Comparison of ligand-, target structure-, and protein-ligand interaction fingerprint-based virtual screening methods

Acta Chimica Sinica

Volumn 69, Issue 5, 2011, Pages 515-522

  Huang, Qi ^a   Kang, Hong ^a   Zhang, Duanfeng ^a   Sheng, Zhen ^a   Liu, Qi ^a   Zhu, Ruixin ^a   Cao, Zhiwei ^a  

^a TONGJI UNIVERSITY   (China)

Author keywords

Ligand based; Protein ligand interaction fingerprint; Target based; Virtual screen

Indexed keywords

EID: 84859168629     PISSN: 05677351     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: None     Document Type: Article

References (54)

1. Klebe, G. Drug Discovery Today 2006, 11, 580.
2. Bajorath, J. Nat. Rev. Drug Discov. 2002, 1 (11), 882.
3. Walters, W. P.; Stahl, M. T.; Murcko, M. A. Dru. Discov. Today 1998, 3 (4), 160.
4. Willett, P. Drug Discovery Today 2006, 11 (23-24), 1046.
5. Muegge, I.; Oloff, S. Drug Discovery Today: Technologies 2006, 3 (4), 405.
6. Willett, P.; Barnard, J. M.; Downs, G. M. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1998, 38 (6), 983.
7. Langer, T.; Wolber, G. Drug Discovery Today: Technologies. 2004, 1 (3), 203.
8. Schuster, D.; Wolber, G. Curr. Pharm. Des. 2010, 16 (15), 1666.
9. Tropsha, A.; Golbraikh, A. Curr. Pharm. Des. 2007, 13 (34), 3494.
10. Kubinyi, H. Drug Discovery Today 1997, 2 (11), 457.
11. Xue, L.; Stahura, F. L.; Bajorath, J. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2004, 44 (6), 2032.
12. Halperin, I.; Ma, B.; Wolfson, H.; Nussinov, R. Proteins 2002, 47 (4), 409.
13. Cummings, M. D.; Desjarlais, R. L.; Gibbs, A. C.; Mohan, V.; Jaeger, E. P. J. Med. Chem. 2005, 48 (4), 962.
14. Waszkowycz, B. Curr. Opin. Drug Discov. Dev. 2002, 5 (3), 407.
15. Schneider, G.; Clement-Chomienne, O.; Hilfiger, L.; Schneider, P.; Kirsch, S.; Bohm, H. J.; Neidhart, W. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2000, 39 (22), 4130.
16. Schneider, G.; Fechner, U. Nat. Rev. Drug Discov. 2005, 4 (8), 649.
17. Kubinyi, H. Perspect. Drug Discovery Des. 1998, 9-11, 225.
18. Sato, T.; Honma, T.; Yokoyama, S. J. Chem. Inf. Model. 2010, 50 (1), 170.
19. Deng, Z.; Chuaqui, C.; Singh, J. J. Med. Chem. 2004, 47 (2), 337.
20. Kelly, M. D.; Mancera, R. L. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2004, 44 (6), 1942.
21. Deng, Z.; Chuaqui, C.; Singh, J. J. Med. Chem. 2006, 49 (2), 490.
22. Mpamhanga, C. P.; Chen, B.; Mclay, I. M.; Willett, P. J. Chem. Inf. Model. 2006, 46 (2), 686.
23. Marcou, G.; Rognan, D. J. Chem. Inf. Model. 2007, 47 (1), 195.
24. Tan, L.; Lounkine, E.; Bajorath, J. J. Chem. Inf. Model. 2008, 48 (12), 2308.
25. Pérez-Nueno, V. I.; Rabal, O.; Borrell, J. I.; Teixidó, J. J. Chem. Inf. Model. 2009, 49 (5), 1245.
26. Tan, L.; Batista, J.; Bajorath, J. Chem. Biol. Drug Des. 2010, 76 (3), 191.
27. Kitchen, D. B.; Decornez, H.; Furr, J. R.; Bajorath, J. Nat. Rev. Drug Discov. 2004, 3 (11), 935.
28. Kroemer, R. T. Curr. Protein. Pept. Sci. 2007, 8 (4), 312.
29. Debouck, C. AIDS Res. Hum. Retroviruses 1992, 8 (2), 153.
30. Pearl, L. H.; Taylor, W. R. Nature 1987, 329 (6137), 351.
31. Erickson, J. A.; Jalaie, M.; Robertson, D. H.; Lewis, R. A.; Vieth, M. J. Med. Chem. 2004, 47 (1), 45.
32. Wlodawer, A.; Gustchina, A. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1477 (1-2), 16.
33. Dreyer, G. B.; Lambert, D. M.; Meek, T. D.; Carr, T. J.; Tomaszek, T. A.; Fernandez, A. V.; Bartus, H.; Cacciavillani, E.; Hassell, A. M. Biochemistry 1992, 31 (29), 6646.
34. Backbro, K.; Lowgren, S.; Osterlund, K.; Atepo, J.; Unge, T.; Hulten, J.; Bonham, N. M.; Schaal, W.; Karlen, A.; Hallberg, A. J. Med. Chem. 1997, 40 (6), 898.
35. Hong, L.; Treharne, A.; Hartsuck, J. A.; Foundling, S.; Tang, J. Biochemistry 1996, 35 (33), 10627.
36. Hoog, S. S.; Zhao, B.; Winborne, E.; Fisher, S.; Green, D. W.; Desjarlais, R. L.; Newlander, K. A.; Callahan, J. F.; Abdel-Meguid, S. S.; Moore, M. L.; Huffman, W. F. J. Med. Chem. 1995, 38 (17), 3246.
37. Priestle, J. P.; Fassler, A.; Rosel, J.; Tintelnot-Blomley, M.; Strop, P.; Grutter, M. G. Structure 1995, 3, 381.
38. Abdel-Meguid, S. S.; Zhao, B.; Murthy, K. H.; Winborne, E.; Choi, J. K.; Desjarlais, R. L.; Minnich, M. D.; Culp, J. S.; Debouck, C.; Tomaszek, T. J.; Et, A. Biochemistry 1993, 32 (31), 7972.
39. Kim, E. E.; Baker, C. T.; Dwyer, M. D.; Murcko, M. A.; Rao, B. G.; Tung, R. D.; Navia, M. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117 (3), 1181.
40. Chen, Z.; Li, Y.; Chen, E.; Hall, D. L.; Darke, P. L.; Culberson, C.; Shafer, J. A.; Kuo, L. C. J. Biol. Chem. 1994, 269 (42), 26344.
41. Jadhav, P. K.; Woerner, F. J.; Lam, P. Y.; Hodge, C. N.; Eyermann, C. J.; Man, H. W.; Daneker, W. F.; Bacheler, L. T.; Rayner, M. M.; Meek, J. L.; Erickson-Viitanen, S.; Jackson, D. A.; Calabrese, J. C.; Schadt, M.; Chang, C. H. J. Med. Chem. 1998, 41 (9), 1446.
42. Ala, P. J.; Deloskey, R. J.; Huston, E. E.; Jadhav, P. K.; Lam, P. Y.; Eyermann, C. J.; Hodge, C. N.; Schadt, M. C.; Lewandowski, F. A.; Weber, P. C.; Mccabe, D. D.; Duke, J. L.; Chang, C. H. J. Biol. Chem. 1998, 273 (20), 12325.
43. Kempf, D. J.; Marsh, K. C.; Denissen, J. F.; Mcdonald, E.; Vasavanonda, S.; Flentge, C. A.; Green, B. E.; Fino, L.; Park, C. H.; Kong, X. P.; Et, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1995, 92 (7), 2484.
44. Kervinen, J.; Lubkowski, J.; Zdanov, A.; Bhatt, D.; Dunn, B. M.; Hui, K. Y.; Powell, D. J.; Kay, J.; Wlodawer, A.; Gustchina, A. Protein Sci. 1998, 7 (11), 2314.
45. Abdel-Meguid, S. S.; Metcalf, B. W.; Carr, T. J.; Demarsh, P.; Desjarlais, R. L.; Fisher, S.; Green, D. W.; Ivanoff, L.; Lambert, D. M.; Murthy, K. H.; Et, A. Biochemistry 1994, 33 (39), 11671.
46. Specker, E.; Bottcher, J.; Lilie, H.; Heine, A.; Schoop, A.; Muller, G.; Griebenow, N.; Klebe, G. Angew. Chem., Int. Ed. Engv. 2005, 44 (20), 3140.
47. Clemente, J. C.; Coman, R. M.; Thiaville, M. M.; Janka, L. K.; Jeung, J. A.; Nukoolkarn, S.; Govindasamy, L.; Agbandje-Mckenna, M.; Mckenna, R.; Leelamanit, W.; Goodenow, M. M.; Dunn, B. M. Biochemistry 2006, 45 (17), 5468.
48. Munshi, S.; Chen, Z.; Li, Y.; Olsen, D. B.; Fraley, M. E.; Hungate, R. W.; Kuo, L. C. Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 1998, 54, 1053.
49. Skulnick, H. I.; Johnson, P. D.; Aristoff, P. A.; Morris, J. K.; Lovasz, K. D.; Howe, W. J.; Watenpaugh, K. D.; Janakiraman, M. N.; Anderson, D. J.; Reischer, R. J.; Schwartz, T. M.; Banitt, L. S.; Tomich, P. K.; Lynn, J. C.; Horng, M. M.; Chong, K. T.; Hinshaw, R. R.; Dolak, L. A.; Seest, E. P.; Schwende, F. J.; Rush, B. D.; Howard, G. M.; Toth, L. N.; Wilkinson, K. R.; Romines, K. R.; Et, A. J. Med. Chem. 1997, 40 (7), 1149.
50. Steinbeck, C.; Han, Y.; Kuhn, S.; Horlacher, O.; Luttmann, E.; Willighagen, E. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2003, 43 (2), 493.
51. Steinbeck, C.; Hoppe, C.; Kuhn, S.; Floris, M.; Guha, R.; Willighagen, E. L. Curr. Pharm. Des. 2006, 12 (17), 2111.
52. Molecular Operation Eenvironment, version 2008. 10, Chemical Computing Group Inc., Montreal, Quebec, Canada, 2008.
53. Lewell, X. Q.; Smith, R. J. Mol. Graph. Model. 1997, 15 (1), 43, 55.
54. Zhu, R.; Zhang, X.; Dong, X.; Chen, M. Chin. J. Chem. 2006, 24 (11), 1493.