Characterization of differences between blood sample matrices in untargeted metabolomics

Analytical Chemistry

Volumn 83, Issue 3, 2011, Pages 1040-1047

  Denery, Judith R ^a   Nunes, Ashlee A K ^a   Dickerson, Tobin J ^a  

^a SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BLOOD SAMPLES; CAPILLARY BLOOD; CLOTTING CASCADE; HUMAN BLOODS; HUMAN DISEASE; HUMAN METABOLITES; LIQUID CHROMATOGRAPHY-MASS SPECTROMETRY; MATRIX EFFECTS; METABOLIC PATHWAYS; METABOLOMIC ANALYSIS; METABOLOMICS; MOLECULAR FORMULA; PLASMA SAMPLES; PREPARATION METHOD; REPRESENTATIVE SAMPLE; SAMPLE COLLECTION; SMALL MOLECULES; STATISTICAL POWER; STUDY DESIGN; SYSTEMATIC BIAS;

BLOOD; BLOOD VESSELS; DIAGNOSIS; FORESTRY; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; MATRIX ALGEBRA; METABOLISM; PLASMAS; SOAPS (DETERGENTS); SURFACE ACTIVE AGENTS;

QUALITY CONTROL;

ARTICLE; CHEMISTRY; ELECTROSPRAY MASS SPECTROMETRY; HUMAN; INSTRUMENTATION; LIQUID CHROMATOGRAPHY; METABOLOMICS; METHODOLOGY; PLASMA; SERUM;

CHROMATOGRAPHY, LIQUID; HUMANS; METABOLOMICS; PLASMA; SERUM; SPECTROMETRY, MASS, ELECTROSPRAY IONIZATION;

EID: 79952179757     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac102806p     Document Type: Article

References (49)

1. Tesch, G.; Amur, S.; Schousboe, J. T.; Siegel, J. N.; Lesko, L. J.; Bai, J. P. AAPS J. 2010, 12, 243-253.
2. Vinayavekhin, N.; Homan, E. A.; Saghatelian, A. ACS Chem. Biol. 2010, 5, 91-103.
3. Mendrick, D. L.; Schnackenberg, L. Biomarkers Med. 2009, 3, 605-615.
4. Ceglarek, U.; Leichtle, A.; Brugel, M.; Kortz, L.; Brauer, R.; Bresler, K.; Thiery, J.; Fiedler, G. M. Mol. Cell. Endocrinol. 2009, 301, 266-271.
5. Gowda, G. A.; Zhang, S.; Gu, H.; Asiago, V.; Shanaiah, N.; Raftery, D. Expert Rev. Mol. Diagn. 2008, 8, 617-633.
6. Gelb, M. H.; Turecek, F.; Scott, C. R.; Chamoles, N. A. J. Inherited Metab. Dis. 2006, 29, 397-404.
7. Zoppa, M.; Gallo, L.; Zacchello, F.; Giordano, G. J. Chromatogr., B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2006, 831, 267-273.
8. Zytkovicz, T. H.; Fitzgerald, E. F.; Marsden, D.; Larson, C. A.; Shih, V. E.; Johnson, D. M.; Strauss, A. W.; Comeau, A. M.; Eaton, R. B.; Grady, G. F. Clin. Chem. 2001, 47, 1945-1955.
9. Spratlin, J. L.; Serkova, N. J.; Eckhardt, S. G. Clin. Cancer Res. 2009, 15, 431-440.
10. Coen, M.; O'Sullivan, M.; Bubb, W. A.; Kuchel, P. W.; Sorrell, T. Clin. Infect. Dis. 2005, 41, 1582-1590.
11. Denery, J. R.; Nunes, A. A.; Hixon, M. S.; Dickerson, T. J.; Janda, K. D. PLoS Negl. Trop. Dis. 2010, 4, No. e834.
12. Walsh, M. C.; Brennan, L.; Malthouse, J. P.; Roche, H. M.; Gibney, M. J. Am. J. Clin. Nutr. 2006, 84, 531-539.
13. Ritchie, S. Surrogate Tissue Anal. 2006, 165-184.
14. Mannello, F. Arterioscler., Thromb., Vasc. Biol. 2008, 28, 611-614.
15. Castle, A. L.; Fiehn, O.; Kaddurah-Daouk, R.; Lindon, J. C. Briefings Bioinf. 2006, 7, 159-165.
16. Sansone, S. A.; Fan, T.; Goodacre, R.; Griffin, J. L.; Hardy, N. W.; Kaddurah-Daouk, R.; Kristal, B. S.; Lindon, J.; Mendes, P.; Morrison, N.; Nikolau, B.; Robertson, D.; Sumner, L. W.; Taylor, C.; van der Werf, M.; van Ommen, B.; Fiehn, O. Nat. Biotechnol. 2007, 25, 846-848.
17. Teahan, O.; Gamble, S.; Holmes, E.; Waxman, J.; Nicholson, J. K.; Bevan, C.; Keun, H. C. Anal. Chem. 2006, 78, 4307-4318.
18. Ransohoff, D. F. J. Clin. Epidemiol. 2007, 60, 1205-1219.
19. CLSI Document H04-A6; Clinical and Laboratory Standards Institute, Wayne, PA, 2008; Vol. 28.
20. Venn Diagram Plotter. Pacific Northwest National Laboratories. http://omics.pnl.gov/software/VennDiagramPlotter.php.
21. Bijlsma, S.; Bobeldijk, I.; Verheij, E. R.; Ramaker, R.; Kochhar, S.; Macdonald, I. A.; van Ommen, B.; Smilde, A. K. Anal. Chem. 2006, 78, 567-574.
22. Pohjanen, E.; Thysell, E.; Jonsson, P.; Eklund, C.; Silfver, A.; Carlsson, I. B.; Lundgren, K.; Moritz, T.; Svensson, M. B.; Antti, H. J. Proteome Res. 2007, 6, 2113-2120.
23. Slupsky, C. M.; Rankin, K. N.; Wagner, J.; Fu, H.; Chang, D.; Weljie, A. M.; Saude, E. J.; Lix, B.; Adamko, D. J.; Shah, S.; Greiner, R.; Sykes, B. D.; Marrie, T. J. Anal. Chem. 2007, 79, 6995-7004.
24. Zhang, Z.; Chan, D. W. Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev. 2005, 14, 2283-2286.
25. Griffin, J. L.; Steinbeck, C. Genome Med. 2010, 2, 38.
26. Tuck, M. K.; Chan, D. W.; Chia, D.; Godwin, A. K.; Grizzle, W. E.; Krueger, K. E.; Rom, W.; Sanda, M.; Sorbara, L.; Stass, S.; Wang, W.; Brenner, D. E. J. Proteome Res. 2009, 8, 113-117.
27. Rai, A. J.; Gelfand, C. A.; Haywood, B. C.; Warunek, D. J.; Yi, J.; Schuchard, M. D.; Mehigh, R. J.; Cockrill, S. L.; Scott, G. B.; Tammen, H.; Schulz-Knappe, P.; Speicher, D. W.; Vitzthum, F.; Haab, B. B.; Siest, G.; Chan, D. W. Proteomics 2005, 5, 3262-3277.
28. Tammen, H.; Schulte, I.; Hess, R.; Menzel, C.; Kellmann, M.; Mohring, T.; Schulz-Knappe, P. Proteomics 2005, 5, 3414-3422.
29. Hsieh, S. Y.; Chen, R. K.; Pan, Y. H.; Lee, H. L. Proteomics 2006, 6, 3189-3198.
30. Dettmer, K.; Almstetter, M. F.; Appel, I. J.; Nurnberger, N.; Schlamberger, G.; Gronwald, W.; Meyer, H. H.; Oefner, P. J. Electrophoresis 2010, 31, 2365-2373.
31. Crews, B.; Wikoff, W. R.; Patti, G. J.; Woo, H. K.; Kalisiak, E.; Heideker, J.; Siuzdak, G. Anal. Chem. 2009, 81, 8538-8544.
32. Smilde, A. K.; van der Werf, M. J.; Schaller, J. P.; Kistemaker, C. Analyst 2009, 134, 2281-2285.
33. Billah, M. M.; Lapetina, E. G. J. Biol. Chem. 1982, 257, 5196-5200.
34. Smith, D. M.; Waite, M. J. Leukocyte Biol. 1992, 52, 670-678.
35. Xiao, Y. J.; Schwartz, B.; Washington, M.; Kennedy, A.; Webster, K.; Belinson, J.; Xu, Y. Anal. Biochem. 2001, 290, 302-313.
36. Shen, Z.; Wu, M.; Elson, P.; Kennedy, A. W.; Belinson, J.; Casey, G.; Xu, Y. Gynecol. Oncol. 2001, 83, 25-30.
37. Murph, M.; Tanaka, T.; Pang, J.; Felix, E.; Liu, S.; Trost, R.; Godwin, A. K.; Newman, R.; Mills, G. Methods Enzymol. 2007, 433, 1-25.
38. Lum, G.; Gambino, S. R. Am. J. Clin. Pathol. 1974, 61, 108-113.
39. Ladenson, J. H.; Tsai, L. M.; Michael, J. M.; Kessler, G.; Joist, J. H. Am. J. Clin. Pathol. 1974, 62, 545-552.
40. Issaq, H. J.; Xiao, Z.; Veenstra, T. D. Chem. Rev. 2007, 107, 3601-3620.
41. George, J. N.; Thoi, L. L.; McManus, L. M.; Reimann, T. A. Blood 1982, 60, 834-840.
42. Bruce, S. J.; Tavazzi, I.; Parisod, V.; Rezzi, S.; Kochhar, S.; Guy, P. A. Anal. Chem. 2009, 81, 3285-3296.
43. Polson, C.; Sarkar, P.; Incledon, B.; Raguvaran, V.; Grant, R. J. Chromatogr., B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2003, 785, 263-275.
44. Want, E. J.; O'Maille, G.; Smith, C. A.; Brandon, T. R.; Uritboonthai, W.; Qin, C.; Trauger, S. A.; Siuzdak, G. Anal. Chem. 2006, 78, 743-752.
45. Boyanton, B. L., Jr.; Blick, K. E. Clin Chem 2002, 48, 2242-2247.
46. Gonzalez, S.; Petrovic, M.; Radetic, M.; Jovancic, P.; Ilic, V.; Barcelo, D. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2008, 22, 1445-1454.
47. Sickbert-Bennett, E. E.; Weber, D. J.; Gergen-Teague, M. F.; Sobsey, M. D.; Samsa, G. P.; Rutala, W. A. Am. J. Infect. Control 2005, 33, 67-77.
48. Drake, S. K.; Bowen, R. A.; Remaley, A. T.; Hortin, G. L. Clin. Chem. 2004, 50, 2398-2401.
49. Bowen, R. A.; Chan, Y.; Cohen, J.; Rehak, N. N.; Hortin, G. L.; Csako, G.; Remaley, A. T. Clin. Chem. 2005, 51, 424-433.