-
1
-
-
23144450194
-
-
Khalili, M.; Liwo, A.; Rakowski, F.; Grochowski, P.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 13785.
-
(2005)
J. Phys. Chem. B
, vol.109
, pp. 13785
-
-
Khalili, M.1
Liwo, A.2
Rakowski, F.3
Grochowski, P.4
Scheraga, H.A.5
-
2
-
-
0027435091
-
-
Liwo, A.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Scheraga, H. A. Protein Sci. 1993, 2, 1715.
-
(1993)
Protein Sci.
, vol.2
, pp. 1715
-
-
Liwo, A.1
Pincus, M.R.2
Wawak, R.J.3
Rackovsky, S.4
Scheraga, H.A.5
-
3
-
-
0000095892
-
-
Liwo, A.; Ołdziej, S.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1997, 18, 849.
-
(1997)
J. Comput. Chem.
, vol.18
, pp. 849
-
-
Liwo, A.1
Ołdziej, S.2
Pincus, M.R.3
Wawak, R.J.4
Rackovsky, S.5
Scheraga, H.A.6
-
4
-
-
0000095890
-
-
Liwo, A.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Ołdziej, S.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1997, 18, 874.
-
(1997)
J. Comput. Chem.
, vol.18
, pp. 874
-
-
Liwo, A.1
Pincus, M.R.2
Wawak, R.J.3
Rackovsky, S.4
Ołdziej, S.5
Scheraga, H.A.6
-
5
-
-
0001181898
-
-
Liwo, A.; Kaźmierkiewicz, R.; Czaplewski, C.; Groth, M.; Ołdziej, S.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Pincus, M. R.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1998, 19, 259.
-
(1998)
J. Comput. Chem.
, vol.19
, pp. 259
-
-
Liwo, A.1
Kaźmierkiewicz, R.2
Czaplewski, C.3
Groth, M.4
Ołdziej, S.5
Wawak, R.J.6
Rackovsky, S.7
Pincus, M.R.8
Scheraga, H.A.9
-
6
-
-
0033545962
-
-
Liwo, A.; Lee, J.; Ripoll, D. R.; Pillardy, J.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 5482.
-
(1999)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.96
, pp. 5482
-
-
Liwo, A.1
Lee, J.2
Ripoll, D.R.3
Pillardy, J.4
Scheraga, H.A.5
-
7
-
-
0035424584
-
-
Liwo, A.; Czaplewski, C.; Pillardy, J.; Scheraga, H. A. J. Chem. Phys. 2001, 115, 2323.
-
(2001)
J. Chem. Phys.
, vol.115
, pp. 2323
-
-
Liwo, A.1
Czaplewski, C.2
Pillardy, J.3
Scheraga, H.A.4
-
8
-
-
0035797727
-
-
Lee, J.; Ripoll, D. R.; Czaplewski, C.; Pillardy, J.; Wedemeyer, W. J.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 7291.
-
(2001)
J. Phys. Chem. B
, vol.105
, pp. 7291
-
-
Lee, J.1
Ripoll, D.R.2
Czaplewski, C.3
Pillardy, J.4
Wedemeyer, W.J.5
Scheraga, H.A.6
-
9
-
-
0035797740
-
-
Pillardy, J.; Czaplewski, C.; Liwo, A.; Wedemeyer, W. J.; Lee, J.; Ripoll, D. R.; Arlukowicz, P.; Ołdziej, S.; Arnautova, Y. A.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 7299.
-
(2001)
J. Phys. Chem. B
, vol.105
, pp. 7299
-
-
Pillardy, J.1
Czaplewski, C.2
Liwo, A.3
Wedemeyer, W.J.4
Lee, J.5
Ripoll, D.R.6
Arlukowicz, P.7
Ołdziej, S.8
Arnautova, Y.A.9
Scheraga, H.A.10
-
10
-
-
0035956886
-
-
Pillardy, J.; Czaplewski, C.; Liwo, A.; Lee, J.; Ripoll, D. R.; Kaźmierkiewicz, R.; Ołdziej, S.; Wedemeyer, W. J.; Gibson, K. D.; Arnautova, Y. A.; Saunders, J.; Ye, Y.-J.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 2329.
-
(2001)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.98
, pp. 2329
-
-
Pillardy, J.1
Czaplewski, C.2
Liwo, A.3
Lee, J.4
Ripoll, D.R.5
Kaź mierkiewicz, R.6
Ołdziej, S.7
Wedemeyer, W.J.8
Gibson, K.D.9
Arnautova, Y.A.10
Saunders, J.11
Ye, Y.-J.12
Scheraga, H.A.13
-
11
-
-
0037133165
-
-
Liwo, A.; Arlukowicz, P.; Czaplewski, C.; Ołdziej, S.; Pillardy, J.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 1937.
-
(2002)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.99
, pp. 1937
-
-
Liwo, A.1
Arlukowicz, P.2
Czaplewski, C.3
Ołdziej, S.4
Pillardy, J.5
Scheraga, H.A.6
-
12
-
-
84962446557
-
-
Ołdziej, S.; Kozłowska, U.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 8035.
-
(2003)
J. Phys. Chem. A
, vol.107
, pp. 8035
-
-
Ołdziej, S.1
Kozłowska, U.2
Liwo, A.3
Scheraga, H.A.4
-
13
-
-
3142681595
-
-
Liwo, A.; Ołdziej, S.; Czaplewski, C.; Kozłowska, U.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 9421.
-
(2004)
J. Phys. Chem. B
, vol.108
, pp. 9421
-
-
Liwo, A.1
Ołdziej, S.2
Czaplewski, C.3
Kozłowska, U.4
Scheraga, H.A.5
-
14
-
-
8344226028
-
-
Liwo, A.; Arłukowicz, P.; Ołdziej, S.; Czaplewski, C.; Makowski, M.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 16918.
-
(2004)
J. Phys. Chem. B
, vol.108
, pp. 16918
-
-
Liwo, A.1
Arłukowicz, P.2
Ołdziej, S.3
Czaplewski, C.4
Makowski, M.5
Scheraga, H.A.6
-
15
-
-
8344277888
-
-
Ołdziej, S.; Liwo, A.; Czaplewski, C.; Pillardy, J.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 16934.
-
(2004)
Phys. Chem. B
, vol.108
, pp. 16934
-
-
Ołdziej, S.1
Liwo, A.2
Czaplewski, C.3
Pillardy, J.4
Scheraga, H.A.J.5
-
16
-
-
8344262957
-
-
Ołdziej, S.; Ła̧giewka, J.; Liwo, A.; Czaplewski, C.; Chinchio, M.; Nanias, M.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 16950.
-
(2004)
J. Phys. Chem. B
, vol.108
, pp. 16950
-
-
Ołdziej, S.1
Ła̧giewka, J.2
Liwo, A.3
Czaplewski, C.4
Chinchio, M.5
Nanias, M.6
Scheraga, H.A.7
-
17
-
-
0345724787
-
-
Jang, S.; Kim, E.; Shin, S.; Pak, Y. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 14841.
-
(2003)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.125
, pp. 14841
-
-
Jang, S.1
Kim, E.2
Shin, S.3
Pak, Y.4
-
18
-
-
49249145764
-
-
Levy, R. M.; Karplus, M.; McCammon, J. A. Chem. Phys. Lett. 1979, 65, 4.
-
(1979)
Chem. Phys. Lett.
, vol.65
, pp. 4
-
-
Levy, R.M.1
Karplus, M.2
McCammon, J.A.3
-
19
-
-
84948512335
-
-
Yun-Yu, S.; Lu, W.; van Gunsteren, W. F. Mol. Simul. 1988, 1, 369.
-
(1988)
Mol. Simul.
, vol.1
, pp. 369
-
-
Yun-Yu, S.1
Lu, W.2
Van Gunsteren, W.F.3
-
23
-
-
84860978875
-
-
http://dasher.wustl.edu/tinker/.
-
-
-
-
25
-
-
0030624384
-
-
Veitshans, T.; Klimov, D.; Thirumalai, D. Folding Des. 1996, 2, 1.
-
(1996)
Folding Des.
, vol.2
, pp. 1
-
-
Veitshans, T.1
Klimov, D.2
Thirumalai, D.3
-
27
-
-
0036783392
-
-
Cieplak, M.; Hoang, T. X.; Robbins, M. O. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2002, 49, 104.
-
(2002)
Proteins: Struct., Funct., Genet.
, vol.49
, pp. 104
-
-
Cieplak, M.1
Hoang, T.X.2
Robbins, M.O.3
-
30
-
-
0002168563
-
Molecular dynamics and stochastic dynamics: A primer
-
van Gunsteren, W. F., Weiner, P. K., Wilkinson, A. J., Eds.; ESCOM: Leiden, The Netherlands
-
van Gunsteren, W. F. Molecular dynamics and stochastic dynamics: A primer. In Computer Simulation of Biomolecular Systems; van Gunsteren, W. F., Weiner, P. K., Wilkinson, A. J., Eds.; ESCOM: Leiden, The Netherlands, 1993; pp 3-36.
-
(1993)
Computer Simulation of Biomolecular Systems
, pp. 3-36
-
-
Van Gunsteren, W.F.1
-
37
-
-
3843129507
-
-
Ciccotti, G.; Kalibaeva, G. Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. A 2004, 362, 1583.
-
(2004)
Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. A
, vol.362
, pp. 1583
-
-
Ciccotti, G.1
Kalibaeva, G.2
-
38
-
-
33750587438
-
-
Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
-
(1984)
J. Chem. Phys.
, vol.81
, pp. 3684
-
-
Berendsen, H.J.C.1
Postma, J.P.M.2
Van Gunsteren, W.F.3
Dinola, A.4
Haak, J.R.5
-
39
-
-
84988053694
-
-
Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Nguyen, D. T.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 1986, 7, 230.
-
(1986)
J. Comput. Chem.
, vol.7
, pp. 230
-
-
Weiner, S.J.1
Kollman, P.A.2
Nguyen, D.T.3
Case, D.A.4
-
40
-
-
15944381082
-
-
Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Cheatham, T. E., III; DeBolt, S.; Ferguson, D.; Seibel, G.; Kollman, P. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 11.
-
(1995)
Comput. Phys. Commun.
, vol.91
, pp. 11
-
-
Pearlman, D.A.1
Case, D.A.2
Caldwell, J.W.3
Ross, W.S.4
Cheatham III, T.E.5
DeBolt, S.6
Ferguson, D.7
Seibel, G.8
Kollman, P.9
-
41
-
-
0004016501
-
-
Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
-
(1983)
J. Chem. Phys.
, vol.79
, pp. 926
-
-
Jorgensen, W.L.1
Chandrasekhar, J.2
Madura, J.D.3
Impey, R.W.4
Klein, M.L.5
-
42
-
-
33646940952
-
-
Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
-
(1977)
J. Comput. Phys.
, vol.23
, pp. 327
-
-
Ryckaert, J.P.1
Ciccotti, G.2
Berendsen, H.J.C.3
-
46
-
-
0026801084
-
-
Gouda, H.; Torigoe, H.; Saito, A.; Sato, M.; Arata, Y.; Shimada, I. Biochemistry 1992, 31, 9665.
-
(1992)
Biochemistry
, vol.31
, pp. 9665
-
-
Gouda, H.1
Torigoe, H.2
Saito, A.3
Sato, M.4
Arata, Y.5
Shimada, I.6
-
47
-
-
0001731773
-
-
Némethy, G.; Gibson, K. D.; Palmer, K. A.; Yoon, C. N.; Paterlini, G.; Zagari, A.; Rumsey, S.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1992, 96, 6472.
-
(1992)
J. Phys. Chem.
, vol.96
, pp. 6472
-
-
Némethy, G.1
Gibson, K.D.2
Palmer, K.A.3
Yoon, C.N.4
Paterlini, G.5
Zagari, A.6
Rumsey, S.7
Scheraga, H.A.8
-
48
-
-
0033514939
-
-
Lee, J.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 2025.
-
(1999)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.96
, pp. 2025
-
-
Lee, J.1
Liwo, A.2
Scheraga, H.A.3
-
53
-
-
0035189984
-
-
Takada, S. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2001, 42, 85.
-
(2001)
Proteins: Struct., Funct., Genet.
, vol.42
, pp. 85
-
-
Takada, S.1
-
54
-
-
0036678831
-
-
Ghosh, A.; Elber, R.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 10394.
-
(2002)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.99
, pp. 10394
-
-
Ghosh, A.1
Elber, R.2
Scheraga, H.A.3
-
55
-
-
0028608099
-
-
Bottomley, S. P.; Popplewell, A. G.; Scawen, M.; Wan, T.; Sutton, B. J.; Gore, M. G. Protein Eng. 1994, 7, 1463.
-
(1994)
Protein Eng.
, vol.7
, pp. 1463
-
-
Bottomley, S.P.1
Popplewell, A.G.2
Scawen, M.3
Wan, T.4
Sutton, B.J.5
Gore, M.G.6
-
56
-
-
0030755502
-
-
Bai, Y. W.; Karimi, A.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. Protein Sci. 1997, 6, 1449.
-
(1997)
Protein Sci.
, vol.6
, pp. 1449
-
-
Bai, Y.W.1
Karimi, A.2
Dyson, H.J.3
Wright, P.E.4
-
57
-
-
0030967896
-
-
Guo, Z. Y.; Brooks, C. L.; Boczko, E. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 10161.
-
(1997)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.94
, pp. 10161
-
-
Guo, Z.Y.1
Brooks, C.L.2
Boczko, E.M.3
-
58
-
-
2342449128
-
-
Sato, S.; Religa, T. L.; Daggett, V.; Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 6952
-
(2004)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.101
, pp. 6952
-
-
Sato, S.1
Religa, T.L.2
Daggett, V.3
Fersht, A.R.4
-
59
-
-
23144433977
-
-
manuscript to be submitted for publication
-
Jagielska, A.; Scheraga, H. A., manuscript to be submitted for publication.
-
-
-
Jagielska, A.1
Scheraga, H.A.2
-
60
-
-
14044266389
-
-
Liwo, A.; Khalili, M.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 2362.
-
(2005)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.102
, pp. 2362
-
-
Liwo, A.1
Khalili, M.2
Scheraga, H.A.3
-
61
-
-
0036558224
-
-
Kaźmierkiewicz, R.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 2002, 23, 715.
-
(2002)
J. Comput. Chem.
, vol.23
, pp. 715
-
-
Kaźmierkiewicz, R.1
Liwo, A.2
Scheraga, H.A.3
-
62
-
-
0037438462
-
-
Erratum: Biophys. Chem. 2003, 106, 9
-
Kaźmierkiewicz, R.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. Biophys. Chem. 2003, 100, 261. Erratum: Biophys. Chem. 2003, 106, 9.
-
(2003)
Biophys. Chem.
, vol.100
, pp. 261
-
-
Kaźmierkiewicz, R.1
Liwo, A.2
Scheraga, H.A.3
-
65
-
-
1342281633
-
-
Kubelka, J.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 76.
-
(2004)
Curr. Opin. Struct. Biol.
, vol.14
, pp. 76
-
-
Kubelka, J.1
Hofrichter, J.2
Eaton, W.A.3
|