Strategies for the design targeting RNA and RNA - Protein complexes

Angewandte Chemie - International Edition

Volumn 39, Issue 11, 2000, Pages 1890-1904

  Hermann, Thomas ^a  

^a MEMORIAL SLOAN KETTERING CANCER CENTER   (United States)

Author keywords

Aminoglycosides; Antibiotics; Drug research; RNA recognition; RNA structures

Indexed keywords

AMINOGLYCOSIDE ANTIBIOTIC AGENT; ANTIBIOTIC AGENT; RNA; RNA BINDING PROTEIN;

DRUG DESIGN; DRUG TARGETING; PROTEIN RNA BINDING; REVIEW; RNA CONFORMATION; RNA PROCESSING; RNA REPLICATION; RNA TRANSCRIPTION; RNA TRANSLATION;

EID: 0034595705     PISSN: 14337851     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/1521-3773(20000602)39:11<1890::AID-ANIE1890>3.0.CO;2-D     Document Type: Review

References (301)

1. The RNA World, 2. Ed. (Eds.: R. F. Gesteland, T. R. Cech, J. F. Atkins), Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 1999.
2. a) N. D. Pearson, C. D. Prescott, Chem. Biol. 1997, 4, 409-414;
3. b) T. Hermann, E. Westhof, Curr. Opin. Biotechnol. 1998, 9, 66-73;
4. c) K. Michael, Y. Tor, Chem. Eur. J. 1998, 4, 2091-2098;
5. d) M. Afshar, C. D. Prescott, G. Varani, Curr. Opin. Biotechnol. 1999, 10, 59-63;
6. e) Y. Tor, Angew. Chem. 1999, 111, 1681-1685; Angew. Chem. Int. Ed. 1999, 38, 1579-1582.
7. e) Y. Tor, Angew. Chem. 1999, 111, 1681-1685; Angew. Chem. Int. Ed. 1999, 38, 1579-1582.
8. a) A. R. Ferré-D'Amaré, J. A. Doudna, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1999, 28, 57-73;
9. b) P. B. Moore, Annu. Rev. Biochem. 1999, 67, 287-300;
10. c) R.T. Batey, R. P. Rambo, J. A. Doudna, Angew. Chem. 1999, 111, 2472-2491; Angew. Chem. Int. Ed. 1999, 38, 2326-2343;
11. c) R.T. Batey, R. P. Rambo, J. A. Doudna, Angew. Chem. 1999, 111, 2472-2491; Angew. Chem. Int. Ed. 1999, 38, 2326-2343;
12. d) T. Hermann, D. J. Patel, J. Mol. Biol. 1999, 294, 829-849.
13. a) A. Fire, Trends Genet. 1999, 15, 358-363;
14. b) D. C. Baulcombe, Curr. Biol. 1999, 9, R599-R601;
15. c) R. A. Jorgensen, R. A. Atkinson, R. L. S. Forster, W. J. Lucas, Science 1998, 279, 1486-1487;
16. d) N. Brockdorff, Curr. Opin. Genet. Devel. 1998, 8, 328-333.
17. V. A. Zakian, Science 1995, 270, 1601-1607.
18. E. H. Blackburn in Lit. [1], pp. 609-635.
19. a) N. Axelrod, Nat. Med. 1996, 2, 158-159;
20. b) E. Raymond, D. Sun, S. F. Chen, B. Windle, D. D. Von Hoff, Curr. Opin. Biotechnol. 1996, 7, 583-591;
21. c) H. W. Sharma, J. Y. Maltese, X. Zhu, H. E. Kaiser, R. Narayanan, Anticancer Res. 1996, 16, 511-515;
22. d) A. J. Lustig, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999, 96, 3339-3341.
23. Y. Kanazawa, K. Ohkawa, K. Ueda, E. Mita, T. Takehara, Y. Sasaki, A. Kasahara, N. Hayashi, Biochem. Biophys. Res. Commun. 1996, 225, 570-576.
24. A. I. Glukhov, O. V. Zimnik, S. A. Gordeev, S. E. Severin, Biochem. Biophys. Res. Commun. 1998, 248, 368-371.
25. a) J. C. Norton, M. A. Piatyszek, W. E. Wright, J. W. Shay, D. R. Corey, Nat. Biotechnol. 1996, 14, 615-619;
26. b) A. E. Pitts, D. R. Corey, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1998, 95, 11549-11554.
27. S. E. Hamilton, D. R. Corey, Chem. Biol. 1996, 3, 863-867.
28. M. I. N. Cano, J. M. Dungan, N. Agabian, E. H. Blackburn, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999, 96, 3616-3621.
29. A. M. Skalka, S. P. Goff, Reverse Transcriptase. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 1993.
30. R. Marquet, C. Isel, C. Ehresmann, B. Ehresmann, Biochimie 1995, 77, 113-124.
31. C. Isel, C. Ehresmann, G. Keith, B. Ehresmann, R. Marquet, J. Mol. Biol. 1995, 247, 236-250.
32. C. Isel, E. Westhof, C. Massire, S. F. J. Le Grice, B. Ehresmann, C. Ehresmann, R. Marquet, EMBO J. 1999, 18, 1038-1048.
33. a) J. Ding, K. Das, Y. Hsiou, S. G. Sarafianos, A. D. Clark, A. Jacobo-Molina, C. Tantillo, S. H. Hughes, E. Arnold, J. Mol. Biol. 1998, 284, 1095-1111;
34. b) H. Huang, R. Chopra, G. L. Verdine, S. C. Harrison, Science 1998, 282, 1669-1675.
35. J. C. Paillart, R. Marquet, E. Skripkin, C. Ehresmann, B. Ehresmann, Biochimie 1996, 78, 639-653.
36. E. Skripkin, J. C. Paillart, R. Marquet, B. Ehresmann, C. Ehresmann, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1994, 91, 4945-4949.
37. a) J. C. Paillart, L. Berthoux, M. Ottmann, J. L. Darlix, R. Marquet, B. Ehresmann, C. Ehresmann, J. Virol. 1996, 70, 8348-8354;
38. b) G. P. Harrison, G. Miele, E. Hunter, A. M. L. Lever, J. Virol. 1998, 72, 5886-5896.
39. a) A. Mujeeb, J. L. Clever, T. M. Billeci, T. L. James, T. G. Parslow, Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 432-436;
40. b) F. Jossinet, J.-C. Paillart, E. Westhof, T. Hermann, E. Skripkin, J. S. Lodmell, C. Ehresmann, B. Ehresmann, R. Marquet, RNA 1999, 5, 1222-1234.
41. a) A. Mujeeb, T. G. Parslow, A. Zarrinpar, C. Das, T. L. James, FEBS Lett. 1999, 458, 387-392;
42. b) E. Ennifar, M. Yusupov, P. Walter, R. Marquet, B. Ehresmann, C. Ehresmann, P. Dumas, Structure 1999, 7, 1439-1449.
43. L. A. Actis, M. E. Tolmasky, J. H. Crosa, Front. Biosci. 1999, 4, D43-D62.
44. E. Gerhart, H. Wagner, S. Brantl, Trends Biochem. Sci. 1998, 23, 451-454.
45. P. F. Predki, L. M. Nayak, M. B. Gottlieb, L. Regan. Cell 1995, 80, 41-50.
46. M. D. Been, G. S. Wickham, Eur. J. Biochem. 1997, 247, 741-753.
47. a) J. Rogers, A. H. Chang, U. von Ahsen, R. Schroeder, J. Davies, J. Mol. Biol. 1996, 259, 916-925;
48. b) J.-S. Chia, H.-L. Wu, H.-W. Wang, D.-S. Chen, P.-J. Chen, J. Biomed. Sci. 1997, 4, 208-216.
49. A. R. Ferré-D'Amaré, K. Zhou, J. A. Doudna, Nature 1998, 395, 567-574.
50. a) T. K. Stage, K. J. Hertel, O. C. Uhlenbeck, RNA 1995, 1, 95-101;
51. b) B. Clouet-d'Orval, T. K. Stage, O. C. Uhlenbeck, Biochemistry 1995, 34, 11186-11190.
52. H. Wang, Y. Tor, J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 8734-8735.
53. R. H. Symons, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 2683-2689.
54. R. G. Kuimelis, L. W. McLaughlin, Chem. Rev. 1998, 98, 1027-1104.
55. T. Hermann, E. Westhof, J. Mol. Biol. 1998, 276, 903-912.
56. Y. Tor, T. Hermann, E. Westhof, Chem. Biol. 1998, 5, R277-R283.
57. S. M. Uptain, C. M. Kane, M. J. Chamberlin, Annu. Rev. Biochem. 1997, 66, 117-172.
58. J. Greenblatt, Curr. Opin. Cell Biol. 1997, 9, 310-319.
59. P. H. von Hippel, W. A. Rees, K. S. Wilson, Nucleic Acids Symp. Ser. 1995, 33, 1-4.
60. T. Platt, Mol. Microbiol. 1994, 11, 983-990.
61. T. M. Henkin, Mol. Microbiol. 1994, 13, 381-387.
62. a) M. J. Gait, J. Karn, Trends Biochem. Sci. 1993, 18, 255-259;
63. b) A. D. Frankel, J. A. T. Young, Annu. Rev. Biochem. 1998, 67, 1-25.
64. K. Yankulov, D. Bentley, Curr. Biol. 1998, 8, R447-R449.
65. a) M. J. Gait, J. Karn, Trends Biotechnol. 1995, 13, 430-438;
66. b) H.-Y. Mei, A. A. Galan, N. S. Halim, D. P. Mack, D. W. Moreland, K. B. Sanders, H. N. Truong, A. W. Czarnik, Bioorg. Med. Chem. Lett. 1995, 5, 2755-2760;
67. c) J. Wang, S. Y. Huang, I. Choudhury, M. J. Leibowitz, S. Stein, Anal. Biochem. 1995, 232, 238-242;
68. d) C. Bailly, P. Colson, C. Houssier, F. Hamy, Nucleic Acids Res. 1996, 24, 1460-1464;
69. e) L. Dassonneville, F. Hamy, P. Colson, C. Houssier, C. Bailly, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4487-4492;
70. f) A. C. Lim, J. K. Barton, Bioorg. Med. Chem. 1997, 5, 1131-1136;
71. g) K. Michaelis, M. Kalesse, Angew. Chem. 1999, 111, 2382-2385; Angew. Chem. Int. Ed. 1999, 38, 2243-2245.
72. g) K. Michaelis, M. Kalesse, Angew. Chem. 1999, 111, 2382-2385; Angew. Chem. Int. Ed. 1999, 38, 2243-2245.
73. F. Hamy, E. R. Felder, G. Heizmann, J. Lazdins, F. Aboul-Ela, G. Varani, J. Karn, T. Klimkait, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1997, 94, 3548-3553.
74. H.-Y. Mei, D. P. Mack, A. A. Galan, N. S. Halim, A. Heldsinger, J. A. Loo, D. W. Moreland, K. A. Sannes-Lowery, L. Sharmeen, H. N. Truong, A. W. Czarnik, Bioorg. Med. Chem. 1997, 5, 1173-1184.
75. F. Hamy, V. Brondani, A. Florsheimer, W. Stark, M. J. Blommers, T. Klimkait, Biochemistry 1998, 37, 5086-5095.
76. H.-Y. Mei, M. Cui, A. Heldsinger, S. M. Lemrow, J. A. Loo, K. A. Sannes-Lowery, L. Sharmeen, A. W. Czarnik, Biochemistry 1998, 37, 14204-14212.
77. H. An, B. D. Haly, P. D. Cook, Bioorg. Med. Chem. Lett. 1998, 8, 2345-2350.
78. A. Farese-Di Giorgio, S. Pairot, N. Patino, R. Condom, C. Di Gorgio, A. Aumelas, A. M. Aubertin, R. Guedj, Nucleosides Nucleotides 1999, 18, 263-275.
79. A. Litovchick, A. G. Evdokimov, A. Lapidot, FEBS Lett. 1999, 445, 73-79.
80. T. Hermann, E. Westhof, J. Med. Chem. 1999, 42, 1250-1261.
81. a) F. Aboul-ela, J. Karn, G. Varani, Nucleic Acids Res. 1996, 24, 3974-3981;
82. b) J. A. Ippolito, T. A. Steitz, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1998, 95, 9819-9824.
83. a) J. D. Puglisi, R. Tan, B. J. Calnan, A. D. Frankel, J. R. Williamson, Science 1992, 257, 76-80;
84. b) J. D. Puglisi, L. Chen, A. D. Frankel, J. R. Williamson, Proc. Natl Acad. Sci. USA 1993, 90, 3680-3684;
85. c) A. S. Brodsky, J. R. Williamson, J. Mol. Biol. 1997, 267, 624-639.
86. a) J. D. Puglisi, L. Chen, S. Blanchard, A. D. Frankel, Science 1995, 270, 1200-1203;
87. b) X. Ye, R. A. Kumar, D. J. Patel, Chem. Biol. 1995, 2, 827-840.
88. T. L. Sit, A. A. Vaewhongs, S. A. Lommel, Science 1998, 281, 829-832.
89. A. T. Das, B. Klaver, B. Berkhout, J. Virol. 1998, 72, 9217-9223.
90. J. L. Clever, D. A. Eckstein, T. G. Parslow, J. Virol. 1999, 73, 101-109.
91. J. L. Clever, T. G. Parslow, J. Virol. 1997, 71, 3407-3414.
92. R. N. de Guzman, Z. R. Wu, C. C. Stalling, L. Pappalardo, P. N. Borer, M. F. Summers, Science 1998, 279, 384-388.
93. S. Altman, L. Kirsehom in Lit. [1], pp. 351-380.
94. a) N. E. Mikkelsen, M. Brännvall, A. Virtanen, L. A. Kirsebom, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999, 96, 6155-6160;
95. b) A. Vioque, FEBS Lett. 1989, 246, 137-139.
96. H. L. True, D. W. Celander, J. Biol. Chem. 1996, 271, 16559-16566.
97. E. Papadimou, S. Georgiou, D. Tsambaos, D. Drainas, J. Biol. Chem. 1998, 273, 24 375-24 378.
98. a) C. Massire, L. Jaeger, E. Westhof, J. Mol. Biol. 1998, 279, 773-793;
99. b) J. L. Chen, J. M. Nolan, M. E. Harris, N. R. Pace, EMBO J. 1998, 17, 1515-1525.
100. Y.-T. Yu, E. C. Scharl, C. M. Smith, J. A. Steitz in Lit. [1], pp. 487-524.
101. C. B. Burge, T. Tuschl, P. A. Sharp in Lit. [1], pp. 525-560.
102. L. Silver, K. Bostian, Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 1990, 9, 455-461.
103. C. C. Wang, Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 1995, 35, 93-127.
104. a) G. Varani, K. Nagai, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1998, 27, 407-445;
105. b) C. Kambach, S. Walke, K. Nagai, Curr. Opin. Struct. Biol. 1999, 9, 222-230.
106. D. P. Toczyski, A. G. Matera, D. C. Ward, J. A. Steitz, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1994, 91, 3463-3467.
107. W. Zhong, D. Ganem, J. Virol. 1997, 71, 1207-1212.
108. Y. K. Hwang, M. A. Brinton, J. Virol. 1998, 72, 4341-4351.
109. V. W. Pollard, M. H. Malim, Annu. Rev. Microbiol. 1998, 52, 491-532.
110. H. P. Bogerd, G. L. Huckaby, Y. F. Ahmed, S. M. Hanly, W. C. Greene, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1991, 88, 5704-5708.
111. P. Askjaer, J. Kjems, J. Biol. Chem. 1998, 273, 11463-11471.
112. M. L. Zapp, S. Stern, M. R. Green, Cell 1993, 74, 969-978.
113. G. Werstuck, M. L. Zapp, M. R. Green, Chem. Biol. 1996, 3, 129-137.
114. L. Ratmeyer, M. L. Zapp, M. R. Green, R. Vinayak, A. Kumar, D. W. Boykin, W. D. Wilson, Biochemistry 1996, 35, 13689-13696.
115. a) W. D. Wilson, L. Ratmeyer, M. Zhao, D. Ding, A. W. McConnaughie, A. Kumar, D. W. Boykin, J. Mol. Recognit. 1996, 9, 187-196;
116. b) M. L. Zapp, D. W. Young, A. Kumar, R. Singh, D. W. Boykin, W. D. Wilson, M. R. Green, Bioorg. Med. Chem. 1997, 5, 1149-1155.
117. W. K. C. Park, M. Auer, H. Jaksche, C.-H. Wong, J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 10150-10155.
118. K. Li, M. Fernandez-Saiz, C. T. Rigl, A. Kumar, K. G. Ragunathan, A. W. McConnaughie, D. W. Boykin, H. J. Schneider, W. D. Wilson, Bioorg. Med. Chem. 1997, 5, 1157-1172.
119. J. L. Battiste, H. Mao, N. S. Rao, R. Tan, D. R. Muhandiram, L. E. Kay, A. D. Frankel, J. R. Williamson, Science 1996, 273, 1547-1551.
120. a) X. Ye, A. Gorin, A. D. Ellington, D. J. Patel, Nat. Struct. Biol. 1996, 3, 1026-1033;
121. b) X. Ye, A. Gorin, R. Frederick, W. Hu, A. Majumdar, W. Xu, G. McLendon, A. Ellington, D. J. Patel, Chem. Biol. 1999, 6, 657-669.
122. T. R. Cech, B. L. Golden in Lit. [1], pp. 321-349.
123. U. von Ahsen, J. Davies, R. Schroeder, Nature 1991, 353, 368-370.
124. Y. Liu, M. J. Leibowitz, Nucleic Acids Res. 1995, 23, 1284-1291.
125. H. Y. Mei, M. Cui, S. T. Sutton, H. N. Truong, F.-Z. Chung, A. W. Czarnik, Nucleic Acids Res. 1996, 24, 5051-5053.
126. V. Lehnert, L. Jaeger, F. Michel, E. Westhof, Chem. Biol. 1996, 3, 993-1009.
127. F. Michel, E. Westhof, J. Mol. Biol. 1990, 216, 585-610.
128. a) J. H. Cate, A. R. Gooding, E. Podell, K. Zhou, B. L. Golden, C. E. Kundrot, T. R. Cech, J. A. Doudna, Science 1996, 273, 1678-1685;
129. b) B. L. Golden, A. R. Gooding, E. R. Podell, T. R. Cech, Science 1998, 282, 259-264.
130. U. von Ahsen, J. Davies, R. Schroeder, J. Mol. Biol. 1992, 226, 935-941.
131. H. Wank, J. Rogers, J. Davies, R. Schroeder, J. Mol. Biol. 1994, 236, 1001-1010.
132. H.-Y. Mei, M. Cui, S. M. Lemrow, A. W. Czarnik, Bioorg. Med. Chem. 1997, 5, 1185-1195.
133. L. Simpson in Lit. [1], pp. 585-608.
134. a) T. Hermann, B. Schmid, H. Heumann, U. Göringer, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 2311-2318;
135. b) J. Köller, U. F. Müller, B. Schmid, A. Missel, V. Kruft, K. Stuart, H. U. Göringer, J. Biol. Chem. 1997, 272, 3749-3752.
136. a) L. D. Etkin, H. D. Lipshitz, FASEB J. 1999, 13, 419-420;
137. b) P. Lasko, FASEB J. 1999, 13, 421-433;
138. c) K. L. Mowry, C. A. Cote, FASEB J. 1999, 13, 435-445;
139. d) G. J. Bassell, Y. Oleynikov, R. H. Singer. FASEB J. 1999, 13, 447-454.
140. R. P. Jansen, FASEB J. 1999, 13, 455-466.
141. R. J. Buckanovich, R. B. Darnell, Mol. Cell Biol. 1997, 17, 3194-3201.
142. R. J. Buckanovich, Y. Y. Yang, R. B. Darnell, J. Neurosci. 1996, 16, 1114-1122.
143. H. A. Lewis, H. Chen, C. Edo, R. J. Buckanovich, Y. Y. Yang, K. Musunuru, R. Zhong, R. B. Darnell, S. K. Burley, Structure 1999, 7, 191-203.
144. G. Musco, G. Stier, C. Joseph, M. A. Castiglione Morelli, M. Nilges, T. J. Gibson, A. Pastore, Cell 1996, 85, 237-245.
145. V. Brown, K. Small, L. Lakkis, Y. Feng, C. Gunter, K. D. Wilkinson, S. T. Warren, J. Biol. Chem. 1998, 273, 15521-15527.
146. E. H. Kislauskis, R. H. Singer, Curr. Opin. Cell. Biol. 1992, 4, 975-978.
147. A. F. Ross, Y. Oleynikov, E. H. Kislauskis, K. L. Taneja, R. H. Singer, Mol. Cell. Biol. 1997, 17, 2158-2165.
148. G. A. Doyle, N. A. Betz, P. F. Leeds, A. J. Fleisig, R. D. Prokipcak, J. Ross, Nucleic Acids Res. 1998, 26, 5036-5044.
149. F. Mueller-Pillasch, U. Lacher, C. Wallrapp, A. Micha, F. Zimmerhackl, H. Hameister, G. Varga, H. Friess, M. Buchler, H. G. Beger, M. R. Vila, G. Adler, T. M. Gress, Oncogene 1997, 14, 2729-2733.
150. J. Y. Zhang, E. K. Chan, X. X. Peng, E. M. Tan, J. Exp. Med. 1999, 189, 1101-1110.
151. J. O. Deshler, M. I. Highett, T. Abramson, B. J. Schnapp, Curr. Biol. 1998, 8, 489-496.
152. S. Shetty, S. Idell, Am. J. Physiol. 1998, 274, L871-L882.
153. S. C. Shih, K. P. Claffey, J. Biol. Chem. 1999, 274, 1359-1365.
154. a) D. Chagnonvich, S. L. Cohn, Eur. J. Cancer 1997, 33, 2064-2067;
155. b) R. A. Ross, D. L. Lazarova, G. T. Manley, P. S. Smitt, B. A. Spengler, J. B. Posner, J. L. Biedler, Eur. J. Cancer 1997, 33, 2071-2074.
156. R. J. Boado, W. M. Pardridge, Brain Res. Mol. Brain Res. 1998, 59, 109-113.
157. R. J. Boado, Neurosci. Lett. 1998, 255, 147-150.
158. a) S. H. Zaidi, R. Denman, J. S. Malter, J. Biol. Chem. 1994, 269, 24000-24006;
159. b) S. H. Zaidi, J. S. Malter, J. Biol. Chem. 1994, 269, 24007-24013.
160. S. H. Zaidi, J. S. Malter, J. Biol. Chem. 1995, 270, 17292-17298.
161. L. E. Rajagopalan, C J. Westmark, J. A. Jarzembowski, J. S. Malter, Nucleic Acids Res. 1998, 26, 3418-3423.
162. D. Moazed, H. F. Noller. Nature 1987, 327, 389-394.
163. P. Purohit, S. Stern, Nature 1994, 370, 659-662.
164. H. F. Chambers, M. A. Sande in The Pharmacological Basis of Therapeutics, 9. Ed. (Eds.: J. G. Hardman, L. E. Limbird, P. B. Molinoff, R. W. Ruddon, A. Goodman Gilman), McGraw-Hill, New York, 1996, pp. 1103-1121.
165. Y. Van de Peer, E. Robbrecht, S. de Hoog, A. Caers, P. De Rijk, R. De Wachter, Nucleic Acids Res. 1999, 27, 179-183.
166. a) T. Hutchin, I. Haworth, K. Higashi, N. Fischel-Ghodsian, M. Stoneking, N. Saha, C. Arnos, G. Cortopassi, Nucleic Acids Res. 1993, 21, 4174-4179;
167. b) K. Hamasaki, R. R. Rando, Biochemistry 1997, 36, 12323-12328.
168. a) J. Woodcock, D. Moazed, M. Cannon, J. Davies, H. F. Noller, EMBO J. 1991, 10, 3099-3103;
169. b) M. I. Recht, D. Fourmy, S. C. Blanchard, K. D. Dahlquist, J. D. Puglisi, J. Mol. Biol. 1996, 262, 421-436;
170. c) M. I. Recht, S. Douthwaite, K. D. Dahlquist, J. D. Puglisi, J. Mol. Biol. 1999, 286, 33-43;
171. d) M. Famulok, A. Hüttenhofer, Biochemistry 1996, 35, 4265-4270;
172. e) Y. Wang, K. Hamasaki, R. R. Rando, Biochemistry 1997, 36, 768-779;
173. f) S. C. Blanchard, D. Fourmy, R. G. Eaton, J. D. Puglisi, Biochemistry 1998, 37, 7716-7724.
174. D. Fourmy, M. I. Recht, S. C. Blanchard, J. D. Puglisi, Science 1996, 274, 1367-1371.
175. D. Fourmy, S. Yoshizawa, J. D. Puglisi, J. Mol. Biol. 1998, 277, 333-345.
176. D. Fourmy, M. I. Recht, J. D. Puglisi, J. Mol. Biol. 1998, 277, 347-362.
177. S. Yoshizawa, D. Fourmy, J. D. Puglisi, EMBO J. 1998. 17, 6437-6448.
178. C.-H. Wong, M. Hendrix, E. S. Priestley, W. A. Greenberg, Chem. Biol. 1998, 5, 397-406.
179. a) R. H. Griffey, M. J. Greig, H. An, H. Sasmor, S. Manalili, J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 474-475;
180. b) R. H. Griffey, S. A. Hofstadler, K. A. Sannes-Lowery, D. J. Ecker, S. T. Crooke, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999, 96, 10129-10133.
181. a) P. B. Alper, M. Hendrix, P. Sears, C.-H. Wong, J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 1965-1978;
182. b) W. A. Greenberg, E. S. Priestley, P. S. Sears, P. B. Alper, C. Rosenbohm, M. Hendrix, S.-C. Hung, C.-H. Wong, J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 6527-6541.
183. M. Hendrix, P. B. Alper, E. S. Priestley, C-H. Wong, Angew. Chem. 1997, 109, 119-122; Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 1997, 36, 95-98.
184. M. Hendrix, P. B. Alper, E. S. Priestley, C-H. Wong, Angew. Chem. 1997, 109, 119-122; Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 1997, 36, 95-98.
185. C.-H. Wong, M. Hendrix, D. D. Manning, C. Rosenbohm, W. A. Greenberg, J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 8319-8327.
186. J. B. H. Tok, R. R. Rando. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 8279-8280.
187. P. Sears, C.-H. Wong, Angew. Chem. 1999, 111, 2446-2471; Angew. Chem. Int. Ed. 1999, 38, 2300-2324.
188. P. Sears, C.-H. Wong, Angew. Chem. 1999, 111, 2446-2471; Angew. Chem. Int. Ed. 1999, 38, 2300-2324.
189. K. Hamasaki, R. R. Rando, Anal. Biochem. 1998, 261, 183-190.
190. a) J. Egebjerg, S. Douthwaite, R. A. Garrett, EMBO J. 1989, 8, 607-611;
191. b) I. G. Leviev, C. Rodriguez-Fonseca, H. Phan, R. A. Garrett, G. Heilek, H. F. Noller, A. S. Mankin, EMBO J. 1994, 13, 1682-1686;
192. c) G. T. Tan, A. DeBlasio, A. S. Mankin, J. Mol. Biol. 1996, 261, 222-230;
193. d) C. Spickler, M.-N. Brunelle, L. Brakier-Gingras, J. Mol. Biol. 1997, 273, 586-599;
194. e) B. T. Porse, R. A. Garrett, J. Mol. Biol. 1999, 286, 375-387;
195. f) N. B. Matassova, M. V. Rodnina, R. Endermann, H.-P. Kroll, U. Pleiss, H. Wild, W. Wintermeyer, RNA 1999, 5, 939-956.
196. P. C. Ryan, D. E. Draper, J. Mol. Biol. 1991, 221, 1257-1268.
197. D. E. Draper, Y. Xing, L. G. Laing, J. Mol. Biol. 1995, 249, 231-238.
198. a) Y. Xing, D. E. Draper, Biochemistry 1996, 35, 1581-1588;
199. b) B. T. Porse, I. Leviev, A. S. Mankin, R. A. Garrett, J. Mol. Biol. 1998, 276, 391-404.
200. a) G. L. Conn, D. E. Draper, E. A. Lattman, A. G. Gittis, Science 1999, 284, 1171-1174;
201. b) B. T. Wimberly, R. Guymon, J. P. McCutcheon, S. W. White, V. Ramakrishnan, Cell 1999, 97, 491-502.
202. B. Clough, M. Strath, P. Preiser, P. Denny, I. R. Wilson, FEBS Lett. 1997, 406, 123-125.
203. G. A. McConkey, M. J. Rogers, T. F. McCutchan, J. Biol. Chem. 1997, 272, 2046-2049.
204. M. J. Rogers, Y. V. Bukhman, T. F. McCutchan, D. E. Draper, RNA 1997, 3, 815-820.
205. A. L. Fitzhugh, Bioorg. Med. Chem. Lett. 1998, 8, 87-92.
206. M. S. Iordanov, D. Pribnow, J. L. Magun, T.-H. Dinh, J. A. Pearson, S. L.-Y. Chen, B. E. Magun, Mol. Cell. Biol. 1997, 17, 3373-3381.
207. a) J. H. Cate, M. M. Yusupov, G. Z. Yusupova, T. N. Earnest, H. F. Noller, Science 1999, 285, 2095-2104;
208. b) G. M. Culver, J. H. Cate, G. Z. Yusupova, M. M. Yusupov, H. F. Noller, Science 1999, 285, 2133-2135.
209. a) W. M. Clemons, Jr., J. L. C. May, B. T. Wimberly, J. P. McCutcheon, M. S. Capel, V. Ramakrishnan, Nature 1999, 400, 833-840;
210. b) N., Ban, H Nissen, J. Hansen, M. Capel, P. B. Moore, T. A. Steitz, Nature 1999, 400, 841-847.
211. J. F. Atkins, A. Böck, S. Matsufuji, R. F. Gesteland in Lit. [1], pp. 637-673.
212. a) D. Hatfield, S. Oroszlan, Trends Biochem. Sci. 1990, 15, 186-190;
213. b) P. J. Farabaugh, Annu. Rev. Genet. 1996, 30, 507-528.
214. a) M. Chamorro, N. Parkin, N. E. Varmus, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1992, 89, 713-717;
215. b) N. M. Wills, R. F. Gesteland, J. F. Atkins, EMBO J. 1994, 13, 4137-4144.
216. H. Kang, Biochim. Biophys. Acta 1998, 1397, 73-78.
217. a) C. W. Pleij, Genet. Eng. 1995, 17, 67-80;
218. b) X. Chen, H. Kang, L. X. Shen, M. Chamorro, H. E. Varmus, I. Tinoco, J. Mol. Biol. 1996, 260, 479-483;
219. c) L. Su, L. Chen, M. Egli, J. M. Berger, A. Rich, Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 285-292.
220. M. G. Wallis, B. Streicher, H. Wank, U. von Ahsen, E. Clodi, S. T. Wallace, M. Famulok, R. Schroeder, Chem. Biol. 1997, 4, 357-366.
221. G. Wilson, J. Nix, J. Szostak, Biochemistry 1998, 37, 14410-14419.
222. B. G. Horshurgh, H. Kollmus, H. Hauser, D. M. Coen, Cell 1996, 86, 949-954.
223. S. C. Low, M. J. Berry, Trends Biochem. Sci. 1996, 21, 203-208.
224. R. Walczak, E. Westhof, P. Carbon, A. Krol, RNA 1996, 2, 367-379.
225. a) C. S. Ramanathan, E. W. Taylor, Biol. Trace Elem. Res. 1997, 56, 93-106;
226. b) L. Grate, J. Acquired Immune Defic. Syndr. Hum. Retrovirol. 1998, 17, 398-403.
227. E. C. Theil, Met. Ions Biol. Syst. 1998, 35, 403-434.
228. K. J. Addess, J. P. Basilion, R. D. Klausner, T. A. Rouault, A. Pardi, J. Mol. Biol. 1997, 274, 72-83.
229. Y. Ke, J. Wu, E. A. Leibold, W. E. Walden, E. C. Theil, J. Biol. Chem. 1998, 275, 23637-23640.
230. M. A. Smith, K. Wehr, P. L. R. Harris, S. L. Siedlak, J. R. Connor, G. Perry, Brain Res. 1998, 788, 232-236.
231. E. Chu, C. J. Allegra, Bioessays 1996, 18, 191-198.
232. E. Chu, C. J. Allegra, Adv. Enzyme Regul. 1996, 36, 143-163.
233. E. Chu, T. Takechi, K. L. Jones, D. M. Voeller, S. M. Copur, G. F. Maley, F. Maley, S. Segal, G. J. Allegra. Mol. Cell. Biol. 1995, 15, 179-185.
234. E. Chu, T. Cogliati, S. M. Copur, A. Borre, D. M. Voeller, C. J. Allegra, S. Segal, Nucleic Acids Res. 1996, 24, 3222-3228.
235. E. Chu, S. M. Copur, J. Ju, T. M. Chen, S. Khleif, D. M. Voeller, M. Mizunuma, M. Patel, G. F. Maley, F. Maley, C. J. Allegra, J. Mol. Cell. Biol. 1999, 19, 1582-1594.
236. E. Chu, D. Voeller, D. M. Koeller, J. C. Drake, C. H. Takimoto, F. Maley, C. J. Allegra, Proc. Natl Acad. Sci. USA 1993, 90, 517-521.
237. J. B.-H. Tok, J. Cho, R. R. Rando, Biochemistry 1999, 38, 199-206.
238. J. Cho, R. R. Rando, Biochemistry 1999, 38, 8548-8554.
239. K. Nagai, I. W. Mattaj, RNA - Protein Interactions, Oxford University Press, Oxford, 1994.
240. K. Nagai, Curr. Opin. Struct. Biol. 1996, 6, 53-61.
241. S. Cusack, Curr. Opin. Struct. Biol. 1999, 9, 66-73.
242. D. J. Patel, Curr. Opin. Struct. Biol. 1999, 9, 74-87.
243. D. E. Draper, L. P. Reynaldo, Nucleic Acids Res. 1999, 27, 381-388.
244. K. M. Weeks, D. M. Crothers. Science 1993, 261, 1574-1577.
245. T. Hermann, E. Westhof, Chem. Biol. 1999, R335-343.
246. A. D. Frankel, C. A. Smith, Cell 1998, 92, 149-151.
247. T. Hermann, D. J. Patel, Science 2000, 287, 820-825.
248. K. Nadassy, S. J. Wodak, J. Janin, Biochemistry 1999, 38, 1999-2017.
249. M. Frugier, P. Schimmel, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1997, 94, 11 291-11 294.
250. T. Hermann, P. Auffinger, E. Westhof, Eur. Biophys. J. 1998, 27, 153-165.
251. a) D. E. Draper, V. K. Misra, Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 927-930;
252. b) A. L. Feig, O. C. Uhlenbeck in Lit. [1], pp. 287-319;
253. c) E. Westhof in Water and Biological Macromolecules (Ed.: E. Westhof), CRC Press, Boca Raton, FL, 1993, pp. 226-243.
254. C. F. Anderson, M. T. Record, Annu. Rev. Phys. Chem. 1995, 46, 657-700.
255. T. Hermann, B. Westhof, Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 540-544.
256. a) G. Werstuck, M. R. Green, Science 1998, 282, 296-298;
257. b) M. Blind, W. Kolanus, M. Famulok, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999, 96, 3606-3610;
258. c) H. Shi, B. E. Hoffman, J. T. Lis, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999, 96, 10033-10038.
259. a) J. R. Lorsch, J. W. Szostak, Acc. Chem. Res. 1996, 29, 103-110;
260. b) B. E. Eaton, Curr. Opin. Chem. Biol. 1997, I, 10-16;
261. c) Y. Li, R. R. Breaker, Curr. Opin. Struct. Biol. 1999, 9, 315-323;
262. d) M. Famulok, Curr. Opin. Struct. Biol. 1999, 9, 324-329.
263. a) J. Feigon, T. Dieckmann, F. W. Smith, Chem. Biol. 1996, 3, 611-617;
264. b) D. J. Patel, Curr. Opin. Chem. Biol. 1997, 1, 32-46.
265. D. J. Patel, A. K. Suri, F. Jiang, L. Jiang, P. Fan, R. A. Kumar, S. Nonin, J. Mol. Biol. 1997, 272, 645-664.
266. a) S. E. Osborne, I. Matsumura, A. D. Ellington, Curr. Opin. Chem. Biol. 1997, 1, 5-9;
267. b) M. Famulok, G. Mayer, Curr. Top. Microbiol. Immunol 1999, 243, 123-136.
268. A. D. Ellington, Drug Dev. Res. 1994, 33, 102-115.
269. W. D. Wilson, L. Ratmeyer, M. Zhao, L. Strekowski, D. Boykin, Biochemistry 1993, 32, 4098-4104.
270. R. Schroeder, U. von Ahsen, Nucleic Acids Mol. Biol. 1996, 10, 53-74.
271. H. Wang, Y. Tor, Angew. Chem. 1998, 110, 117-120; Angew. Chem. Int. Ed. 1998, 37, 109-111.
272. H. Wang, Y. Tor, Angew. Chem. 1998, 110, 117-120; Angew. Chem. Int. Ed. 1998, 37, 109-111.
273. M. Fernandez-Saiz, H.-J. Schneider, J. Sartorius, W. D. Wilson, J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 4739-4745.
274. L. Jiang, D. J. Patel, Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 769-774.
275. L. Jiang, D. J. Patel, Structure 1999, 7, 817-827.
276. T. Hermann, E. Westhof, Structure 1998, 6, 1303-1314.
277. I. Hoch, C. Berens, E. Westhof, R. Schroeder, J. Mol. Biol. 1998, 282, 557-569.
278. T. Hermann, E. Westhof in RNA-Binding Antibiotics (Eds.; M. G. Wallis, R. Schroeder), Landes Bioscience, Austin, TX, 2000, pp. 148-158.
279. S. Wang, P. W. Huber, M. Cui, A. W. Czarnik, H.-Y. Mei, Biochemistry 1998, 37, 5549-5557.
280. T. Hermann, E. Westhof, Biopolymers 1999, 48, 155-165.
281. L. Jiang, A. K. Suri, R. Fiala, D. J. Patel, Chem. Biol. 1997, 4, 35-50.
282. F. Leclerc, R. Cedergren, J. Med. Chem. 1998, 41, 175-182.
283. P. Sears, C.-H. Wong, Chem. Commun. 1998, 1161-1169.
284. P. Burgstaller, M. Famulok, J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 1137-1138.
285. P. Burgstaller, T. Hermann, C. Huber, E. Westhof, M. Famulok, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4018-4027.
286. W. Saenger, Principles of Nucleic Acid Structure, Springer, New York, 1984.
287. B. C. Baguley, Anticancer Drug Des. 1991, 6, 1-35.
288. C. S. Chow, F. M. Bogdan, Chem. Rev. 1997, 97, 1489-1513.
289. S. Yao, W. D. Wilson, J. Biomol. Struct. Dynam. 1992, 10, 367-387.
290. T. Hermann, H. Heumann, RNA 1995, 1, 1009-1017.
291. C. S. Chow, J. K. Barton, Biochemistry 1992, 31, 5423-5429.
292. C. S. Poornima, P. M. Dean, J. Comput. Aided Mol. Des. 1995, 9, 521-531.
293. a) S. R. Holbrook, S. H. Kim, Biopolymers 1997, 44, 3-21;
294. b) M. Egli, Antisensense Nucleic Acid Drug. Dev. 1998, 8, 123-128.
295. a) G. Otting, Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 1997, 31, 259-285;
296. b) A. T. Phan, J. L. Leroy, M. Gueron, J. Mol. Biol. 1999, 286, 505-519.
297. a) P. Auffinger, E. Westhof, Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 8, 227-236;
298. b) M. Feig, B. M. Pettitt, Structure 1998, 6, 1351-1354.
299. C. Oubridge, N. Ito, P. R. Evans, C.-H. Teo, K. Nagai, Nature 1994, 372, 432-438.
300. R. E. Botto, B. Coxon, J. Am. Chem. Soc. 1983. 105, 1021-1028.
301. W. G. Scott, J. B. Murray, J. R. P. Arnold, B. L. Stoddard, A. Klug, Science 1996, 274, 2065-2069.