Theoretical studies on interactions between low energy electrons and protein-DNA fragments: Valence anions of AT-amino acids side chain complexes

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 13, Issue 43, 2011, Pages 19499-19507

  Szyperska, Anna ^a   Gajewicz, Agnieszka ^a   Mazurkiewicz, Kamil ^a   Leszczynski, Jerzy ^b   Rak, Janusz ^a  

^a UNIVERSITY OF GDA SK   (Poland)

^b JACKSON STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACID; ANION; DNA; PROTEIN;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; ELECTRON; HYDROGEN BOND; THEORETICAL MODEL; THERMODYNAMICS;

AMINO ACIDS; ANIONS; DNA; ELECTRONS; HYDROGEN BONDING; MODELS, THEORETICAL; MOLECULAR STRUCTURE; PROTEINS; THERMODYNAMICS;

EID: 80055063648     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1cp21511f     Document Type: Article

References (54)

1. Y. Zheng P. Cloutier D. J. Hunting L. Sanche J. R. Wagner J. Am. Chem. Soc. 2005 127 16592 16598
2. B. Boudaiffa D. J. Hunting P. Cloutier M. A. Huels L. Sanche Int. J. Radiat. Biol. 2000 76 1209 1221
3. B. Boudaïffa P. Cloutier D. Hunting M. A. Huels L. Sanche Science 2000 287 1658 1660
4. X. Li M. D. Sevilla L. Sanche J. Am. Chem. Soc. 2003 125 13668 13669
5. G. Hanel B. Gstir S. Denifl P. Scheier M. Probst B. Farizon M. Farizon E. Illenberger T. D. Märk Phys. Rev. Lett. 2003 90 188104-1 188104-4
6. H. Abdoul-Carime S. Golhke E. Illenberger Phys. Rev. Lett. 2004 92 168103 168106
7. S. Denifl S. Ptasińska M. Cingel S. Matejcik P. Scheier T. D. Märk Chem. Phys. Lett. 2003 377 74 80
8. R. Barrios P. Skurski J. Simons J. Phys. Chem. B 2002 106 7991 7994
9. J. Berdys I. Anusiewicz P. Skurski J. Simons J. Am. Chem. Soc. 2004 126 6441 6447
10. I. Dbkowska J. Rak M. Gutowski J. M. Nilles S. T. Stokes K. H. Bowen Jr. J. Chem. Phys. 2004 120 6064 6071
11. M. Haranczyk I. Dbkowska J. Rak M. Gutowski J. M. Nilles S. Stokes D. Radisic K. H. Bowen Jr. J. Phys. Chem. B 2004 108 6919 6921
12. M. Haranczyk R. Bachorz J. Rak M. Gutowski J. M. Nilles S. T. Stokes D. Radisic K. H. Bowen Jr. J. Phys. Chem. B 2003 107 7889 7895
13. M. Haranczyk J. Rak M. Gutowski D. Radisic S. T. Stokes K. H. Bowen Jr. Isr. J. Chem. 2004 44 157 170
14. M. Haranczyk J. Rak M. Gutowski D. Radisic S. T. Stokes K. H. Bowen J. Phys. Chem. B 2005 109 13383 13391
15. M. Gutowski I. Dbkowska J. Rak S. Xu J. M. Nilles D. Radisic K. H. Bowen Eur. Phys. J. D 2002 20 431 439
16. K. Mazurkiewicz M. Haranczyk M. Gutowski J. Rak D. Radisic S. N. Eustis D. Wang K. H. Bowen J. Am. Chem. Soc. 2007 129 1216 1224
17. D. Radisic K. H. Bowen I. Dbkowska P. Storoniak J. Rak M. Gutowski J. Am. Chem. Soc. 2005 127 6443 6450
18. A. Szyperska J. Rak J. Leszczynski X. Li Y. J. Ko H. Wang K. H. Bowen ChemPhysChem 2010 11 880 888
19. A. Szyperska J. Rak J. Leszczynski X. Li Y. J. Ko H. Wang K. H. Bowen J. Am. Chem. Soc. 2009 131 2663 2669
20. I. Dbkowska J. Rak M. Gutowski Eur. Phys. J. D 2005 35 429 435
21. X. Bao J. Wang J. Gu J. Leszczynski Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 5658 5663
22. J. Gu J. Wang J. Leszczynski J. Am. Chem. Soc. 2006 128 9322 9323
23. J. Rak M. Kobyłecka P. Storoniak J. Phys. Chem. B 2011 115 1911 1917
24. Y. Mandel-Gutfreund O. Schueler H. Margalit J. Mol. Biol. 1995 253 370 382
25. B. Lustig R. L. Jernigan Nucleic Acids Res. 1995 23 4707 4711
26. M. Suzuki N. Yagi Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994 91 12357 12361
27. A. C. Cheng W. W. Chen C. N. Fuhrmann A. D. Frankel J. Mol. Biol. 2003 327 781 796
28. M. M. Hoffman M. A. Khrapov J. C. Cox J. Yao L. Tong A. D. Ellington Nucleic Acids Res. 2004 32 D174 D178
29. N. C. Seeman J. M. Rosenberg A. Rich Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1976 73 804 808
30. N. M. Luscombe R. A. Laskowski J. M. Thornton Nucleic Acids Res. 2001 29 2860 2874
31. J. R. Desjarlais J. M. Berg Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994 91 11099 11103
32. C. O. Pabo R. T. Sauer Annu. Rev. Biochem. 1992 61 1053 1095
33. P. Storoniak K. Mazurkiewicz M. Haranczyk M. Gutowski J. Rak S. N. Eustis Y. J. Ko H. Wang K. H. Bowen J. Phys. Chem. B 2010 114 11353 11362
34. K. Mazurkiewicz M. Harańczyk M. Gutowski J. Rak Int. J. Quantum Chem. 2007 107 2224 2232
35. S. Ptasinska Z. Li N. J. Mason L. Sanche Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 9367 9372
36. J. Wang J. Gu J. Leszczynski Chem. Phys. Lett. 2007 442 124 127
37. X. Pan P. Cloutier D. Hunting L. Sanche Phys. Rev. Lett. 2003 90 208102
38. A. D. Becke Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 1988 38 3098 3100
39. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 5648 5652
40. C. Lee W. Yang R. G. Parr Phys. Rev. B: Condens. Matter 1988 37 785 789
41. R. Ditchfield W. J. Hehre J. A. Pople J. Chem. Phys. 1971 54 724 728
42. W. J. Hehre R. Ditchfield J. A. Pople J. Chem. Phys. 1972 56 2257 2261
43. J. C. Rienstra-Kiracofe G. S. Tschumper H. F. Schaefer S. Nandi G. B. Ellison Chem. Rev. 2002 102 231 282
44. T. van Mourik S. L. Price D. C. Clary J. Phys. Chem. A 1999 103 1611 1618
45. X. Li Z. Cai M. D. Sevilla J. Phys. Chem. A 2002 106 9345 9351
46. I. Dbkowska J. Rak M. Gutowski J. Phys. Chem. A 2002 106 7423 7433
47. M. J. Frisch, et al., Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2004
48. G. Schaftenaar J. H. Noordik J. Comput.-Aided Mol. Des. 2000 14 123 134
49. B. Alberts, A. Johnson, J. Lewis, M. Raff, K. Roberts and P. Walter, in "Control of gene expression"-"Molecular biology of the cell", Gerland Science/Taylor & Francis Group, New York, USA, 4th edn, 2002, chap. 7, pp. 411-432
50. S. S. Wesołowski M. L. Leininger P. N. Pentchev H. F. Schaefer J. Am. Chem. Soc. 2001 123 4023 4028
51. A. C. Pierce E. Haar H. M. Binch D. P. Kay S. R. Patel P. Li J. Med. Chem. 2005 48 1278 1281
52. D. Svozil T. Frigato Z. Havlas P. Jungwirth Phys. Chem. Chem. Phys. 2005 7 840 845
53. D. Foguel J. L. Silva Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994 91 8244 8247
54. L. Sanche, in Radical and Radical Ion Reactivity in Nucleic Acid Chemistry, ed., Marc M. Greenberg, John Wiley & Sons, Hoboken, New Jersey, 2009, chap. 9, pp. 253-262