Patterns of indirect protein interactions suggest a spatial organization to metabolism

Molecular BioSystems

Volumn 7, Issue 11, 2011, Pages 3056-3064

  Pérez Bercoff, Åsa ^a   McLysaght, Aoife ^a   Conant, Gavin C ^b  

^a TRINITY COLLEGE DUBLIN   (Ireland)

^b UNIVERSITY OF MISSOURI   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ESCHERICHIA COLI;

EID: 80054012758     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1mb05168g     Document Type: Article

References (61)

1. C. Yanofsky M. Rachmeler Biochim. Biophys. Acta 1958 28 640 641
2. J. Mowbray V. Moses Eur. J. Biochem. 1976 66 25 36
3. B. Räis F. Ortega J. Puigjaner B. Comin F. Orosz J. Ovadi M. Cascante Biochim. Biophys. Acta, Protein Struct. Mol. Enzymol. 2000 1479 303 314
4. F. H. Gaertner Trends Biochem. Sci. 1978 3 63 65
5. A. S. Verkman Trends Biochem. Sci. 2002 27 27 33
6. P. A. Srere Trends Biochem. Sci. 2000 25 150 153
7. C. C. Hyde S. A. Ahmed E. A. Padlan E. W. Miles D. R. Davies J. Biol. Chem. 1988 263 17857 17871
8. E. K. Seppet T. Kaambre P. Sikk T. Tiivel H. Vija M. Tonkonogi K. Sahlin L. Kay F. Appaix U. Braun M. Eimre V. A. Saks Biochim. Biophys. Acta, Bioenerg. 2001 1504 379 395
9. I. Brandina J. Graham C. Lemaitre-Guillier N. Entelis I. Krasheninnikov L. Sweetlove I. Tarassov R. P. Martin Biochim. Biophys. Acta, Bioenerg. 2006 1757 1217 1228
10. M. E. Campanella H. Chu P. S. Low Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 2402 2407
11. J. W. Graham T. C. Williams M. Morgan A. R. Fernie R. G. Ratcliffe L. J. Sweetlove Plant Cell 2007 19 3723 3738
12. D. Araiza-Olivera J. G. Sampedro A. Mujica A. Pena S. Uribe-Carvajal FEMS Yeast Res. 2010 10 282 289
13. B. S. Winkel Annu. Rev. Plant Biol. 2004 55 85 107
14. S. D. Chuong A. G. Good G. J. Taylor M. C. Freeman G. B. Moorhead D. G. Muench Mol. Cell. Proteomics 2004 3 970 983
15. V. Saks N. Beraud T. Wallimann Int. J. Mol. Sci. 2008 9 751 767
16. R. J. Ellis Trends Biochem. Sci. 2001 26 597 604
17. G. J. Pielak Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 5901 5902
18. J. Ovádi P. A. Srere Cell Biochem. Funct. 1996 14 249 258
19. A. Hudder L. Nathanson M. P. Deutscher Mol. Cell. Biol. 2003 23 9318 9326
20. P. Dolezal V. Likic J. Tachezy T. Lithgow Science 2006 313 314 318
21. R. A. Stuart J. Bioenerg. Biomembr. 2008 40 411 417
22. J. Ovádi V. Saks Mol. Cell. Biochem. 2004 256-257 5 12
23. C. Huthmacher C. Gille H. G. Holzhutter Genome Inf. Ser. 2007 18 162 172
24. C. Huthmacher C. Gille H. G. Holzhutter J. Theor. Biol. 2008 252 456 464
25. P. Durek D. Walther BMC Syst. Biol. 2008 2 100
26. X. Zhu M. Gerstein M. Snyder Genes Dev. 2007 21 1010 1024
27. J. L. Reed T. D. Vo C. H. Schilling B. O. Palsson GenomeBiology 2003 4 R54
28. N. C. Duarte M. J. Herrgård B. Ø. Palsson Genome Res. 2004 14 1298 1309
29. H. Ma A. Sorokin A. Mazein A. Selkov E. Selkov O. Demin I. Goryanin Mol. Syst. Biol. 2007 3 135
30. N. C. Duarte S. A. Becker N. Jamshidi I. Thiele M. L. Mo T. D. Vo R. Srivas B. Ø. Palsson Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 1777 1782
31. A. Wagner D. A. Fell Proc. R. Soc. London, Ser. B 2001 268 1803 1810
32. C. Gancedo C. L. Flores Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2008 72 197 210
33. K. P. Byrne K. H. Wolfe Genome Res. 2005 15 1456 1461
34. D. Voet and J. G. Voet, Biochemistry, John Wiley & Sons, Inc., Hoboken, NJ, 2004
35. L. Salwinski C. S. Miller A. J. Smith F. K. Pettit J. U. Bowie D. Eisenberg Nucleic Acids Res. 2004 32 D449 451
36. J. M. Cherry C. Adler C. Ball S. A. Chervitz S. S. Dwight E. T. Hester Y. Jia G. Juvik T. Roe M. Schroeder S. Weng D. Botstein Nucleic Acids Res. 1998 26 73 80
37. E. I. Boyle S. Weng J. Gollub H. Jin D. Botstein J. M. Cherry G. Sherlock Bioinformatics 2004 20 3710 3715
38. H. W. Mewes K. Heumann A. Kaps K. Mayer F. Pfeiffer S. Stocker D. Frishman Nucleic Acids Res. 1999 27 44 48
39. J. D. Orth I. Thiele B. Ø. Palsson Nat. Biotechnol. 2010 28 245 248
40. J. Förster I. Famili P. Fu B. Ø. Palsson J. Nielsen Genome Res. 2003 13 244 253
41. T. Shlomi M. N. Cabili M. J. Herrgard B. O. Palsson E. Ruppin Nat. Biotechnol. 2008 26 1003 1010
42. L. Jerby T. Shlomi E. Ruppin Mol. Syst. Biol. 2010 6 401
43. J. Ovádi F. Orosz S. Hollán Mol. Cell. Biochem. 2004 256-257 83 93
44. D. Mochly-Rosen Science 1995 268 247 251
45. T. Pawson J. D. Scott Science 1997 278 2075 2080
46. G. B. West J. H. Brown B. J. Enquist Science 1999 284 1677 1679
47. G. B. West W. H. Woodruff J. H. Brown Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 Suppl 1 2473 2478
48. E. Ravasz A. L. Somera D. A. Mongru Z. N. Oltvai A. L. Barabasi Science 2002 297 1551 1555
49. A. C. Gavin P. Aloy P. Grandi R. Krause M. Boesche M. Marzioch C. Rau L. J. Jensen S. Bastuck B. Dumpelfeld A. Edelmann M. A. Heurtier V. Hoffman C. Hoefert K. Klein M. Hudak A. M. Michon M. Schelder M. Schirle M. Remor T. Rudi S. Hooper A. Bauer T. Bouwmeester G. Casari G. Drewes G. Neubauer J. M. Rick B. Kuster P. Bork R. B. Russell G. Superti-Furga Nature 2006 440 631 636
50. T. Ito T. Chiba R. Ozawa M. Yoshida M. Hattori Y. Sakaki Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 4569 4574
51. M. A. Aon B. O'Rourke S. Cortassa Mol. Cell. Biochem. 2004 256-257 169 184
52. T. S. Keshava Prasad R. Goel K. Kandasamy S. Keerthikumar S. Kumar S. Mathivanan D. Telikicherla R. Raju B. Shafreen A. Venugopal L. Balakrishnan A. Marimuthu S. Banerjee D. S. Somanathan A. Sebastian S. Rani S. Ray C. J. Harrys Kishore S. Kanth M. Ahmed M. K. Kashyap R. Mohmood Y. L. Ramachandra V. Krishna B. A. Rahiman S. Mohan P. Ranganathan S. Ramabadran R. Chaerkady A. Pandey Nucleic Acids Res. 2009 37 D767 772
53. S. Peri J. D. Navarro R. Amanchy T. Z. Kristiansen C. K. Jonnalagadda V. Surendranath V. Niranjan B. Muthusamy T. K. Gandhi M. Gronborg N. Ibarrola N. Deshpande K. Shanker H. N. Shivashankar B. P. Rashmi M. A. Ramya Z. Zhao K. N. Chandrika N. Padma H. C. Harsha A. J. Yatish M. P. Kavitha M. Menezes D. R. Choudhury S. Suresh N. Ghosh R. Saravana S. Chandran S. Krishna M. Joy S. K. Anand V. Madavan A. Joseph G. W. Wong W. P. Schiemann S. N. Constantinescu L. Huang R. Khosravi-Far H. Steen M. Tewari S. Ghaffari G. C. Blobe C. V. Dang J. G. Garcia J. Pevsner O. N. Jensen P. Roepstorff K. S. Deshpande A. M. Chinnaiyan A. Hamosh A. Chakravarti A. Pandey Genome Res. 2003 13 2363 2371
54. P. Flicek B. L. Aken K. Beal B. Ballester M. Caccamo Y. Chen L. Clarke G. Coates F. Cunningham T. Cutts T. Down S. C. Dyer T. Eyre S. Fitzgerald J. Fernandez-Banet S. Graf S. Haider M. Hammond R. Holland K. L. Howe K. Howe N. Johnson A. Jenkinson A. Kahari D. Keefe F. Kokocinski E. Kulesha D. Lawson I. Longden K. Megy P. Meidl B. Overduin A. Parker B. Pritchard A. Prlic S. Rice D. Rios M. Schuster I. Sealy G. Slater D. Smedley G. Spudich S. Trevanion A. J. Vilella J. Vogel S. White M. Wood E. Birney T. Cox V. Curwen R. Durbin X. M. Fernandez-Suarez J. Herrero T. J. Hubbard A. Kasprzyk G. Proctor J. Smith A. Ureta-Vidal S. Searle Nucleic Acids Res. 2008 36 D707 714
55. Å. Pérez-Bercoff T. Makino A. McLysaght BMC Evol. Biol. 2010 10 160
56. F. R. Blattner G. Plunkett C. A. Bloch N. T. Perna V. Burland M. Riley J. Colladovides J. D. Glasner C. K. Rode G. F. Mayhew J. Gregor N. W. Davis H. A. Kirkpatrick M. A. Goeden D. J. Rose B. Mau Y. Shao Science 1997 277 1453 1462
57. M. Bekaert G. C. Conant Mol. Biol. Evol. 2011 28 1111 1121
58. J. Wright A. Wagner BMC Syst. Biol. 2008 2 55
59. G. C. Conant K. H. Wolfe PLoS Biol. 2006 4 e109
60. J. Yoon A. Blumer K. Lee Bioinformatics 2006 22 3106 3108
61. D. J. Watts S. H. Strogatz Nature 1998 393 440 442