Hydrogen-bonding studies of amino acid side-chains with DNA base pairs

Molecular Physics

Volumn 109, Issue 16, 2011, Pages 1995-2008

  Deepa, P ^a   Kolandaivel, P ^a   Senthilkumar, K ^a  

^a BHARATHIAR UNIVERSITY   (India)

Author keywords

amino acid side chains; interaction energy; Localized Molecular Orbital Energy Decomposition Analysis; Natural Bond Orbital analysis; nucleic acid base pairs

Indexed keywords

INTERACTION ENERGIES; LOCALIZED MOLECULAR ORBITALS; NATURAL BOND ORBITAL ANALYSIS; NUCLEIC ACID BASE PAIRS; SIDE-CHAINS;

AMINO ACIDS; CHARGE TRANSFER; HYDROGEN; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR MODELING; MOLECULAR ORBITALS; NUCLEIC ACIDS; RAPID THERMAL ANNEALING;

COMPLEXATION;

EID: 80052644621     PISSN: 00268976     EISSN: 13623028     Source Type: Journal    
DOI: 10.1080/00268976.2011.602649     Document Type: Article

References (41)

1. W. M. Latimer and W. H. Rodebush, J. Am. Chem. Soc. 42, 1419 (1920).
2. A. D. Buckingham, J. E. Del Bene and S. A. McDowell, Chem. Phys. Lett. 463, 1 (2008).
3. T. Hermann, Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 39, 1890 (2000).
4. I. Alkorta and J. Elguero, J. Phys. Chem. B 107, 5306 (2003).
5. N. Jamin and F. Toma, Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 38, 83 (2001).
6. D. E. Draper, J. Mol. Biol. 293, 255 (1999).
7. Y. Mandel-Gutfreund, O. Schueler and H. Margalit, J. Mol. Biol. 253, 370 (1995).
8. A. Sarai, M. M. Gromiha, J. An, P. Prabakaran, S. Selvaraj, H. Kono, M. Oobatake and H. Uedaira, Biopolymers 6, 121 (2002).
9. J. E. Anderson, M. Ptashne and S. C. Harrison, Nature 326, 846 (1987).
10. T. I. Smolyaninova, V. I. Bruskov and Ye. V. Kashparova, Mol. Biol. 19, 992 (1985).
11. C. Helene and G. Lancelot, Prog. Biophys. Mol. Biol. 39, 1 (1982).
12. I. Galetich, M. Kosevich, V. Shelkovsky, S. G. Stepanian, Y. P. Blagoi and P. Adamowicza, J. Mol. Struct. 478, 155 (1999).
13. N. C. Seeman, J. M. Rosenberg and A. Rich, Proc. Natl Acad. Sci. U. S. A. 73, 804 (1976).
14. N. M. Luscombe, R. A. Laskowski and J. M. Thornton, Nucl. Acids Res. 29, 2860 (2001).
15. C. O. Pabo and R. T. Sauer, Annu. Rev. Biochem. 61, 1053 (1992).
16. B. Lustig and R. L. Jernigan, Nucl. Acids Res. 23, 4707 (1995).
17. M. Suzuki, Structure 2, 317 (1994).
18. Y. Choo and A. Klug, Curr. Opin. Struct. Biol. 7, 117 (1997).
19. Y. Mandel-Gutfreund and H. Margalit, Nucl. Acids Res. 26, 2306 (1998).
20. S. Jones, P. Van Heyningen, H. M. Berman and J. M. Thornton, J. Mol. Biol. 287, 877 (1999).
21. H. Kono and A. Sarai, Proteins 35, 114 (1999).
22. A. C. Cheng, W. W. Chen, C. N. Fuhrmann and A. D. Frankel, J. Mol. Biol. 327, 781 (2003).
23. P. L. A. Popelier and L. Joubert, J. Am. Chem. Soc. 124, 8725 (2002).
24. W. L. Jorgensen and J. Pranata, J. Am. Chem. Soc. 112, 2008 (1990).
25. W. L. Jorgensen and D. L. Severance, J. Am. Chem. Soc. 113, 209 (1991).
26. J. Pranata, S. G. Wierschke and W. L. Jorgensen, J. Am. Chem. Soc. 113, 2810 (1991).
27. K. Kim and R. A. Friesner, J. Am. Chem. Soc. 119, 12952 (1997).
28. A. D. Becke, Phys. Rev. A 38, 3098 (1988).
29. Y. Wang and J. Perdew, Phys. Rev. B 44, 13298 (1991).
30. S. F. Boys and F. Bernardi, Mol. Phys. 19, 553 (1970).
31. S. S. Xantheas, J. Chem. Phys. 104, 8821 (1996).
32. P. Su and H. Li, J. Chem. Phys. 131, 014102 (2009).
33. M. W. Schmidt, K. K. Bal Dridge, J. A. Boatz, T. Elbert, M. S. Gordon, J. H. Jensen, S. Koseki, N. Matsunaga, K. A. Nguyen, S. J. Su, T. L. Windus, M. Dupuis and J. A. Montgomery Jr, J. Comput. Chem. 14, 1347 (1993).
34. P. L. A. Popelier, Comp. Phys. Comm. 93, 212 (1996).
35. P. L. A. Popelier, Theor. Chim. Acta 87, 465 (1994).
36. P. L. A. Popelier, Chem. Phys. Lett. 228, 160 (1994).
37. E. D. Gledening, A. E. Reed and J. A. Carpenter, Weinhold, F. NBO Version 3. 1.
38. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, V. G. Zakrzewski, J. A. Montgomery, Jr., R. E. Stratmann, J. C. Burant, S. Dapprich, J. M. Millam, A. D. Daniels, K. N. Kudin, M. C. Strain, O. Farkas, J. Tomasi, V. Barone, M. Cossi, R. Cammi, B. Mennucci, C. Pomelli, C. Adamo, S. Clifford, J. Ochterski, G. A. Petersson, P. Y. Ayala, Q. Cui, K. Morokuma, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. Cioslowski, J. V. Ortiz, A. G. Baboul, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. Gomperts, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, C. Gonzales, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, J. L. Andres, C. Gonzalez, M. Head-Gordon, E. S. Replogle and J. A. Pople, Gaussian 03. Revision A. 11. 2 (Gaussian, Inc., Pittsburgh, PA, 2005).
39. D. L. Boger and R. M. Garbaccio, Bioorg. Med. Chem. 5, 263 (1997).
40. D. Sun, C. H. Lin and L. H. Hurley, Biochemistry 32, 4487 (1993).
41. J. R. Schnell, R. R. Ketchem, D. L. Boger and W. J. Charzin, J. Am. Chem. Soc. 121, 5645 (1999).