Can an excess electron localize on a purine moiety in the adenine - Thymine Watson - Crick Base Pair? A Computational Study

International Journal of Quantum Chemistry

Volumn 107, Issue 12, 2007, Pages 2224-2232

  Mazurkiewicz, Kamil ^a   Harańczyk, Maciej ^a   Gutowski, Maciej ^a,b   Janusz, R A K ^a  

^a UNIVERSITY OF GDA SK   (Poland)

^b HERIOT WATT UNIVERSITY   (United Kingdom)

Author keywords

Density functional theory; DNA damage; Electron affinities; Proton transfer; Purine and pyrimidine bases

Indexed keywords

AMINES; COMPLEXATION; COMPUTATIONAL METHODS; ELECTRON TRANSPORT PROPERTIES; PROTON TRANSFER;

DNA DAMAGE; ELECTRON AFFINITIES; PROTON TRANSFER (PT); PYRIMIDINE BASES; WATSON-CRICK ADENINE-THYMINE PAIR (AT);

CRYSTAL STRUCTURE;

EID: 34547957877     PISSN: 00207608     EISSN: 1097461X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/qua.21359     Document Type: Conference Paper

References (44)

1. Boudaïffa, B.; Cloutier, P.; Hunting, D.; Huels, M. A.; Sanche L. Science 2000, 287, 1658.
2. Simons, J. Acc Chem Res 2006, 39, 772.
3. Li, X.; Sevilla, M. D.; Sanche, L. J Am Chem Soc 2003, 125, 13668.
4. Hanel, G.; Gstir, B.; Denifl, S.; Scheier, P.; Probst, M.; Farizon, B.; Farizon, M.; Illenberger, E.; Mark, T. D. Phys Rev Lett 2003, 90, 188104.
5. Abdoul-Carime, H.; Golhke, S.; Illenberger, E. Phys Rev Lett 2004, 92, 168103.
6. Gutowski, M.; Dabkowska, I.; Rak, J.; Xu, S.; Nilles, J. M.; Radisic, D.; Bowen K. H., Jr. Eur Phys J D 2002, 20, 431.
7. Harańczyk, M.; Bachorz, R.; Rak, J.; Gutowski, M.; Radisic, D.; Stokes, S. T.; Nilles, J. M.; Bowen, K. H. J Phys Chem B 2003, 107, 7889.
8. Harańczyk, M.; Rak, J.; Gutowski, M.; Radisic, D.; Stokes, S. T.; Nilles, J. M.; Bowen, K. H. Isr J Chem 2004, 44, 157.
9. Harańczyk, M.; Dabkowska, I.; Rak, J.; Gutowski, M.; Nilles, J. M.; Stokes, S. T.; Radisic, D.; Bowen, K. H. J Phys Chem B 2004, 108, 6919.
10. Dabkowska, I.; Rak, J.; Gutowski, M.; Nilles, J. M.; Radisic, D.; Bowen, K. H., Jr. J Chem Phys 2004, 120, 6064.
11. Da̧bkowska, I.; Rak, J.; Gutowski, M.; Radisic, D.; Stokes, S. T.; Nilles, J. M.; Bowen, K. H., Jr. Phys Chem Chem Phys 2004, 6, 4351.
12. Harańczyk, M.; Rak, J.; Gutowski, M.; Radisic, D.; Stokes, S. T.; Bowen, K. H. J Phys Chem B 2005, 109, 13383.
13. Radisic, D.; Bowen, K. H.; Da̧bkowska, I.; Storoniak, P.; Rak, J.; Gutowski, M. J Am Chem Soc 2005, 127, 6443.
14. Mazurkiewicz, K.; Harańczyk, M.; Gutowski, M.; Rak, J.; Radisic, D.; Eustis, S. N.; Wang, D.; Bowen K. H. J Am Chem Soc 2007, 129.
15. Dabkowska, I.; Rak, J.; Gutowski, M. Eur Phys J D, 2005, 35, 429.
16. Gu, J.; Wang, J.; Rak, J.; Leszczynski, L. Angew Chem Int Ed (in press).
17. Bao, X.; Wang, J.; Gu, J.; Leszczynski, J. Proc Nat Acad Sci, USA 2006, 103, 5658.
18. Gu, J.; Wang, J.; Leszczynski, L. J Am Chem Soc 2006, 128, 9322.
19. Wesolowski, S. S.; Leininger, M. L.; Pentchev, P. N.; Schaefer, H. G., III. J Am Chem Soc 2001, 123, 4023.
20. Schiedt, J.; Weinkauf, R.; Neumark, D. N.; Schlag E. Chem Phys 1998, 239, 511.
21. Kawai, K.; Saito I. Tetrahedron Lett 1998, 39, 5221.
22. Richardson, N. A.; Wesolowski, S. S.; Schaefer H. F. J Phys Chem B 2003, 107, 848.
23. Gu, J. A.; Xie, Y. M.; Schaefer, H. F. J Phys Chem B 2006, 110, 19696.
24. Li, X.; Cai, Z.; Sevilla, M. D. J Phys Chem B 2001, 105, 10115.
25. Becker, D.; Sevilla, M. D. Advances in Radiation Biology; Academic Press: New York, 1993; Vol. 17, p 121.
26. Cheng, A. C.; Chen, W. W.; Fuhrmann G N.; Frankel, A. D. J Mol Biol 2003, 327, 781.
27. Remko, M. J Mol Struct (THEOCHEM) 1999, 492, 203.
28. Muftakhov, M. V.; Vasil'ev, Y. V.; Mazunov, V. A. Rapid Commun Mass Spectrum 1999, 13, 1104.
29. Arnold, D. W.; Bradforth, S. E.; Kim, E. H., Neumark, D. M. J Chem Phys 1995, 102, 3493.
30. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol Phys 1970, 19, 553.
31. Gutowski, M.; Chałesiński, G. J Chem Phys 1993, 98, 5540.
32. Becke, A. D. Phys Rev A 1988, 38, 3098.
33. Becke, A. D. J Chem Phys 1993, 98, 5648.
34. Lee, C.; Yang, W.; Paar, R. G. Phys Rev B 1988, 37, 785.
35. Ditchfield, R.; Hehre, W. J.; Pople, J. A. J Chem Phys 1971, 54, 724.
36. Hehre, W. J.; Ditchfield, R.; Pople, J. A. J Chem Phys 1972, 56, 2257.
37. van Mourik, T.; Price, S. L.; Clary, D. G J Phys Chem A 1999, 103, 1611.
38. Rienstra-Kiracofe, J. C.; Tschumper, G. S.; Schaefer, H. F.; Nandi, S.; Ellison, G. B. Chem Rev 2002, 101, 231.
39. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, Jr., J. A.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Parkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, G Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian, Inc., Pittsburgh PA, 2003.
40. Schaftenaar, G.; Noordik, J. H. J. Comput Aided Mol Design 2000, 14, 123.
41. Da̧bkowska, I.; Rak, J.; Gutowski, M. J Phys Chem A 2002, 106, 7423.
42. Mazurkiewicz, K.; Bachorz, R. A.; Gutowski, M.; Rak, J. J Phys Chem B 2006, 110, 24696.
43. Bachorz, R. A., Harańczyk, M.; Da̧bkowska, I.; Rak, J.; Gutowski, M. J Chem Phys 2005, 122, 204304.
44. Richardson, N. A.; Wesolowski, S. S.; Schaefer, H. F. J Am Chem Soc 2002, 124, 10163.