Computational studies on structural and optical properties of single-stranded DNA encapsulated silver/gold clusters

Journal of Materials Chemistry

Volumn 22, Issue 14, 2012, Pages 6774-6781

  Samanta, Pralok K ^a   Periyasamy, Ganga ^a   Manna, Arun K ^a   Pati, Swapan K ^a  

^a JAWAHARLAL NEHRU CENTRE FOR ADVANCED SCIENTIFIC RESEARCH   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AQUEOUS MEDIA; BINDING AFFINITIES; BINDING MODES; COMPUTATIONAL STUDIES; CONFORMATIONAL CHANGE; DENSITY FUNCTIONALS; FRONTIER ORBITALS; MD SIMULATION; METAL CLUSTER; NUCLEOBASES; OPTICAL RESPONSE; SIMULATED STRUCTURE; SINGLE-STRANDED DNA; SINGLE-STRANDED DNA (SS-DNA); STRUCTURAL AND OPTICAL PROPERTIES;

BINDING ENERGY; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; DNA; METALS; MOLECULAR DYNAMICS; OPTICAL PROPERTIES;

SCAFFOLDS;

EID: 84858718853     PISSN: 09599428     EISSN: 13645501     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2jm16068d     Document Type: Article

References (87)

1. T. Vosch Y. Antoku J. C. Hsiang C. I. Richards J. I. Gonzalez R. M. Dickson Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 12616 12621
2. J. H. Yu S. Choi R. M. Dickson Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 318 320
3. C. A. J. Lin C. H. Lee J. T. Hsieh H. H. Wang J. K. Li J. L. Shen W. H. Chan H. I. Yeh W. H. Chang J. Med. Biol. Eng. 2009 29 276 283
4. I. Diez R. H. A. Ras Nanoscale 2011 3 1963 1970
5. O. Kysil K. Simonova V. Frolov E. Buzaneva M. Köhler G. Gobsch U. Ritter P. Scharff Materialwiss. Werkstofftech. 2009 40 290
6. T. H. Lee J. I. Gonzalez J. Zheng R. M. Dickson Acc. Chem. Res. 2005 38 534 541
7. C. C. Huang Z. Yang K. H. Lee H. T. Chang Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 6824 6828
8. T. G. Schaaff R. L. Whetten J. Phys. Chem. B 2000 104 2630 2641
9. I. L. Garzon J. A. Reyes-Nava J. I. Rodriguez-Hernandez I. Sigal M. R. Beltran K. Michaelian Phys. Rev. B: Condens. Matter 2002 66 4
10. C. Gautier T. Burgi J. Am. Chem. Soc. 2008 130 7077 7084
11. C. E. Roman-Velazquez C. Noguez I. L. Garzon J. Phys. Chem. B 2003 107 12035 12038
12. P. Crespo R. Litran T. C. Rojas M. Multigner J. M. de la Fuente J. C. Sanchez-Lopez M. A. Garcia A. Hernando S. Penades A. Fernandez Phys. Rev. Lett. 2004 93 4
13. U. Maitra B. Das N. Kumar A. Sundarsen C. N. R. Rao ChemPhysChem 2011 12 2322 2327
14. R. C. Triulzi M. Micic S. Giordani M. Serry W. A. Chiou R. M. Leblanc Chem. Commun. 2006 5068 5070
15. C. C. Huang C. K. Chiang Z. H. Lin K. H. Lee H. T. Chang Anal. Chem. 2008 80 1497 1504
16. D. Yang M. J. Campolongo T. N. N. Tran R. C. H. Ruiz J. S. Kahn D. Luo Wiley Interdiscip. Rev.: Nanomed. Nanobiotechnol. 2010 2 648 669
17. L. Hao P. C. Patel A. H. Alhasan D. A. Giljohann C. A. Mirkin Small 2011 7 3158 3162
18. R. Y. Tsien Annu. Rev. Biochem. 1998 67 509 544
19. W. C. W. Chan S. M. Nie Science 1998 281 2016 2018
20. J. Zheng R. M. Dickson J. Am. Chem. Soc. 2002 124 13982 13983
21. S. I. Tanaka J. Miyazaki D. K. Tiwari T. Jin Y. Inouye Angew. Chem., Int. Ed. 2011 50 431 435
22. J. G. Zhang S. Q. Xu E. Kumacheva Adv. Mater. 2005 17 2336 2340
23. I. Diez M. Pusa S. Kulmala H. Jiang A. Walther A. S. Goldmann A. H. E. Muller O. Ikkala R. H. A. Ras Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 2122 2125
24. E. G. Gwinn P. O'Neill A. J. Guerrero D. Bouwmeester D. K. Fygenson Adv. Mater. 2008 20 279 283
25. J. T. Petty J. Zheng N. V. Hud R. M. Dickson J. Am. Chem. Soc. 2004 126 5207 5212
26. J. T. Petty C. Y. Fan S. P. Story B. Sengupta A. S. Iyer Z. Prudowsky R. M. Dickson J. Phys. Chem. Lett. 2010 1 2524 2529
27. J. Sharma H. C. Yeh H. Yoo J. H. Werner J. S. Martinez Chem. Commun. 2010 46 3280 3282
28. J. Y. Kim J. S. Lee Nano Lett. 2009 9 4564 4569
29. Y. P. Bao C. Zhong D. M. Vu J. P. Temirov R. B. Dyer J. S. Martinez J. Phys. Chem. C 2007 111 12194 12198
30. C. A. J. Lin T. Y. Yang C. H. Lee S. H. Huang R. A. Sperling M. Zanella J. K. Li J. L. Shen H. H. Wang H. I. Yeh W. J. Parak W. H. Chang ACS Nano 2009 3 395 401
31. R. Schreiber S. Kempter S. Holler V. Schueller D. Schiffels S. S. Simmel P. C. Nickels T. Liedl Small 2011 7 1795 1799
32. R. J. Macfarlane B. Lee M. R. Jones N. Harris G. C. Schatz C. A. Mirkin Science 2011 334 204 208
33. B. Sengupta C. M. Ritchie J. G. Buckman K. R. Johnsen P. M. Goodwin J. T. Petty J. Phys. Chem. C 2008 112 18776 18782
34. J. J. Gossett S. C. Harvey Nano Lett. 2011 11 604 608
35. N. C. Seeman Nature 2003 421 427 431
36. H. Yan S. H. Park G. Finkelstein J. H. Reif T. H. LaBean Science 2003 301 1882 1884
37. J. Zheng P. R. Nicovich R. M. Dickson Annu. Rev. Phys. Chem. 2007 58 409 431
38. A. P. Demchenko, Advance Fluoresence Reports in Chemistry and Biology II, In Springer Series on Fluoresence, Berlin, 2010, Vol. 9
39. N. W. Ashcroft and N. D. Mermin, Solid State Physics, Saunders College, Philadelphia, 1976
40. M. B. Mohamed V. Vilkov S. Link M. A. El-Sayed Chem. Phys. Lett. 2000 317 517 523
41. G. T. Boyd Z. H. Yu Y. R. Shen Phys. Rev. B 1986 33 7923 7936
42. C. D. Geddes A. Parfenov I. Gryczynski J. R. Lakowicz J. Phys. Chem. B 2003 107 9989 9993
43. S. Link M. A. Ei-Sayed Annu. Rev. Phys. Chem. 2003 54 331 366
44. J. Zheng C. W. Zhang R. M. Dickson Phys. Rev. Lett. 2004 93 77402 77406
45. T. Yamane N. Davidson Biochim. Biophys. Acta 1962 55 609 621
46. K. F. Luk A. H. Maki R. J. Hoover J. Am. Chem. Soc. 1975 97 1241 1242
47. C. M. Ritchie K. R. Johnsen J. R. Kiser Y. Antoku R. M. Dickson J. T. Petty J. Phys. Chem. C 2007 111 175 181
48. H. C. Yeh, J. Sharma, H. Yoo, J. S. Martinez and J. H. Werner, in Reporters, Markers, Dyes, Nanoparticles, and Molecular Probes for Biomedical Applications Ii, ed., S. Achilefu, and, R. Raghavachari, Spie-Int Soc Optical Engineering, Bellingham
49. V. Soto-Verdugo H. Metiu E. Gwinn J. Chem. Phys. 2010 132 195102 195112
50. E. S. Kryachko F. Remacle Nano Lett. 2005 5 735 739
51. G. Brancolini R. Di Felice J. Phys. Chem. B 2008 112 14281 14290
52. S. Piana A. Bilic J. Phys. Chem. B 2006 110 23467 23471
53. O. S. Lee G. C. Schatz J. Phys. Chem. C 2009 113 2316 2321
54. O. S. Lee G. C. Schatz J. Phys. Chem. C 2009 113 15941 15947
55. O. S. Lee T. R. Prytkova G. C. Schatz J. Phys. Chem. Lett. 2010 1 1781 1788
56. J. P. K. Doye D. J. Wales New J. Chem. 1998 22 733 744
57. D. A. Case, T. A. Dordon, T. E. Cheatham, III, C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, R. C. Walker, W. Zhang, K. M. Merz, B. Roberts, B. Wang, S. Hayik, A. Roitberg, G. Seabra, I. Kolossvai, K. F. Wong, F. Paesani, J. Vanicek, J. Liu, X. Wu, S. R. Brozell, T. Steinbrecher, H. Gohlke, Q. Cai, X. Ye, J. Wang, M.-J. Hsieh, G. Cui, D. R. Roe, D. H. Mathews, M. G. Seetin, C. Sagui, V. Babin, T. Luchko, S. Gusarov, A. Kovalenko, and P. A. Kollman, Amber 9, University of California, San Francisco, 2010
58. W. D. Cornell P. Cieplak C. I. Bayly I. R. Gould K. M. Merz D. M. Ferguson D. C. Spellmeyer T. Fox J. W. Caldwell P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1995 117 5179 5197
59. P. Guan D. R. McKenzie B. A. Pailthorpe J. Phys.: Condens. Matter 1996 8 8753 8762
60. T. Halicioglu G. M. Pound Phys. Status Solidi A 1975 30 619 623
61. C. Chipot and A. Pohorille, Free Energy Calculations: Theory and Applications in Chemistry and Biology, In Springer Series in Chemical Physics, 1st edn., Berlin, 2007
62. W. L. Jorgensen J. Am. Chem. Soc. 1981 103 335 340
63. B. Hess C. Kutzner D. van der Spoel E. Lindahl J. Chem. Theory Comput. 2008 4 435 447
64. G. Bussi D. Donadio M. Parrinello J. Chem. Phys. 2007 126 14101 14108
65. H. J. C. Berendsen J. P. M. Postma W. F. van Gunsteren A. DiNola J. R. Haak J. Chem. Phys. 1984 81 3684 3690
66. T. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 1993 98 10089 10092
67. W. Humphrey A. Dalke K. Schulten J. Mol. Graphics 1996 14 33
68. R. R. Johnson A. T. C. Johnson M. L. Klein Small 2010 6 31 34
69. J. M. Soler E. Artacho J. D. Gale A. Garcia J. Junquera P. Ordejon D. Sanchez-Portal J. Phys.: Condens. Matter 2002 14 2745 2779
70. J. P. Perdew K. Burke M. Ernzerhof Phys. Rev. Lett. 1996 77 3865 3868
71. O. F. Sankey D. J. Niklewski Phys. Rev. B 1989 40 3979 3995
72. C. D. M. Churchill S. D. Wetmore Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 16373 16383
73. V. Labet C. Morell A. Grand J. Cadet P. Cimino V. Barone Org. Biomol. Chem. 2008 6 3300 3305
74. A. L. Millen R. A. Manderville S. D. Wetmore J. Phys. Chem. B 2010 114 4373 4382
75. P. Schyman L. A. Eriksson R. B. Zhang A. Laaksonen Chem. Phys. Lett. 2008 458 186 189
76. P. Schyman R.b. Zhang L. A. Eriksson A. Laaksonen Phys. Chem. Chem. Phys. 2007 9 5975 5979
77. C. K. Rowan I. Paci J. Phys. Chem. C 2011 115 8316 8324
78. A. Hubsch R. G. Endres D. L. Cox R. R. P. Singh Phys. Rev. Lett. 2005 94 178102 178106
79. S. S. Mallajosyula J. C. Lin D. L. Cox S. K. Pati R. R. P. Singh Phys. Rev. Lett. 2008 101 176805 176809
80. S. S. Mallajosyula S. K. Pati Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 4977 4981
81. S. S. Mallajosyula P. Parida S. K. Pati J. Mater. Chem. 2009 19 1761 1766
82. R. M. Izatt J. J. Christensen J. H. Rytting Chem. Rev. 1971 71 439 481
83. P. J. Mohan A. Datta S. S. Mallajosyula S. K. Pati J. Phys. Chem. B 2006 110 18661 18664
84. H. Hakkinen M. Moseler U. Landman Phys. Rev. Lett. 2002 89 33401
85. S. Ogut J. C. Idrobo J. Jellinek J. Wang J. Cluster Sci. 2006 17 609 626
86. M. Harb F. Rabilloud D. Simon A. Rydlo S. Lecoultre F. Conus V. Rodrigues C. Felix J. Chem. Phys. 2008 129 194108 194117
87. J. C. Idrobo W. Walkosz S. F. Yip S. Ogut J. Wang J. Jellinek Phys. Rev. B 2007 76 205422