Multiple Conformations of RGDW and DRGDW: A Theoretical Study and Comparison with NMR Results

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 104, Issue 7, 2000, Pages 1624-1636

  Stote, Roland H ^a   Dejaegere, Annick P ^a,b   Lefèvre, Jean Francois ^b   Karplus, Martin ^a,c  

^a UNIVERSITÉ LOUIS PASTEUR   (France)

^b UNIVERSITÉ DE STRASBOURG   (France)

^c HARVARD UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0001195239     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp992147m     Document Type: Article

References (77)

1. Ruoslahti, E.; Pierschbacher, M. D. Cell 1986, 44, 517-518.
2. Pierschbacher, M. D.; Ruoslahti, E. Nature 1984, 309, 30-33.
3. Yamada, K. M.; Kennedy, D. W. J. Cell Biol. 1984, 99, 29-36.
4. Hayman, E. G.; Pierschbacker, M. D.; Ruoslahti, E. J. Cell Biol. 1985, 100, 1948-1954.
5. Pierschbacher, M. D.; Ruolahti, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1984, 81, 5985-5988.
6. Müller, G.; Gurrath, M.; Kessler, H. J. Comput. Aided Mol. Des. 1994, 8, 709-730.
7. Wistow, G.; Turnell, B.; Summers, L.; Slingsby, C.; Moss, D.; Miller, L.; Lindley, P.; Blundell, T. J. Mol. Biol. 1983, 170, 175-202.
8. Leahy, D. J.; Ikramuddin, A.; Erickson, H. P. Cell 1996, 84, 155-164.
9. Copié, V.; Tomila, Y.; Akiyama, S. K.; Aota, S.-i.; Yamada, K. M.; Venable, R. M.; Pastor, R. W.; Krueger, S.; Torchia, D. A. J. Mol. Biol. 1998, 277, 663-682.
10. Adler, M.; Lazarus, R. A.; Dennis, M. S.; Wagner, G. Science 1991, 253, 445-448.
11. Saudek, V.; Atkinson, R. A.; Pelton, J. T. Biochemistry 1991, 30, 7369-7372.
12. Cooke, A. M.; Carter, B. G.; Martin, D. M. A.; Murray-Rust, P.; Weir, M. P. Eur. J. Biochem. 1991, 202, 323-328.
13. Gould, R. M.; Polokoft, M. A.; Friedman, P. A.; Huang, T. F.; Holt, J. T.; Cook, J. J.; Niewiarowski, S. Proc. Soc. Exp. Biol. Med. 1990, 195, 168-171.
14. Krezel, A. M.; Wagner, G.; Seymour-Ulmer, J.; Lazarus, R. A. Science 1994, 264, 1944-1947.
15. Logan, D.; Abu-Ghazaleh, R.; Blakemore, W.; Curry, S.; Jackson, T.; King, A.; Lea, S.; Lewis, R.: Newman, J.; Parry, N.; Rowlands, S. D.; Stuart, D.; Fry, E. Nature 1993, 362, 566-568.
16. Grimes, J.; Basak, A. K.; Roy, P.; Stuart, D. Nature 1995, 373, 167-170.
17. Reed, J.; Hull, W. E.; von der Lieth, C.-W.; Kübler, D.; Suhai, S.; Kinzel, V. Eur. J. Biochem. 1988, 178, 141-154.
18. Genest, M.; Marion, D.; Ptak, M. Second Forum on Peptides; John Libbey Eurotext Ltd.: London, 1989; pp 415-418.
19. Williamson, M. P.; Davies, J. S; Thomas, W. A. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1991, 2, 601-606.
20. Mickos, H.; Bahr, J.; Lüning, B. Acta Chim. Scand 1990, 44, 161-164.
21. Cachau, R. E.; Serpersu, E. H.; Mildvan, A. S.; August, J. T.; Amzel, L. M. J. Mol. Recognit. 1989, 2, 179-186.
22. Johnson, C. W. J.; Pagano, T. G.; Basson, C. T.; Madri, J. A.; Gooley, P.; Armitage, I. M. Biochemistry 1993, 32, 268-273.
23. Kieffer, B.; Mer, G.; Mann, A.; Lefèvre, J. F. Int. J. Pept. Protein Res. 1994, 44, 70-79.
24. McDowell, R. S.; Gadek, T. R. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 9245-9253.
25. Kopple, K. D.; Baures, P. W.; Bean, J. W.; D'Ambrosio, C.; Hughes, J. L.; Peoshoff, C. E.; Eggleston, D. S. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 9615-9623.
26. Bach II, A. C.; Eyermann, C. J.; Gross, J. D.; Bower, M. J.; Harlow, R. L.; Weber, P. C.; DeGrado, W. F. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 3207-3219.
27. Wilmot, C. M.; Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 1988, 203, 221-232.
28. Sibanda, B. L.; Blundell, T. L.; Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 1989, 206, 759-777.
29. Wilmot, C. M.; Thornton, J. M. Protein Eng. 1990, 3, 479-493.
30. Mattos, C.; Petsko, G. A; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1994, 238, 733-747.
31. Kieffer, B. Etude Structurale et Dynamique de Peptides en Solution par RMN; Université Louis Pasteur: Strasbourg, France, 1992.
32. Jardetzki, O. Biochim. Biophys. Acta 1980, 621, 227-232.
33. Wütrich, K. NMR of Proteins and Nucleic Acids; John Wiley & Sons: New York, 1986.
34. Mierke, D. F.; Kurz, M.; Kessler, H. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 1042-1049.
35. Honig, B.; Hudson, B.; Sykes, B. D.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1971, 68, 1289-1293.
36. Kessler, H.; Griesinger, C.; Lautz, J.; Müller, A.; van Gunsteren, W. F.; Berendsen, H. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 3393-3396.
37. Gilson, M. K.; Honig, B. H. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1988, 4, 7-18.
38. Davis, M. E.; McCammom, J. A. Chem. Rev. 1990, 90, 509-521.
39. Lim, C.; Bashford, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1991, 95, 5610-5620.
40. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217.
41. MacKerell, A. D. J.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L. J.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E. L, III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stole, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1998, 102, 3586-3616.
42. Brünger, A. T.; Karplus, M. Proteins: Struct. Funct., Genet. 1988, 4, 148-156.
43. Gelin, B.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1977, 74, 801-805.
44. Whitlow, M.; Teeter, M. M. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 7163-7172.
45. Stote, R. H.; Karplus, M. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1995, 23, 12-31.
46. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein M. L., Jr. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
47. Neria, E.; Fischer, S.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1902-1921.
48. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341.
49. Karpen, M. E.; Tobias, D. J.; Brooks, C. L. I. Biochemistry 1993, 32, 412-420.
50. Pao, Y.-H. Adaptive Pattern Recognition and Neural Networks; Addison-Wesley: New York, 1989.
51. Carpenter, G. A.; Grossberg, S. Appl. Opt. 1987, 26, 4919-4930.
52. Bashford, D.; Karplus, M. Biochemistry 1990, 29, 10219-1025.
53. Yang, A.; Honig, B. J. Mol. Biol. 1993, 231, 459-474.
54. Aralk, J. C.; Nicholls, A.; Sharp, K.; Honig, B. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 1454.
55. Warwicker, J.; Watson, H. C. J. Mol. Biol. 1982, 157, 671-679.
56. Davis, M. E.; Madura, J. D.; Luty, B. A.; McCammon, J. A. Comput. Phys. Commun. 1991, 62, 187-197.
57. Schaefer, M.; Sommer, M.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1997, 101, 1663-1683.
58. Schaefer, M.; van Vlijmen, H. W. T.; Karplus, M. Adv. Protein Chem. 1998, 51, 1-57.
59. van Vlijmen, H. W. T.; Schaefer, M.; Karplus, M. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1998, 33, 145-158.
60. Antosievicz, J.; McCammon, J. A.; Gilson, M. J. Mol. Biol. 1994, 238, 415.
61. Dunbrack, R. L, Jr.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1993, 230, 543-574.
62. Dunbrack, R. L., Jr.; Karplus, M. Nat. Struct. Biol. 1994, 1, 334-340.
63. Bartels, C.; Stote, R. H.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1998, 284, 1641-1660.
64. Hansmann, U. H. E.; Okamoto, Y.; Eisenmenger, F. Chem. Phys. Lett. 1996, 259, 321-330.
65. Nakajima, N.; Nakamura, H.; Kidera, A. J. Phys. Chem. 1997, 101, 817-824.
66. Bartels, C.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 865-880.
67. Ösapay, K.; Young, W. S.; Bashford, D.; Brooks, C. L., III; Case, D. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 2698-2705.
68. Ösapay, K; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 9436-9444.
69. Karplus, M. J. Phys. Chem. 1959, 30, 11-15.
70. Pardi, A.; Billeter, M; Wüthrich, K. J. Mol. Biol. 1984, 180, 741-751.
71. DeMarco, A.; Llinás, M.; Wüthrich, K. Biopolymers 1978, 17, 617-636.
72. Landis, C; Allured, V. S. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 9493-9499.
73. Blackledge, M. J.; Brüschweiler, R.; Griesinger, C.; Schmidt, J. M.; Xu, P.; Ernst, R. R. Biochemistry 1993, 32, 10960-10974.
74. Nikiforovich, G. V.; Prakash, O.; Gehrig, C. A.; Hruby, V. J. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 3399-3406.
75. Cicero, D. O.; Barbato, G.; Bazzo, R. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 1027-1033.
76. Lawson, C. L.; Hanson, R. J. Solving Least Squares Problems; Prentice-Hall: Englewood Cliffs, NJ, 1995.
77. Koradi, R.; Billeter, M.; Wüthrich, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 51-55.