-
3
-
-
79953075221
-
-
Chodera, J. D.; Mobley, D. L.; Shirts, M. R.; Dixon, R. W.; Branson, K.; Pande, V. S. Curr. Opin. Struct. Biol. 2011, 21, 150-160
-
(2011)
Curr. Opin. Struct. Biol.
, vol.21
, pp. 150-160
-
-
Chodera, J.D.1
Mobley, D.L.2
Shirts, M.R.3
Dixon, R.W.4
Branson, K.5
Pande, V.S.6
-
4
-
-
0036680148
-
-
Shoichet, B. K.; McGovern, S. L.; Wei, B.; Irwin, J. J. Curr. Opin. Chem. Biol. 2002, 6, 439-446
-
(2002)
Curr. Opin. Chem. Biol.
, vol.6
, pp. 439-446
-
-
Shoichet, B.K.1
McGovern, S.L.2
Wei, B.3
Irwin, J.J.4
-
5
-
-
31544450787
-
-
Sherman, W.; Day, T.; Jacobson, M. P.; Friesner, R. A.; Farid, R. J. Med. Chem. 2006, 49, 534-553
-
(2006)
J. Med. Chem.
, vol.49
, pp. 534-553
-
-
Sherman, W.1
Day, T.2
Jacobson, M.P.3
Friesner, R.A.4
Farid, R.5
-
6
-
-
34547661861
-
-
Zhou, Z.; Felts, A. K.; Friesner, R. A.; Levy, R. M. J. Chem. Inf. Model. 2007, 47, 1599-1608
-
(2007)
J. Chem. Inf. Model.
, vol.47
, pp. 1599-1608
-
-
Zhou, Z.1
Felts, A.K.2
Friesner, R.A.3
Levy, R.M.4
-
10
-
-
80052805301
-
-
In; Christov, C. Academic Press: New York, Vol. Chapter Recent Theoretical and Computational Advances for Modeling Protein-Ligand Binding Affinities
-
Gallicchio, E.; Levy, R. M. In Advances in Protein Chemistry and Structural Biology; Christov, C., Ed.; Academic Press: New York, 2011; Vol. 85, Chapter Recent Theoretical and Computational Advances for Modeling Protein-Ligand Binding Affinities, pp 27-80.
-
(2011)
Advances in Protein Chemistry and Structural Biology
, vol.85
, pp. 27-80
-
-
Gallicchio, E.1
Levy, R.M.2
-
11
-
-
0031058541
-
-
Gilson, M. K.; Given, J. A.; Bush, B. L.; McCammon, J. A. Biophys. J. 1997, 72, 1047-1069
-
(1997)
Biophys. J.
, vol.72
, pp. 1047-1069
-
-
Gilson, M.K.1
Given, J.A.2
Bush, B.L.3
McCammon, J.A.4
-
12
-
-
0031637651
-
-
Hansson, T.; Marelius, J.; Aqvist, J. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1998, 12, 27-35
-
(1998)
J. Comput.-Aided Mol. Des.
, vol.12
, pp. 27-35
-
-
Hansson, T.1
Marelius, J.2
Aqvist, J.3
-
13
-
-
0035950792
-
-
Zhou, R.; Friesner, R. A.; Ghosh, A.; Rizzo, R. C.; Jorgensen, W. L.; Levy, R. M. J. Phys. Chem. 2001, 105, 10388-10397
-
(2001)
J. Phys. Chem.
, vol.105
, pp. 10388-10397
-
-
Zhou, R.1
Friesner, R.A.2
Ghosh, A.3
Rizzo, R.C.4
Jorgensen, W.L.5
Levy, R.M.6
-
14
-
-
34249021392
-
-
Su, Y.; Gallicchio, E.; Das, K.; Arnold, E.; Levy, R. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 256-277
-
(2007)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.3
, pp. 256-277
-
-
Su, Y.1
Gallicchio, E.2
Das, K.3
Arnold, E.4
Levy, R.5
-
15
-
-
0034521981
-
-
Kollman, P. A.; Massova, I.; Reyes, C.; Kuhn, B.; Huo, S.; Chong, L.; Lee, M.; Lee, T.; Duan, Y.; Wang, W.; Donini, O.; Cieplak, P.; Srinivasan, J.; Case, D. A.; Cheatham, T. E. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 889-897
-
(2000)
Acc. Chem. Res.
, vol.33
, pp. 889-897
-
-
Kollman, P.A.1
Massova, I.2
Reyes, C.3
Kuhn, B.4
Huo, S.5
Chong, L.6
Lee, M.7
Lee, T.8
Duan, Y.9
Wang, W.10
Donini, O.11
Cieplak, P.12
Srinivasan, J.13
Case, D.A.14
Cheatham, T.E.15
-
22
-
-
36049017659
-
-
Mobley, D. L.; Chodera, J. D.; Dill, K. A. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1231-1235
-
(2007)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.3
, pp. 1231-1235
-
-
Mobley, D.L.1
Chodera, J.D.2
Dill, K.A.3
-
24
-
-
77952844866
-
-
Colizzi, F.; Perozzo, R.; Scapozza, L.; Recanatini, M.; Cavalli, A. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 7361-71
-
(2010)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.132
, pp. 7361-71
-
-
Colizzi, F.1
Perozzo, R.2
Scapozza, L.3
Recanatini, M.4
Cavalli, A.5
-
25
-
-
77955691358
-
-
Miyata, T.; Ikuta, Y.; Hirata, F. J. Chem. Phys. 2010, 133, 044114
-
(2010)
J. Chem. Phys.
, vol.133
, pp. 044114
-
-
Miyata, T.1
Ikuta, Y.2
Hirata, F.3
-
27
-
-
36549092795
-
-
Jorgensen, W. L.; Buckner, J. K.; Boudon, S.; Tirado-Rives, J. J. Chem. Phys. 1988, 89, 3742
-
(1988)
J. Chem. Phys.
, vol.89
, pp. 3742
-
-
Jorgensen, W.L.1
Buckner, J.K.2
Boudon, S.3
Tirado-Rives, J.4
-
28
-
-
34547110591
-
-
Mobley, D. L.; Graves, A. P.; Chodera, J. D.; McReynolds, A. C.; Shoichet, B. K.; Dill, K. A. J. Mol. Biol. 2007, 371, 1118-1134
-
(2007)
J. Mol. Biol.
, vol.371
, pp. 1118-1134
-
-
Mobley, D.L.1
Graves, A.P.2
Chodera, J.D.3
McReynolds, A.C.4
Shoichet, B.K.5
Dill, K.A.6
-
29
-
-
77956607370
-
-
Gallicchio, E.; Lapelosa, M.; Levy, R. M. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2961-2977
-
(2010)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.6
, pp. 2961-2977
-
-
Gallicchio, E.1
Lapelosa, M.2
Levy, R.M.3
-
30
-
-
0346350789
-
-
Woods, C. J.; Essex, J. W.; King, M. A. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 13703-13710
-
(2003)
J. Phys. Chem. B
, vol.107
, pp. 13703-13710
-
-
Woods, C.J.1
Essex, J.W.2
King, M.A.3
-
32
-
-
0001019593
-
-
Holt, D. A.; Luengo, J. I.; Yamashita, D. S.; Oh, H. J.; Konialian, A. L.; Yen, H. K.; Rozamus, L. W.; Brandt, M.; Bossard, M. J. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9925-9938
-
(1993)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.115
, pp. 9925-9938
-
-
Holt, D.A.1
Luengo, J.I.2
Yamashita, D.S.3
Oh, H.J.4
Konialian, A.L.5
Yen, H.K.6
Rozamus, L.W.7
Brandt, M.8
Bossard, M.J.9
-
33
-
-
84986519238
-
-
Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011-1021
-
(1992)
J. Comput. Chem.
, vol.13
, pp. 1011-1021
-
-
Kumar, S.1
Bouzida, D.2
Swendsen, R.H.3
Kollman, P.A.4
Rosenberg, J.M.5
-
34
-
-
17444366185
-
-
Gallicchio, E.; Andrec, M.; Felts, A. K.; Levy, R. M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6722-6731
-
(2005)
J. Phys. Chem. B
, vol.109
, pp. 6722-6731
-
-
Gallicchio, E.1
Andrec, M.2
Felts, A.K.3
Levy, R.M.4
-
37
-
-
73349107159
-
-
Gallicchio, E.; Paris, K.; Levy, R. M. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2544-2564
-
(2009)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.5
, pp. 2544-2564
-
-
Gallicchio, E.1
Paris, K.2
Levy, R.M.3
-
38
-
-
0028010780
-
-
Bossard, M. J.; Bergsma, D. J.; Brandt, M.; Livi, G. P.; Eng, W. K.; Johnson, R. K.; Levy, M. A. Biochem. J. 1994, 297 (Pt 2) 365-372
-
(1994)
Biochem. J.
, vol.297
, Issue.PART 2
, pp. 365-372
-
-
Bossard, M.J.1
Bergsma, D.J.2
Brandt, M.3
Livi, G.P.4
Eng, W.K.5
Johnson, R.K.6
Levy, M.A.7
-
39
-
-
33749532284
-
-
Wang, J.; Deng, Y.; Roux, B. Biophys. J. 2006, 91, 2798-2814
-
(2006)
Biophys. J.
, vol.91
, pp. 2798-2814
-
-
Wang, J.1
Deng, Y.2
Roux, B.3
-
40
-
-
33646415982
-
-
Fujitani, H.; Tanida, Y.; Ito, M.; Jayachandran, G.; Snow, C. D.; Shirts, M. R.; Sorin, E. J.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2005, 123, 084108
-
(2005)
J. Chem. Phys.
, vol.123
, pp. 084108
-
-
Fujitani, H.1
Tanida, Y.2
Ito, M.3
Jayachandran, G.4
Snow, C.D.5
Shirts, M.R.6
Sorin, E.J.7
Pande, V.S.8
-
42
-
-
46849089254
-
-
Congreve, M.; Chessari, G.; Tisi, D.; Woodhead, A. J. J. Med. Chem. 2008, 51, 3661-3680
-
(2008)
J. Med. Chem.
, vol.51
, pp. 3661-3680
-
-
Congreve, M.1
Chessari, G.2
Tisi, D.3
Woodhead, A.J.4
-
43
-
-
71949100268
-
-
Newman, J.; Fazio, V. J.; Caradoc-Davies, T. T.; Branson, K.; Peat, T. S. J. Biomol. Screen. 2009, 14, 1245-1250
-
(2009)
J. Biomol. Screen.
, vol.14
, pp. 1245-1250
-
-
Newman, J.1
Fazio, V.J.2
Caradoc-Davies, T.T.3
Branson, K.4
Peat, T.S.5
-
45
-
-
77957231785
-
-
Csermely, P.; Palotai, R.; Nussinov, R. Trends Biochem. Sci. 2010, 35, 539-546
-
(2010)
Trends Biochem. Sci.
, vol.35
, pp. 539-546
-
-
Csermely, P.1
Palotai, R.2
Nussinov, R.3
-
46
-
-
77749317221
-
-
Gao, C.; Park, M.-S.; Stern, H. A. Biophys. J. 2010, 98, 901-910
-
(2010)
Biophys. J.
, vol.98
, pp. 901-910
-
-
Gao, C.1
Park, M.-S.2
Stern, H.A.3
-
47
-
-
58149087854
-
-
Lapelosa, M.; Gallicchio, E.; Arnold, G. F.; Arnold, E.; Levy, R. M. J. Mol. Biol. 2009, 385, 675-691
-
(2009)
J. Mol. Biol.
, vol.385
, pp. 675-691
-
-
Lapelosa, M.1
Gallicchio, E.2
Arnold, G.F.3
Arnold, E.4
Levy, R.M.5
-
48
-
-
77649339799
-
-
Lapelosa, M.; Arnold, G. F.; Gallicchio, E.; Arnold, E.; Levy, R. M. J.Mol. Biol. 2010, 397, 752-766
-
(2010)
J.Mol. Biol.
, vol.397
, pp. 752-766
-
-
Lapelosa, M.1
Arnold, G.F.2
Gallicchio, E.3
Arnold, E.4
Levy, R.M.5
-
49
-
-
79956069862
-
-
Bizzarri, M.; Marsili, S.; Procacci, P. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 6193-6201
-
(2011)
J. Phys. Chem. B
, vol.115
, pp. 6193-6201
-
-
Bizzarri, M.1
Marsili, S.2
Procacci, P.3
-
50
-
-
81755187733
-
-
Bizzarri, M.; Tenori, E.; Martina, M. R.; Marsili, S.; Caminati, G.; Menichetti, S.; Procacci, P. J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 2834-2839
-
(2011)
J. Phys. Chem. Lett.
, vol.2
, pp. 2834-2839
-
-
Bizzarri, M.1
Tenori, E.2
Martina, M.R.3
Marsili, S.4
Caminati, G.5
Menichetti, S.6
Procacci, P.7
-
51
-
-
0029912748
-
-
Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225-11236
-
(1996)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.118
, pp. 11225-11236
-
-
Jorgensen, W.L.1
Maxwell, D.S.2
Tirado-Rives, J.3
-
52
-
-
0035913529
-
-
Kaminski, G. A.; Friesner, R. A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6474-6487
-
(2001)
J. Phys. Chem. B
, vol.105
, pp. 6474-6487
-
-
Kaminski, G.A.1
Friesner, R.A.2
Tirado-Rives, J.3
Jorgensen, W.L.4
-
53
-
-
0036382728
-
-
Wei, B. Q.; Baase, W. A.; Weaver, L. H.; Matthews, B. W.; Shoichet, B. K. J. Mol. Biol. 2002, 322, 339-355
-
(2002)
J. Mol. Biol.
, vol.322
, pp. 339-355
-
-
Wei, B.Q.1
Baase, W.A.2
Weaver, L.H.3
Matthews, B.W.4
Shoichet, B.K.5
-
59
-
-
0141682863
-
-
Boresch, S.; Tettinger, F.; Leitgeb, M.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 9535-9551
-
(2003)
J. Phys. Chem. B
, vol.107
, pp. 9535-9551
-
-
Boresch, S.1
Tettinger, F.2
Leitgeb, M.3
Karplus, M.4
-
60
-
-
0026319199
-
-
Nicholls, A.; Sharp, K. A.; Honig, B. Proteins 1991, 11, 281-96
-
(1991)
Proteins
, vol.11
, pp. 281-96
-
-
Nicholls, A.1
Sharp, K.A.2
Honig, B.3
-
61
-
-
0034227795
-
-
Gallicchio, E.; Kubo, M. M.; Levy, R. M. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 6271-6285
-
(2000)
J. Phys. Chem. B
, vol.104
, pp. 6271-6285
-
-
Gallicchio, E.1
Kubo, M.M.2
Levy, R.M.3
-
63
-
-
77955577540
-
-
Pohorille, A.; Jarzynski, C.; Chipot, C. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 10235-10253
-
(2010)
J. Phys. Chem. B
, vol.114
, pp. 10235-10253
-
-
Pohorille, A.1
Jarzynski, C.2
Chipot, C.3
-
64
-
-
44949230170
-
-
Zheng, W.; Andrec, M.; Gallicchio, E.; Levy, R. M. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6083-6093
-
(2008)
J. Phys. Chem. B
, vol.112
, pp. 6083-6093
-
-
Zheng, W.1
Andrec, M.2
Gallicchio, E.3
Levy, R.M.4
-
66
-
-
79551610888
-
-
Mitsutake, A.; Mori, Y.; Okamoto, Y. Physics Procedia 2010, 4, 89-105
-
(2010)
Physics Procedia
, vol.4
, pp. 89-105
-
-
Mitsutake, A.1
Mori, Y.2
Okamoto, Y.3
-
67
-
-
79960928036
-
-
Wang, L.; Friesner, R. A.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 9431-9438
-
(2011)
J. Phys. Chem. B
, vol.115
, pp. 9431-9438
-
-
Wang, L.1
Friesner, R.A.2
Berne, B.J.3
-
69
-
-
79953802227
-
-
Min, D.; Chen, M.; Zheng, L.; Jin, Y.; Schwartz, M. A.; Sang, Q.-X. A.; Yang, W. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 3924-3935
-
(2011)
J. Phys. Chem. B
, vol.115
, pp. 3924-3935
-
-
Min, D.1
Chen, M.2
Zheng, L.3
Jin, Y.4
Schwartz, M.A.5
Sang, Q.-X.A.6
Yang, W.7
-
73
-
-
0000838678
-
-
Wilson, K. P.; Yamashita, M. M.; Sintchak, M. D.; Rotstein, S. H.; Murcko, M. A.; Boger, J.; Thomson, J. A.; Fitzgibbon, M. J.; Black, J. R.; Navia, M. A. Acta Crystallogr., Sect. D 1995, 51, 511-521
-
(1995)
Acta Crystallogr., Sect. D
, vol.51
, pp. 511-521
-
-
Wilson, K.P.1
Yamashita, M.M.2
Sintchak, M.D.3
Rotstein, S.H.4
Murcko, M.A.5
Boger, J.6
Thomson, J.A.7
Fitzgibbon, M.J.8
Black, J.R.9
Navia, M.A.10
-
74
-
-
79951523268
-
-
Zheng, W.; Gallicchio, E.; Deng, N.; Andrec, M.; Levy, R. M. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 1512-1523
-
(2011)
J. Phys. Chem. B
, vol.115
, pp. 1512-1523
-
-
Zheng, W.1
Gallicchio, E.2
Deng, N.3
Andrec, M.4
Levy, R.M.5
-
75
-
-
79959209742
-
-
Deng, N.; Zheng, W.; Gallicchio, E.; Levy, R. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 9387-9894
-
(2011)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.133
, pp. 9387-9894
-
-
Deng, N.1
Zheng, W.2
Gallicchio, E.3
Levy, R.4
|