Comparison of β-sheets of capped polyalanine with those of the tau-amyloid structures VQIVYK and VQIINK. A density functional theory study

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 115, Issue 35, 2011, Pages 10560-10566

  Plumley, Joshua A ^a   Dannenberg, J J ^a  

^a CITY UNIVERSITY OF NEW YORK   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

GLYCOPROTEINS;

A-DENSITY; DISTORTION ENERGY; H-BONDING; H-BONDS; LOW LEVEL; OPTIMAL GEOMETRY; POLYALANINE; SIDE-CHAINS;

DENSITY FUNCTIONAL THEORY;

EID: 80052310521     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp205388q     Document Type: Article

References (41)

1. Bergen, M. v.; Barghorn, S.; Biernat, J.; Mandelkow, E.-M.; Mandelkow, E. Biochim. Biophys. Acta 2005, 1739, 158
2. Sawaya, M. R.; Sambashivan, S.; Nelson, R.; Ivanova, M. I.; Sievers, S. A.; Apostol, M. I.; Thompson, M. J.; Balbirnie, M.; Wiltzius, J. J. W.; McFarlane, H. T. Nature 2007, 447, 453
3. Teng, P. K.; Eisenberg, D. Protein Eng., Des. Sel. 2009, 22, 531
4. Plumley, J. A.; Dannenberg, J. J. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 1758-1759
5. Inouye, H.; Sharma, D.; Goux, W. J.; Kirschner, D. A. Biophys. J. 2006, 90, 1774
6. Peterson, D. W.; Zhou, H.; Dahlquist, F. W.; Lew, J. Biochemistry 2008, 47, 7393
7. Wickner, R. B.; Dyda, F.; Tycko, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 2403
8. Vaden, T. D.; Gowers, S. A. N.; Snoek, L. C. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 2472
9. Plumley, J. A.; Tsai, M. I.-H.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 1562
10. Oliva, A.; Bertran, J.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 1765
11. Zhao, Y.-L.; Wu, Y.-D. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 1570
12. Lin, J.-Q.; Luo, S.-W.; Wu, Y. D. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1551
13. Viswanathan, R.; Asensio, A.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 9205
14. Perczel, A.; Hudaky, P.; Palfi, V. K. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 14959
15. Morokuma, K. Bull. Korean Chem. Soc. 2003, 24, 797
16. Vreven, T.; Morokuma, K. J. Chem. Phys. 2000, 113, 2969
17. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A. Gaussian 09, revision A.2.; Gaussian, Inc.: Wallingford CT, 2009.
18. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648
19. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785
20. Dewar, M. J. S.; Zoebisch, E. G.; Healy, E. F.; Stewart, J. J. P. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 3902
21. Wieczorek, R.; Dannenberg, J. J. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8124
22. Wieczorek, R.; Dannenberg, J. J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 14198
23. Wieczorek, R.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 1320
24. Wieczorek, R.; Dannenberg, J. J. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 14534
25. Wieczorek, R.; Dannenberg, J. J. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 17216
26. Tsai, M. I.-H.; Xu, Y.; Dannenberg, J. J. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 14130
27. Plumley, J. A.; Dannenberg, J. J. J. Comput. Chem. 2011, 32, 1519
28. Jansen, H. B.; Ros, P. Chem. Phys. Lett. 1969, 3, 140
29. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553
30. Turi, L.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. 1993, 97, 2488
31. van Duijneveldt, F. B.; van Duijneveldt-van de, R. Chem. Rev. 1994, 94 (7) 1873
32. Simon, S.; Duran, M.; Dannenberg, J. J. J. Chem. Phys. 1996, 105, 11024
33. Balabin, R. M. J. Chem. Phys. 2010, 132, 231101
34. Balabin, R. M. J. Chem. Phys. 2008, 129, 164101
35. Toniolo, C.; Crisma, M.; Formaggio, F.; Peggion Biopolymers 2002, 60, 396
36. Tsai, M. I.-H.; Xu, Y.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 309
37. Vener, M. V.; Egorova, A. N.; Fomin, D. P.; Tsirelson, V. G. J. Phys. Org. Chem. 2009, 22, 177
38. Maekawa, H.; Ballano, G.; Toniolo, C.; Ge, N.-H. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 5168
39. Horvath, V.; Varga, Z.; Kovacs, A. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 6869
40. Chen, Y.-f.; Dannenberg, J. J. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 8100
41. Kobko, N.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 10389