The free energy landscape analysis of protein (FIP35) folding dynamics

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 115, Issue 42, 2011, Pages 12315-12324

  Krivov, Sergei V ^a  

^a UNIVERSITY OF LEEDS   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DYNAMICS; ENERGY BARRIERS; PROTEIN FOLDING; PROTEINS;

COMPLEX REACTIONS; CONFORMATIONAL TRANSITIONS; EXPERIMENTAL DYNAMICS; EXPERIMENTAL TECHNIQUES; FOLDING DYNAMICS; FOLDING KINETICS; FREE ENERGY LANDSCAPE; FUNDAMENTAL PROBLEM; PREEXPONENTIAL FACTOR; REACTION COORDINATES; REACTION FREE ENERGY; TEMPORAL RESOLUTION;

FREE ENERGY;

EID: 80054929399     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp208585r     Document Type: Article

References (60)

1. Onuchic, J. N.; Socci, N. D.; Luthey-Schulten, Z.; Wolynes, P. G. Folding Des. 1996, 1, 441-450
2. Dobson, C. M.; Sali, A.; Karplus, M. Angew. Chem., Int. Ed. 1998, 37, 868-893
3. Kramers, H. A. Physica 1940, 7, 284-304
4. Fersht, A. Structure and mechanism in protein science: a guide to enzyme catalysis and protein folding; W.H. Freeman: New York, 1999.
5. Huysmans, G. H. M.; Baldwin, S. A.; Brockwell, D. J.; Radford, S. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 4099-4104
6. Naganathan, A. N.; Muoz, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 8611-8616
7. Kubelka, J.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 76-88
8. Yang, W. Y.; Gruebele, M. Nature 2003, 423, 193-197
9. Garcia-Mira, M. M.; Sadqi, M.; Fischer, N.; Sanchez-Ruiz, J. M.; Müoz, V. Science 2002, 298, 2191-2195
10. Liu, F.; Nakaema, M.; Gruebele, M. J. Chem. Phys. 2009, 131, 195101
11. Krieger, F.; Fierz, B.; Bieri, O.; Drewello, M.; Kiefhaber, T. J. Mol. Biol. 2003, 332, 265-274
12. Chung, H. S.; Louis, J. M.; Eaton, W. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 11837-11844
13. Gebhardt, J. C. M.; Bornschlögl, T.; Rief, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 2013-2018
14. Baba, A.; Komatsuzaki, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 19297-19302
15. Schuetz, P.; Wuttke, R.; Schuler, B.; Caflisch, A. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 15227-15235
16. Hummer, G.; Szabo, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 21441-21446
17. Freddolino, P. L.; Harrison, C. B.; Liu, Y.; Schulten, K. Nat. Phys. 2010, 6, 751-758
18. Buchner, G. S.; Murphy, R. D.; Buchete, N.; Kubelka, J. Biochim. Biophys. Acta 2010, 1814, 1001-1020
19. Du, R.; Pande, V. S.; Grosberg, A. Y.; Tanaka, T.; Shakhnovich, E. S. J. Chem. Phys. 1998, 108, 334-350
20. Best, R. B.; Hummer, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 6732-6737
21. Allen, L. R.; Krivov, S. V.; Paci, E. PLoS Comput. Biol. 2009, 5, e1000428
22. Becker, O. M.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 1997, 106, 1495-1517
23. Bolhuis, P. G.; Dellago, C.; Chandler, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 5877-5882
24. Krivov, S. V.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 14766-14770
25. Krivov, S. V.; Muff, S.; Caflisch, A.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 8701-8714
26. Best, R. B.; Mittal, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 11087-11092
27. Bowman, G. R.; Voelz, V. A.; Pande, V. S. Curr. Opin. Struct. Biol. 2011, 21, 4-11
28. Freddolino, P. L.; Liu, F.; Gruebele, M.; Schulten, K. Biophys. J. 2008, 94, L75-L77
29. Ensign, D. L.; Pande, V. S. Biophys. J. 2009, 96, L53-L55
30. Shaw, D. E.; Maragakis, P.; Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Dror, R. O.; Eastwood, M. P.; Bank, J. A.; Jumper, J. M.; Salmon, J. K.; Shan, Y.; Wriggers, W. Science 2010, 330, 341-346
31. Krivov, S. V. PLoS Comput. Biol. 2010, 6, e1000921
32. Rhee, Y. M.; Pande, V. S. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6780-6786
33. Ma, A.; Dinner, A. R. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6769-6779
34. Krivov, S. V.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 13841-13846
35. Noé, F.; Schütte, C.; Vanden-Eijnden, E.; Reich, L.; Weikl, T. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 19011-19016
36. Juraszek, J.; Bolhuis, P. G. Biophys. J. 2010, 98, 646-656
37. García, A. E.; Blumenfeld, R.; Hummer, G.; Krumhansl, J. A. Phys. D (Amsterdam, Neth.) 1997, 107, 225-239
38. Kneller, G. R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 2641-2655
39. Min, W.; Luo, G.; Cherayil, B. J.; Kou, S. C.; Xie, X. S. Phys. Rev. Lett. 2005, 94, 198302
40. Neusius, T.; Daidone, I.; Sokolov, I. M.; Smith, J. C. Phys. Rev. Lett. 2008, 100, 188103-188104
41. Mori, H. Prog. Theor. Phys. 1965, 33, 423-455
42. Zwanzig, R. Nonequilibrium Statistical Mechanics; Oxford University Press: New York, 2001.
43. Portman, J. J.; Takada, S.; Wolynes, P. G. J. Chem. Phys. 2001, 114, 5082
44. Darve, E.; Solomon, J.; Kia, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 10884-10889
45. Krivov, S. V.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 2002, 117, 10894-10903
46. Hummer, G. New J. Phys. 2005, 7, 34-34
47. Rao, F.; Settanni, G.; Guarnera, E.; Caflisch, A. J. Chem. Phys. 2005, 122, 184901
48. Peters, B. Chem. Phys. Lett. 2010, 494, 100-103
49. Krivov, S. V. J. Phys. Chem. B 2011, not supplied.
50. Best, R. B.; Hummer, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 1088-1093
51. Berezhkovskii, A.; Hummer, G.; Szabo, A. J. Chem. Phys. 2009, 130, 205102
52. Piana, S.; Sarkar, K.; Lindorff-Larsen, K.; Guo, M.; Gruebele, M.; Shaw, D. E. J. Mol. Biol. 2011, 405, 43-48
53. Zwanzig, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 2029-2030
54. Lifson, S.; Jackson, J. L. J. Chem. Phys. 1962, 36, 2410
55. Hudgins, R. R.; Huang, F.; Gramlich, G.; Nau, W. M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 556-564
56. Yeh, I.; Hummer, G. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 6563-6568
57. Gruebele, M. Methods 2010, 52, 1-2
58. Vanden-Eijnden, E.; Venturoli, M.; Ciccotti, G.; Elber, R. J. Chem. Phys. 2008, 129, 174102
59. Krivov, S. V. Phys. Rev. E 2011, 84, 011135
60. Sosnick, T. R.; Barrick, D. Curr. Opin. Struct. Biol. 2011, 21, 12-24