In situ phytoplankton analysis: Theres plenty of room at the bottom

Analytical Chemistry

Volumn 84, Issue 2, 2012, Pages 839-850

  Erickson, Jeffrey S ^a   Hashemi, Nastaran ^a   Sullivan, James M ^b   Weidemann, Alan D ^a   Ligler, Frances S ^a  

^a NAVAL RESEARCH LABORATORY   (United States)

^b WET Labs Inc   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANIMAL; BIOASSAY; CHEMISTRY; DRUG EFFECT; ENVIRONMENTAL MONITORING; HUMAN; ISOLATION AND PURIFICATION; MARINE BIOLOGY; METHODOLOGY; PHYTOPLANKTON; REVIEW; WATER POLLUTANT;

ANIMALS; BIOLOGICAL ASSAY; ENVIRONMENTAL MONITORING; HUMANS; MARINE BIOLOGY; PHYTOPLANKTON; WATER POLLUTANTS, CHEMICAL;

EID: 84855973876     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac201623k     Document Type: Review

References (90)

1. Lomas, M. W.; Bronk, D. A.; Engh, G. v. d. Annu. Rev. Mar. Sci. 2011, 3, 537
2. Legendre, L.; Courties, C.; Troussellier, M. Cytometry, Part A 2001, 44, 164
3. Kitsiou, D.; Karydis, M. Environ. Int. 2011, 37, 778
4. Rutten, T. P. A.; Sandee, B.; Hofman, A. R. T. Cytometry, Part A 2005, 64A, 16
5. Stumpf, R. P. Hum. Ecol. Risk Assess. 2001, 7, 1363
6. Amin, R.; Zhou, J.; Gilerson, A.; Gross, B.; Moshary, F.; Ahmed, S. Opt. Express 2009, 17, 9126
7. http://oceancolor.gsfc.nasa.gov/.
8. Robbins, I. C., Masters Thesis, California Polytechnic State University, San Luis Obispo, CA, 2005.
9. Hu, C.; Muller-Karger, F. E.; Taylor, C. J.; Carder, K. L.; Kelble, C.; Johns, E.; Heil, C. A. Remote Sens. Environ. 2005, 97, 311
10. Lewitus, A. J.; White, D. L.; Tymowski, R. G.; Geesey, M. E.; Hymel, S. N.; Noble, P. A. Estuaries 2005, 28, 160
11. See, J. H.; Campbell, L.; Richardson, T. L.; Pinckney, J. L.; Shen, R. J. Phycol. 2005, 41, 305
12. Dubelaar, G. B. J.; Jonker, R. R. Scie. Mar. 2000, 64, 135
13. Collier, J. L. J. Phycol. 2000, 36, 628
14. Legendre, L.; Yentsch, C. M. Cytometry, Part A 1989, 10, 501
15. Moore, C.; Barnard, A.; Fietzek, P.; Lewis, M. R.; Sosik, H. M.; White, S.; Zielinski, O. Ocean Sci. 2009, 5, 661
16. Benfield, M. C.; Grosjean, P.; Culverhouse, P. F.; Irigoien, X.; Sieracki, M. E.; Lopez-Urrutia, A.; Dam, H. G.; Hu, Q.; Davis, C. S.; Hansen, A.; Pilskaln, C. H.; Riseman, E. M.; Schultz, H.; Utgoff, P. E.; Gorsky, G. Oceanography 2007, 20, 172
17. Sullivan, J. M.; Holliday, D. V.; McFarland, M.; McManus, M. A.; Cheriton, O. M.; Benoit-Bird, K. J.; Goodman, L.; Wang, Z. K.; Ryan, J. P.; Stacey, M.; Greenlaw, C.; Moline, M. A. Continental Shelf Res. 2010, 30, 1
18. Sullivan, J. M.; Donaghay, P. L.; Rines, J. E. B. Continental Shelf Res. 2010, 30, 50
19. Raitsos, D. E.; Lavender, S. J.; Maravelias, C. D.; Haralabous, J.; McQuatters-Gollop, A.; Edwards, M.; Reid, P. C. Int. J. Remote Sens. 2011, 32, 2081
20. Godhe, A.; Cusack, C.; Pedersen, J.; Andersen, P.; Anderson, D. M.; Bresnan, E.; Cembella, A.; Dahl, E.; Diercks, S.; Elbrachter, M.; Edler, L.; Galluzzi, L.; Gescher, C.; Gladstone, M.; Karlson, B.; Kulis, D.; LeGresley, M.; Lindahl, O.; Marin, R.; McDermott, G.; Medlin, L. K.; Naustvoll, L.-J.; Penna, A.; Tobe, K. Harmful Algae 2007, 6, 56
21. Galluzzi, L.; Bertozzini, E.; Penna, A.; Perini, F.; Garces, E.; Magnani, M. J. Appl. Phycol. 2010, 22, 1
22. Rasconi, S.; Jobard, M.; Jouve, L.; Sime-Ngando, T. Appl. Environ. Microbiol. 2009, 75, 2545
23. Sarmento, H.; Descy, J.-P. J. Appl. Phycol. 2008, 20, 1001
24. Picheral, M.; Guidi, L.; Stemmann, L.; Karl, D. M.; Iddaoud, G.; Gorsky, G. Limnol. Oceanogr.: Methods 2010, 8, 462
25. Phinney, D. A.; Cucci, T. L. Cytometry, Part A 1989, 10, 511
26. Ackelson, S. G.; Spinrad, R. W. Appl. Opt. 1988, 27, 1270
27. Vaillancourt, R. D.; Brown, C. W.; Guillard, R. R. L.; Balch, W. M. J. Plankton Res. 2004, 26, 191
28. Whitmire, A. L.; Pegau, W. S.; Karp-Boss, L.; Boss, E.; Cowles, T. J. Opt. Express 2010, 18, 15073
29. Hofstraat, J. W.; Vreeze, M. E. J. d.; Zeijl, W. J. M. v.; Peperzak, L.; Peeters, J. C. H.; Balfoort, H. W. J. Fluoresc. 1991, 1, 249
30. Dubelaar, G. B. J.; Gerritzen, P. L. Sci. Mar. 2000, 64, 255
31. Rodenacker, K.; Hense, B.; Jutting, U.; Gais, P. Microsc. Res. Tech. 2006, 69, 708
32. Blaschko, M. B.; Holness, G.; Mattar, M. A.; Lisin, D.; Utgoff, P. E.; Hanson, A. R.; Schultz, H.; Riseman, E. M. In Seventh IEEE Workshop on Application of Computer Vision (WACV/MOTIONS 05); IEEE: Breckenridge, CO, 2005; Vol. 1, p 79.
33. Sieracki, C. K.; Sieracki, M. E.; Yentsch, C. S. Mar. Ecol.: Prog. Ser. 1998, 168, 285
34. Gorsky, G.; Ohman, M. D.; Picheral, M.; Gasparini, S.; Stemmann, L.; Romagnan, J.-B.; Cawood, A.; Pesant, S.; Garcia-Comas, C.; Prejger, F. J. Plankton Res. 2010, 32, 285
35. Katz, J.; Donaghay, P. L.; Zhang, J.; King, S.; Russell, K. Deep-Sea Res., Part I 1999, 46, 1455
36. Pfitsch, D. W.; Malkiel, E.; Takagi, M.; Ronzhes, Y.; King, S.; Sheng, J.; Katz, J. In Oceans 2007 2007, p 1.
37. Zhang, J.; Tao, B.; Katz, J. Exp. Fluids 1997, 23, 373
38. Tao, B.; Katz, J.; Meneveau, C. J. Fluid Mech. 2002, 457, 35
39. Sheng, J.; Malkiel, E.; Katz, J. Appl. Opt. 2003, 42, 235
40. Malkiel, E.; Abras, J. N.; Widder, E. A.; Katz, J. J. Plankton Res. 2006, 28, 149
41. Malkiel, E.; Abras, J. N.; Katz, J. Meas. Sci. Technol. 2004, 15, 601
42. Sheng, J.; Malkiel, E.; Katz, J.; Adolf, J.; Belas, R.; Place, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 17512
43. Reynolds, C. S.; Huszar, V.; Kruk, C.; Naselli-Flores, L.; Melo, S. J. Plankton Res. 2002, 24, 417
44. Kirk, J. T. O. Light and Photosynthesis in Aquatic Ecosystems, 3 rd ed.; Cambridge University Press: New York, 2010.
45. Kirkpatrick, G. J.; Orrico, C.; Moline, M. A.; Oliver, M.; Schofield, O. M. Appl. Opt. 2003, 42, 6564
46. Millie, D. F.; Schofield, O. M.; Kirkpatrick, G. J.; Johnsen, G.; Tester, P. A.; Vinyard, B. T. Limnol. Oceanogr. 1997, 45, 1240
47. Butler, W. L.; Hopkins, D. W. Photochem. Photobiol. 1970, 12, 451
48. Staehr, P. A.; Cullen, J. J. J. Plankton Res. 2003, 25, 1237
49. Robbins, I. C.; Kirkpatrick, G. J.; Blackwell, S. M.; Hillier, J.; Knight, C. A.; Moline, M. A. Harmful Algae 2006, 5, 749
50. Kitajima, M.; Butler, W. L. Biochim. Biophys. Acta 1975, 376, 105
51. Rottgers, R. Deep-Sea Res., Part I 2007, 54, 437
52. Chekalyuk, A.; Hafez, M. Limnol. Oceanogr.: Methods 2008, 6, 591
53. Hill, L. S., Ph.D. Thesis, University of South Carolina, Columbia, SC, 2011.
54. Hill, L. S.; Richardson, T. L.; Profeta, L. T. M.; Shaw, T. J.; Hintz, C. J.; Twining, B. S.; Lawrenz, E.; Myrick, M. L. Rev. Sci. Instrum. 2010, 81, 013103
55. Hill, L. S.; Richardson, T. L.; Swanstrom, J. A.; Donaldson, K. A.; Allora, M.; Shaw, T. J.; Myrick, M. L. Appl. Spectrosc. submitted for publication.
56. Cellamare, M.; Rolland, A.; Jacquet, S. J. Appl. Phycol. 2010, 22, 87
57. Malkassian, A.; Nerini, D.; Dijk, M. A. v.; Thyssen, M.; Mante, C.; Gregori, G. Cytometry, Part A 2011, 79A, 263
58. Shapiro, H. M. Practical Flow Cytometry, 4 th ed.; John Wiley and Sons, Inc.: Hoboken, NJ, 2003.
59. Sosik, H. M.; Olson, R. J.; Armbrust, E. V. Flow Cytometry in Phytoplankton Research. In Chlorophyll a Fluorescence in Aquatic Sciences: Methods and Applications; Suggest, D. J.; Prásil, O.; Borowitzka, M. A., Eds.; Springer Science+Business Media B.V.; New York, 2010; Vol. 4.
60. Chisholm, S. W.; Olson, R. J.; Zettler, E. R.; Goericke, R.; Waterbury, J. B.; Welschmeyer, N. A. Nature 1988, 334, 340
61. Zubkov, M. V.; Burkill, P. H. Cytometry, Part A 2006, 69A, 1010
62. Peeters, J. C. H.; Dubelaar, G. B. J.; Ringelberg, J.; Visser, J. W. M. Cytometry, Part A 1989, 10, 522
63. Dubelaar, G. B. J.; Groenewegen, A. C.; Stokdijk, W.; Engh, G. J. v. d.; Visser, J. W. M. Cytometry, Part A 1989, 10, 529
64. Jonker, R. R.; Meulemans, J. T.; Dubelaar, G. B. J.; Wilkins, M. F.; Ringelberg, J. Water Sci. Technol. 1995, 32, 177
65. Dubelaar, G. B. J.; Gerritzen, P. L.; Beeker, A. E. R.; Jonker, R. R.; Tangen, K. Cytometry, Part A 1999, 37, 247
66. Olson, R. J.; Shalapyonok, A.; Sosik, H. M. Deep-Sea Res., Part I 2003, 50, 301
67. Sosik, H. M.; Olson, R. J.; Neubert, M. G.; Shalapyonok, A.; Solow, A. R. Limnol. Oceanogr. 2003, 48, 1756
68. Olson, R. J.; Sosik, H. M. Limnol. Oceanogr.: Methods 2007, 5, 195
69. Sosik, H. M.; Olson, R. J. Limnol. Oceanogr.: Methods 2007, 5, 204
70. Campbell, L.; Olson, R. J.; Sosik, H. M.; Abraham, A.; Henrichs, D. W.; Hyatt, C. J.; Buskey, E. J. J. Phycol. 2010, 46, 66
71. Shi, W.; Tai, Y.-C. In 14th International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences, Groningen, The Netherlands, 2010; p 342.
72. Golden, J. P.; Kim, J. S.; Erickson, J. S.; Hilliard, L. R.; Howell, P. B.; Anderson, G. P.; Nasir, M.; Ligler, F. S. Lab Chip 2009, 9, 1942
73. Kim, J. S.; Anderson, G. P.; Erickson, J. S.; Golden, J. P.; Nasir, M.; Ligler, F. S. Anal. Chem. 2009, 81, 5426
74. Hashemi, N.; Erickson, J. S.; Golden, J. P.; Ligler, F. S. Biomicrofluidics 2011, in press.
75. Hashemi, N.; Erickson, J. S.; Golden, J. P.; Jackson, K. M.; Ligler, F. S. Biosens. Bioelectron. 2011, 26, 4263
76. Thangawng, A. L.; Kim, J. S.; Golden, J. P.; Anderson, G. P.; Robertson, K. L.; Low, V.; Ligler, F. S. Anal. Bioanal. Chem. 2010, 398, 1871
77. Hashemi, N.; Howell, P. B.; Erickson, J. S.; Golden, J. P.; Ligler, F. S. Lab Chip 2010, 10, 1952
78. Benzazzi, G.; Homes, D.; Sun, T.; Mowlem, M. C.; Morgan, H. IET Nanobiotechnol. 2007, 1, 94
79. Cuvelier, M. L.; Allen, A. E.; Monier, A.; McCrow, J. P.; Messie, M.; Tringe, S. G.; Woyke, T.; Welsh, R. M.; Ishoey, T.; Lee, J.-H.; Binder, B. J.; DuPont, C. L.; Latasa, M.; Guigand, C.; Buck, K. R.; Hilton, J.; Thiagarajan, M.; Caler, E.; Read, B.; Lasken, R. S.; Chavez, F. P.; Worden, A. Z. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 14679
80. Fang, J.; Zhang, L. Sci. China: Earth Sci. 2011, 54, 473
81. Scholin, C.; Doucette, G.; Jensen, S.; Roman, B.; Pargett, D.; Marin, R.; Preston, C.; Jones, W.; Feldman, J.; Everlove, C.; Harris, A.; Alvarado, N.; Massion, E.; Birch, J.; Greenfield, D.; Vrijenhoek, R.; Mikulski, C.; Jones, K. Oceanography 2009, 22, 158
82. Greenfield, D. I.; Marin, R.; Jensen, S.; Massion, E.; Roman, B.; Feldman, J.; Scholin, C. A. Limnol. Oceanogr.: Methods 2006, 4, 426
83. Doucette, G. J.; Mikulski, C. M.; Jones, K. L.; King, K. L.; Greenfield, D. I.; Marin, R.; Jensen, S.; Roman, B.; Elliott, C. T.; Scholin, C. A. Harmful Algae 2009, 8, 880
84. Fries, D. P.; Paul, J. H.; Smith, M. C.; Farmer, A.; Casper, E.; Wilson, J. Microsc. Microanal. 2007, 13, 514
85. Paul, J.; Scholin, C.; Engh, G. v. d.; Perry, M. J. Oceanography 2007, 20, 70
86. Rynearson, T. A.; Newton, J. A.; Armburst, E. V. Limnol. Oceanogr. 2006, 51, 1249
87. http://www.photonics.com/Article.aspx?AID=33394.
88. http://www.cytobuoy.com/products/cytobuoy-flow-cytometer.php.
89. http://www.webbresearch.com/slocumglider.aspx.
90. Madin, K. Oceanus November 19, 2010, http://www.whoi.edu/oceanus/ viewArticle.do?id=78826§ionid=1021.