Epiallele quantification using molecular inversion probes

Analytical Chemistry

Volumn 83, Issue 7, 2011, Pages 2631-2637

  Palanisamy, Ramkumar ^a   Connolly, Ashley R ^a   Trau, Matt ^a  

^a UNIVERSITY OF QUEENSLAND   (Australia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL SAMPLES; CANCER DIAGNOSIS; DINUCLEOTIDES; DNA BIOSENSORS; DNA METHYLATION; DYNAMIC RANGE; GENOMIC DNA; HIGH RESOLUTION; MICROBEADS; SENSITIVITY AND SPECIFICITY;

BIOSENSORS; DNA; GENES; PROBES;

NUCLEIC ACIDS;

MICROSPHERE;

ALLELE; ARTICLE; CPG ISLAND; DNA METHYLATION; FLOW CYTOMETRY; GENETIC MARKER; GENETIC PROCEDURES; GENETICS; HUMAN; METHODOLOGY; NUCLEOTIDE SEQUENCE; OLIGONUCLEOTIDE PROBE; TIME; TUMOR CELL LINE;

ALLELES; BASE SEQUENCE; BIOSENSING TECHNIQUES; CELL LINE, TUMOR; CPG ISLANDS; DNA METHYLATION; FLOW CYTOMETRY; GENETIC MARKERS; HUMANS; MICROSPHERES; OLIGONUCLEOTIDE PROBES; TIME FACTORS;

EID: 79953284649     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac103016n     Document Type: Article

References (44)

1. Feinberg, A. P.; Tycko, B. Nat. Rev. Cancer 2004, 4, 143-153
2. Ehrlich, M.; Gama-Sosa, M. A.; Huang, L. H.; Midgett, R. M.; Kuo, K. C.; McCune, R. A.; Gehrke, C. Nucleic Acids Res. 1982, 10, 2709-2721
3. Esteller, M.; Sanchez-Cespedes, M.; Rosell, R.; Sidransky, D.; Baylin, S. B.; Herman, J. G. Cancer Res. 1999, 59, 67-70
4. Esteller, M.; Silva, J. M.; Dominguez, G.; Bonilla, F.; Matias-Guiu, X.; Lerma, E.; Bussaglia, E.; Prat, J.; Harkes, I. C.; Repasky, E. A.; Gabrielson, E.; Schutte, M.; Baylin, S. B.; Herman, J. G. J. Natl. Cancer Inst. 2000, 92, 564-569
5. Eden, A.; Gaudet, F.; Waghmare, A.; Jaenisch, R. Science 2003, 300, 455
6. Ehrlich, M.; Jiang, G.; Fiala, E.; Dome, J. S.; Yu, M. C.; Long, T. I.; Youn, B.; Sohn, O. S.; Widschwendter, M.; Tomlinson, G. E.; Chintagumpala, M.; Champagne, M.; Parham, D.; Liang, G.; Malik, K.; Laird, P. W. Oncogene 2002, 21, 6694-6702
7. Tan, A. C.; Jimeno, A.; Lin, S. H.; Wheelhouse, J.; Chan, F.; Solomon, A.; Rajeshkumar, N. V.; Rubio-Viqueira, B.; Hidalgo, M. Mol. Oncol. 2009, 3, 425-438
8. Esteller, M.; Fraga, M. F.; Guo, M.; Garcia-Foncillas, J.; Hedenfalk, I.; Godwin, A. K.; Trojan, J.; Vaurs-Barriere, C.; Bignon, Y. J.; Ramus, S.; Benitez, J.; Caldes, T.; Akiyama, Y.; Yuasa, Y.; Launonen, V.; Canal, M. J.; Rodriguez, R.; Capella, G.; Peinado, M. A.; Borg, A.; Aaltonen, L. A.; Ponder, B. A.; Baylin, S. B.; Herman, J. G. Hum. Mol. Genet. 2001, 10, 3001-3007
9. Negraes, P. D.; Favaro, F. P.; Camargo, J. L.; Oliveira, M. L.; Goldberg, J.; Rainho, C. A.; Salvadori, D. M. BMC Cancer 2008, 8, 238
10. Weber, M.; Davies, J. J.; Wittig, D.; Oakeley, E. J.; Haase, M.; Lam, W. L.; Schubeler, D. Nat. Genet. 2005, 37, 853-862
11. Wang, X.; Song, Y.; Song, M.; Wang, Z.; Li, T.; Wang, H. Anal. Chem. 2009, 81, 7885-7891
12. Ehrich, M.; Nelson, M. R.; Stanssens, P.; Zabeau, M.; Liloglou, T.; Xinarianos, G.; Cantor, C. R.; Field, J. K.; van den Boom, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 15785-15790
13. Clark, S. J.; Harrison, J.; Paul, C. L.; Frommer, M. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 2990-2997
14. Eads, C. A.; Danenberg, K. D.; Kawakami, K.; Saltz, L. B.; Blake, C.; Shibata, D.; Danenberg, P. V.; Laird, P. W. Nucleic Acids Res. 2000, 28, E32
15. Herman, J. G.; Graff, J. R.; Myohanen, S.; Nelkin, B. D.; Baylin, S. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 9821-9826
16. Wittwer, C. T.; Reed, G. H.; Gundry, C. N.; Vandersteen, J. G.; Pryor, R. J. Clin. Chem. 2003, 49, 853-860
17. Frommer, M.; McDonald, L. E.; Millar, D. S.; Collis, C. M.; Watt, F.; Grigg, G. W.; Molloy, P. L.; Paul, C. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 1827-1831
18. Voss, K. O.; Roos, K. P.; Nonay, R. L.; Dovichi, N. J. Anal. Chem. 1998, 70, 3818-3823
19. Shi, H.; Maier, S.; Nimmrich, I.; Yan, P. S.; Caldwell, C. W.; Olek, A.; Huang, T. H. J. Cell. Biochem. 2003, 88, 138-143
20. Gonzalgo, M. L.; Jones, P. A. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 2529-2531
21. Raizis, A. M.; Schmitt, F.; Jost, J. P. Anal. Biochem. 1995, 226, 161-166
22. Payne, S. R.; Serth, J.; Schostak, M.; Kamradt, J.; Strauss, A.; Thelen, P.; Model, F.; Day, J. K.; Liebenberg, V.; Morotti, A.; Yamamura, S.; Lograsso, J.; Sledziewski, A.; Semjonow, A. Prostate 2009, 69, 1257-1269
23. Esteller, M.; Tortola, S.; Toyota, M.; Capella, G.; Peinado, M. A.; Baylin, S. B.; Herman, J. G. Cancer Res. 2000, 60, 129-133
24. Dulaimi, E.; Hillinck, J.; Ibanez de Caceres, I.; Al-Saleem, T.; Cairns, P. Clin. Cancer Res. 2004, 10, 6189-6193
25. Ibanez de Caceres, I.; Battagli, C.; Esteller, M.; Herman, J. G.; Dulaimi, E.; Edelson, M. I.; Bergman, C.; Ehya, H.; Eisenberg, B. L.; Cairns, P. Cancer Res. 2004, 64, 6476-6481
26. Hardenbol, P.; Yu, F.; Belmont, J.; Mackenzie, J.; Bruckner, C.; Brundage, T.; Boudreau, A.; Chow, S.; Eberle, J.; Erbilgin, A.; Falkowski, M.; Fitzgerald, R.; Ghose, S.; Iartchouk, O.; Jain, M.; Karlin-Neumann, G.; Lu, X.; Miao, X.; Moore, B.; Moorhead, M.; Namsaraev, E.; Pasternak, S.; Prakash, E.; Tran, K.; Wang, Z.; Jones, H. B.; Davis, R. W.; Willis, T. D.; Gibbs, R. A. Genome Res. 2005, 15, 269-275
27. Li, J. B.; Gao, Y.; Aach, J.; Zhang, K.; Kryukov, G. V.; Xie, B.; Ahlford, A.; Yoon, J. K.; Rosenbaum, A. M.; Zaranek, A. W.; LeProust, E.; Sunyaev, S. R.; Church, G. M. Genome Res. 2009, 19, 1606-1615
28. Ball, M. P.; Li, J. B.; Gao, Y.; Lee, J. H.; LeProust, E. M.; Park, I. H.; Xie, B.; Daley, G. Q.; Church, G. M. Nat. Biotechnol. 2009, 27, 361-368
29. Miller, C. R.; Vogel, R.; Surawski, P. P.; Jack, K. S.; Corrie, S. R.; Trau, M. Langmuir 2005, 21, 9733-9740
30. Corrie, S. R.; Lawrie, G. A.; Trau, M. Langmuir 2006, 22, 2731-2737
31. Kristensen, L. S.; Mikeska, T.; Krypuy, M.; Dobrovic, A. Nucleic Acids Res. 2008, 36, e42
32. Dobrovic, A.; Simpfendorfer, D. Cancer Res. 1997, 57, 3347-3350
33. Yang, X.; Yan, L.; Davidson, N. E. Endocr.-Relat. Cancer 2001, 8, 115-127
34. Wojdacz, T. K.; Dobrovic, A. Nucleic Acids Res. 2007, 35, e41
35. Coolen, M. W.; Statham, A. L.; Gardiner-Garden, M.; Clark, S. J. Nucleic Acids Res. 2007, 35, e119
36. Bibikova, M.; Lin, Z.; Zhou, L.; Chudin, E.; Garcia, E. W.; Wu, B.; Doucet, D.; Thomas, N. J.; Wang, Y.; Vollmer, E.; Goldmann, T.; Seifart, C.; Jiang, W.; Barker, D. L.; Chee, M. S.; Floros, J.; Fan, J. B. Genome Res. 2006, 16, 383-393
37. Mikeska, T.; Candiloro, I. L. M.; Dobrovic, A. Epigenomics 2010, 2, 561-573
38. Lehmann, U.; Kreipe, H. Methods 2001, 25, 409-418
39. van Beers, E. H.; Joosse, S. A.; Ligtenberg, M. J.; Fles, R.; Hogervorst, F. B.; Verhoef, S.; Nederlof, P. M. Br. J. Cancer 2006, 94, 333-337
40. Housby, J. N.; Thorbjarnardottir, S. H.; Jonsson, Z. O.; Southern, E. M. Nucleic Acids Res. 2000, 28, E10
41. Martin, F. H.; Castro, M. M.; Aboul-ela, F.; Tinoco, I., Jr. Nucleic Acids Res. 1985, 13, 8927-8938
42. Rutledge, L. R.; Wheaton, C. A.; Wetmore, S. D. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 497-509
43. Crick, F. H. J. Mol. Biol. 1966, 19, 548-555
44. Oda, Y.; Uesugi, S.; Ikehara, M.; Kawase, Y.; Ohtsuka, E. Nucleic Acids Res. 1991, 19, 5263-5267