Triaspartate: A model system for conformationally flexible DDD motifs in proteins

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 17, 2012, Pages 5160-5171

  Duitch, Laura ^a   Toal, Siobhan ^a   Measey, Thomas J ^b   Schweitzer Stenner, Reinhard ^a  

^a DREXEL UNIVERSITY   (United States)

^b UNIVERSITY OF PENNSYLVANIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDES; AMINO ACIDS; CARBOXYLATION; CONFORMATIONS; IONIZATION; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PEPTIDES; PROTEIN FOLDING; PROTONATION; PROTONS; TEMPERATURE DISTRIBUTION;

AMIDE I; AMIDE PROTON; AMINO ACID RESIDUES; AQUEOUS ENVIRONMENT; ASPARTATES; ASPARTIC ACIDS; CARBONYL GROUPS; CARBOXYLATE GROUPS; CONFORMATIONAL ENSEMBLE; COUPLING CONSTANTS; H NMR SPECTROSCOPY; HYDROGEN-BONDING PATTERNS; MODEL SYSTEM; N-TERMINALS; NEAREST-NEIGHBOR INTERACTIONS; NEUTRAL CONDITIONS; NON-LOCAL INTERACTIONS; PROTONATED; ROOM TEMPERATURE; SIDE-CHAINS; STRAND CONFORMATION; STRAND-LIKE STRUCTURES; TEMPERATURE DEPENDENCE; THERMODYNAMIC MODEL; TURN STRUCTURE; TWO-STATE;

HYDROGEN BONDS;

EID: 84860540600     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp2121565     Document Type: Article

References (81)

1. Hagarman; et al. Chem. - Eur. J. 2011, 17, 6789
2. Uversky, V. N.; Oldfield, C. J.; Dunker, K. A. J. Mol. Recognit. 2005, 18, 343
3. Uversky, V. N. Eur. J. Biochem. 2002, 269, 2
4. Uversky, V. N. In Unfolded Proteins. From Denaturated to Intrinsically Disordered; Creamer, T. P., Ed.; Nova: Nauppauge, NY, 2008.
5. Dunker, K. A.; Obradovic, Z. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 805
6. Dunker, A. K.; Cortese, M. S.; Romero, P.; Iakoucheva, I. M.; Uversky, V. N. FEBS J. 2005, 272, 5129
7. Dunker, A. K.; Lawson, J. D.; Brown, C. J.; Williams, R. M.; Romero, P.; Oh, J. S.; Oldfield, C. J.; Campen, A. M.; Ratliff, C. M.; Hipps, K. W.; Ausio, J.; Nissen, M. S.; Reeves, R.; Kang, C.; Kissinger, C. R.; Bailey, R. W.; Griswold, M. D.; Chiu, W.; Garner, E. C.; Obradovic, Z. J. Mol. Graphics Modell. 2001, 19, 26
8. Wright, P. E.; Dyson, H. J.; Lerner, R. A. Biochemistry 1988, 27, 7167
9. Dyson, H. J.; Rance, M.; Houghten, R. A.; Lerner, R. A.; Wright, P. E. J. Mol. Biol. 1988, 201, 161
10. Dyson, H. J.; Wright, P. E. Curr. Opin. Struct. Biol. 1993, 3, 60
11. Dyson, H. J.; Wright, P. E. Adv. Protein Chem. 2002, 62, 311
12. Bai, Y.; Chung, J.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. Protein Sci. 2001, 10, 1056
13. Chandrasekar, K.; Profy, A. T.; Dyson, H. J. Biochemistry 1991, 30
14. Bernado., P.; Bertoncini, C. W.; Griesinger, C.; Zweckstetter, M.; Blackledge, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 17968
15. Bernado, P.; Mylonas, E.; Petoukhov, M. V.; Blackledge, M.; Svergun, D. I. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 5656
16. Bernado, P.; Blanchard, L.; Timminis, P.; Marion, D.; Rugrok, R. W. H.; Blackledge, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 17002
17. Ohnishi, S.; Lee, A. L.; Egdell, M. H.; Shortle, D. Biochemistry 2004, 43, 4064
18. Dill, K. A.; Shortle, D. Annu. Rev. Biochem. 1991, 60, 795
19. Alexandrescu, A. T.; Abeygunawardana, C.; Shortle, D. Biochemistry 1994, 33, 1063
20. Mohan, A.; Oldfield, C. J.; Radivojac, P.; Vacic, V.; Cortese, M. S.; Dunker, A. K.; Uversky, V. N. J. Mol. Biol. 2006, 362, 1043
21. Jarvet, J.; Damberg, P.; Danielson, J.; Johansson, I.; Erikson, L. E.; Gräslund, A. FEBS Lett. 2003, 555, 371
22. Danielsson, J.; Jarvet, J.; Damberg, P.; Gräslund, A. FEBS J. 2005, 272, 3938
23. Shi, Z.; Woody, R. W.; Kallenbach, N. R. Adv. Protein Chem. 2002, 62, 163
24. Woody, R. W. Adv. Biophys. Chem. 1992, 2, 37
25. McColl, I. H.; Blanch, E. W.; Hecht, L.; Kallenbach, N. R.; Barron, L. D. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5076
26. Blanch, E. W.; Morozowa-Roche, L. A.; Cochran, D. A. E.; Doig, A. J.; Hecht, L.; Barron, L. D. J. Mol. Biol. 2000, 301, 553
27. Barron, L. D.; Hecht, L.; Blanch, E. W.; Bell, A. F. Prog. Biophys. Mol. Biol. 2000, 73, 1
28. Barron, L. D.; Blanch, E. W.; Hecht, L. Adv. Protein Chem. 2002, 62, 51
29. Mukrasch, M. D.; Markwick, P.; Biernat, J.; ]von Bergen, M.; Bernado, P.; Greisinger, C.; Mandelkow, E.; Zweckstetter, M.; Blackledge, M. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 5235
30. Bystroff, C.; Baker, D. J. Mol. Biol. 1998, 281, 565
31. Brahmachari, S. K.; Rajendra, S. B.; Ananthanaryanan, V. S. Biopolymers 1982, 21, 1107
32. Oka, M.; Montelione, G. T.; Scheraga, H. A. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 7959
33. Montelione, G. T.; Arnold, E.; Meinwald, Y. C.; Stimson, E. R.; Denton, J. B.; Huang, S.-G.; Clardy, J.; Scheraga, H. A. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 7946
34. Haque, T. S.; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2303
35. Fuchs, P. F. J.; Bovin, A. M. J. J.; Bochicchio, B.; Pepe, A.; Alix, A. J. P.; Tamburro, A. M. Biophys. J. 2006, 90, 2745
36. Kieffer, B.; Mer, G.; Mann, A.; Lefévre, J.-F. Int. J. Peptide Res. 1994, 44, 70
37. Park, H. S.; Kim, C.; Kang, Y. K. Biopolymers 2002, 63, 298
38. Reed, J.; Hull, W. E.; von der Lieth, C.-W.; KuÌbler, D.; Suhai, S.; Kinzel, V. Eur. J. Biochem. 1988, 178, 141
39. Stote, R. H.; Dejaegere, A. P.; Lefévre, J.-F.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 1624
40. Pak, V. V.; Koo, m. S.; Kwon, D. Y.; Kasimova, K. D. Chem. Nat. Prod. 2004, 40, 398
41. Chou, P. Y.; Fasman, G. D. Biochemistry 1974, 13, 211
42. Zimmerman, S. S.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1977, 74, 4126
43. Bondo, D.; Argos, P. J. Mol. Biol. 1994, 243, 504
44. Chakrabati, P.; Pal, D. Prog. Biophys. Mol. Biol. 2001, 76, 1
45. Duddy, W. J.; Nissink, J. M. M.; Allen, F. H.; Milner-White, E. J. Protein Sci. 2004, 13, 3051
46. Song, B.; Kibler, P.; Malde, A.; Kodukula, K.; Galande, A. K. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 4508
47. Hagarman, A.; Mathieu, D.; Toal, S.; Measey, T. J.; Schwalbe, H.; Schweitzer-Stenner, R. Chem. - Eur. J. 2011, 17, 6789
48. Eker, F.; Griebenow, K.; Cao, X.; Nafie, L.; Schweitzer-Stenner, R. Biochemistry 2004, 43, 613
49. Schweitzer-Stenner, R.; Measey, T.; Kakalis, L.; Jordan, F.; Pizzanelli, S.; Forte, C.; Griebenow, K. Biochemistry 2007, 46, 1587
50. Hagarman, A.; Measey, T. J.; Mathieu, D.; Schwalbe, H.; Schweitzer-Stenner, R. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 540
51. Busch, C.; Hofmann, F.; Selzer, J.; Munro, S.; Jeckel, D.; Aktories, K. J. Biol. Chem. 1998, 273, 19566
52. Li, J.; Rancour, D. M.; Allende, M. L.; Worth, c. A.; Darling, D. S.; Gilbert, J. B.; Menon, A. K.; Young, W. W. j. Glycobiology 2001, 11, 217
53. Harris, T. K.; Turner, G. J. Life 2002, 53, 85
54. Glasoe, P. K.; Long, F. A. J. Phys. Chem. 1960, 64, 188
55. Jentzen, W.; Unger, E.; Karvounis, G.; Shelnutt, J. A.; Dreybrodt, W.; Schweitzer-Stenner, R. J. Phys. Chem. 1995, 100, 14184
56. Toal, S.; Omidi, A.; Schweitzer-Stenner, R. J. A. Chem. Soc. 2011, 133, 12728
57. Schweitzer-Stenner, R. Biophys. J. 2002, 83, 523
58. Schweitzer-Stenner, R. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 2922
59. Schweitzer-Stenner, R. Vibr. Spectrosc. 2006, 42, 98
60. Eker, F.; Cao, X.; Nafie, L.; Griebenow, K.; Schweitzer-Stenner, R. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 358
61. Schweitzer-Stenner, R.; Measey, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 6649
62. Karplus, M. J. Chem. Phys. 1959, 30, 11
63. Graf, J.; Nguyen, P. H.; Stock, G.; Schwalbe, H. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 1179
64. Oh, K.-I.; Lee, K.-K.; Park, E. K.; Kwang, G. S.; Cho, M. Chirality 2010, 22, E186
65. Shi, Z.; Olson, C. A.; Rose, G. D.; Baldwin, R. L.; Kallenbach, N. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 9190
66. Oh, K.-I.; Lee, K.-K.; Park, E. K.; Yoo, D.-G.; Hwang, G.-S.; Cho, M. Chirality 2010, 22, E186
67. Woody, R. W. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 8234
68. Kelly, M. A.; Chellgren, B. W.; Rucker, A. L.; Troutman, J. M.; Fried, M. G.; Miller, A.; Creamer, T. P. Biochemistry 2001, 2001, 14376
69. Rucker, A. L.; Creamer, T. P. Protein Sci. 2002, 11, 980
70. Rucker, A. L.; Pager, C. T.; Campbell, M. N.; Qualls, J. E.; Creamer, T. P. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2003, 53, 68
71. Eker, F.; Griebenow, K.; Schweitzer-Stenner, R. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8178
72. Dragomir, I.; Measey, T. J.; Hagarman, A. M.; Schweitzer-Stenner, R. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 13235
73. Toal, S.; Omidi, A.; Schweitzer-Stenner, R. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 12728
74. Schweitzer-Stenner, R.; Eker, F.; Huang, Q.; Griebenow, K. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9628
75. Schweitzer-Stenner, R. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 16965
76. Jha, A. K.; Colubri, A.; Zaman, M. H.; Koide, S.; Sosnick, T. R.; Freed, K. F. Biochemistry 2005, 44, 9691
77. Sosnick, T. R. http://godzilla.uchicago.edu (2011).
78. Dyson, H. J.; Wright, P. E. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1991, 20, 519
79. Nafie, L. A.; Oboodi, M. R.; Freedman, T. B. J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, 7449
80. Mu, Y.; Stock, G. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 5294
81. Heinonen, T. Y. K.; Pasternack, L.; Lindfors, K.; Breton, C.; Gastinel, L. N.; MaÌki, M.; Kainulainen, H. Biochem. Biophys. Res. Com 2003, 309, 166