Utility of accurate mass tags for proteome-wide protein identification

Analytical Chemistry

Volumn 72, Issue 14, 2000, Pages 3349-3354

  Conrads, Thomas P ^a   Anderson, Gordon A ^a   Veenstra, Timothy D ^a   Paša Tolić, Ljiljana ^a   Smith, Richard D ^a  

^a PACIFIC NORTHWEST NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEOME;

ARTICLE; CAENORHABDITIS ELEGANS; DNA SEQUENCE; MASS SPECTROMETRY; PEPTIDE MAPPING; PROTEIN ANALYSIS; SACCHAROMYCES CEREVISIAE;

CYCLOTRONS; FOURIER ANALYSIS; MASS SPECTROMETRY; PEPTIDES; PROTEINS; PROTEOME; TRYPSIN;

EID: 0034661893     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac0002386     Document Type: Article

References (27)

1. http://www.ebi.ac.uk/research/cgg/genomes.html.
2. Bult, C. J.; White, O.; Olsen, G. J.; Zhou L.; Fleischmann, R. D.; Sutton, G. G.; Blake, J. A.; FitzGerald, L. M.; Clayton, R. A.; Gocayne, J. D.; Kerlavage, A. R.; Dougherty, B. A.; Tomb, J.-F.; Adams, M. D.; Reich, C. I.; Overbeek, R.; Kirkness, E. F.; Weinstock, K. G.; Merrick, J. M.; Glodek, A.; Scott, J. L.; Geoghagen, N. S. M.; Weidman, J. F.; Fuhrmann, J. L.; Nguyen, D.; Utterback, T. R.; Kelley, J. M.; Peterson, J. D.; Sadow, P. W.; Hanna, M. C.; Cotton, M. D.; Roberts, K. M.; Hurst, M. A.; Kaine, B. P.; Borodovsky, M.; Klenk, H.-P.; Fraser, C. M.; Smith, H. O.; Woese, C. R.; Venter, J. C. Science 1996, 273, 1058-1073.
3. O'Farrell, P. H. J. Biol. Chem. 1975, 250, 4007-4021.
4. Mann, M.; Hojrup, P.; Roepstorff, P. Biol. Mass Spectrom. 1993, 22, 338-345.
5. Yates, J. R; McCormack, A. L.; Eng, J. Anal. Chem. 1996, 68, 534-540.
6. Blattner, F. R.; Plunkett, G., 3rd, Bloch, C. A.; Perna, N. T.; Burland, V.; Riley, M.; Collado-Vides, J.; Glasner, J. D.; Rode, C. K.; Mayhew, G. F.; Gregor, J.; Davis, N. W.; Kirkpatrick, H. A; Goeden, M. A; Rose, D. J.; Mau, B.; Shao, Y. Science 1997, 277, 1453-1474.
7. Strausberg, R. L.; Feingold, E. A.; Klausner, R. D.; Collins, F. S. Science 1999, 286, 455-457.
8. Chong, B. E.; Wall D. B.; Lubman, D. M.; Flynn, S. J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1997, 11, 1900-1908.
9. Loo, J. A.; Brown, J.; Critchley, G.; Mitchell, C.; Andrews, P. C.; Ogorzalek Loo, R. R. Electropkoresis 1999, 20, 743-748.
10. Opitek, G. J.; Ramirez, S. M.; Jorgenson, J. W.; Moseley, M. A., III Anal. Biochem. 1998, 258, 349-361.
11. Yang, L.; Lee, C. S.; Hofstadler, S. A.; Pasa-Tolic, L.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1998, 70, 3235-3241.
12. Jensen, P. K.; Pasa-Tolic, L; Anderson, G. A; Horner, J. A.; Lipton, M. S.; Bruce, J. E.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1999, 71, 2076-2084.
13. Pasa-Tolic, L.; Jensen, P. K.; Anderson, G. A.; Lipton, M. S.; Peden, K. K.; Martinovic, S.;Tolic. N.; Bruce, J. E.; Smith, R. D.J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 7949-7950.
14. The yeast genome directory Nature 1997, 387 (6632 Suppl), 5.
15. The C. elegans Sequencing Consortium. Science 1998, 282, 2012-8.
16. Sutton, C. W.; Pemberton, K. S.; Cottrell, J. S.; Corbett, J. M.; Wheeler, C. H.; Dunn, M. J.; Pappin, D. J. Electrophoresis 1995, 16, 308-316.
17. Thiede B.; Otto, A.; Zimny-Arndt, U.; Muller, E. C.; Jungblut, P. Electrophoresis 1996, 17, 558-559.
18. Rasmussen, H. H.; Mortz, E.; Mann, M.; Roepstorff, P.; Celis, J. E. Electrophoresis 1994, 25, 406-416.
19. Hall, S. C.; Smith, D. M.; Masiarz, F. R.; Soo, V. W.; Tran, H. M.; Epstein, L. B.; Burlingame, A. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 1927-1931.
20. Clauser, K. R.; Hall, S. C.; Smith, D. M.; Webb, J. W.; Andrews, L. E.; Tran, H. M.; Epstein, L. B.; Burlingame, A. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 5072-5076.
21. Schevchenko, A.; Jensen, O. N.; Podtelejnikov, A. V.; Sagliocco, F.; Wilm, M.; Vorm, O.; Mortensen, P.; Schevchenko, A.; Boucherie, H.; Mann, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 14440-14445.
22. Pappin, D. J.; Hojrup, P.; Bleasby, A. J. Curr. Biol. 1993, 3, 327-332.
23. Mann, M.; Hojrup, P.; Roepstorff, P. Biol. Mass Spectrom. 1993, 22, 338-345.
24. Pawson, T.; Scott, J. D. Science 1997, 278, 2075-2080.
25. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Frantisek, T.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999.
26. Bruce, J. E.; Anderson, G. A.; Wen, J.; Harkewicz, R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1999, 71, 2595-2599.
27. Bruce, J. E.; Anderson, G. A; Brands, M. D.; Pasa-Tolic, L.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrum. 2000, 11, 416-421.