Impact of analytical bias in metabonomic studies of human blood serum and plasma

Analytical Chemistry

Volumn 78, Issue 13, 2006, Pages 4307-4318

  Teahan, Orla ^a   Gamble, Simon ^a   Holmes, Elaine ^a   Waxman, Jonathan ^a   Nicholson, Jeremy K ^a   Bevan, Charlotte ^a   Keun, Hector C ^a  

^a IMPERIAL COLLEGE LONDON   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

HUMAN BLOOD SERUM; LICENSING; LIPOPROTEINS; METABONOMIC STUDIES;

BIOMARKERS; MEDICAL APPLICATIONS; METABOLISM; MOLECULAR WEIGHT; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PATTERN RECOGNITION; PLASMAS; PROTEINS; SPECTROSCOPIC ANALYSIS;

BLOOD;

BIOLOGICAL MARKER;

ANALYTICAL ERROR; ARTICLE; BIOMICS; BLOOD ANALYSIS; BLOOD CLOTTING TIME; BLOOD SAMPLING; ENERGY; FREEZE THAWING; HUMAN; METABOLITE; METABONOMICS; MOLECULAR RECOGNITION; MOLECULAR WEIGHT; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PLASMA; PROTEOMICS; REPRODUCIBILITY; ROOM TEMPERATURE; SERUM; SYSTEMATIC ERROR; TECHNOLOGY; THERMOSTABILITY;

HUMANS; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; OBSERVER VARIATION; PLASMA; SERUM;

EID: 33745700684     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac051972y     Document Type: Article

References (39)

1. Nicholson, J. K.; Lindon, J. C.; Holmes, E. Xenobiotica 1999, 29, 1181-1189.
2. Nicholson, J. K.; Holmes, E.; Lindon, J. C.; Wilson, I. D. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 1268-1274.
3. Nicholson, J. K.; Timbrell, J. A.; Sadler, P. J. Mol. Pharmacol. 1985, 27, 644-651.
4. Fiehn, O. Plant Mol. Biol. 2002, 48, 155-171.
5. Griffin, J. L. Curr. Opin. Chem. Biol. 2003, 7, 648-654.
6. Keun, H. C. Pharmacol. Ther. 2005.
7. Brindle, J. T.; Antti, H.; Holmes, E.; Tranter, G.; Nicholson, J. K.; Bethell, H. W.; Clarke, S.; Schofield, P. M.; McKilligin, E.; Mosedale, D. E.; Grainger, D. J. Nat. Med. 2002, 8, 1439-1444.
8. Lindon, J. C.; Holmes, E.; Bollard, M. E.; Stanley, E. G.; Nicholson, J. K. Biomarkers 2004, 9, 1-31.
9. Bundy, J. G.; Spurgeon, D. J.; Svendsen, C.; Hankard, P. K.; Weeks, J. M.; Osborn, D.; Lindon, J. C.; Nicholson, J. K. Ecotoxicology 2004, 13, 797-806.
10. Raamsdonk, L. M.; Teusink, B.; Broadhurst, D.; Zhang, N.; Hayes, A.; Walsh, M. C.; Berden, J. A.; Brindle, K. M.; Kell, D. B.; Rowland, J. J.; Westerhoff, H. V.; van Dam, K.; Oliver, S. G. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 45-50.
11. Lindon, J. C.; Nicholson, J. K.; Holmes, E.; Keun, H. C.; Craig, A.; Pearce, J. T.; Bruce, S. J.; Hardy, N.; Sansone, S. A.; Antti, H.; Jonsson, P.; Daykin, C.; Navarange, M.; Beger, R. D.; Verheij, E. R.; Amberg, A; Baunsgaard, D.; Cantor, G. H.; Lehman-McKeeman, L.; Earll, M.; Wold, S.; Johansson, E.; Haselden, J. N.; Kramer, K.; Thomas, C.; Lindberg, J.; Schuppe-Koistinen, I.; Wilson, I. D.; Reily, M. D.; Robertson, D. G.; Senn, H.; Krotzky, A.; Kochhar, S.; Powell, J.; van der Ouderaa, F.; Plumb, R.; Schaefer, H.; Spraul, M. Nat. Biotechnol. 2005, 23, 833-838.
12. Simon, R.; Radmacher, M. D.; Dobbin, K.; McShane, L. M. J. Natl. Cancer Inst. 2003, 95, 14-18.
13. Ransohoff, D. F. Nat. Rev. Cancer 2005, 5, 142-149.
14. Baggerly, K. A.; Morris, J. S.; Edmonson, S. R.; Coombes, K. R. Natl. Cancer Inst. 2005, 97, 307-309.
15. Ambroise, C.; McLachlan, G. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 6562-6566.
16. Adam, B. L.; Qu, Y.; Davis, J. W.; Ward, M. D.; Clements, M. A.; Cazares, L., H.; Semmes, O. J.; Schellhammer, P. F.; Yasui, Y.; Feng, Z.; Wright, G. L., Jr. Cancer Res. 2002, 62, 3609-3614.
17. Odunsi, K.; Wollman, R. M.; Ambrosone, C. B.; Hutson, A.; McCann, S. E.; Tammela, J.; Geisler, J. P.; Miller, G.; Sellers, T.; Cliby, W.; Qian, F.; Keitz, B.; Intengan, M.; Lele, S.; Alderfer, J. L. Int. J. Cancer 2005, 113, 782-788.
18. Petricoin, E. F.; Ardekani, A. M.; Hitt, B. A.; Levine, P. J.; Fusaro, V. A.; Steinberg, S. M.; Mills, G. B.; Simone, C.; Fishman, D. A.; Kohn, E. C.; Liotta, L. A Lancet 2002, 359, 572-577.
19. Petricoin, E. F., 3rd; Ornstein, D. K.; Paweletz, C. P.; Ardekani, A.; Hackett, P. S.; Hitt, B. A.; Velassco, A.; Trucco, C.; Wiegand, L.; Wood, K.; Simone, C. B.; Levine, P. J.; Linehan, W. M.; Emmert-Buck, M. R.; Steinberg, S. M.; Kohn, E. C.; Liotta, L. A. Natl. Cancer Inst. 2002, 94, 1576-1578.
20. Nicholson, J. K.; Wilson, I. D. Prog. Drug Res. 1987, 31, 427-479.
21. de Graaf, R. A.; Behar, K. L. Anal. Chem. 2003, 75, 2100-2104.
22. Bell, J. D.; Sadler, P. J.; Macleod, A. F.; Turner, P. R.; La Ville, A. FEBS Lett. 1987, 219, 239-243.
23. Beckwith-Hall, B. M.; Thompson, N. A.; Nicholson, J. K.; Lindon, J. C.; Holmes, E. Analyst 2003, 128, 814-818.
24. Foxall, P. J.; Spraul, M.; Farrant, R. D.; Lindon, L. C.; Neild, G. H.; Nicholson, J. K. J. Pharm. Biomed. Anal. 1993, 11, 267-276.
25. Nicholson, J. K.; Foxall, P. J.; Spraul, M.; Farrant, R. D.; Lindon, J. C. Anal. Chem. 1995, 67, 793-811.
26. Bollard, M. E.; Stanley, E. G.; Lindon, J. C.; Nicholson, J. K.; Holmes, E. NMR Biomed. 2005, 18, 143-162.
27. Lenz, E. M.; Bright, J.; Wilson, I. D.; Hughes, A; Morrisson, J.; Lindberg, H.; Lockton, A. J. Pharm. Biomed. Anal. 2004, 36, 841-849.
28. Deprez, S.; Sweatman, B. C.; Connor, S. C.; Haselden, J. N.; Waterfield, C. J. J. Pharm. Biomed. Anal. 2002, 30, 1297-1310.
29. Keun, H. C.; Ebbels, T. M.; Antti, H.; Bollard, M. E.; Beckonert, O.; Schlotterbeck, G.; Senn, H.; Niederhauser, U.; Holmes, E.; Lindon, J. C.; Nicholson, J. K. Chem. Res. Toxicol. 2002, 15, 1380-1386.
30. Lenz, E. M.; Bright, J.; Wilson, I. D.; Morgan, S. R.; Nash, A F. J. Pharm. Biomed. Anal. 2003, 33, 1103-1115.
31. Bowen, R. A.; Chan, Y.; Cohen, J.; Rehak, N. N.; Hortin, G. L.; Csako, G.; Remaley, A. T. Clin. Chem. 2005, 51, 424-433.
32. Boyanton, B. L., Jr.; Blick, K. E. Clin. Chem. 2002, 48, 2242-2247.
33. Clark, S.; Youngman, L. D.; Palmer, A.; Parish, S.; Peto, R.; Collins, R. Int. J. Epidemiol. 2003, 32, 125-130.
34. Zhang, D. J.; Elswick, R. K.; Miller, W. G.; Bailey, J. L. Clin. Chem. 1998, 44, 1325-1333.
35. Evans, K.; Mitcheson, J.; Laker, M. F. Clin. Chem. 1995, 41, 392-396.
36. Rehak, N. N.; Chiang, B. T. Clin. Chem. 1988, 34, 2111-2114.
37. Cloarec, O.; Dumas, M. E.; Craig, A.; Barton, R. H.; Trygg, J.; Hudson, J.; Blancher, C.; Gauguier, D.; Lindon, J. C.; Holmes, E.; Nicholson, J. Anal. Chem. 2005, 77, 1282-1289.
38. Nicholson, J. K.; Buckingham, M. J.; Sadler, P. J. Biochem. J. 1983, 211, 605-615.
39. Drake, S. K.; Bowen, R. A.; Remaley, A. T.; Hortin, G. L. Clin. Chem. 2004, 50, 2398-2401.