Self-assembling dipeptides: Conformational sampling in solvent-free coarse-grained simulation

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 11, Issue 12, 2009, Pages 2077-2086

  Villa, Alessandra ^a   Peter, Christine ^a   Van Der Vegt, Nico F A ^a  

^a MAX PLANCK INSTITUTE FOR POLYMER RESEARCH   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DIPEPTIDE; PHENYLALANINE; WATER;

ARTICLE; CHEMICAL MODEL; CHEMISTRY; THERMODYNAMICS;

DIPEPTIDES; MODELS, CHEMICAL; PHENYLALANINE; THERMODYNAMICS; WATER;

EID: 62349089500     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b818144f     Document Type: Article

References (52)

1. S. J. Marrink D. P. Tieleman A. E. Mark J. Phys. Chem. B 2000 104 12165 12173
2. C. F. Lopez S. O. Nielsen P. B. Moore M. L. Klein Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 4431 4434
3. M. Muller K. Katsov M. Schick Phys. Rep. 2006 434 113 176
4. G. S. Ayton W. G. Noid G. A. Voth Curr. Opin. Struct. Biol. 2007 17 192 198
5. P. L. Freddolino, A. Arkhipov, A. Y. Shih, Y. Yin, Z. Chen, and K. Schulten, in Coarse-Graining of Condensed Phase and Biomolecular Systems, ed., G. A. Voth, Chapman and Hall/CRC Press, Taylor and Francis Group, 2008
6. B. J. Reynwar G. Illya V. A. Harmandaris M. M. Müller K. Kremer M. Deserno Nature 2007 447 461 464
7. N. F. A. van der Vegt, C. Peter and K. Kremer, in Coarse-Graining of Condensed Phase and Biomolecular Systems, ed., G. A. Voth, Chapman and Hall/CRC Press, Taylor and Francis Group, 2008
8. M. Praprotnik L. Delle Site K. Kremer Annu. Rev. Phys. Chem. 2008 59 545 571
9. S. J. Marrink H. J. Risselada S. Yefimov D. P. Tieleman A. H. de Vries J. Phys. Chem. B 2007 111 7812 7824
10. L. Monticelli S. K. Kandasamy X. Periole R. G. Larson D. P. Tieleman S. J. Marrink J. Chem. Theory Comput. 2008 4 819 834
11. J. Michel M. Orsi J. W. Essex J. Phys. Chem. B 2008 112 657 660
12. P. J. Bond M. S. P. Sansom J. Am. Chem. Soc. 2006 128 2697 2704
13. H. D. Nguyen C. K. Hall Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 16180 16185
14. P. Derreumaux N. Mousseau J. Chem. Phys. 2007 126 025101 10717
15. G. Bellesia J. E. Shea J. Chem. Phys. 2007 126 245104 10717
16. S. Brown N. J. Fawzi T. Head-Gordon Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 10712 10717
17. J. D. Honeycutt D. Thirumalai Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1990 87 3526 3529
18. S. Izvekov G. A. Voth J. Phys. Chem. B 2005 109 2469 2473
19. J. Zhou I. F. Thorpe S. Izvekov G. A. Voth Biophys. J. 2007 92 4289 4303
20. C. Peter L. Delle Site K. Kremer Soft Matter 2008 4 859 869
21. A. P. Lyubartsev A. Laaksonen Phys. Rev. E 1995 52 3730 3737
22. F. Muller-Plathe ChemPhysChem 2002 3 754 769
23. I. Bahar R. L. Jernigan J. Mol. Biol. 1997 266 195 214
24. V. Tozzini W. Rocchia J. A. McCammon J. Chem. Theory Comput. 2006 2 667 673
25. P. Das S. Matysiak C. Clementi Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 10141 10146
26. A. Liwo P. Arlukowicz C. Czaplewski S. Oldziej J. Pillardy H. A. Scheraga Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 1937 1942
27. V. A. Harmandaris N. P. Adhikari N. F. A. van der Vegt K. Kremer Macromolecules 2006 39 6708 6719
28. W. Tschop K. Kremer J. Batoulis T. Burger O. Hahn Acta Polym. 1998 49 61 74
29. C. F. Abrams K. Kremer Macromolecules 2003 36 260 267
30. Q. Sun R. Faller Macromolecules 2006 39 812 820
31. B. Hess C. Holm N. F. A. van der Vegt J. Chem. Phys. 2006 124 164509 61
32. A. P. Lyubartsev Eur. Biophys. J. 2005 35 53 61
33. N. Basdevant D. Borgis T. Ha-Duong J. Phys. Chem. B 2007 111 9390 9399
34. B. Hess S. Leon N. F. A. van der Vegt K. Kremer Soft Matter 2006 2 409 414
35. W. Tschop K. Kremer O. Hahn J. Batoulis T. Burger Acta Polym. 1998 49 75 79
36. E. Gazit FASEB J. 2002 16 77 83
37. C. H. Görbitz Chem.-Eur. J. 2001 7 5153 5159
38. M. Reches E. Gazit Science 2003 300 625 627
39. H. J. C. Berendsen D. van der Spoel R. van Drunen Comput. Phys. Comm. 1995 91 43 56
40. E. Lindahl B. Hess D. van der Spoel J. Mol. Model. 2001 7 306 317
41. D. van der Spoel E. Lindahl B. Hess G. Groenhof A. E. Mark H. J. C. Berendsen J. Comput. Chem. 2005 26 1701 1718
42. B. Hess C. Kutzner D. van der Spoel E. Lindahl J. Chem. Theory Comput. 2008 4 435 447
43. T. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 1993 98 10089 10092
44. M. Parrinello A. Rahman J. Appl. Phys. 1981 52 7182 7190
45. W. G. Hoover Phys. Rev. A 1985 31 1695 1697
46. S. Nosé Mol. Phys. 1984 52 255 268
47. S. Miyamoto P. A. Kollman J. Comput. Chem. 1992 13 952 962
48. B. Hess H. Bekker H. J. C. Berendsen J. G. E. M. Fraaije J. Comput. Chem. 1997 18 1463 1472
49. B. Hess J. Chem. Theory Comput. 2008 4 116
50. C. Oostenbrink A. Villa A. E. Mark W. F. van Gunsteren J. Comput. Chem. 2004 25 1656 1676
51. H. J. C. Berendsen J. R. Grigera T. P. Straatsma J. Phys. Chem. 1987 91 6269 6271
52. W. F. van Gunsteren H. J. C. Berendsen Mol. Simul. 1988 1 173 185