A genome-wide RNAi screen identifies novel targets of neratinib resistance leading to identification of potential drug resistant genetic markers

Molecular BioSystems

Volumn 8, Issue 5, 2012, Pages 1553-1570

  Seyhan, Attila A ^a   Varadarajan, Usha ^a   Choe, Sung ^a,b   Liu, Wei ^a,b   Ryan, Terence E ^a  

^a PFIZER INC   (United States)

^b AGIOS PHARMACEUTICALS   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

N (4 (3 CHLORO 4 (2 PYRIDINYLMETHOXY)ANILINO) 3 CYANO 7 ETHOXY 6 QUINOLYL) 4 (DIMETHYLAMINO) 2 BUTENAMIDE; N-(4-(3-CHLORO-4-(2-PYRIDINYLMETHOXY)ANILINO)-3-CYANO-7-ETHOXY-6-QUINOLYL)-4-(DIMETHYLAMINO)-2-BUTENAMIDE; QUINOLINE DERIVATIVE; SMALL INTERFERING RNA;

ARTICLE; DISEASES; DRUG EFFECT; DRUG RESISTANCE; GENE REGULATORY NETWORK; GENETIC MARKER; GENETIC TRANSDUCTION; GENETICS; HUMAN; HUMAN GENOME; LENTIVIRINAE; METABOLISM; PHENOTYPE; REPRODUCIBILITY; RNA INTERFERENCE; SIGNAL TRANSDUCTION; TUMOR CELL LINE; TUMOR GENE;

CELL LINE, TUMOR; DISEASE; DRUG RESISTANCE, NEOPLASM; GENE REGULATORY NETWORKS; GENES, NEOPLASM; GENETIC MARKERS; GENOME, HUMAN; HUMANS; LENTIVIRUS; PHENOTYPE; QUINOLINES; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; RNA INTERFERENCE; RNA, SMALL INTERFERING; SIGNAL TRANSDUCTION; TRANSDUCTION, GENETIC;

EID: 84859848999     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2mb05512k     Document Type: Article

References (67)

1. I. Collins P. Workman Nat. Chem. Biol. 2006 2 689 700
2. W. Pao T. Y. Wang G. J. Riely V. A. Miller Q. Pan M. Ladanyi M. F. Zakowski R. T. Heelan M. G. Kris H. E. Varmus PLoS Med. 2005 2 e17
3. A. Lievre J. B. Bachet D. Le Corre V. Boige B. Landi J. F. Emile J. F. Cote G. Tomasic C. Penna M. Ducreux P. Rougier F. Penault-Llorca P. Laurent-Puig Cancer Res. 2006 66 3992 3995
4. D. J. Slamon W. Godolphin L. A. Jones J. A. Holt S. G. Wong D. E. Keith W. J. Levin S. G. Stuart J. Udove A. Ullrich et al. Science 1989 244 707 712
5. N. E. Hynes D. F. Stern Biochim. Biophys. Acta 1994 1198 165 184
6. S. K. Rabindran Cancer Lett. 2005 227 9 23
7. M. A. Cobleigh C. L. Vogel D. Tripathy N. J. Robert S. Scholl L. Fehrenbacher J. M. Wolter V. Paton S. Shak G. Lieberman D. J. Slamon J. Clin. Oncol. 1999 17 2639 2648
8. C. L. Vogel M. A. Cobleigh D. Tripathy J. C. Gutheil L. N. Harris L. Fehrenbacher D. J. Slamon M. Murphy W. F. Novotny M. Burchmore S. Shak S. J. Stewart M. Press J. Clin. Oncol. 2002 20 719 726
9. T. T. Junttila R. W. Akita K. Parsons C. Fields G. D. Lewis Phillips L. S. Friedman D. Sampath M. X. Sliwkowski Cancer Cell 2009 15 429 440
10. T. Sjoblom S. Jones L. D. Wood D. W. Parsons J. Lin T. D. Barber D. Mandelker R. J. Leary J. Ptak N. Silliman S. Szabo P. Buckhaults C. Farrell P. Meeh S. D. Markowitz J. Willis D. Dawson J. K. Willson A. F. Gazdar J. Hartigan L. Wu C. Liu G. Parmigiani B. H. Park K. E. Bachman N. Papadopoulos B. Vogelstein K. W. Kinzler V. E. Velculescu Science 2006 314 268 274
11. S. K. Rabindran C. M. Discafani E. C. Rosfjord M. Baxter M. B. Floyd J. Golas W. A. Hallett B. D. Johnson R. Nilakantan E. Overbeek M. F. Reich R. Shen X. Shi H. R. Tsou Y. F. Wang A. Wissner Cancer Res. 2004 64 3958 3965
12. U. Nitz Breast care 2010 5 25 27
13. A. M. Mendes-Pereira D. Sims T. Dexter K. Fenwick I. Assiotis I. Kozarewa C. Mitsopoulos J. Hakas M. Zvelebil C. J. Lord A. Ashworth Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 2730 2735
14. A. A. Seyhan U. Varadarajan S. Choe Y. Liu J. McGraw M. Woods S. Murray A. Eckert W. Liu T. E. Ryan Mol. BioSyst. 2011 7 1974 1989
15. A. Kamb S. Wee C. Lengauer Nat. Rev. Drug Discovery 2007 6 115 120
16. E. Iorns C. J. Lord A. Grigoriadis S. McDonald K. Fenwick A. Mackay C. A. Mein R. Natrajan K. Savage N. Tamber J. S. Reis-Filho N. C. Turner A. Ashworth PLoS One 2009 4 e5120
17. A. A. Seyhan T. E. Ryan Curr. Pharm. Biotechnol. 2010 11 735 756
18. A. A. Seyhan Eur. Pharm. Rev. 2010 6 13 24
19. C. Scholl S. Frohling I. F. Dunn A. C. Schinzel D. A. Barbie S. Y. Kim S. J. Silver P. Tamayo R. C. Wadlow S. Ramaswamy K. Dohner L. Bullinger P. Sandy J. S. Boehm D. E. Root T. Jacks W. C. Hahn D. G. Gilliland Cell (Cambridge, Mass.) 2009 137 821 834
20. V. N. Ngo R. E. Davis L. Lamy X. Yu H. Zhao G. Lenz L. T. Lam S. Dave L. Yang J. Powell L. M. Staudt Nature 2006 441 106 110
21. K. Berns H. M. Horlings B. T. Hennessy M. Madiredjo E. M. Hijmans K. Beelen S. C. Linn A. M. Gonzalez-Angulo K. Stemke-Hale M. Hauptmann R. L. Beijersbergen G. B. Mills M. J. van de Vijver R. Bernards Cancer Cell 2007 12 395 402
22. N. C. Turner C. J. Lord E. Iorns R. Brough S. Swift R. Elliott S. Rayter A. N. Tutt A. Ashworth EMBO J. 2008 27 1368 1377
23. T. F. Westbrook F. Stegmeier S. J. Elledge Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 2005 70 435 444
24. J. Shou S. Massarweh C. K. Osborne A. E. Wakeling S. Ali H. Weiss R. Schiff J. Natl. Cancer Inst. 2004 96 926 935
25. A. S. Oh L. A. Lorant J. N. Holloway D. L. Miller F. G. Kern D. El-Ashry Mol. Endocrinol. 2001 15 1344 1359
26. M. R. Schlabach J. Luo N. L. Solimini G. Hu Q. Xu M. Z. Li Z. Zhao A. Smogorzewska M. E. Sowa X. L. Ang T. F. Westbrook A. C. Liang K. Chang J. A. Hackett J. W. Harper G. J. Hannon S. J. Elledge Science 2008 319 620 624
27. G. K. Smyth T. Speed Methods 2003 31 265 273
28. C. J. Echeverri P. A. Beachy B. Baum M. Boutros F. Buchholz S. K. Chanda J. Downward J. Ellenberg A. G. Fraser N. Hacohen W. C. Hahn A. L. Jackson A. Kiger P. S. Linsley L. Lum Y. Ma B. Mathey-Prevot D. E. Root D. M. Sabatini J. Taipale N. Perrimon R. Bernards Nat. Methods 2006 3 777 779
29. D. W. Parsons M. Li X. Zhang S. Jones R. J. Leary J. C. Lin S. M. Boca H. Carter J. Samayoa C. Bettegowda G. L. Gallia G. I. Jallo Z. A. Binder Y. Nikolsky J. Hartigan D. R. Smith D. S. Gerhard D. W. Fults S. VandenBerg M. S. Berger S. K. Marie S. M. Shinjo C. Clara P. C. Phillips J. E. Minturn J. A. Biegel A. R. Judkins A. C. Resnick P. B. Storm T. Curran Y. He B. A. Rasheed H. S. Friedman S. T. Keir R. McLendon P. A. Northcott M. D. Taylor P. C. Burger G. J. Riggins R. Karchin G. Parmigiani D. D. Bigner H. Yan N. Papadopoulos B. Vogelstein K. W. Kinzler V. E. Velculescu Science 2011 331 435 439
30. N. Chalabi D. J. Bernard-Gallon Y. J. Bignon F. Kwiatkowski M. Agier V. Vidal V. Laplace-Chabaud V. Sylvain-Vidal V. Bertholet F. De Longueville M. Lacroix G. Leclercq J. Remacle C. Sibille N. Zammateo N. Ben Jaafar A. Sefiani K. Ouldim K. Megarbane N. Jalkh W. Mahfoudh W. Troudi A. Ben Ammar-El Gaied L. Chouchane Cancer Genomics Proteomics 2008 5 253 261
31. B. Guo A. Godzik J. C. Reed J. Biol. Chem. 2001 276 2780 2785
32. R. A. Baasiri S. R. Glasser D. L. Steffen D. A. Wheeler Oncogene 1999 18 7958 7965
33. K. Garber Nat. Biotechnol. 2005 23 409 411
34. J. M. Adams S. Cory Oncogene 2007 26 1324 1337
35. M. Rokavec W. Schroth S. M. Amaral P. Fritz L. Antoniadou D. Glavac W. Simon M. Schwab M. Eichelbaum H. Brauch Cancer Res. 2008 68 9799 9808
36. L. L. Xu Y. Shi G. Petrovics C. Sun M. Makarem W. Zhang I. A. Sesterhenn D. G. McLeod L. Sun J. W. Moul S. Srivastava Cancer Res. 2003 63 4299 4304
37. H. Neuwirt M. Puhr F. R. Santer M. Susani W. Doppler G. Marcias V. Rauch M. Brugger A. Hobisch L. Kenner Z. Culig Am. J. Pathol. 2009 174 1921 1930
38. K. L. Terry S. S. Tworoger M. A. Gates D. W. Cramer S. E. Hankinson Carcinogenesis 2009 30 2042 2046
39. R. M. Tamimi D. G. Cox P. Kraft M. N. Pollak C. A. Haiman I. Cheng M. L. Freedman S. E. Hankinson D. J. Hunter G. A. Colditz Breast Cancer Res. 2007 9 R18
40. A. V. Patel I. Cheng F. Canzian L. Le Marchand M. J. Thun C. D. Berg J. Buring E. E. Calle S. Chanock F. Clavel-Chapelon D. G. Cox M. Dorronsoro L. Dossus C. A. Haiman S. E. Hankinson B. E. Henderson R. Hoover D. J. Hunter R. Kaaks L. N. Kolonel P. Kraft J. Linseisen E. Lund J. Manjer C. McCarty P. H. Peeters M. C. Pike M. Pollak E. Riboli D. O. Stram A. Tjonneland R. C. Travis D. Trichopoulos R. Tumino M. Yeager R. G. Ziegler H. S. Feigelson PLoS One 2008 3 e2578
41. B. M. Wolpin D. S. Michaud E. L. Giovannucci E. S. Schernhammer M. J. Stampfer J. E. Manson B. B. Cochrane T. E. Rohan J. Ma M. N. Pollak C. S. Fuchs Cancer Res. 2007 67 7923 7928
42. L. D. Wood D. W. Parsons S. Jones J. Lin T. Sjoblom R. J. Leary D. Shen S. M. Boca T. Barber J. Ptak N. Silliman S. Szabo Z. Dezso V. Ustyanksky T. Nikolskaya Y. Nikolsky R. Karchin P. A. Wilson J. S. Kaminker Z. Zhang R. Croshaw J. Willis D. Dawson M. Shipitsin J. K. Willson S. Sukumar K. Polyak B. H. Park C. L. Pethiyagoda P. V. Pant D. G. Ballinger A. B. Sparks J. Hartigan D. R. Smith E. Suh N. Papadopoulos P. Buckhaults S. D. Markowitz G. Parmigiani K. W. Kinzler V. E. Velculescu B. Vogelstein Science 2007 318 1108 1113
43. S. Riazuddin S. N. Khan Z. M. Ahmed M. Ghosh K. Caution S. Nazli M. Kabra A. U. Zafar K. Chen S. Naz A. Antonellis W. J. Pavan E. D. Green E. R. Wilcox P. L. Friedman R. J. Morell S. Riazuddin T. B. Friedman Am. J. Hum. Genet. 2006 78 137 143
44. S. Duensing S. Darr R. Cuevas N. Melquiot A. G. Brickner A. Duensing K. Munger Genes Cancer 2010 1 883 892
45. R. Gavioli T. Frisan S. Vertuani G. W. Bornkamm M. G. Masucci Nat. Cell Biol. 2001 3 283 288
46. V. D'Angiolella V. Donato S. Vijayakumar A. Saraf L. Florens M. P. Washburn B. Dynlacht M. Pagano Nature 2010 466 138 142
47. G. Landberg Adv. Cancer Res. 2002 84 35 56
48. M. H. Davidson Curr. Atheroscler. Rep. 2007 9 78 80
49. V. Charlton-Menys P. N. Durrington Drugs 2007 67 11 16
50. H. Matsui Y. Fukuma T. Hamano H. Koike Y. Sekine N. Ohtake S. Nakata K. Suzuki J. Urol. 2010 183 4 Suppl e267
51. A. Teufel E. A. Wong M. Mukhopadhyay N. Malik H. Westphal Biochim. Biophys. Acta 2003 1627 147 152
52. S. J. Pitteri V. M. Faca K. S. Kelly-Spratt A. E. Kasarda H. Wang Q. Zhang L. Newcomb A. Krasnoselsky S. Paczesny G. Choi M. Fitzgibbon M. W. McIntosh C. J. Kemp S. M. Hanash J. Proteome Res. 2008 7 1481 1489
53. R. Placido G. Auricchio S. Falzoni L. Battistini V. Colizzi E. Brunetti F. Di Virgilio G. Mancino Cell. Immunol. 2006 244 10 18
54. J. Xu M. Kalos J. A. Stolk E. J. Zasloff X. Zhang R. L. Houghton A. M. Filho M. Nolasco R. Badaro S. G. Reed Cancer Res. 2001 61 1563 1568
55. A. D. Joshi D. W. Parsons V. E. Velculescu G. J. Riggins Mol. Cancer 2011 10 17
56. B. J. Simpson A. D. Ramage M. J. Hulme D. J. Burns D. Katsaros S. P. Langdon W. R. Miller Clin. Cancer Res. 1996 2 201 206
57. R. Abramovitch E. Tavor J. Jacob-Hirsch E. Zeira N. Amariglio O. Pappo G. Rechavi E. Galun A. Honigman Cancer Res. 2004 64 1338 1346
58. N. Dumaz R. Hayward J. Martin L. Ogilvie D. Hedley J. A. Curtin B. C. Bastian C. Springer R. Marais Cancer Res. 2006 66 9483 9491
59. A. S. Rocha S. Paternot K. Coulonval J. E. Dumont P. Soares P. P. Roger Mol. Biol. Cell 2008 19 4814 4825
60. P. P. Roger S. Reuse C. Maenhaut J. E. Dumont Vitam. Horm. 1995 51 59 191
61. K. Ohta X. P. Pang L. Berg J. M. Hershman J. Clin. Endocrinol. Metab. 1997 82 2633 2638
62. V. Follin-Arbelet P. O. Hofgaard H. Hauglin S. Naderi A. Sundan R. Blomhoff B. Bogen H. K. Blomhoff BMC Cancer 2011 11 301
63. L. Chow S. Gupta D. L. Hershman Z. Jiang R. Epstein C. Coughlin A. Freyman Y. Zhao R. Abbas A. Awada 2009 ASCO Annual Meeting Proceedings J. Clin. Oncol. 2009 27 3557
64. K. K. Wong P. M. Fracasso R. M. Bukowski T. J. Lynch P. N. Munster G. I. Shapiro P. A. Janne J. P. Eder M. J. Naughton M. J. Ellis S. F. Jones T. Mekhail C. Zacharchuk J. Vermette R. Abbas S. Quinn C. Powell H. A. Burris Clin. Cancer Res. 2009 15 2552 2558
65. H. J. Burstein Y. Sun L. Y. Dirix Z. Jiang R. Paridaens A. R. Tan A. Awada A. Ranade S. Jiao G. Schwartz R. Abbas C. Powell K. Turnbull J. Vermette C. Zacharchuk R. Badwe J. Clin. Oncol. 2010 28 1301 1307
66. J. M. Silva K. Marran J. S. Parker J. Silva M. Golding M. R. Schlabach S. J. Elledge G. J. Hannon K. Chang Science 2008 319 617 620
67. L. Chow S. Gupta D. Hershman Z. Jiang R. Epstein I. Bondarenko C. Coughlin A. Freyman Y. Zhao R. Abbas A. Awada Cancer Res. 2009 69 Suppl. 3 5081