Determination of conformational equilibria in proteins using residual dipolar couplings

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 7, Issue 12, 2011, Pages 4189-4195

  De Simone, Alfonso ^a,b   Montalvao, Rinaldo W ^a   Vendruscolo, Michele ^a  

^a UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

^b IMPERIAL COLLEGE LONDON   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 83455218417     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct200361b     Document Type: Article

References (60)

1. Russel, D.; Lasker, K.; Phillips, J.; Schneidman-Duhovny, D.; Velazquez-Muriel, J. A.; Sali, A. Curr. Opin. Cell Biol. 2009, 21, 97-108
2. Henzler-Wildman, K. A.; Thai, V.; Lei, M.; Ott, M.; Wolf-Watz, M.; Fenn, T.; Pozharski, E.; Wilson, M. A.; Petsko, G. A.; Karplus, M.; Hubner, C. G.; Kern, D. Nature 2007, 450, 838-844
3. Boehr, D. D.; Nussinov, R.; Wright, P. E. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 789-796
4. Mittermaier, A. K.; Kay, L. E. Trends Biochem. Sci. 2009, 34, 601-611
5. Tsai, C. J.; Kumar, S.; Ma, B. Y.; Nussinov, R. Protein Sci. 1999, 8, 1181-1190
6. Csermely, P.; Palotai, R.; Nussinov, R. Trends Biochem. Sci. 2010, 35, 539-546
7. Eisenmesser, E. Z.; Millet, O.; Labeikovsky, W.; Korzhnev, D. M.; Wolf-Watz, M.; Bosco, D. A.; Skalicky, J. J.; Kay, L. E.; Kern, D. Nature 2005, 438, 117-121
8. Mittermaier, A.; Kay, L. E. Science 2006, 312, 224-228
9. Boehr, D. D.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. Chem. Rev. 2006, 106, 3055-3079
10. Salmon, L.; Bouvignies, G.; Markwick, P.; Blackledge, M. Biochemistry 2011, 50, 2735-2747
11. Kalodimos, C. G. Protein Sci. 2011, 20, 773-782
12. Tjandra, N.; Bax, A. Science 1997, 278, 1111-1114
13. Tolman, J. R.; Flanagan, J. M.; Kennedy, M. A.; Prestegard, J. H. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 292-297
14. Prestegard, J. H.; Al-Hashimi, H. M.; Tolman, J. R. Q. Rev. Biophys. 2000, 33, 371-424
15. Meiler, J.; Prompers, J. J.; Peti, W.; Griesinger, C.; Bruschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 6098-6107
16. Bouvignies, G.; Markwick, P.; Bruscheweiler, R.; Blackledge, M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 15100-15101
17. Salmon, L.; Bouvignies, G.; Markwick, P.; Lakomek, N.; Showalter, S.; Li, D. W.; Walter, K.; Griesinger, C.; Bruschweiler, R.; Blackledge, M. Angew. Chem. Intl. Ed. 2009, 48, 4154-4157
18. Hess, B.; Scheek, R. M. J. Magn. Reson. 2003, 164, 19-27
19. Clore, G. M.; Schwieters, C. D. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2923-2938
20. Clore, G. M.; Schwieters, C. D. Biochemistry 2004, 43, 10678-10691
21. Lange, O. F.; Lakomek, N. A.; Fares, C.; Schroder, G. F.; Walter, K. F. A.; Becker, S.; Meiler, J.; Grubmuller, H.; Griesinger, C.; de Groot, B. L. Science 2008, 320, 1471-1475
22. De Simone, A.; Richter, B.; Salvatella, X.; Vendruscolo, M. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 3810-3811
23. Huang, J. R.; Grzesiek, S. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 694-705
24. Esteban-Martin, S.; Fenwick, R. B.; Salvatella, X. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 4626-4632
25. Azurmendi, H. F.; Bush, C. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 2426-2427
26. Iwahara, J.; Zweckstetter, M.; Clore, G. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 15062-15067
27. Showalter, S. A.; Bruschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 4158-4159
28. Marsh, J. A.; Forman-Kay, J. D. J. Mol. Biol. 2009, 391, 359-374
29. Stelzer, A. C.; Frank, A. T.; Bailor, M. H.; Andricioaei, I.; Al-Hashimi, H. M. Methods 2009, 49, 167-173
30. Zweckstetter, M.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 3791-3792
31. Almond, A.; Axelsen, J. B. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 9986-9987
32. Ferrarini, A. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 7923-7931
33. Wu, B.; Petersen, M.; Girard, F.; Tessari, M.; Wijmenga, S. S. J. Biomol. NMR 2006, 35, 103-115
34. Zweckstetter, M. Nat. Protoc. 2008, 3, 679-690
35. Louhivuori, M.; Otten, R.; Lindorff-Larsen, K.; Annila, A. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 4371-4376
36. Salvatella, X.; Richter, B.; Vendruscolo, M. J. Biomol. NMR 2008, 40, 71-81
37. Kuriyan, J.; Petsko, G. A.; Levy, R. M.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1986, 190, 227-254
38. Richter, B.; Gsponer, J.; Varnai, P.; Salvatella, X.; Vendruscolo, M. J. Biomol. NMR 2007, 37, 117-135
39. Rasmussen, B. F.; Stock, A. M.; Ringe, D.; Petsko, G. A. Nature 1992, 357, 423-424
40. Vitagliano, L.; Merlino, A.; Zagari, A.; Mazzarella, L. Proteins 2002, 46, 97-104
41. Watt, E. D.; Shimada, H.; Kovrigin, E. L.; Loria, J. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 11981-11986
42. Beach, H.; Cole, R.; Gill, M. L.; Loria, J. P. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 9167-9176
43. Boehr, D. D.; McElheny, D.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. Science 2006, 313, 1638-1642
44. Lindorff-Larsen, K.; Best, R. B.; DePristo, M. A.; Dobson, C. M.; Vendruscolo, M. Nature 2005, 433, 128-132
45. Vendruscolo, M. Curr. Opin. Struct. Biol. 2007, 17, 15-20
46. Dobson, C. M. Nature 2003, 426, 884-890
47. Palmer, A. G. Chem. Rev. 2004, 104, 3623-3640
48. Markwick, P. R. L.; Bouvignies, G.; Salmon, L.; McCammon, J. A.; Nilges, M.; Blackledge, M. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 16968-16975
49. Korzhnev, D. M.; Religa, T. L.; Banachewicz, W.; Fersht, A. R.; Kay, L. E. Science 2010, 329, 1312-1316
50. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447
51. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins 2006, 65, 712-725
52. Sorin, E. J.; Pande, V. S. J. Comput. Chem. 2005, 26, 682-690
53. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
54. Scott, W. R. P.; Hunenberger, P. H.; Tironi, I. G.; Mark, A. E.; Billeter, S. R.; Fennen, J.; Torda, A. E.; Huber, T.; Kruger, P.; van Gunsteren, W. F. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 3596-3607
55. Berendsen, H. J. C.; Grigera, J. R.; Straatsma, T. P. J. Phys. Chem. 1987, 91, 6269-6271
56. Wlodawer, A.; Svensson, L. A.; Sjolin, L.; Gilliland, G. L. Biochemistry 1988, 27, 2705-2717
57. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472
58. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092
59. Berisio, R.; Lamzin, V. S.; Sica, F.; Wilson, K. S.; Zagari, A.; Mazzarella, L. J. Mol. Biol. 1999, 292, 845-854
60. Bax, A. Protein Sci. 2003, 12, 1-16