Hierarchical Energy-Based Approach to Protein-Structure Prediction: Blind-Test Evaluation with CASP3 Targets

International Journal of Quantum Chemistry

Volumn 77, Issue 1, 2000, Pages 90-117

  Lee, Jooyoung ^a   Liwo, Adam ^a,b   Ripoll, Daniel R ^a   Pillardy, Jaroslaw ^a   Saunders, Jeffrey A ^a   Gibson, Kenneth D ^a   Scheraga, Harold A ^a  

^a Department of Obstetrics Gynecology   (United States)

^b UNIVERSITY OF GDA SK   (Poland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0002001599     PISSN: 00207608     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1097-461X(2000)77:1<90::AID-QUA10>3.0.CO;2-L     Document Type: Article

References (96)

1. Scheraga, H. A.; Némethy, G. In Molecules in Natural Science and Medicine - An Encomium for Linus Pauling; Maksic, Z. B.; Maksic, M. E.; Eds.; Ellis Horwood: Chichester, 1991; pp. 141-176.
2. Vásquez, M.; Némethy, G.; Scheraga, H. A. Chem Rev 1994, 94, 2183.
3. Holm, L.; Sander, C. J Mol Biol 1993, 233, 123.
4. Holm, L.; Sander, C. Nucleic Acids Res 1997, 25, 231.
5. Holm, L.; Sander, C. Nucleic Acids Res 1999, 27, 244.
6. Orengo, C. Curr Opin Struct Biol 1994, 4, 429.
7. Bernstein, F. C.; Koetzle, T. F.; Williams, G. J. B., Jr.; Meyer, E. F.; Brice, M. D.; Rodgers, J. R.; Kennard, O.; Shimanouchi, T.; Tasumi, M. J Mol Biol 1977, 112, 535.
8. Warme, P. K.; Momany, F. A.; Rumball, S. V.; Tuttle, R. W.; Scheraga, H. A. Biochemistry 1974, 13, 768.
9. Jones, T. A.; Thirup, S. EMBO J 1986, 5, 819.
10. Clark, D. A.; Shirazi, J.; Rawlings, C. J Prot Eng 1991, 7, 751.
11. Rooman, M. J.; Wodak, S. J. Biochemistry 1992, 31, 10239.
12. Johnson, M. S.; Overington, J. P.; Blundell, T. L. J Mol Biol 1993, 231, 735.
13. Fischer, D.; Rice, D.; Bowie, J. U.; Eisenberg, D. FASEB J 1996, 10, 126.
14. Sippl, M. J. J Comput-Aid Mol Des 1993, 7, 473.
15. Anfinsen, C. B. Science 1973, 181, 223.
16. Mirny, L. A.; Shakhnovich, E. I. J Mol Biol 1998, 283, 507.
17. Jones, D. T. Curr Opin Struct Biol 1997, 7, 377.
18. Skolnick, J.; Koliński, A.; Ortiz, A. R. J Mol Biol 1997, 265, 217.
19. Scheraga, H. A. Int J Quantum Chem 1992, 42, 1529.
20. Scheraga, H. A. Biophys Chem 1996, 59, 329.
21. Piela, L.; Kostrowicki, J.; Scheraga, H. A. J Phys Chem 1989, 93, 3339.
22. Li, Z.; Scheraga, H. A. Proc Natl Acad Sci USA 1987, 84, 6611.
23. Li, Z.; Scheraga, H. A. J Mol Struct (Theochem) 1988, 179, 333.
24. Ripoll, D. R.; Scheraga, H. A. Biopolymers 1988, 27, 1283.
25. Kostrowicki, J.; Piela, L. J Optimiz Theory Appl 1991, 69, 269.
26. Kostrowicki, J.; Scheraga, H. A. J Phys Chem 1992, 96, 7442.
27. Olszewski, K. A.; Piela, L.; Scheraga, H. A. J Phys Chem 1992, 96, 4672.
28. Lee, J.; Scheraga, H. A.; Rackovsky, S. J Comput Chem 1997, 18, 1222.
29. Lee, J.; Scheraga, H. A.; Rackovsky, S. Biopolymers 1998, 46, 103.
30. Pillardy, J.; Liwo, A.; Groth, M.; Scheraga, H. A. J Phys Chem 1999, 103, 7353.
31. Levitt, M.; Warshell, A. Nature 1975, 253, 694.
32. Pincus, M. R.; Scheraga, H. A. J Phys Chem 1977, 81, 1579.
33. Crippen, G. M.; Viswanadhan, V. N. Int J Peptide Protein Res 1984, 24, 279.
34. Skolnick, J.; Koliński, A. Science 1990, 250, 1121.
35. Liwo, A.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Scheraga, H. A. Protein Sci 1993, 2, 1697.
36. Liwo, A.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Scheraga, H. A. Protein Sci 1993, 2, 1715.
37. Liwo, A.; Oldziej, S.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Scheraga, H. A. J Comput Chem 1997, 18, 849.
38. Liwo, A.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Oldziej, S.; Scheraga, H. A. J Comput Chem 1997, 18, 874.
39. Liwo, A.; Lee, J.; Ripoll, D. R.; Pillardy, J.; Scheraga, H. A. Proc Natl Acad Sci USA 1999, 96, 5482.
40. Liwo, A.; Pillardy, J.; Kazmierkiewicz, R.; Wawak, R. J.; Groth, M.; Czaplewski, C.; Oldziej, S.; Scheraga, H. A. Theor Chem Acc 1999, 101, 16.
41. Koliński, A.; Skolnick, J. Proteins Struct Funct Genet 1994, 18, 338.
42. Koliński, A.; Skolnick, J. Proteins Struct Funct Genet 1994, 18, 353.
43. Purisima, E. O.; Scheraga, H. A. Biopolymers 1984, 23, 1207.
44. Bassolino-Klimas, D.; Bruccoleri, R. E. Proteins 1992, 14, 465.
45. Rey, A.; Skolnick, J. J Comput Chem 1992, 13, 443.
46. Wang, Y. L.; Huq, H. I.; de la Cruz, X. F.; Lee, B. K. Fold Des 1998, 3, 1.
47. Liwo, A.; Kazmierkiewicz, R.; Czaplewski, C.; Groth, M.; Oldziej, S.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Pincus, M. R.; Scheraga, H. A. J Comput Chem 1998, 19, 259.
48. Lee, J.; Scheraga, H. A. Int J Quantum Chem 1999, 75, 255.
49. Lee, J.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. Proc Natl Acad Sci USA 1999, 96, 2025.
50. Duan, Y.; Kollman, P. A. Science 1998, 282, 740.
51. Lee, J.; Liwo, A.; Ripoll, D. R.; Pillardy, J.; Scheraga, H. A. Proteins Colm Struct Funct Genet 1999, Suppl. 3, 204.
52. Ripoll, D. R.; Scheraga, H. A. J Protein Chem 1989, 8, 263.
53. Ripoll, D. R.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. Biopolymers 1998, 46, 117.
54. Némethy, G.; Gibson, K. D.; Palmer, K. A.; Yoon, C. N.; Paterlini, G.; Zagari, A.; Rumsey, S.; Scheraga, H. A. J Phys Chem 1992, 96, 6472.
55. Vila, J.; Williams, R. L.; Vásquez, M.; Scheraga, H. A. Proteins Struct Funct Genet 1991, 10, 199.
56. Godzik, A.; Koliński, A.; Skolnick, J. J Comput-Aid Mol Des 1993, 7, 397.
57. Piela, L.; Scheraga, H. A. Biopolymers 1987, 26, S33.
58. Koliński, A.; Godzik, A.; Skolnick, J. J Chem Phys 1993, 98, 7420.
59. Hinds, D. A.; Levitt, M. J Mol Biol 1994, 243, 668.
60. Crippen, G. M. J Mol Biol 1996, 260, 467.
61. Némethy G.; Pottle, M. S.; Scheraga, H. A. J Phys Chem 1983, 87, 1883.
62. Goldstein, R. A.; Luthey-Schulten, Z. A.; Wolynes, P. G. Proc Natl Acad Sci USA 1992, 89, 9029.
63. Sali, A.; Shaknovich, E. I.; Karplus, M. Nature 1994, 369, 248.
64. Hao, M.-H.; Scheraga, H. A. J Phys Chem 1994, 98, 9882.
65. Hao, M.-H.; Scheraga, H. A. Proc Natl Acad Sci USA 1996, 93, 4984.
66. Goldberg, D. E. Genetic Algorithms in Search, Optimization & Machine Learning; Addison-Wesley: Reading, MA, 1989.
67. Rabow, A. A.; Scheraga, H. A. Protein Sci 1996, 5, 1800.
68. Gay, D. M. ACM Trans Math Software 1983, 9, 503.
69. Hao, M.-H.; Rackovsky, S.; Liwo, A.; Pincus, M. R.; Scheraga, H. A. Proc Natl Acad Sci USA 1992, 89, 6614.
70. Vásquez, M.; Scheraga, H. A. J Biomol Struct Dyn 1988, 5, 757.
71. Palmer, K. A.; Scheraga, H. A. J Comput Chem 1991, 12, 505.
72. Gō, N.; Scheraga, H. A. Macromolecules 1970, 3, 178.
73. Ripoll, D. R.; Vásquez, M. J.; Scheraga, H. A. Biopolymers 1991, 31, 319.
74. Liwo, A.; Tempczyk, A.; Oldziej, S.; Shenderovich, M. D.; Hruby, V. J.; Talluri, S.; Ciarkowski, J.; Kasprzykowski, F.; Lankiewicz, L.; Grzonka, Z. Biopolymers 1996, 38, 157.
75. Ripoll, D. R.; Piela, L.; Vásquez, M.; Scheraga, H. A. Proteins Struct Funct Genet 1991, 10, 188.
76. Liwo, A.; Gibson, K. D.; Scheraga, H. A.; Brandt-Rauf, P. W.; Monaco, R.; Pincus, M. R. J Protein Chem 1994, 13, 237.
77. Ashkenazi, G.; Ripoll, D. R.; Lotan, N.; Scheraga, H. A. Biosen Bioelect 1997, 12, 85.
78. Ripoll, D. R.; Vorobjev, Y. N.; Liwo, A.; Vila, J. A.; Scheraga, H. A. J Mol Biol 1996, 264, 770.
79. Vila, J. A.; Ripoll, D. R.; Villegas, M. E.; Vorobjev, Y. N.; Scheraga, H. A. Biophys J 1998, 75, 2637.
80. Vila, J. A.; Ripoll, D. R.; Vorobjev, Y. N.; Scheraga, H. A. J Phys Chem B 1998, 102, 3065.
81. Momany, F. A.; McGuire, R. F.; Burgess, A. W.; Scheraga, H. A. J Phys Chem 1975, 79, 2361.
82. Sippl, M. J.; Némethy, G.; Scheraga, H. A. J Phys Chem 1984, 88, 6231.
83. Perrot, G.; Cheng, B.; Gibson, K. D.; Vila, J.; Palmer, K. A.; Nayeem, A.; Maigret, B.; Scheraga, H. A. J Comput Chem 1992, 13, 1.
84. Späth, H. Cluster Analysis Algorithms; Halsted: New York, 1980.
85. Golub, G. H.; Van Loan, C. F. Matrix Computations; Johns Hopkins University: Baltimore, MD, 1985.
86. Orengo, C. A.; Bray, J. E.; Hubbard, T.; LoConte, L.; Sillitoe, I. Proteins: Struct Funct Genet 1999, Suppl. 3, 149.
87. Snow, M. E. J Comput Chem 1992, 13, 579.
88. CASP3, Third Community Wide Experiment on the Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction; http://predictioncenter.llnl.gov/casp3/Casp3.html; Asilomar Center: Pacific Grove, CA, 1998.
89. Yang, F.; Gustafson, K. R.; Boyd, M. R.; Wlodawer, A. Nature Struct Biol 1998, 5, 763.
90. Chothia, C. Nature (Lond) 1975, 254, 304.
91. Zemla, A.; Venclovas, C.; Fidelis, K.; Rost, B. Proteins Struct Funct Genet 1999, 34, 220.
92. De Beer, T.; Carter, R. E.; Lobel-Rice, K. E.; Sorkin, A.; Overduin, M. Science 1998, 281, 1357.
93. Rhee, S.; Martin, R. G.; Rosner, J. L.; Davies, D. R. Proc Natl Acad Sci USA 1998, 95, 10413.
94. Reva, B. A.; Finkelstein, A. V.; Skolnick, J. Fold Des 1998, 3, 141.
95. Bystroff, C.; Baker, D. J Mol Biol 1998, 281, 565.
96. Simons, K. T.; Ruczinski, I.; Kooperberg, C.; Fox, B. A.; Bystroff, C.; Baker, D. Proteins Struct Funct Genet 1999, 34, 82.