Analysis of tandem mass spectra by FTMS for improved large-scale proteomics with superior protein quantification

Analytical Chemistry

Volumn 82, Issue 1, 2010, Pages 316-322

  McAlister, Graeme C ^a   Phanstiel, Doug ^a   Wenger, Craig D ^a   Violet Lee, M ^a   Coon, Joshua J ^a,b  

^a UNIVERSITY OF WISCONSIN MADISON   (United States)

^b UNIVERSITY OF WISCONSIN SCHOOL OF MEDICINE AND PUBLIC HEALTH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DUTY CYCLES; HIGH RESOLUTION; ION GUIDE; ION-TRAP DETECTION; LARGE-SCALE ANALYSIS; LINEAR ION TRAP; NANOLC-MS/MS; ORBITRAP; PEPTIDE IDENTIFICATION; PROTEIN QUANTIFICATION; PROTEOMICS; QUADRUPOLES; SHOTGUN PROTEOMICS; STANDARD METHOD; TANDEM MASS SPECTRA; TANDEM MASS SPECTRAL DATA; TECHNOLOGICAL ADVANCES;

ELECTRON TRAPS; MASS SPECTROMETERS; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR BIOLOGY; PROTEINS;

IONS;

PROTEIN;

ARTICLE; CHEMISTRY; FOURIER ANALYSIS; METHODOLOGY; PROTEOMICS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

FOURIER ANALYSIS; PROTEINS; PROTEOMICS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 75749136525     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac902005s     Document Type: Article

References (58)

1. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242.
2. de Godoy, L. M. F.; Olsen, J. V.; Cox, J.; Nielsen, M. L.; Hubner, N. C.; Frohlich, F.; Walther, T. C.; Mann, M. Nature 2008, 455, 1251.
3. Mcluckey, S. A.; Glish, G. L.; Asano, K. G. Anal. Chim. Acta 1989, 225, 25.
4. Vanberkel, G. J.; Glish, G. L.; Mcluckey, S. A. Anal. Chem. 1990, 62, 1284.
5. Vanberkel, G. J.; Mcluckey, S. A.; Glish, G. L. Anal. Chem. 1991, 63, 1098.
6. Mcluckey, S. A.; Vanberkel, G. J.; Glish, G. L.; Huang, E. C.; Henion, J. D. Anal. Chem. 1991, 63, 375.
7. Brains, A. P.; Covey, T. R.; Henion, J. D. Anal. Chem. 1987, 59, 2642.
8. Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Science 1989, 246, 64.
9. Schwartz, J. C.; Senko, M. W.; Syka, J. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 659.
10. Hager, J. W. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 512.
11. Welling, M.; Schuessler, H. A.; Thompson, R. I.; Walther, H. Int. J. Mass Spectrom. 1998, 172, 95.
12. Syka, J. E. P.; Marto, J. A.; Bai, D. L.; Homing, S.; Senko, M. W.; Schwartz, J. C.; Ueberheide, B.; Garcia, B.; Busby, S.; Muratore, T.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. J. Proteome Res. 2004, 3, 621.
13. Makarov, A.; Denisov, E.; Kholomeev, A.; Baischun, W.; Lange, O.; Strupat, K.; Homing, S. Anal. Chem. 2006, 78, 2113.
14. Yates, J. R.; Cociorva, D.; Liao, L. J.; Zabrouskov, V. Anal. Chem. 2006, 78, 493.
15. Haas, W.; Faherty, B. K.; Gerber, S. A.; Elias, J. E.; Beausoleil, S. A.; Bakalarski, C. E.; Li, X.; Villen, J.; Gygi, S. P. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 1326.
16. Bakalarski, C. E.; Haas, W.; Dephoure, N. E.; Gygi, S. P. Anal. Bioanal. Chem. 2007, 389, 1409.
17. Boyne, M. T.; Garcia, B. A.; Li, M.; Zamdborg, L.; Wenger, C. D.; Babai, S.; Kelleher, N. L. J. Proteome Res. 2009, 8, 374.
18. Elias, J. E.; Gygi, S. P. Nat. Methods 2007, 4, 207.
19. Mann, M.; Kelleher, N. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 18132.
20. Scherl, A.; Shaffer, S. A.; Taylor, G. K.; Hernandez, P.; Appel, R. D.; Binz, P. A.; Goodlett, D. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 891.
21. Parks, B. A.; Jiang, L.; Thomas, P. M.; Wenger, C. D.; Roth, M. J.; Boyne, M. T., 2nd; Burke, P. V.; Kwast, K. E.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2007, 79, 7984.
22. Wenger, C. D.; Boyne, M. T., II; Ferguson, J. T.; Robinson, D.E.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2008, 80, 8055.
23. Wouters, E. R.; Splendore, M.; Mullen, C.; Schwartz, J. C.; Senko, M. W.; Dunyach, J.-J. In 57th Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics , Philadelphia, PA, 2009.
24. Pekar Second, T.; Blethrow, J. D.; Schwartz, J. C.; Merrihew, G. E.; Maccoss, M. J.; Swaney, D. L.; Russell, J. D.; Coon, J. J.; Zabrouskov, V. Anal. Chem. 2009, 81, 7757-7765.
25. Damoc, E.; Denisov, E.; Blethrow, J.; Second, T. P.; Zabrouskov, V.; Griep-Raming, J.; Makarov, A.; Moehring, T. In 57th Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics; Philadelphia, PA, 2009.
26. Olsen, J. V.; Macek, B.; Lange, O.; Makarov, A.; Horning, S.; Mann, M. Nat Methods 2007, 4, 709.
27. Phanstiel, D.; Unwin, R.; McAlister, G. C.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2009, 81, 1693.
28. Phanstiel, D.; Zhang, Y.; Marto, J. A.; Coon, J. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 1255.
29. Zhang, Y.; Ficarro, S. B.; Li, S. J.; Marto, J. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 1425.
30. Good, D. M.; Wenger, C. D.; McAlister, G. C.; Bai, D. L.; Hunt, D. F.; Coon, J. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 1435.
31. Geer, L. Y.; Markey, S. P.; Kowalak, J. A.; Wagner, L.; Xu, M.; Maynard, D. M.; Yang, X. Y.; Shi, W. Y.; Bryant, S. H. J. Proteome Res. 2004, 3, 958.
32. Kersey, P. J.; Duarte, J.; Williams, A.; Karavidopoulou, Y.; Bimey, E.; Apweiler, R. Proteomics 2004, 4, 1985.
33. Mcluckey, S. A.; Glish, G. L.; Kelley, P. E. Anal. Chem. 1987, 59, 1670.
34. Louris, J. N.; Brodbeltlustig, J. S.; Cooks, R. G.; Glish, G. L.; Vanberkel, G. J.; Mcluckey, S. A. Int. J. Mass Spectrom. 1990, 96, 117.
35. March, R. E.; McMahon, A. W.; Allinson, E. T.; Londry, F. A.; Alfred, R. L.; Todd, J. F. J.; Vedel, F. Int. J. Mass Spectrom. 1990, 99, 109.
36. McLafferty, F. W.; Venktaraghavan, R.; Irving, P. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1970, 39, 274.
37. Wipf, H. K.; Irving, P.; McCamish, M.; Venkataraghavan, R.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1973, 95, 3369.
38. Hunt, D. F.; Yates, J. R.; Shabanowitz, J.; Winston, S.; Hauer, C. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1986, 83, 6233.
39. Masselon, C.; Anderson, G. A.; Harkewicz, R.; Bruce, J. E.; Pasa-Tolic, L.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2000, 72, 1918.
40. Panchaud, A.; Scherl, A.; Shaffer, S. A.; von Haller, P. D.; Kulasekara, H. D.; Miller, S. I.; Goodlett, D. R. Anal. Chem. 2009, 81, 6481.
41. Purvine, S.; Eppel, J. T.; Yi, E. C.; Goodlett, D. R. Proteomics 2003, 3, 847.
42. Venable, J. D.; Dong, M. Q.; Wohlschlegel, J.; Dillin, A.; Yates, J. R. Nat. Methods 2004, 1, 39.
43. Meng, F. Y.; Cargile, B. J.; Miller, L. M.; Forbes, A. J.; Johnson, J. R.; Kelleher, N. L. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 952.
44. Thompson, A.; Schafer, J.; Kuhn, K.; Kienle, S.; Schwarz, J.; Schmidt, G.; Neumann, T.; Hamon, C. Anal. Chem. 2003, 75, 1895.
45. Ross, P. L.; Huang, Y. L. N.; Marchese, J. N.; Williamson, B.; Parker, K.; Hattan, S.; Khainovski, N.; Pillai, S.; Dey, S.; Daniels, S.; Purkayastha, S.; Juhasz, P.; Martin, S.; Bartlet-Jones, M.; He, F.; Jacobson, A.; Pappin, D. J. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 1154.
46. Griffin, T. J.; Xie, H. W.; Bandhakavi, S.; Popko, J.; Mohan, A.; Carlis, J. V.; Higgins, L. J. Proteome Res. 2007, 6, 4200.
47. Bantscheff, M.; Boesche, M.; Eberhard, D.; Matthieson, T.; Sweetman, G.; Kuster, B. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 1702.
48. McAlister, G. C.; Phanstiel, D.; Good, D. M.; Berggren, W. T.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2007, 79, 3525.
49. McAlister, G. C.; Berggren, W. T.; Griep-Raming, J.; Horning, S.; Makarov, A.; Phanstiel, D.; Stafford, G.; Swaney, D. L.; Syka, J. E. P.; Zabrouskov, V.; Coon, J. J. J. Proteome Res. 2008, 7, 3127.
50. Kaplan, D. A.; Hartmer, R.; Speir, J. P.; Stoermer, C.; Gumerov, D.; Easterling, M. L.; Brekenfeld, A.; Kim, T.; Laukien, F.; Park, M. A. Rapid. Commun. Mass. Spectrom. 2008, 22, 271.
51. Hubler, S. L.; Jue, A.; Keith, J.; McAlister, G. C.; Craciun, G.; Coon, J. J. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 6388.
52. Ueberheide, B. M.; Fenyo, D.; Alewood, P. F.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 6910.
53. Spengler, B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 703.
54. Spengler, B. Eur. J. Mass Spectrom. 2007, 13, 83.
55. Horn, D. M.; Zubarev, R. A.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 10313.
56. Budnik, B. A.; Olsen, J. V.; Egorov, T. A.; Anisimova, V. E.; Galkina, T. G.; Musolyamov, A. K.; Grishin, E. V.; Zubarev, R. A. J. Mass Spectrom. 2004, 39, 193.
57. Savitski, M. M.; Nielsen, M. L.; Kjeldsen, F.; Zubarev, R. A. J. Proteome Res. 2005, 4, 2348.
58. Frank, A. M.; Savitski, M. M.; Nielsen, M. L.; Zubarev, R. A.; Pevzner, P. A. J. Proteome Res. 2007, 6, 114.