Multiscale modelling of mesoscopic phenomena triggered by quantum events: Light-driven azo-materials and beyond

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 13, Issue 17, 2011, Pages 7604-7621

  Böckmann, Marcus ^a   Marx, Dominik ^a   Peter, Christine ^b   Site, Luigi Delle ^b   Kremer, Kurt ^b   Doltsinis, Nikos L ^c  

^a RUHR UNIVERSITY BOCHUM   (Germany)

^b MAX PLANCK INSTITUTE FOR POLYMER RESEARCH   (Germany)

^c KING'S COLLEGE LONDON   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 79955997149     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c0cp01661f     Document Type: Conference Paper

References (132)

1. R. Car M. Parrinello Phys. Rev. Lett. 1985 55 2471
2. D. Marx and J. Hutter, in Modern Methods and Algorithms of Quantum Chemistry, ed., J. Grotendorst,, NIC, Jülich, 2000, www.theochem.rub.de/go/ cprev.html, accessed August 2010
3. D. Marx and J. Hutter, Ab initio Molecular Dynamics: Basic Theory and Advanced Methods, Cambridge University Press, Cambridge, 2009
4. J. Aqvis A. Warshel Chem. Rev. 1993 93 2523
5. J. L. Gao D. G. Truhlar Annu. Rev. Phys. Chem. 2002 53 467
6. P. Carloni U. Rothlisberger M. Parrinello Acc. Chem. Res. 2002 35 455
7. P. Sherwood A. H. de Vries M. F. Guest G. Schreckenbach C. R. A. Catlow S. A. French A. A. Sokol S. T. Bromley W. Thiel A. J. Turner et al. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2003 632 1
8. G. Tresadern P. F. Faulder M. P. Gleeson Z. Tai G. MacKenzie N. A. Burton I. H. Hillier Theor. Chem. Acc. 2003 109 108
9. H. M. Senn W. Thiel Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 1198
10. Coarse-Graining of Condensed Phase and Biomolecular Systems, ed., G. A. Voth,, Chapman and Hall/CRC Press, Taylor and Francis Group, 2009
11. M. L. Klein W. Shinoda Science 2008 321 798
12. J. Baschnagel K. Binder P. Doruker A. A. Gusev O. Hahn K. Kremer W. L. Mattice F. Muller-Plathe M. Murat W. Paul et al. Adv. Polym. Sci. 2000 152 41
13. W. Tschöp K. Kremer J. Batoulis T. Burger O. Hahn Acta Polym. 1998 49 61
14. C. F. Abrams K. Kremer Macromolecules 2003 36 260
15. V. A. Harmandaris N. P. Adhikari N. F. A. van der Vegt K. Kremer Macromolecules 2006 39 6708
16. Q. Sun R. Faller J. Chem. Theory Comput. 2006 2 607
17. T. Spyriouni C. Tzoumanekas D. Theodorou F. Mueller-Plathe G. Milano Macromolecules 2007 40 3876
18. V. A. Harmandaris D. Reith N. F. A. van der Vegt K. Kremer Macromol. Chem. Phys. 2007 208 2109
19. V. A. Harmandaris K. Kremer Macromolecules 2009 42 791
20. D. Fritz V. A. Harmandaris K. Kremer N. F. A. van der Vegt Macromolecules 2009 42 7579
21. M. Muller K. Katsov M. Schick Phys. Rep. 2006 434 113
22. S. J. Marrink H. J. Risselada S. Yefimov D. P. Tieleman A. H. de Vries J. Phys. Chem. B 2007 111 7812
23. B. J. Reynwar G. Illya V. A. Harmandaris M. M. Müller K. Kremer M. Deserno Nature 2007 447 461
24. M. Deserno Macromol. Rapid Commun. 2009 30 752
25. H. D. Nguyen C. K. Hall Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 16180
26. G. Bellesia J. E. Shea J. Chem. Phys. 2007 126 245104
27. I. F. Thorpe J. Zhou G. A. Voth J. Phys. Chem. B 2008 112 13079
28. A. Villa C. Peter N. F. A. van der Vegt Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 2077
29. A. Villa N. F. A. van der Vegt C. Peter Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 2068
30. T. Head-Gordon S. Brown Curr. Opin. Struct. Biol. 2003 13 160
31. C. Clementi Curr. Opin. Struct. Biol. 2008 18 10
32. V. Tozzini Acc. Chem. Res. 2010 43 220
33. C. Peter K. Kremer Faraday Discuss. 2010 144 9
34. A. P. Lyubartsev A. Laaksonen Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 1995 52 3730
35. F. Müller-Plathe ChemPhysChem 2002 3 754
36. M. E. Johnson T. Head-Gordon A. A. Louis J. Chem. Phys. 2007 126 144509
37. L. Monticelli S. K. Kandasamy X. Periole R. G. Larson D. P. Tieleman S. J. Marrink J. Chem. Theory Comput. 2008 4 819
38. W. Noid J. Chu G. Ayton G. Voth J. Phys. Chem. B 2007 111 4116
39. W. Mullinax J. W. Noid Phys. Rev. Lett. 2009 103 198104
40. H. Wang C. Junghans K. Kremer Eur. Phys. J. E 2009 28 221
41. A. Lyubartsev A. Mirzoev L. Chen A. Laaksonen Faraday Discuss. 2010 144 43
42. B. Hess S. Leon N. van der Vegt K. Kremer Soft Matter 2006 2 409
43. G. Santangelo A. Di Matteo F. Muller-Plathe G. Milano J. Phys. Chem. B 2007 111 2765
44. C. Peter L. Delle Site K. Kremer Soft Matter 2008 4 859
45. X. Chen P. Carbone G. Santangelo A. Di Matteo G. Milano F. Muller-Plathe Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 1977
46. M. Böckmann C. Peter L. Delle Site N. L. Doltsinis K. Kremer D. Marx J. Chem. Theory Comput. 2007 3 1789
47. G. S. Kumar D. C. Neckers Chem. Rev. 1989 89 1915
48. T. Ikeda O. Tsutsumi Science 1995 268 1873
49. Molecular Switches, ed., B. L. Feringa,, Wiley-VCH, Weinheim, 2001
50. Photoreactive organic thin films, ed., Z. Sekkat, and, W. Knoll,, Academic Press, San Diego, 2002
51. A. Natansohn P. Rochon Chem. Rev. 2002 102 4139
52. A. Stolow Annu. Rev. Phys. Chem. 2003 54 89
53. S. Spörlein H. Carstens H. Satzger C. Renner R. Behrendt L. Moroder P. Tavan W. Zinth J. Wachtveitl Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 7998
54. Y. Yu M. Nakano T. Ikeda Nature 2003 425 145
55. I. Banerjee L. Yu H. Matsui J. Am. Chem. Soc. 2003 125 9542
56. W. R. Browne B. L. Feringa Nat. Nanotechnol. 2006 1 25
57. T. Hugel N. B. Holland A. Cattani L. Moroder M. Seitz H. E. Gaub Science 2002 296 1103
58. A. Khan C. Kaiser S. Hecht Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 1878
59. N. L. Doltsinis D. Marx Phys. Rev. Lett. 2002 88 166402
60. N. L. Doltsinis D. Marx J. Theor. Comput. Chem. 2002 1 319
61. A. Laio J. VandeVondele U. Rothlisberger J. Chem. Phys. 2002 116 6941
62. M. Böckmann N. L. Doltsinis D. Marx Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2008 78 036101
63. M. Böckmann N. L. Doltsinis D. Marx J. Phys. Chem. A 2010 114 745
64. T. Kerdcharoen K. R. Liedl B. M. Rode Chem. Phys. 1996 211 313
65. T. S. Hofer A. B. Pribil B. R. Randolf B. M. Rode J. Am. Chem. Soc. 2005 127 14231
66. T. Kerdcharoen K. Morokuma Chem. Phys. Lett. 2002 355 257
67. R. Bulo B. Ensing J. Sikkema L. Visscher J. Chem. Theory Comput. 2009 5 2212
68. A. Heyden D. G. Truhlar J. Chem. Theory Comput. 2008 4 217
69. G. Csanyi T. Albaret M. C. Payne A. D. Vita Phys. Rev. Lett. 2004 93 175503
70. A. B. Poma L. Delle Site Phys. Rev. Lett. 2010 104 250201
71. M. Praprotnik L. Delle Site K. Kremer J. Chem. Phys. 2005 123 224106
72. M. Praprotnik L. Delle Site K. Kremer Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2006 73 066701
73. M. Praprotnik K. Kremer L. Delle Site Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2007 75 017701a
74. M. Praprotnik K. Kremer L. Delle Site J. Phys. A: Math. Theor. 2007 40 017701b
75. R. G. Parr and W. Yang, Density Functional Theory of Atoms and Molecules, Oxford University Press, Oxford, 1989
76. R. M. Dreizler and E. K. U. Gross, Density Functional Theory, Springer, Berlin, 1990
77. N. L. Doltsinis, in Quantum Simulations of Complex Many-Body Systems: From Theory to Algorithms, ed., J. Grotendorst,,, D. Marx, and, A. Muramatsu,, NIC, FZ Jülich, 2002, www.fz-juelich.de/nic-series/volume10/doltsinis.pdf
78. N. L. Doltsinis, in Computational Nanoscience Do it Yourself! ed., J. Grotendorst,,, S. Blügel, and, D. Marx,, NIC, FZ Jülich, 2006, www.fz-juelich.de/nic-series/volume31/doltsinis1.pdf
79. I. Frank J. Hutter D. Marx M. Parrinello J. Chem. Phys. 1998 108 4060
80. S. Grimm C. Nonnenberg I. Frank J. Chem. Phys. 2003 119 11574
81. S. Grimm C. Nonnenberg I. Frank J. Chem. Phys. 2003 119 11585
82. J. C. Tully J. Chem. Phys. 1990 93 1061
83. U. Müller G. Stock J. Chem. Phys. 1997 107 6230
84. S. Grimm C. Nonnenberg I. Frank J. Chem. Phys. 2003 119 11574
85. S. Grimm C. Nonnenberg I. Frank J. Chem. Phys. 2003 119 11585
86. N. L. Doltsinis Mol. Phys. 2004 102 499
87. H. Langer N. L. Doltsinis Phys. Chem. Chem. Phys. 2004 6 2742
88. H. Langer N. L. Doltsinis D. Marx ChemPhysChem 2005 6 1734
89. P. R. L. Markwick N. L. Doltsinis J. Chem. Phys. 2007 126 175102
90. N. L. Doltsinis, P. R. L. Markwick, H. Nieber and H. Langer, in Radiation Induced Molecular Phenomena in Nucleic Acid, ed., M. K. Shukla, and, J. Leszczynski,, Springer, Netherlands, 2008
91. H. Nieber N. L. Doltsinis Chem. Phys. 2008 347 405
92. S. R. Billeter D. Egli J. Chem. Phys. 2006 125 224103
93. W. F. van Gunsteren and H. J. C. Berendsen, BIOMOS B.V., Zürich/Groningen, 1996
94. R. Baron D. Trzesniak A. H. de Vries A. Elsener S. J. Marrink W. F. van Gunsteren ChemPhysChem 2007 8 452
95. V. Ruehle C. Junghans A. Lukyanov K. Kremer D. Andrienko J. Chem. Theory Comput. 2009 5 3211
96. F. Ercolessi J. B. Adams Europhys. Lett. 1994 26 583
97. S. Izvekov G. A. Voth J. Phys. Chem. B 2005 109 2469
98. G. S. Ayton W. G. Noid G. A. Voth Curr. Opin. Struct. Biol. 2007 17 192
99. A. Villa C. Peter N. F. A. van der Vegt J. Chem. Theory Comput. 2010 6 2434
100. A. Chaimovich M. S. Shell Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 1901
101. J. R. Silbermann S. H. L. Klapp M. Schoen N. Chennamsetty H. Bock K. E. Gubbins J. Chem. Phys. 2006 124 074105
102. D. Reith M. Putz F. Muller-Plathe J. Comput. Chem. 2003 24 1624
103. M. Praprotnik L. Delle Site K. Kremer Annu. Rev. Phys. Chem. 2008 59 545
104. B. Ensing S. O. Nielsen P. B. Moore M. L. Klein M. Parrinello J. Chem. Theory Comput. 2007 3 1100
105. S. Izvekov G. A. Voth J. Chem. Theory Comput. 2009 5 3232
106. S. Poblete M. Praprotnik K. Kremer L. Delle Site J. Chem. Phys. 2010 132 114101
107. L. Delle Site Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2007 76 047701
108. M. Praprotnik L. Delle Site K. Kremer J. Chem. Phys. 2007 126 134902
109. S. Matysiak M. Praprotnik L. Delle Site K. Kremer C. Clementi J. Phys.: Condens. Matter 2007 19 292201
110. S. Matysiak C. Clementi M. Praprotnik K. Kremer L. Delle Site J. Chem. Phys. 2008 128 024503
111. R. Delgado-Buscalioni K. Kremer M. Praprotnik J. Chem. Phys. 2008 128 114110
112. R. Delgado-Buscalioni K. Kremer M. Praprotnik J. Chem. Phys. 2009 131 244107
113. B. Lambeth C. Junghans K. Kremer C. Clementi L. Delle Site J. Chem. Phys. 2010 133 221101
114. C. I. Bayly P. Cieplak W. Cornell P. A. Kollman J. Phys. Chem. 1993 97 10269
115. D. A. Case, D. A. Pearlman, J. W. Caldwell, T. E. Cheatham III, J. Wang, W. S. Ross, C. L. Simmerling, T. A. Darden, K. M. Merz, R. V. Stanton, A. L. Cheng, J. J. Vincent, M. Crowley, V. Tsui, H. Gohlke, R. J. Radmer, Y. Duan, J. Pitera, I. Massova, G. L. Seibel, U. C. Singh, P. K. Weiner and P. A. Kollman, AMBER 7, University of California, San Francisco, 2002
116. A. Cembran F. Bernardi M. Garavelli L. Gagliardi G. Orlandi J. Am. Chem. Soc. 2004 126 3234
117. A. W. Adamson A. Vogler H. Kunkely R. Wachter J. Am. Chem. Soc. 1978 100 1300
118. J. Harada K. Ogawa S. Tomoda Acta Crystallogr., Sect. B: Struct. Sci. 1997 53 662
119. T. Pancur F. Renth F. Temps B. Harbaum A. Krüger R. Herges C. Näther Phys. Chem. Chem. Phys. 2005 7 1985
120. C. M. Stuart R. R. Frontiera R. A. Mathies J. Phys. Chem. A 2007 111 12072
121. C.-W. Chang Y.-C. Lu T.-T. Wang E. W.-G. Diau J. Am. Chem. Soc. 2004 126 10109
122. H. Satzger S. Spörlein J. Wachtveitl W. Zinth P. Gilch Chem. Phys. Lett. 2003 372 216
123. R. Siewertsen H. Neumann B. Buchheim-Stehn R. Herges C. Näther F. Renth F. Temps J. Am. Chem. Soc. 2009 131 15594
124. M. Böckmann N. L. Doltsinis D. Marx Angew. Chem., Int. Ed. 2010 49 3382
125. H. Flyvbjerg H. G. Petersen J. Chem. Phys. 1989 91 461
126. A. W. Jasper S. Nangia C. Zhu D. G. Truhlar Acc. Chem. Res. 2006 39 101
127. M. D. Hack A. M. Wensmann D. G. Truhlar M. Ben-Nun T. J. Martnez J. Chem. Phys. 2001 115 1172
128. A. Toniolo C. Ciminelli M. Persico T. Martinez J. Chem. Phys. 2005 123 234308
129. R. Turanský M. Konôpka N. L. Doltsinis I. tich D. Marx ChemPhysChem 2010 11 345
130. R. Turanský M. Konôpka N. L. Doltsinis I. tich D. Marx Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 13922
131. O. Carstensen J. Sielk J. B. Schönborn G. Granucci B. Hartke J. Chem. Phys. 2010 133 124305
132. G. Tiberio L. Muccioli R. Berardi C. Zannoni ChemPhysChem 2010 11 1018