Y. G. PLoS Comput. Biol. 2009, 5, 1000357
50. Garcia, A. E. Polymer 2004, 45, 669-676
51. Sgourakis, N. G.; Yan, Y. L.; McCallum, S. A.; Wang, C. Y.; Garcia, A. E. J. Mol. Biol. 2007, 368, 1448-1457
52. Li, W. F.; Zhang, J.; Wang, J.; Wang, W. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 892-900
53. Zhang, J.; Li, W. F.; Wang, J.; Qin, M.; Wu, L.; Yan, Z. Q.; Xu, W. X.; Zuo, G. H.; Wang, W. IUBMB Life 2009, 61, 627-643
54. Gnanakaran, S.; Nussinov, R.; Garcia, A. E. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2158-2159
55. Zhou, R. H. J. Mol. Graphics 2004, 22, 451-463
56. Luca, S.; Yau, W. M.; Leapman, R.; Tycko, R. Biochemistry 2007, 46, 13505-13522
57. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341
58. Srinivasan, R.; Rose, G. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 14258-14263
59. Gong, H. P.; Isom, D. G.; Srinivasan, R.; Rose, G. D. J. Mol. Biol. 2003, 327, 1149-1154
60. Shao, J. Y.; Tanner, S. W.; Thompson, N.; Cheatham, T. E. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 2312-2334
61. O'Nuallain, B.; Williams, A. D.; Westermark, P.; Wetzel, R. J. Biol. Chem. 2004, 279, 17490-17499
62. Srinivasan, J.; Cheatham, T. E.; Cieplak, P.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9401-9409
63. Hoppener, J. W. M.; Lips, C. J. M. Int. J. Biochem. Cell Biol. 2006, 38, 726-736
64. Kahn, S. E.; Andrikopoulos, S.; Verchere, C. B. Diabetes 1999, 48, 241-253
65. Jaikaran, E.; Clark, A. Biochim. Biophys. Acta, Mol. Basis Dis. 2001, 1537, 179-203
66. Vishveshwara, N.; Liebman, S. W. BMC Biol. 2009, 7, 26
67. Haan, M. N. Nat. Clin. Pract. Neurol. 2006, 2, 159-166