Coarse-grained force field: General folding theory

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 13, Issue 38, 2011, Pages 16890-16901

  Liwo, Adam ^a   He, Yi ^b   Scheraga, Harold A ^b  

^a UNIVERSITY OF GDA SK   (Poland)

^b Cornell University ^*  (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEIN;

ANIMAL; CHEMISTRY; HUMAN; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING; REVIEW; THERMODYNAMICS;

ANIMALS; HUMANS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING; PROTEINS; THERMODYNAMICS;

EID: 80053277257     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1cp20752k     Document Type: Review

References (101)

1. M. Laskowski, Jr. H. A. Scheraga J. Am. Chem. Soc. 1954 76 6305
2. G. Némethy H. A. Scheraga J. Phys. Chem. 1962 66 1773
3. G. Némethy I. Z. Steinberg H. A. Scheraga Biopolymers 1963 1 43
4. C. Tanford J. D. Hauenstein D. G. Rands J. Am. Chem. Soc. 1955 77 6409 6413
5. H. A. Scheraga Biochim. Biophys. Acta, Gen. Subj. 1957 23 196 197
6. H. A. Scheraga Fed. Proc. 1967 26 1380 1387
7. A. Włodawer L. A. Svenson L. Sjölin G. L. Gilliland Biochemistry 1988 27 2705 2717
8. C. H. W. Hirs S. Moore W. H. Stein J. Biol. Chem. 1960 235 633 647
9. G. Némethy H. A. Scheraga Biopolymers 1965 3 155 184
10. H. A. Scheraga Adv. Phys. Org. Chem. 1968 6 103 184
11. F. A. Momany R. F. McGuire A. W. Burgess H. A. Scheraga J. Phys. Chem. 1975 79 2361 2381
12. A. Liwo R. Kazmierkiewicz C. Czaplewski M. Groth S. Oldziej R. J. Wawak S. Rackovsky M. R. Pincus H. A. Scheraga J. Comput. Chem. 1998 19 259 276
13. C. B. Anfinsen Science 1973 181 223 230
14. K. D. Gibson H. A. Scheraga Physiol. Chem. Phys. 1969 1 109 126
15. N. G H. A. Scheraga J. Chem. Phys. 1969 51 4751 4767
16. N. G H. A. Scheraga Macromolecules 1976 9 535 542
17. A. Liwo C. Czaplewski J. Pillardy H. A. Scheraga J. Chem. Phys. 2001 115 2323 2347
18. M. Dygert N. Go H. A. Scheraga Macromolecules 1975 8 750 761
19. J. A. Vila D. R. Ripoll H. A. Scheraga Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 14812 14816
20. M. H. Miller H. A. Scheraga J. Polym. Sci.: Polym. Symp. 1976
21. A. Liwo J. Lee D. R. Ripoll J. Pillardy H. A. Scheraga Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 5482 5485
22. J. Lee H. A. Scheraga S. Rackovsky J. Comput. Chem. 1997 18 1222 1232
23. A. Liwo M. R. Pincus R. J. Wawak S. Rackovsky H. A. Scheraga Protein Sci. 1993 2 1697
24. A. Liwo M. R. Pincus R. J. Wawak S. Rackovsky H. A. Scheraga Protein Sci. 1993 2 1715
25. A. Liwo S. Ołdziej M. R. Pincus R. J. Wawak S. Rackovsky H. A. Scheraga J. Comput. Chem. 1997 18 849
26. A. Liwo M. R. Pincus R. J. Wawak S. Rackovsky S. Ołdziej H. A. Scheraga J. Comput. Chem. 1997 18 874
27. A. Liwo, C. Czaplewski, S. Ołdziej, A. V. Rojas, R. Kaźmierkiewicz, M. Makowski, R. K. Murarka and H. A. Scheraga, in Coarse-graining of condensed phase and biomolecular systems, ed., G. Voth, CRC Press, Taylor & Francis, Farmington, CT, 2008, pp. 107-122
28. K. A. Dill Biochemistry 1990 29 7133
29. Czaplewski, C. A. Liwo, M. Makowski, S. Ołdziej and H. A. Scheraga, Multiscale approaches to protein modeling, pp. 35-83
30. V. Tozzini Q. Rev. Biophys. 2010 43 333
31. M. Levitt J. Mol. Biol. 1976 104 59
32. A. Koliński Acta Biochim. Pol. 2004 51 349
33. A. Koliński J. Skolnick Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 1994 18 338
34. L. Monticelli S. K. Kandasamy X. Periole R. G. Larson D. P. Tielemann S. J. Marrink J. Chem. Theory Comput. 2008 4 819
35. S. Izvekov G. A. Voth J. Phys. Chem. B 2005 109 2469
36. W. G. Noid J.-W. Chu G. S. Ayton V. Krishna S. Izvekov G. A. Voth A. Das H. C. Andersen J. Chem. Phys. 2008 128 244144
37. J. Zhou I. Thorpe S. Izvekov G. A. Voth Biophys. J. 2007 92 4289
38. Coarse graining of condensed phase and biomolecular systems, ed., G. A. Voth, CRC Press, Taylor & Francis, Farmington, CT, 2008
39. A. Liwo M. Khalili C. Czaplewski S. Kalinowski S. Ołdziej K. Wachucik H. A. Scheraga J. Phys. Chem. B 2007 111 260 285
40. H. Shen A. Liwo H. A. Scheraga J. Phys. Chem. B 2009 113 8738
41. S. Ołdziej U. Kozłowska A. Liwo H. A. Scheraga J. Phys. Chem. A 2003 107 8035
42. A. Liwo S. Ołdziej C. Czaplewski U. Kozłowska H. A. Scheraga J. Phys. Chem. B 2004 108 9421
43. U. Kozłowska A. Liwo H. A. Scheraga J. Phys.: Condens. Matter 2007 19 285203
44. U. Kozłowska A. Liwo H. A. Scheraga J. Comput. Chem. 2010 31 1143
45. U. Kozłowska G. G. Maisuradze A. Liwo H. A. Scheraga J. Comput. Chem. 2010 31 1154
46. J. Lee D. R. Ripoll C. Czaplewski J. Pillardy W. J. Wedemeyer H. A. Scheraga J. Phys. Chem. B 2001 105 7291
47. J. Pillardy C. Czaplewski A. Liwo W. J. Wedemeyer J. Lee D. R. Ripoll P. Arłukowicz S. Ołdziej Y. Arnautova H. A. Scheraga J. Phys. Chem. B 2001 105 7299
48. A. Liwo P. Arłukowicz C. Czaplewski S. Ołdziej J. Pillardy H. A. Scheraga Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 1937
49. S. Ołdziej A. Liwo C. Czaplewski J. Pillardy H. A. Scheraga J. Phys. Chem. B 2004 108 16394
50. S. Ołdziej J. Łgiewka A. Liwo C. Czaplewski M. Chinchio M. Nanias H. A. Scheraga J. Phys. Chem. B 2004 108 16950
51. J. A. Saunders H. A. Scheraga Biopolymers 2003 68 300
52. J. A. Saunders H. A. Scheraga Biopolymers 2003 68 318
53. A. V. Rojas A. Liwo H. A. Scheraga J. Phys. Chem. B 2007 111 293 309
54. Z. Li H. A. Scheraga Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1987 84 6611
55. J. Lee A. Liwo H. A. Scheraga Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 2025
56. J. Lee A. Liwo D. R. Ripoll J. Pillardy H. A. Scheraga Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 1999 Suppl. 3 204
57. J. Lee A. Liwo D. R. Ripoll J. Pillardy J. A. Saunders K. D. Gibson H. A. Scheraga Int. J. Quantum Chem. 2000 77 90
58. J. Pillardy C. Czaplewski A. Liwo J. Lee D. R. Ripoll R. Kaźmierkiewicz S. Ołdziej W. J. Wedemeyer K. D. Gibson Y. A. Arnautova J. Saunders Y.-J. Ye H. A. Scheraga Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 2329
59. S. Ołdziej C. Czaplewski A. Liwo M. Chinchio M. Nanias J. Vila M. Khalili Y. A. Arnautova A. Jagielska M. Makowski H. D. Schafroth R. Kaźmierkiewicz D. R. Ripoll J. Pillardy J. Saunders Y. Kang K. Gibson H. A. Scheraga Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 7547
60. M. Khalili A. Liwo F. Rakowski P. Grochowski H. A. Scheraga J. Phys. Chem. B 2005 109 13785 13797
61. M. Khalili A. Liwo A. Jagielska H. A. Scheraga J. Phys. Chem. B 2005 109 13798 13810
62. A. Liwo M. Khalili H. A. Scheraga Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 2362
63. M. Khalili A. Liwo H. A. Scheraga J. Mol. Biol. 2006 355 536 547
64. H. J. C. Berendsen J. P. M. Postma W. F. van Gunsteren A. DiNola J. R. Haak J. Chem. Phys. 1984 81 3684
65. D. S. Kleinerman C. Czaplewski A. Liwo H. A. Scheraga J. Chem. Phys. 2008 128 245103
66. G. Hoover Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 1985 31 1695
67. S. Nose J. Phys. Soc. Jpn. 2001 70 75
68. W. C. Swope H. C. Andersen P. H. Berens K. R. Wilson J. Chem. Phys. 1982 76 637
69. F. Rakowski P. Grochowski B. Lesyng A. Liwo H. A. Scheraga J. Chem. Phys. 2006 125 204107
70. S. Kmiecik A. Koliński Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 12330
71. S. Kmiecik A. Koliński Biophys. J. 2008 94 726
72. D. K. Klimov D. Thirumalai J. Chem. Phys. 1998 109 4119
73. R. D. Hills C. L. Brooks Int. J. Mol. Sci. 2009 10 889
74. M. Nanias C. Czaplewski H. A. Scheraga J. Chem. Theory Comput. 2006 2 513
75. U. H. E. Hansmann Chem. Phys. Lett. 1997 281 140
76. J. Lee Phys. Rev. Lett. 1993 71 211
77. A. Mitsutake Y. Sugita Y. Okamoto J. Chem. Phys. 2003 118 6664
78. C. Czaplewski S. Kalinowski A. Liwo H. A. Scheraga J. Chem. Theory Comput. 2009 5 627
79. Y. M. Rhee V. S. Pande Biophys. J. 2003 84 775
80. S. Ołdziej, C. Czaplewski, A. Liwo and H. A. Scheraga, 2010 IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering, 2010, pp. 263-266
81. S. Kumar D. Bouzida R. H. Swendsen P. A. Kollman J. M. Rosenberg J. Comput. Chem. 1992 13 1011
82. A. Liwo, C. Czaplewski, S. Ołdziej, U. Kozłowska, M. Makowski, R. Kalinowski, R. Kaźmierkiewicz, H. Shen, G. Maisuradze and H. A. Scheraga, NIC Series, NIC Symposium 2008, ed., G. Munster, D. Wolf, and, M. Kremer, 2008, vol. 39, p. 63
83. Y. He A. Xiao A. Liwo H. A. Scheraga J. Comput. Chem. 2009 30 2127 2135
84. A. Liwo S. Ołdziej C. Czaplewski D. S. Kleinerman P. Blood H. A. Scheraga J. Chem. Theory Comput. 2010 6 890 909
85. Y. He A. Liwo H. Weinstein H. A. Scheraga J. Mol. Biol. 2011 405 298 314
86. E. Gołaś C. Czaplewski S. Ołdziej G. G. Maisuradze P. Senet H. A. Scheraga A. Liwo J. Chem. Theory Comput.
87. J. G. Gay B. J. Berne J. Chem. Phys. 1981 74 3316
88. M. Makowski A. Liwo H. A. Scheraga J. Phys. Chem. B 2007 111 2910
89. M. Makowski A. Liwo K. Maksimiak J. Makowska H. A. Scheraga J. Phys. Chem. B 2007 111 2917
90. M. Makowski E. Sobolewski C. Czaplewski A. Liwo S. Ołdziej J. H. No H. Scheraga J. Phys. Chem. B 2007 111 2925
91. M. Makowski E. Sobolewski C. Czaplewski S. Ołdziej A. Liwo H. A. Scheraga J. Phys. Chem. B 2008 112 11385
92. M. Makowski A. Liwo E. Sobolewski H. A. Scheraga J. Phys. Chem. B 2011 115 6119
93. M. Makowski A. Liwo H. A. Scheraga J. Phys. Chem. B 2011 115 6130
94. W. C. Still A. Tempczyk R. C. Hawley T. Hendrickson J. Am. Chem. Soc. 1990 112 6127
95. A. Rojas A. Liwo D. Browne H. A. Scheraga J. Mol. Biol. 2010 404 537 552
96. R. Tycko Q. Rev. Biophys. 2006 39 1
97. G. G. Maisuradze A. Liwo H. A. Scheraga J. Mol. Biol. 2009 385 312
98. G. G. Maisuradze A. Liwo H. A. Scheraga Phys. Rev. Lett. 2009 102 238102
99. G. G. Maisuradze A. Liwo H. A. Scheraga J. Chem. Theory Comput. 2010 6 583
100. G. G. Maisuradze A. Liwo S. Ołdziej H. A. Scheraga J. Am. Chem. Soc. 2010 132 9444
101. G. G. Maisuradze P. Senet C. Czaplewski A. Liwo H. A. Scheraga J. Phys. Chem. A 2010 114 4471