Reconstruction of a genome-scale metabolic network of Rhodococcus erythropolis for desulfurization studies

Molecular BioSystems

Volumn 7, Issue 11, 2011, Pages 3122-3131

  Aggarwal, Shilpi ^a   Karimi, I A ^a   Lee, Dong Yup ^a,b  

^a NATIONAL UNIVERSITY OF SINGAPORE   (Singapore)

^b AGENCY FOR SCIENCE   (Singapore)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ESCHERICHIA COLI; RHODOCOCCUS ERYTHROPOLIS;

EID: 80054041941     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1mb05201b     Document Type: Article

References (63)

1. M. J. Larkin R. De Mot L. A. Kulakov I. Nagy Antonie van Leeuwenhoek 1998 74 133 153
2. R. Van Der Geize L. Dijkhuizen Curr. Opin. Microbiol. 2004 7 255 261
3. F. Davoodi-Dehaghani M. Vosoughi A. A. Ziaee Bioresour. Technol. 2010 101 1102 1105
4. J. J. Kilbane II K. Jackowski Biotechnol. Bioeng. 1992 40 1107 1114
5. S. Johnson, C. Oldfield, L. Brzozowski, D. Monticello and C. Kulpa, Am. Chem. Soc., Div. Petrol. Chem., Preprints, 1994, p. 657
6. S. A. Denome C. Oldfield L. J. Nash K. D. Young J. Bacteriol. 1994 176 6707 6716
7. T. Omori Y. Saiki K. Kasuga T. Kodama Biosci., Biotechnol., Biochem. 1995 59 1195 1198
8. T. Ohshiro T. Hirata I. Hashimoto Y. Izumi J. Ferment. Bioeng. 1996 82 610 612
9. D. J. Monticello Chem. Technol. 1998 28 38 45
10. K. A. Gray O. S. Pogrebinsky G. T. Mrachko L. Xi D. J. Monticello C. H. Squires Nat. Biotechnol. 1996 14 1705 1708
11. M. Soleimani A. Bassi A. Margaritis Biotechnol. Adv. 2007 25 570 596
12. J. J. Kilbane II Curr. Opin. Biotechnol. 2006 17 305 314
13. E. N. Kaufman A. P. Borole R. Shong J. L. Sides C. Juengst J. Chem. Technol. Biotechnol. 1999 74 1000 1004
14. O. Yoshikawa Y. Ishii K. I. Koizumi T. Ohshiro Y. Izumi K. Maruhashi J. Biosci. Bioeng. 2002 94 447 452
15. B. Yu C. Ma W. Zhou Y. Wang X. Cai F. Tao Q. Zhang M. Tong J. Qu P. Xu FEMS Microbiol. Lett. 2006 258 284 289
16. J. J. Kilbane II S. Le Borgne Stud. Surf. Sci. Catal. 2004 151 29 65
17. K. Raman N. Chandra Briefings Bioinf. 2009 10 435 449
18. M. Durot P. Y. Bourguignon V. Schachter FEMS Microbiol. Rev. 2009 33 164 190
19. R. Saha P. F. Suthers C. D. Maranas PLoS One 2011 6 e21784
20. A. Varma B. O. Palsson Biotechnology 1994 12 994 998
21. Y. Izumi T. Ohshiro H. Ogino Y. Hine M. Shimao Appl. Environ. Microbiol. 1994 60 223 226
22. A. M. Feist C. S. Henry J. L. Reed M. Krummenacker A. R. Joyce P. D. Karp L. J. Broadbelt V. Hatzimanikatis B. Ø. Palsson Mol. Syst. Biol. 2007 3 121
23. J. L. Reed T. D. Vo C. H. Schilling B. O. Palsson GenomeBiology 2003 4 R54
24. J. Nogales B. Ø. Palsson I. Thiele BMC Syst. Biol. 2008 2 79
25. J. Puchałka M. A. Oberhardt M. Godinho A. Bielecka D. Regenhardt K. N. Timmis J. A. Papin V. A. P. Martins Dos Santos PLoS Comput. Biol. 2008 4 e1000210
26. S. B. Sohn T. Y. Kim J. M. Park S. Y. Lee Biotechnol. J. 2010 5 739 750
27. M. A. Oberhardt J. Puchałka K. E. Fryer V. A. P. M. Dos Santos J. A. Papin J. Bacteriol. 2008 190 2790 2803
28. N. C. Duarte M. J. Herrgård B. Ø. Palsson Genome Res. 2004 14 1298 1309
29. I. Famili J. Förster J. Nielsen B. O. Palsson Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 13134 13139
30. J. Förster I. Famili P. Fu B. Ø. Palsson J. Nielsen Genome Res. 2003 13 244 253
31. A. R. Zomorrodi C. D. Maranas BMC Syst. Biol. 2010 4 178
32. B. K. S. Chung S. Selvarasu C. Andrea J. Ryu H. Lee J. Ahn D. Lee Microb. Cell Fact. 2010 9 50
33. S. B. Sohn A. B. Graf T. Y. Kim B. Gasser M. Maurer P. Ferrer D. Mattanovich S. Y. Lee Biotechnol. J. 2010 5 705 715
34. K. Y. Lee J. M. Park T. Y. Kim H. Yun S. Y. Lee Microb. Cell Fact. 2010 9 94
35. H. Widiastuti J. Y. Kim S. Selvarasu I. A. Karimi H. Kim J. S. Seo D. Y. Lee Biotechnol. Bioeng. 2011 108 655 665
36. S. Aggarwal I. A. Karimi D. Y. Lee FEMS Microbiol. Lett. 2011 315 115 121
37. M. Kanehisa S. Goto Nucleic Acids Res. 2000 28 27 30
38. R. Caspi H. Foerster C. A. Fulcher P. Kaipa M. Krummenacker M. Latendresse S. Paley S. Y. Rhee A. G. Shearer C. Tissier T. C. Walk P. Zhang P. D. Karp Nucleic Acids Res. 2008 36 D623 D631
39. C. Oldfield N. T. Wood S. C. Gilbert F. D. Murray F. R. Faure Antonie van Leeuwenhoek 1998 74 119 132
40. C. Bornemann M. A. Jardine H. S. C. Spies D. J. Steenkamp Biochem. J. 1997 325 623 629
41. M. Rawat Y. Av-Gay FEMS Microbiol. Rev. 2007 31 278 292
42. C. Oldfield O. Pogrebinsky J. Simmonds E. S. Olson C. F. Kulpa Microbiology 1997 143 2961 2973
43. W. R. Finnerty Annu. Rev. Microbiol. 1992 46 193 218
44. M. Daffe M. McNeil P. J. Brennan Carbohydr. Res. 1993 249 383 398
45. D. J. V. Beste T. Hooper G. Stewart B. Bonde C. Avignone-Rossa M. E. Bushell P. Wheeler S. Klamt A. M. Kierzek J. McFadden GenomeBiology 2007 8 R89
46. N. Jamshidi B. Ø. Palsson BMC Syst. Biol. 2007 1 26
47. H. Yan M. Kishimoto T. Omasa Y. Katakura K. I. Suga K. Okumura O. Yoshikawa J. Biosci. Bioeng. 2000 89 361 366
48. F. Davoodi-Dehaghani M. Vosoughi A. A. Ziaee Bioresour. Technol. 2010 101 1102 1105
49. E. Fischer U. Sauer Nat. Genet. 2005 37 636 640
50. M. Z. Li C. H. Squires D. J. Monticello J. D. Childs J. Bacteriol. 1996 178 6409 6418
51. Y. Tanaka O. Yoshikawa K. Maruhashi R. Kurane Arch. Microbiol. 2002 178 351 357
52. E. Franchi F. Rodriguez L. Serbolisca F. de Ferra Oil Gas Sci. Technol. 2003 58 515 520
53. C. H. Del Olmo A. Alcon V. E. Santos F. Garcia-Ochoa Enzyme Microb. Technol. 2005 37 157 166
54. M. Carnicer K. Baumann I. Töplitz F. Sánchez-Ferrando D. Mattanovich P. Ferrer J. Albiol Microb. Cell Fact. 2009 8 65
55. M. Sekine S. Tanikawa S. Omata M. Saito T. Fujisawa N. Tsukatani T. Tajima T. Sekigawa H. Kosugi Y. Matsuo R. Nishiko K. Imamura M. Ito H. Narita S. Tago N. Fujita S. Harayama Environ. Microbiol. 2006 8 334 346
56. J. Pramanik P. L. Trelstad A. J. Schuler D. Jenkins J. D. Keasling Water Res. 1999 33 462 476
57. C. H. Schilling J. S. Edwards D. Letscher B. O. Palsson Biotechnol. Bioeng. 2000 71 286 306
58. H. P. J. Bonarius G. Schmid J. Tramper Trends Biotechnol. 1997 15 308 314
59. J. M. Park T. Y. Kim S. Y. Lee Biotechnol. Adv. 2009 27 979 988
60. P. F. Suthers M. S. Dasika V. S. Kumar G. Denisov J. I. Glass C. D. Maranas PLoS Comput. Biol. 2009 5 e1000285
61. D. Y. Lee H. Yun S. Park S. Y. Lee Bioinformatics 2003 19 2144 2146
62. A. Brooke, D. Kendrick, A. Meeraus, R. Raman, GAMS Development Corporation, 1998
63. I. Thiele T. D. Vo N. D. Price B. Ø. Palsson J. Bacteriol. 2005 187 5818 5830