A possible overestimation of the effect of acetylation on lysine residues in KQ mutant analysis

Journal of Computational Chemistry

Volumn 33, Issue 3, 2012, Pages 239-246

  Fujimoto, Hirofumi ^a   Higuchi, Mariko ^b   Koike, Manabu ^c   Ode, Hirotaka ^a   Pinak, Miroslav ^b   Bunta, Juraj Kotulic ^b   Nemoto, Toshiyuki ^d   Sakudoh, Takashi ^a   Honda, Naoko ^a   Maekawa, Hideaki ^e   Saito, Kimiaki ^b   Tsuchida, Kozo ^a  

^a NATIONAL INSTITUTE OF INFECTIOUS DISEASES   (Japan)

^b JAPAN ATOMIC ENERGY AGENCY   (Japan)

^c NATIONAL INSTITUTE OF RADIOLOGICAL SCIENCES   (Japan)

^d RESEARCH ORGANIZATION FOR INFORMATION SCIENCE AND TECHNOLOGY   (Japan)

^e UNIVERSITY OF THE RYUKYUS   (Japan)

Author keywords

acetyl lysine; docking simulation; KQ mutant; Ku; molecular dynamics simulation

Indexed keywords

ACETYL LYSINE; ACETYLATED PROTEINS; BINDING FREE ENERGY; CELL SURVIVAL; DNA REPAIR; DOCKING SIMULATIONS; KQ MUTANT; LYSINE RESIDUES; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; MULTIFUNCTIONAL PROTEIN; MUTANT ANALYSIS; POST-TRANSCRIPTIONAL MODIFICATION; PROTEIN AFFINITY; WILD-TYPE PROTEINS;

AMINO ACIDS; BINDING ENERGY; COMPUTER SIMULATION; KURCHATOVIUM; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEINS;

ACETYLATION;

CELL NUCLEUS ANTIGEN; DNA; DNA BINDING PROTEIN; KU ANTIGEN; LYSINE;

ACETYLATION; ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; METABOLISM; MOLECULAR DYNAMICS; MUTATION;

ACETYLATION; ANTIGENS, NUCLEAR; DNA; DNA-BINDING PROTEINS; LYSINE; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; MUTATION;

EID: 83855162716     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.21956     Document Type: Article

References (46)

1. Y. L. Deribe, T. Pawson, I. Dikic, Nat Struct Mol Biol 2010, 17, 666.
2. X. J. Yang, E. Seto, Mol Cell 2008, 31, 449.
3. S. C. Kim, R. Sprung, Y. Chen, Y. Xu, H. Ball, J. Pei, T. Cheng, Y. Kho, H. Xiao, L. Xiao, N. V. Grishin, M. White, X. J. Yang, Y. Zhao, Mol Cell 2006, 23, 607.
4. L. M. Johnson, P. S. Kayne, E. S. Kahn, M. Grunstein, Proc Natl Acad Sci USA 1990, 87, 6286.
5. A. Hecht, T. Laroche, S. Strahl-Bolsinger, S. M. Gasser, M. Grunstein, Cell 1995, 80, 583.
6. M. Li, J. Luo, C. L. Brooks, W. Gu, J Biol Chem 2002, 277, 50607.
7. H. Neumann, S. Y. Peak-Chew, J. W. Chin, Nat Chem Biol 2008, 4, 232.
8. R. Huang, M. A. Holbert, M. K. Tarrant, S. Curtet, D. R. Colquhoun, B. M. Dancy, B. C. Dancy, Y. Hwang, Y. Tang, K. Meeth, R. Marmorstein, R. N. Cole, S. Khochbin, P. A. Cole, J Am Chem Soc 2010, 132, 9986.
9. T. Mimori, M. Akizuki, H. Yamagata, S. Inada, S. Yoshida, M. Homma, J Clin Invest 1981, 68, 611.
10. L. Aravind, E. V. Koonin, Genome Res 2001, 11, 1365.
11. G. R. Weller, B. Kysela, R. Roy, L. M. Tonkin, E. Scanlan, M. Della, S. K. Devine, J. P. Day, A. Wilkinson, F. d'Adda di Fagagna, K. M. Devine, R. P. Bowater, P. A. Jeggo, S. P. Jackson, A. J. Doherty, Science 2002, 297, 1686.
12. M. Yaneva, R. Ochs, D. K. S. McRorie, Zweig, H. Busch, Biochim Biophys Acta 1985, 841, 22.
13. T. Mimori, J. A. Hardin, J Biol Chem 1986, 261, 10375.
14. J. R. Walker, R. A. Corpina, J. Goldberg, Nature 2001, 412, 607.
15. J. A. Downs, S. P. Jackson, Nat Rev Mol Cell Biol 2004, 5, 367.
16. C. H. Bassing, W. Swat, F. W. Alt, Cell 2002, 109 (suppl), S45.
17. F. d'Adda di Fagagna, S. H. Teo, S. P. Jackson, Genes Dev 2004, 18, 1781.
18. L. Li, J. M. Olvera, K. E. Yoder, R. S. Mitchell, S. L. Butler, M. Lieber, S. L. Martin, F. D. Bushman, EMBO J 2001, 20, 3272.
19. C. Masson, S. Bury-Mone, E. Guiot, A. Saez-Cirion, D. Schoevaert-Brossault, C. Brachet-Ducos, O. Delelis, F. Subra, L. Jeanson-Leh, J. F. Mouscadet, J Virol 2007, 81, 7924.
20. M. Kadaja, H. Isok-Paas, T. Laos, E. Ustav, M. Ustav, PLoS Pathog 2009, 5, e1000397.
21. D. C. van Gent, M. van der Burg, Oncogene 2007, 26, 7731.
22. B. L. Mahaney, K. Meek, S. P. Lees-Miller, Biochem J 2009, 417, 639.
23. J. W. Fewell, E. L. Kuff, J Cell Sci 1996, 109 (Part 7), 1937.
24. M. Koike, T. Awaji, M. Kataoka, G. Tsujimoto, T. Kartasova, A. Koike, T. Shiomi, J Cell Sci 1999, 112 (Part 22), 4031.
25. M. Koike, J Radiat Res 2002, 43, 223.
26. S. Mazumder, D. Plesca, M. Kinter, A. Almasan, Mol Cell Biol 2007, 27, 3511.
27. C. Subramanian, A. W. Opipari, Jr., X. Bian, V. P. Castle, R. P. Kwok, Proc Natl Acad Sci USA 2005, 102, 4842.
28. H. Y. Cohen, S. Lavu, K. J. Bitterman, B. Hekking, T. A. Imahiyerobo, C. Miller, R. Frye, H. Ploegh, B. M. Kessler, D. A. Sinclair, Mol Cell 2004, 13, 627.
29. C. S. Chen, Y. C. Wang, H. C. Yang, P. H. Huang, S. K. Kulp, C. C. Yang, Y. S. Lu, S. Matsuyama, C. Y. Chen, Cancer Res 2007, 67, 5318.
30. J. A. Lehman, D. J. Hoelz, J. J. Turchi, Biochemistry 2008, 47, 4359.
31. W. D. Cornell, P. Cieplak, C. I. Bayly, I. R. Gould, K. M. Merz, D. M. Ferguson, D. C. Spellmeyer, T. Fox, J. W. Caldwell, P. A. Kollman, J Am Chem Soc 1995, 117, 5179.
32. J. Wang, P. Cieplak, P. A. Kollman, J Comput Chem 2000, 21, 1049.
33. H. Li, A. D. Robertson, J. H. Jensen, Proteins 2005, 61, 704.
34. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Rob, J. R. J. A. M. Cheeseman, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, J. A. Pople, Gaussian03, Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2003.
35. R. Huey, G. M. Morris, A. J. Olson, D. S. Goodsell, J Comput Chem 2007, 28, 1145.
36. R. Huey, D. S. Goodsell, G. M. Morris, A. J. Olson, Lett Drug Des Discov 2004, 1, 178.
37. D. A. Case, T. A. Darden, T. E. Cheatham, III, C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, K. M. Merz, B. Wang, D. A. Pearlman, M. Crowley, S. Brozell, V. Tsui, H. Gohlke, J. Mongan, V. Hornak, G. Cui, P. Beroza, C. Schafmeister, J. W. Caldwell, W. S. Ross, P. A. Kollman, AMBER8, University of California: San Francisco, 2004.
38. D. A. Case, T. A. Darden, T. E. Cheatham, III, C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, K. M. Merz, D. A. Pearlman, M. Crowley, R. C. Walker, W. Zhang, B. Wang, S. Hayik, A. Roitberg, G. Seabra, K. F. Wong, F. Paesani, X. Wu, S. Brozell, V. Tsui, H. Gohlke, L. Yang, C. Tan, J. Mongan, V. Hornak, G. Cui, P. Beroza, D. H. Mathews, C. Schafmeister, W. S. Ross, P. A. Kollman, AMBER9, University of California: San Francisco, 2006.
39. W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J. D. Madura, R. W. Impey, M. L. Klein, J Chem Phys 1983, 79, 926.
40. T. Darden, D. York, L. Pedersen, J Chem Phys 1993, 98, 10089.
41. U. Essmann, L. Perera, M. L. Berkowitz, T. Darden, H. Lee, L. G. Pedersen, J Chem Phys 1995, 103, 8577.
42. J. P. Ryckaert, G. Ciccotti, H. J. C. Berendsen, J Comput Phys 1977, 23, 327.
43. P. Kollman, Chem Rev 1993, 93, 2395.
44. I. Massova, P. A. Kollman, Perspect Drug Discov Des 2000, 18, 113.
45. H. Ode, S. Matsuyama, M. Hata, S. Neya, J. Kakizawa, W. Sugiura, T. Hoshino, J Mol Biol 2007, 370, 598.
46. E. B. Starikov, I. Panas, B. Norden, J Phys Chem B 2008, 112, 8319.