Interaction of protein backbone with nucleic acid bases

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 107, Issue 22, 2003, Pages 5306-5310

  Alkorta, Ibon ^a   Elguero, Jose ^a  

^a INSTITUTO DE QUÍMICA MÉDICA   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACIDS; CARRIER CONCENTRATION; COMPLEXATION; CONFORMATIONS; DIMERS; HYDROGEN BONDS;

NUCLEIC ACID BASES;

PROTEINS;

EID: 0037496207     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp027662q     Document Type: Article

References (33)

1. Hermann, T. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2000, 39, 1890.
2. Zarkrzewska, K.; Lavery, R., Computational Molecular Biology, Leszcynski, J., Ed.; Elsevier: Amsterdam, 1999; Vol. 8, p 441.
3. Jamin, N.; Toma, F. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 2001, 38, 83.
4. Draper, D. E. J. Mol. Biol 1999, 293, 255.
5. Mandel-Gutfreund, Y.; Schueler, O.; Margalit, H. J. Mol. Biol. 1995, 255, 370.
6. Sarai, A.; Gromiha, M. M.; An, J.; Prabakaran, P.; Selvaraj, S.; Kono, H.; Oobatake, M.; Uedaira, H. Biopolymers 2002, 61, 121. http:// www.rtc.riken.go.jp/jouhou/pronit/pronit.html.
7. Peters, M.; Rozas, I.; Alkorta, I.; Elguero, J. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 323.
8. Alkorta, I.; Maluendes, S. J. Phys. Chem. 1995, 99, 6457. Alkorta, I.; Elguero, J. Tetrahedron 1997, 53, 9741.
9. Alkorta, I.; Maluendes, S. J. Phys. Chem. 1995, 99, 6457. Alkorta, I.; Elguero, J. Tetrahedron 1997, 53, 9741.
10. Hobza, P.; Sponer, J.; Cubero, E.; Orozco, M.; Luque, J. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 6286.
11. Senes, A.; Ubarretxena-Belandia, I.; Engelman, D. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 9056.
12. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
13. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
14. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
15. Hariharan, P. A.; Pople, J. A. Theor. Chim. Acta 1973, 28, 213.
16. Alkorta, I.; Elguero, J. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 1488. Alkorta, I.; Rozas, I.; Mó, O.; Yáñez, M.; Elguero, J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 7481.
17. Alkorta, I.; Elguero, J. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 1488. Alkorta, I.; Rozas, I.; Mó, O.; Yáñez, M.; Elguero, J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 7481.
18. Scheiner, S. In Reviews in Computational Chemistry; Lipkowitz, K. B., Boyd, D. B., Eds.; VCH Publishers: New York, 1991; Vol. 2, p 165.
19. Del Bene, J. E.; Jordan, M. J. T. THEOCHEM 2001, 573, 11.
20. Boys, S. B.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553.
21. Bader, R. F. W. Atoms in Molecules. A Quantum Theory; Oxford University: New York, 1990.
22. Bieger-Konig, F. W.; Bader, R. F. W.; Tang, T. H. J. J. Comput. Chem. 1982, 3, 317.
23. Ditchfield, R. Mol. Phys. 1974, 27, 789.
24. Bagno, A. Chem. Eur. J. 2001, 1652.
25. (a) Perczel, A.; Csazar, A. G. J. Comput. Chem. 2000, 21, 882.
26. (b) Perczel, A.; Angyán, J. G.; Kajtár, M.; Viviano, W.; Rivail, J. L.; Marcoccia, J. F.; Csizmadia, I. G. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 6256.
27. Jones, S.; Daley, D. T. A.; Luscombe, N. M.; Berman, H. M.; Thornton, J. M. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 943.
28. Alkorta, I.; Rozas, I.; Elguero, J. Struct. Chem. 1998, 9, 243. Alkorta, I.; Barrios, L.; Rozas, L; Elguero, J. THEOCHEM 2000, 496, 131. Espinosa, E.; Souhassou, M.; Lachekar, H.; Lecomte, C. Acta Crystallogr. 1999, B55, 563. Knop, O.; Rankin, K. N.; Boyd, R. J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 6552. Espinosa, E.; Alkorta, I.; Elguero, J.; Molins, E. J. Chem. Phys. 2002, 117, 5529.
29. Alkorta, I.; Rozas, I.; Elguero, J. Struct. Chem. 1998, 9, 243. Alkorta, I.; Barrios, L.; Rozas, L; Elguero, J. THEOCHEM 2000, 496, 131. Espinosa, E.; Souhassou, M.; Lachekar, H.; Lecomte, C. Acta Crystallogr. 1999, B55, 563. Knop, O.; Rankin, K. N.; Boyd, R. J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 6552. Espinosa, E.; Alkorta, I.; Elguero, J.; Molins, E. J. Chem. Phys. 2002, 117, 5529.
30. Alkorta, I.; Rozas, I.; Elguero, J. Struct. Chem. 1998, 9, 243. Alkorta, I.; Barrios, L.; Rozas, L; Elguero, J. THEOCHEM 2000, 496, 131. Espinosa, E.; Souhassou, M.; Lachekar, H.; Lecomte, C. Acta Crystallogr. 1999, B55, 563. Knop, O.; Rankin, K. N.; Boyd, R. J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 6552. Espinosa, E.; Alkorta, I.; Elguero, J.; Molins, E. J. Chem. Phys. 2002, 117, 5529.
31. Alkorta, I.; Rozas, I.; Elguero, J. Struct. Chem. 1998, 9, 243. Alkorta, I.; Barrios, L.; Rozas, L; Elguero, J. THEOCHEM 2000, 496, 131. Espinosa, E.; Souhassou, M.; Lachekar, H.; Lecomte, C. Acta Crystallogr. 1999, B55, 563. Knop, O.; Rankin, K. N.; Boyd, R. J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 6552. Espinosa, E.; Alkorta, I.; Elguero, J.; Molins, E. J. Chem. Phys. 2002, 117, 5529.
32. Alkorta, I.; Rozas, I.; Elguero, J. Struct. Chem. 1998, 9, 243. Alkorta, I.; Barrios, L.; Rozas, L; Elguero, J. THEOCHEM 2000, 496, 131. Espinosa, E.; Souhassou, M.; Lachekar, H.; Lecomte, C. Acta Crystallogr. 1999, B55, 563. Knop, O.; Rankin, K. N.; Boyd, R. J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 6552. Espinosa, E.; Alkorta, I.; Elguero, J.; Molins, E. J. Chem. Phys. 2002, 117, 5529.
33. Wozniak, K.; He, H.; Klinowski, J.; Barr, T. L.; Milart, P. J. Phys. Chem. 1996, 100, 11420.