Erratum: Effects of loops and nucleotides in g-quadruplexes on their interaction with an azacalixarene, methylazacalix[6]pyridine (The Journal of Physical Chemistry B (2011) 115 (12584-12590) DOI: 10.1021/jp204154m);Effects of loops and nucleotides in G-quadruplexes on their interaction with an azacalixarene, methylazacalix[6]pyridine

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 115, Issue 43, 2011, Pages 12584-12590

  Guan, Ai Jiao ^a,c   Zhang, En Xuan ^b   Xiang, Jun Feng ^a   Li, Qian ^a,c   Yang, Qian Fan ^a   Li, Lin ^a,c   Tang, Ya Lin ^a   Wang, Mei Xiang ^b  

^a PEKING UNIVERSITY   (China)

^b TSINGHUA UNIVERSITY   (China)

^c UNIVERSITY OF CHINESE ACADEMY OF SCIENCES   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DICHROISM; NUCLEOTIDES; PYRIDINE;

DUPLEX DNA; FLEXIBLE CONFORMATION; G-QUADRUPLEX STRUCTURE; G-QUADRUPLEXES; INDUCED CIRCULAR DICHROISM; INDUCED SIGNAL; LIGAND DESIGN;

DNA SEQUENCES;

EID: 80054993948     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp211427k     Document Type: Erratum

References (53)

1. Brunori, M.; Luciano, P.; Gilson, E.; Geli, V. J. Mol. Med. 2005, 83, 244-257
2. Blackburn, E. H. Nature 1991, 350, 569-573
3. Zahler, A. M.; Williamson, J. R.; Cech, T. R.; Prescott, D. M. Nature (London) 1991, 350, 718-720
4. Schultze, P.; Macaya, R. F.; Feigon, J. J. Mol. Biol. 1994, 235, 1532-1547
5. Siddiqui-Jain, A.; Grand, C. L.; Bearss, D. J.; Hurley, L. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 11593-11598
6. Dai, J. X.; Dexheimer, T. S.; Chen, D.; Carver, M.; Ambrus, A.; Jones, R. A.; Yang, D. Z. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 1096-1098
7. Patel, D. J.; Phan, A. T.; Kuryavyi, V. Nucleic Acids Res. 2007, 35, 7429-7455
8. Monchaud, D.; Teulade-Fichou, M. P. Org. Biomol. Chem. 2008, 6, 627-636
9. Zhang, X. F.; Xiang, J. F.; Tian, M. Y.; Tang, Y. L. Chin. Sci. Bull. (Chin. Ed.) 2009, 54, 1374-1386
10. Fedoroff, O. Y.; Salazar, M.; Han, H. Y.; Chemeris, V. V.; Kerwin, S. M.; Hurley, L. H. Biochemistry 1998, 37, 12367-12374
11. Gavathiotis, E.; Heald, R. A.; Stevens, M. F. G.; Searle, M. S. J. Mol. Biol. 2003, 334, 25-36
12. Dixon, I. M.; Lopez, F.; Tejera, A. M.; Esteve, J. P.; Blasco, M. A.; Pratviel, G.; Meunier, B. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 1502-1503
13. Li, Q.; Xiang, J.; Li, X.; Chen, L.; Xu, X.; Tang, Y.; Zhou, Q.; Li, L.; Zhang, H.; Sun, H.; Guan, A.; Yang, Q.; Yang, S. Biochimie 2009, 91, 811-819
14. Brassart, B.; Gomez, D.; De Cian, A.; Paterski, R.; Montagnac, A.; Qui, K. H.; Temime-Smaali, N.; Trentesaux, C.; Mergny, J. L.; Gueritte, F. O. F. Mol. Pharmacol. 2007, 72, 631-640
15. Zhang, H.; Xiang, J. F.; Hu, H. Y.; Li, L.; Jin, X.; Liu, Y.; Li, P. F.; Tang, Y. L.; Chen, C. F. Biochemistry 2010, 49, 10351-10353
16. Kim, M. Y.; Vankayalapati, H.; Kazuo, S.; Wierzba, K.; Hurley, L. H. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 2098-2099
17. Gomez, D.; O'Donohue, M. F.; Wenner, T.; Douarre, C.; Macadre, J.; Koebel, P.; Giraud-Panis, M. J.; Kaplan, H.; Kolkes, A.; Shin-Ya, K. Cancer Res. 2006, 66, 6908-6912
18. Jantos, K.; Rodriguez, R.; Ladame, S.; Shirude, P. S.; Balasubramanian, S. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 13662-13663
19. Barbieri, C. M.; Srinivasan, A. R.; Rzuczek, S. G.; Rice, J. E.; LaVoie, E. J.; Pilch, D. S. Nucleic Acids Res. 2007, 35, 3272-3286
20. Harrowfield, J.; Vicens, J. Tetrahedron. 2007, 63, 10719-10719
21. de Fátima, S.; Fernandes, S. A.; Sabino, A. A. Curr. Drug Discovery Technol. 2009, 6, 151-170
22. Böhmer, V. Angew. Chem., Int. Ed. 1995, 34, 713-745
23. Shinkai, S.; Ikeda, A. Chem. Rev. 1997, 97, 1713-1734
24. Miyazaki, Y.; Kanbara, T.; Yamamoto, T. Tetrahedron Lett. 2002, 43, 7945-7948
25. Zhang, E. X.; Wang, D. X.; Zheng, Q. Y.; Wang, M. X. Org. Lett. 2008, 10, 2565-2568
26. Phan, A. T.; Kuryavyi, V.; Burge, S.; Neidle, S.; Patel, D. J. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 4386-4392
27. Phan, A. T.; Modi, Y. S.; Patel, D. J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 8710-8716
28. Beger, R. D.; Marathias, V. M.; Volkman, B. F.; Bolton, P. H. J. Magn. Reson. 1998, 135, 256-259
29. Xu, Y.; Noguchi, Y.; Sugiyama, H. Bioorg. Med. Chem. 2006, 14, 5584-5591
30. Rujan, I. N.; Meleney, J. C.; Bolton, P. H. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 2022-2031
31. Luu, K. N.; Phan, A. T.; Kuryavyi, V.; Lacroix, L.; Patel, D. J. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 9963-9970
32. Phan, A. T.; Kuryavyi, V.; Luu, K. N.; Patel, D. J. Nucleic Acids Res. 2007, 35 (50) 6517-6525
33. Phan, A. T.; Luu, K. N.; Patel, D. J. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 5715-5719
34. Phan, A. T.; Patel, D. J. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15021-15027
35. Parkinson, G. N.; Cuenca, F.; Neidle, S. J. Mol. Biol. 2008, 381, 1145-1156
36. Gavathiotis, E.; Searle, M. S. Org. Biomol. Chem. 2003, 1, 1650-1656
37. Ambrus, A.; Chen, D.; Dai, J. X.; Jones, R. A.; Yang, D. Z. Biochemistry 2005, 44, 2048-2058
38. Parkinson, G. N.; Lee, M. P.; Neidle, S. Nature 2002, 417, 876-880
39. Otsuka, H.; Shinkai, S. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 4271-4275
40. Berova, N.; Nakanishi, K.; Woody, R. W. Eds. Circular Dichroism: Principles and Applications, 2 nd ed.; Wiley-VCH: New York, 2000.
41. Davis, J. T. Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 668-698
42. Tanious, F. A.; Ding, D. Y.; Patrick, D. A.; Tidwell, R. R.; Wilson, W. D. Biochemistry 1997, 36, 15315-15325
43. Gellert, M.; Lipsett, M. N.; Davies, D. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1962, 48, 2013-2018
44. Meier, J.; Higuchi, T. J. Pharm. Sci. 1965, 54, 1183-1186
45. Burge, S.; Parkinson, G. N.; Hazel, P.; Todd, A. K.; Neidle, S. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 5402-5415
46. Keniry, M. A. Biopolymers 2000, 56, 123-146
47. Gabelica, V.; Baker, E. S.; Teulade-Fichou, M. P.; De Pauw, E.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 895-904
48. Rankin, S.; Reszka, A. P.; Huppert, J.; Zloh, M.; Parkinson, G. N.; Todd, A. K.; Ladame, S.; Balasubramanian, S.; Neidle, S. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 10584-10589
49. Seenisamy, J.; Rezler, E. M.; Powell, T. J.; Tye, D.; Gokhale, V.; Joshi, C. S.; Siddiqui-Jain, A.; Hurley, L. H. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 8702-8709
50. Wang, Y.; Patel, D. J. Structure 1993, 1, 263-282
51. Arora, A.; Maiti, S. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 8151-8159
52. Arora, A.; Maiti, S. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 8784-8792
53. Campbell, N. H.; Patel, M.; Tofa, A. B.; Ghosh, R.; Parkinson, G. N.; Neidle, S. Biochemistry 2009, 48, 1675-1680