Self-assembling dipeptides: Including solvent degrees of freedom in a coarse-grained model

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 11, Issue 12, 2009, Pages 2068-2076

  Villa, Alessandra ^a   Van Der Vegt, Nico F A ^a   Peter, Christine ^a  

^a MAX PLANCK INSTITUTE FOR POLYMER RESEARCH   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DIPEPTIDE; PHENYLALANINE; SOLVENT; WATER;

ARTICLE; CHEMICAL MODEL; CHEMISTRY; THERMODYNAMICS;

DIPEPTIDES; MODELS, CHEMICAL; PHENYLALANINE; SOLVENTS; THERMODYNAMICS; WATER;

EID: 62349108293     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b818146m     Document Type: Article

References (55)

1. K. Rajagopal J. P. Schneider Curr. Opin. Struct. Biol. 2004 14 480 486
2. R. Fairman K. S. Akerfeldt Curr. Opin. Struct. Biol. 2005 15 453 463
3. R. J. Koopmans Soft Matter 2006 2 537 543
4. R. P. W. Davies A. Aggeli A. J. Beevers N. Boden L. M. Carrick C. W. G. Fishwick T. C. B. McLeish I. Nyrkova A. N. Semenov Supramol. Chem. 2006 18 435 443
5. X. J. Zhao S. G. Zhang Adv. Polym. Sci. 2006 203 145 170
6. D. N. Woolfson M. G. Ryadnov Curr. Opin. Chem. Biol. 2006 10 559 567
7. F. Chiti C. M. Dobson Annu. Rev. Biochem. 2006 75 333 366
8. E. Gazit Chem. Soc. Rev. 2007 36 1263 1269
9. W. Tschöp K. Kremer J. Batoulis T. Burger O. Hahn Acta Polym. 1998 49 61 74
10. T. Head-Gordon S. Brown Curr. Opin. Struct. Biol. 2003 13 160 167
11. N. V. Buchete J. E. Straub D. Thirumalai Curr. Opin. Struct. Biol. 2004 14 225 232
12. H. D. Nguyen C. K. Hall Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 16180 16185
13. V. Tozzini Curr. Opin. Struct. Biol. 2005 15 144 150
14. N. Mousseau P. Derreumaux Acc. Chem. Res. 2005 38 885 891
15. A. Melquiond G. Boucher N. Mousseau P. Derreumaux J. Chem. Phys. 2005 122 174904
16. G. Bellesia J. E. Shea J. Chem. Phys. 2007 126 245104
17. G. S. Ayton W. G. Noid G. A. Voth Curr. Opin. Struct. Biol. 2007 17 192 198
18. S. J. Marrink H. J. Risselada S. Yefimov D. P. Tieleman A. H. de Vries J. Phys. Chem. B 2007 111 7812 7824
19. L. Monticelli S. K. Kandasamy X. Periole R. G. Larson D. P. Tieleman S. J. Marrink J. Chem. Theory Comput. 2008 4 819 834
20. M. L. Klein W. Shinoda Science 2008 321 798 800
21. C. Peter L. Delle Site K. Kremer Soft Matter 2008 4 859 869
22. M. Praprotnik L. Delle Site K. Kremer Annu. Rev. Phys. Chem. 2008 59 545 571
23. P. L. Freddolino, A. Arkhipov, A. Y. Shih, Y. Yin, Z. Chen and K. Schulten, in Coarse-Graining of Condensed Phase and Biomolecular Systems, ed., G. A. Voth, Chapman and Hall/CRC Press, Taylor and Francis Group, 2008
24. N. F. A. van der Vegt, C. Peter and K. Kremer, in Coarse-Graining of Condensed Phase and Biomolecular Systems, ed., G. A. Voth, Chapman and Hall/CRC Press, Taylor and Francis Group, 2008
25. E. Gazit FASEB J. 2002 16 77 83
26. C. H. Görbitz Chem.-Eur. J. 2001 7 5153 5159
27. M. Reches E. Gazit Science 2003 300 625 627
28. I. R. Cooke K. Kremer M. Deserno Phys. Rev. E 2005 72 011506
29. B. J. Reynwar G. Illya V. A. Harmandaris M. M. Müller K. Kremer M. Deserno Nature 2007 447 461 464
30. C. F. Lopez S. O. Nielsen P. B. Moore M. L. Klein Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 4431 4434
31. P. J. Bond M. S. P. Sansom J. Am. Chem. Soc. 2006 128 2697 2704
32. J. Michel M. Orsi J. W. Essex J. Phys. Chem. B 2008 112 657 660
33. A. P. Lyubartsev A. Laaksonen Phys. Rev. E 1995 52 3730 3737
34. F. Muller-Plathe ChemPhysChem 2002 3 754 769
35. T. Head-Gordon F. H. Stillinger J. Chem. Phys. 1993 98 3313 3327
36. A. Soper Chem. Phys. 1996 202 295 306
37. M. Praprotnik S. Matysiak L. Delle site K. Kremer C. Clementi J. Phys.: Condens. Matter 2007 19 292201
38. M. E. Johnson T. Head-Gordon A. A. Louis J. Chem. Phys. 2007 126 144509
39. A. Villa C. Peter N. F. A. van der Vegt Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 10.1039/b818144f
40. M. V. Athawale G. Goel T. Ghosh T. M. Truskett S. Garde Proc. Natl. Sci. USA 2007 104 733 738
41. H. J. C. Berendsen D. van der Spoel R. van Drunen Comput. Phys. Comm. 1995 91 43 56
42. E. Lindahl B. Hess D. van der Spoel J. Mol. Model. 2001 7 306 317
43. D. van der Spoel E. Lindahl B. Hess G. Groenhof A. E. Mark H. J. C. Berendsen J. Comput. Chem. 2005 26 1701 1718
44. B. Hess C. Kutzner D. van der Spoel E. Lindahl J. Chem. Theory Comput. 2008 4 435 447
45. T. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 1993 98 10089 10092
46. M. Parrinello A. Rahman J. Appl. Phys. 1981 52 7182 7190
47. S. Nosé Mol. Phys. 1984 52 255 268
48. W. G. Hoover Phys. Rev. A 1985 31 1695 1697
49. S. Miyamoto P. A. Kollman J. Comput. Chem. 1992 13 952 962
50. B. Hess H. Bekker H. J. C. Berendsen J. G. E. M. Fraaije J. Comput. Chem. 1997 18 1463 1472
51. B. Hess J. Chem. Theory Comput. 2008 4 116
52. C. Oostenbrink A. Villa A. E. Mark W. F. van Gunsteren J. Comput. Chem. 2004 25 1656 1676
53. H. J. C. Berendsen J. R. Grigera T. P. Straatsma J. Phys. Chem. 1987 91 6269 6271
54. W. F. van Gunsteren H. J. C. Berendsen Mol. Simul. 1988 1 173 185
55. D. Reith M. Pütz F. Müller-Plathe J. Comput. Chem. 2003 24 1626 1636