SILACtor: Software to enable dynamic SILAC studies

Analytical Chemistry

Volumn 83, Issue 22, 2011, Pages 8403-8410

  Hoopmann, Michael R ^a   Chavez, Juan D ^a   Bruce, James E ^a  

^a UNIVERSITY OF WASHINGTON   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACCURATE MASS; AUTOMATED ANALYSIS; AUTOMATED GENERATION; COMPUTATIONAL TOOLS; HELA CELL; PROTEOMICS; RETENTION TIME; SOFTWARE TOOL; STABLE-ISOTOPE LABELING; TIME POINTS; TURNOVER RATE; VERSATILE TOOLS;

AMINO ACIDS; COMPUTER SOFTWARE; ISOTOPES; MOLECULAR BIOLOGY; PEPTIDES;

CELL CULTURE;

AMINO ACID; PEPTIDE; PROTEIN;

ARTICLE; CHEMISTRY; COMPUTER PROGRAM; HELA CELL; HUMAN; ISOTOPE LABELING; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

AMINO ACIDS; HELA CELLS; HUMANS; ISOTOPE LABELING; PEPTIDES; PROTEINS; SOFTWARE; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 81255175600     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac2017053     Document Type: Article

References (32)

1. Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 376-386
2. Ong, S. E.; Foster, L. J.; Mann, M. Methods 2003, 29, 124-130
3. Cox, J.; Mann, M. Nat. Biotechnol. 2008, 26, 1367-1372
4. Li, X. J.; Zhang, H.; Ranish, J. A.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2003, 75, 6648-6657
5. Tsou, C. C.; Tsui, Y. H.; Yian, Y. H.; Chen, Y. J.; Yang, H. Y.; Yu, C. Y.; Lynn, K. S.; Sung, T. Y.; Hsu, W. L. Nucleic Acids Res. 2009, 37, W661-669
6. Bouyssie, D.; Gonzalez de Peredo, A.; Mouton, E.; Albigot, R.; Roussel, L.; Ortega, N.; Cayrol, C.; Burlet-Schiltz, O.; Girard, J. P.; Monsarrat, B. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 1621-1637
7. Han, D. K.; Eng, J.; Zhou, H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 946-951
8. Everley, P. A.; Krijgsveld, J.; Zetter, B. R.; Gygi, S. P. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 729-735
9. Hwang, S. I.; Lundgren, D. H.; Mayya, V.; Rezaul, K.; Cowan, A. E.; Eng, J. K.; Han, D. K. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 1131-1145
10. Soufi, B.; Kumar, C.; Gnad, F.; Mann, M.; Mijakovic, I.; Macek, B. J. Proteome Res. 2010, 9, 3638-3646
11. Oppermann, F. S.; Gnad, F.; Olsen, J. V.; Hornberger, R.; Greff, Z.; Keri, G.; Mann, M.; Daub, H. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 1751-1764
12. Geiger, T.; Cox, J.; Ostasiewicz, P.; Wisniewski, J. R.; Mann, M. Nat. Methods 2010, 7, 383-385
13. Collier, T. S.; Hawkridge, A. M.; Georgianna, D. R.; Payne, G. A.; Muddiman, D. C. Anal. Chem. 2008, 80, 4994-5001
14. Doherty, M. K.; Hammond, D. E.; Clague, M. J.; Gaskell, S. J.; Beynon, R. J. J. Proteome Res. 2009, 8, 104-112
15. Pratt, J. M.; Petty, J.; Riba-Garcia, I.; Robertson, D. H.; Gaskell, S. J.; Oliver, S. G.; Beynon, R. J. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 579-591
16. Jayapal, K. P.; Sui, S.; Philp, R. J.; Kok, Y. J.; Yap, M. G.; Griffin, T. J.; Hu, W. S. J. Proteome Res. 2010, 9, 2087-2097
17. Deutsch, E. W.; Mendoza, L.; Shteynberg, D.; Farrah, T.; Lam, H.; Tasman, N.; Sun, Z.; Nilsson, E.; Pratt, B.; Prazen, B.; Eng, J. K.; Martin, D. B.; Nesvizhskii, A. I.; Aebersold, R. Proteomics 2010, 10, 1150-1159
18. Liu, H.; Sadygov, R. G.; Yates, J. R., III. Anal. Chem. 2004, 76, 4193-4201
19. Link, A. J.; Eng, J.; Schieltz, D. M.; Carmack, E.; Mize, G. J.; Morris, D. R.; Garvik, B. M.; Yates, J. R., III. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 676-682
20. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., III. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247
21. McCormack, A. L.; Schieltz, D. M.; Goode, B.; Yang, S.; Barnes, G.; Drubin, D.; Yates, J. R., III. Anal. Chem. 1997, 69, 767-776
22. Spahr, C. S.; Davis, M. T.; McGinley, M. D.; Robinson, J. H.; Bures, E. J.; Beierle, J.; Mort, J.; Courchesne, P. L.; Chen, K.; Wahl, R. C.; Yu, W.; Luethy, R.; Patterson, S. D. Proteomics 2001, 1, 93-107
23. Hoopmann, M. R.; Merrihew, G. E.; von Haller, P. D.; Maccoss, M. J. J. Proteome Res. 2009, 8, 1870-1875
24. Schmidt, A.; Gehlenborg, N.; Bodenmiller, B.; Mueller, L. N.; Campbell, D.; Mueller, M.; Aebersold, R.; Domon, B. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 2138-2150
25. Wang, N.; Li, L. Anal. Chem. 2008, 80, 4696-4710
26. Chavez, J. D.; Hoopmann, M. R.; Weisbrod, C. R.; Takara, K.; Bruce, J. E. PLoS ONE 2011, 6, e19892
27. Gatlin, C. L.; Eng, J. K.; Cross, S. T.; Detter, J. C.; Yates, J. R., III. Anal. Chem. 2000, 72, 757-763
28. Hoopmann, M. R.; Finney, G. L.; MacCoss, M. J. Anal. Chem. 2007, 79, 5620-5632
29. Perkins, D. N.; Pappin, D. J.; Creasy, D. M.; Cottrell, J. S. Electrophoresis 1999, 20, 3551-3567
30. Conrads, T. P.; Anderson, G. A.; Veenstra, T. D.; Pasa-Tolic, L.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2000, 72, 3349-3354
31. Strittmatter, E. F.; Ferguson, P. L.; Tang, K.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 980-991
32. Zimmer, J. S.; Monroe, M. E.; Qian, W. J.; Smith, R. D. Mass Spectrom. Rev. 2006, 25, 450-482