Mutational effects on the catalytic mechanism of cellobiohydrolase i from trichoderma reesei

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 115, Issue 17, 2011, Pages 4982-4989

  Yan, Shihai ^a   Li, Tong ^a   Yao, Lishan ^a  

^a QINGDAO INSTITUTE OF BIOENERGY AND BIOPROCESS TECHNOLOGY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ESTERIFICATION; GLYCOSYLATION;

ACTIVATION BARRIERS; ACTIVE SITE; CATALYTIC MECHANISMS; CELLOBIOHYDROLASE I; CELLOBIOHYDROLASES; EXPERIMENTAL OBSERVATION; GLYCOSIDIC BOND CLEAVAGE; MUTATIONAL EFFECTS; NUCLEOPHILIC ATTACK; POTENTIAL OF MEAN FORCE; REACTION PATHWAYS; SUBSITES; TRANSITION STATE; TRICHODERMA REESEI; UMBRELLA SAMPLING; WILD TYPES;

HYDROLYSIS;

EID: 79955497841     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp200384m     Document Type: Article

References (46)

1. Divne, C.; Stahlberg, J.; Reinikainen, T.; Ruohonen, L.; Pettersson, G.; Knowles, J. K. C.; Teeri, T. T.; Jones, T. A. Science 1994, 265, 524
2. Mosier, N. S.; Hall, P.; Ladisch, C. M.; Ladisch, M. R. Adv. Biochem. Eng. Biotechnol. 1999, 65, 23
3. Vaaje-Kolstad, G.; Westereng, B.; Horn, S. J.; Liu, Z.; Zhai, H.; Sorlie, M.; Eijsink, V. G. H. Science 2010, 330, 219
4. Zechel, D. L.; Withers, S. G. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 11
5. Zechel, D. L.; Withers, S. G. Curr. Opin. Chem. Biol. 2001, 5, 643
6. Vasella, A.; Davies, G. J.; Bohm, M. Curr. Opin. Chem. Biol. 2002, 6, 619
7. Vocadlo, D. J.; Davies, G. J. Curr. Opin. Chem. Biol. 2008, 12, 539
8. Rye, C. S.; Withers, S. G. Curr. Opin. Chem. Biol. 2000, 4, 573
9. Crich, D. Acc. Chem. Res. 2010, 43, 1144
10. McCarter, J. D.; Withers, S. G. Curr. Opin. Struct. Biol. 1994, 4, 885
11. Davies, G.; Henrissat, B. Structure 1995, 3, 853
12. Sinnott, M. L. Chem. Rev. 1990, 90, 1171
13. Knowles, J. K. C.; Lentovaara, P.; Murray, M.; Sinnott, M. L. J. Chem. Soc., Chem. Commun. 1988, 1401
14. Claeyssens, M.; Tomme, P.; Brewer, C. F.; Hehre, E. J. Febs Lett. 1990, 263, 89
15. Petersen, L.; Ardevol, A.; Rovira, C.; Reilly, P. J. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 7331
16. Koivula, A.; Ruohonen, L.; Wohlfahrt, G.; Reinikainen, T.; Teeri, T. T.; Piens, K.; Claeyssens, M.; Weber, M.; Vasella, A.; Becker, D.; Sinnott, M. L.; Zou, J. Y.; Kleywegt, G. J.; Szardenings, M.; Stahlberg, J.; Jones, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 10015
17. Liu, J.; Wang, X.; Xu, D. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 1462
18. Li, J.; Du, L.; Wang, L. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 15261
19. Wang, Q. P.; Graham, R. W.; Trimbur, D.; Warren, R. A. J.; Withers, S. G. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 11594
20. Vrsanska, M.; Biely, P. Carbohydr. Res. 1992, 227, 19
21. Barr, B. K.; Hsieh, Y. L.; Ganem, B.; Wilson, D. B. Biochemistry 1996, 35, 586
22. Bu, L. T.; Beckham, G. T.; Crowley, M. F.; Chang, C. H.; Matthews, J. F.; Bomble, Y. J.; Adney, W. S.; Himmel, M. E.; Nimlos, M. R. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 10994
23. von Ossowski, I.; Stahlberg, J.; Koivula, A.; Piens, K.; Becker, D.; Boer, H.; Harle, R.; Harris, M.; Divne, C.; Mahdi, S.; Zhao, Y. X.; Driguez, H.; Claeyssens, M.; Sinnott, M. L.; Teeri, T. T. J. Mol. Biol. 2003, 333, 817
24. Boer, H.; Teeri, T. T.; Koivula, A. Biotechnol. Bioeng. 2000, 69, 486
25. Kipper, K.; Valjamae, P.; Johansson, G. Biochem. J. 2005, 385, 527
26. Igarashi, K.; Koivula, A.; Wada, M.; Kimura, S.; Penttila, M.; Samejima, M. J. Biol. Chem. 2009, 284, 36186
27. Baker, J. O.; Ehrman, C. I.; Adney, W. S.; Thomas, S. R.; Himmel, M. E. Appl. Biochem. Biotechnol. 1998, 70-2, 395
28. Stahlberg, J.; Divne, C.; Koivula, A.; Piens, K.; Claeyssens, M.; Teeri, T. T.; Jones, T. A. J. Mol. Biol. 1996, 264, 337
29. Divne, C.; Stahlberg, J.; Teeri, T. T.; Jones, T. A. J. Mol. Biol. 1998, 275, 309
30. Biely, P.; Kratky, Z.; Vrsanska, M. Eur. J. Biochem. 1981, 119, 559
31. Warshel, A. Annu. Rev. Biophys. Biomol. 2003, 32, 425
32. Saharay, M.; Guo, H.; Smith, J. C. PLoS One 2010, 5, e12947
33. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011
34. Souaille, M.; Roux, B. Comput. Phys. Commun. 2001, 135, 40
35. Ferrenberg, A. M.; Swendsen, R. H. Phys. Rev. Lett. 1988, 61, 2635
36. Case, D.A.; D., T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo; R. C. W.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Roberts, B.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.;; Seabra, G.; K., I.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Wu, X.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; G., H.; Cai, Q.; Ye, X.; Wang, J.; Hsieh, M.-J.; Cui, G.; Roe, D. R.; Mathews, D. H.; S., M. G.; Sagui, C.; Babin, V.; Luchko, T.; Gusarov, S.; Kovalenko, A.; Kollman, P. A. AMBER 11; University of California: San Francisco, 2010.
37. Hornak, V.; Simmerling, C. Proteins 2003, 51, 577
38. Kirschner, K. N.; Yongye, A. B.; Tschampel, S. M.; Gonzalez-Outeirino, J.; Daniels, C. R.; Foley, B. L.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2008, 29, 622
39. Aliev, A. E.; Courtier-Murias, D. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 14034
40. Fong, P.; McNamara, J. P.; Hillier, I. H.; Bryce, R. A. J. Chem. Inf. Model. 2009, 49, 913
41. Wang, S. L.; Hu, P.; Zhang, Y. K. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 3758
42. Lu, Z. Y.; Zhang, Y. K. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 1237
43. Wu, R. B.; Wang, S. L.; Zhou, N. J.; Cao, Z. X.; Zhang, Y. K. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 9471
44. Zheng, H.; Wang, S. L.; Zhang, Y. K. J. Comput. Chem. 2009, 30, 2706
45. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B: Condens. Matter 1988, 37, 785
46. Liu, D. J.; Nimlos, M. R.; Johnson, D. K.; Himmel, M. E.; Qian, X. H. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 12936