Protein structure validation using side-chain chemical shifts

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 16, 2012, Pages 4754-4759

  Sahakyan, Aleksandr B ^a   Cavalli, Andrea ^a   Vranken, Wim F ^b   Vendruscolo, Michele ^a  

^a UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

^b VRIJE UNIVERSITEIT BRUSSEL   (Belgium)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEINS;

EXPERIMENTAL VALUES; HIGHLY SENSITIVE; NMR CHEMICAL SHIFTS; PROTEIN STRUCTURES; SIDE-CHAINS; TERTIARY STRUCTURES;

CHEMICAL SHIFT;

PROTEIN;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PROTEIN CONFORMATION;

MODELS, MOLECULAR; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; PROTEIN CONFORMATION; PROTEINS;

EID: 84860297840     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp2122054     Document Type: Article

References (47)

1. International Human Genome Sequencing Consortium Nature 2001, 409, 860-921
2. Venter, J. C.; Adams, M. D.; Myers, E. W.; Li, P. W.; Mural, R. J.; Sutton, G. G.; Smith, H. O.; Yandell, M.; Evans, C. A.; Holt, R. A. Science 2001, 291, 1304-1351
3. Burley, S. K.; Almo, S. C.; Bonanno, J. B.; Capel, M.; Chance, M. R.; Gaasterland, T.; Lin, D.; Sali, A.; Studier, F. W.; Swaminathan, S. Nat. Genet. 1999, 23, 151-157
4. Wüthrich, K. J. Biomol. NMR 2003, 27, 13-39
5. Bax, A. Curr. Opin. Struct. Biol. 1994, 4, 738-744
6. Bax, A.; Grishaev, A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 563-570
7. Tjandra, N.; Bax, A. J. Magn. Reson. 1997, 124, 512-515
8. Brutscher, B. J. Magn. Reson. 2001, 151, 332-338
9. Korzhnev, D. M.; Skrynnikov, N. R.; Millet, O.; Torchia, D. A.; Kay, L. E. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 10743-10753
10. Lundström, P.; Hansen, D. F.; Vallurupalli, P.; Kay, L. E. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 1915-1926
11. Baldwin, A. J.; Kay, L. E. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 808-814
12. Korzhnev, D. M.; Religa, T. L.; Banachewicz, W.; Fersht, A. R.; Kay, L. E. Science 2010, 329, 1312-1316
13. Ruschak, A.; Kay, L. E. J. Biomol. NMR 2010, 46, 75-87
14. Goto, N. K.; Kay, L. E. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 585-592
15. Kainosho, M.; Torizawa, T.; Iwashita, Y.; Mei, T. T. M. O.; Güntert, P. Nature 2006, 440, 52-57
16. Tugarinov, V.; Kanelis, V.; Kay, L. E. Nat. Protoc. 2006, 1, 749-754
17. Heinemann, U.; Illing, G.; Oschkinat, H. Curr. Opin. Biotechnol. 2001, 12, 348-354
18. Cavalli, A.; Salvatella, X.; Dobson, C. M.; Vendruscolo, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 9615-9620
19. Shen, Y.; Lange, O.; Delaglio, F.; Rossi, P.; Aramini, J. M.; Liu, G.; Eletsky, A.; Wu, Y.; Singarapu, K. K.; Lemak, A.; Ignatchenko, A.; Arrowsmith, C. H.; Szyperski, T.; Montelione, G. T.; Baker, D.; Bax, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 4685-4690
20. Montalvao, R.; Cavalli, A.; Salvatella, X.; Blundell, T. M.; Vendruscolo, M. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 15990-15996
21. Robustelli, P.; Kohlhoff, K.; Cavalli, A.; Vendruscolo, M. Structure 2010, 18, 923-933
22. Clore, G. M.; Omichinski, J. G.; Sakaguchi, K.; Zambrano, N.; Sakamoto, H.; Appella, E. Science 1995, 267, 1515-1516
23. Lambert, L. J.; Schirf, V.; Demeler, B.; Cadene, M.; Werner, M. H. EMBO J. 2004, 23, 3186
24. Nabuurs, S. B.; Spronk, C. A. E. M.; Vuister, G. W.; Vriend, G. PLoS Comput. Biol. 2006, 2, e9
25. Sahakyan, A. B.; Vranken, W. F.; Cavalli, A.; Vendruscolo, M. J. Biomol. NMR 2011, 50, 331-346
26. Sahakyan, A. B.; Vranken, W. F.; Cavalli, A.; Vendruscolo, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2011, 50, 9620-9623
27. Kohlhoff, K. J.; Robustelli, P.; Cavalli, A.; Salvatella, X.; Vendruscolo, M. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 13894-13895
28. Nielsen, J. T.; Bjerring, M.; Jeppesen, M. D.; Pedersen, R. O.; Pedersen, J. M.; Hein, K. L.; Vosegaard, T.; Skrydstrup, T.; Otzen, D. E.; Nielsen, N. C. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 2118-2121
29. ágoston, B. S.; Kovács, D.; Tompa, P.; Perczel, A. Biomol. NMR Assign. 2011, 5, 189-193
30. Oldfield, E. J. Biomol. NMR 1995, 5, 217-225
31. Jameson, C. J. Annu. Rev. Phys. Chem. 1996, 47, 135-169
32. Xu, X. P.; Case, D. A. J. Biomol. NMR 2001, 21, 321-333
33. Neal, S.; Nip, A. M.; Zhang, H.; Wishart, D. S. J. Biomol. NMR 2003, 26, 215-240
34. Vila, J. A.; Arnautova, Y. A.; Martin, O. A.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 16972-16977
35. Berjanskii, M.; Liang, Y.; Zhou, J.; Tang, P.; Stothard, P.; Zhou, Y.; Cruz, J.; MacDonell, C.; Lin, G.; Lu, P.; Wishart, D. S. Nucleic Acids Res. 2010, 38, W633-W640
36. Vijay-Kumar, S.; Bugg, C. E.; Cook, W. J. J. Mol. Biol. 1987, 194, 531-544
37. Weiergräber, O. H.; Senin, I. I.; Philippov, P. P.; Granzin, J.; Koch, K. W. J. Biol. Chem. 2003, 278, 22972-22979
38. Tanaka, T.; Ames, J. B.; Harvey, T. S.; Stryer, L.; Ikura, M. Nature 1995, 376, 444-447
39. Lange, O. F.; Lakomek, N. A.; Farès, C.; Schröder, G. F.; Walter, K. F. A.; Becker, S.; Meiler, J.; Grubmüller, H.; Griesinger, C.; de Groot, B. L. Science 2008, 320, 1471-1475
40. Anstrom, D. M.; Kallio, K.; Remington, S. J. Protein Sci. 2003, 12, 1822-1832
41. Howard, B. R.; Endrizzi, J. A.; Remington, S. J. Biochemistry 2000, 39, 3156-3168
42. Tugarinov, V.; Choy, W. Y.; Orekhov, V. Y.; Kay, L. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 622-627
43. Grishaev, A.; Tugarinov, V.; Kay, L. E.; Trewhella, J.; Bax, A. J. Biomol. NMR 2008, 40, 95-106
44. Fiser, A.; Do, R. K.; Sali, A. Protein Sci. 2000, 9, 1753-1773
45. Tugarinov, V.; Kay, L. E. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 13868-13878
46. Sheppard, D.; Guo, C.; Tugarinov, V. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 1364-1365
47. Tugarinov, V.; Kay, L. E. Biochemistry 2005, 44, 15970-15977