Electric field effects on short fibrils of aβ amyloid peptides

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 6, Issue 11, 2010, Pages 3516-3526

  Lugli, Francesca ^a   Toschi, Francesca ^a   Biscarini, Fabio ^b   Zerbetto, Francesco ^a  

^a UNIVERSITY OF BOLOGNA   (Italy)

^b CNR   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 78149449782     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct1001335     Document Type: Article

References (62)

1. Rochet, J.-C.; Lansbury, P. T. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 60-68
2. Selkoe, D. J. Nature 1999, 399, A23-A31
3. Selkoe, D. J. Neuron 1991, 6, 487-498
4. Sunde, M.; Blake, C. Adv. Protein Chem. 1997, 50, 123-159
5. Yankner, B. A. Neuron 1996, 16, 921-932
6. Chimon, S.; Shaibat, M. A.; Jones, C. R.; Calero, D. C.; Aizezi, B.; Ishii, Y. Nat. Struct. Mol. Biol. 2007, 14, 1157-1164
7. Bucciantini, M.; Giannoni, E.; Chiti, F.; Baroni, F.; Formigli, L.; Zurdo, J.; Taddei, N.; Ramponi, G.; Dobson, C. M.; Stefani, M. Nature 2002, 416, 507-511
8. Bucciantini, M.; Calloni, G.; Chiti, F.; Formigli, L.; Nosi, D.; Dobson, C. M.; Stefani, M. J. Biol. Chem. 2004, 279, 31374-31382
9. Hardy, J.; Selkoe, D. J. Science 2002, 297, 353-356
10. Walsh, D. M.; Klyubin, I.; Fadeeva, J. V.; Cullen, W. K.; Anwyl, R.; Wolfe, M. S.; Rowan, M. J.; Selkoe, D. J. Nature 2002, 416, 535-539
11. Jarrett, J. T.; Berger, E. P.; Lansbury, P. T. Biochemistry 1993, 32, 4693-4697
12. Bitan, G.; Kirkitadze, M. D.; Lomakin, A.; Vollers, S. S.; Benedek, G. B.; Teplow, D. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 330-335
13. Harper, J. D.; Wong, S. S.; Lieber, C. M.; Lansbury, P. T. Chem. Biol. 1997, 4, 119-125
14. Cherny, I.; Gazit, E. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 4062-4069
15. Kim, Y. S.; Liu, L.; Axelsen, P. H.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 7720-7725
16. Balbach, J. J.; Petkova, A. T.; Oyler, N. A.; Antzutkin, O. N.; Gordon, D. J.; Meredith, S. C.; Tycko, R. Biophys. J. 2002, 83, 1205-1216
17. Sachse, C.; Fändrich, M.; Grigorieff, N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 7462-7466
18. Balbach, J. J.; Ishii, Y.; Antzutkin, O. N.; Leapman, R. D.; Rizzo, N. W.; Dyda, F.; Reed, J.; Tycko, R. Biochemistry 2000, 39, 13748-13759
19. Petkova, A. T.; Ishii, Y.; Balbach, J. J.; Antzutkin, O. N.; Leapman, R. D.; Delaglio, F.; Tycko, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 16742-16747
20. Lührs, T.; Ritter, C.; Adrian, M.; Riek-Loher, D.; Bohrmann, B.; Döbeli, H.; Schubert, D.; Riek, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 17342-17347
21. Nelson, R.; Eisenberg, D. Curr. Opin. Struct. Biol. 2006, 16, 260-265
22. Tycko, R. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 96-103
23. Ma, B.; Nussinov, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 14126-14131
24. Itoh, S. G.; Okamoto, Y. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 2767-2770
25. Klimov, D. K.; Thirumalai, D. Structure 2003, 11, 295-307
26. Favrin, G.; Irbäck, A.; Mohanty, S. Biophys. J. 2004, 87, 3657-3664
27. Zheng, J.; Jang, H.; Ma, B.; Tsai, C.-J.; Nussinov, R. Biophys. J. 2007, 93, 3046-3057
28. Zheng, J.; Jang, H.; Ma, B.; Nussinov, R. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6856-6865
29. Cerf, E.; Sarroukh, R.; Tamamizu-Kato, S.; Breydo, L.; Derclaye, S.; Dufrêne, Y. F.; Narayanaswam, V.; Goormaghtigh, E.; Ruysschaert, J.-M.; Raussens, V. Biochem. J. 2009, 421, 415-423
30. Buchete, N.-V.; Tycko, R.; Hummer, G. J. Mol. Biol. 2005, 353, 804-821
31. Zhao, J.-H.; Liu, H.-L.; Liu, Y.-F.; Lin, H.-Y.; Fang, H.-W.; Ho, Y.; Tsai, W.-B. J. Biomol. Struct. Dyn. 2009, 26, 481-490
32. Masman, M. F.; Eisel, U. L. M.; Csizmadia, I. G.; Penke, B.; Enriz, R. D.; Marrink, S. J.; Luiten, P. G. M. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 11710-11719
33. Katz, E.; Willner, I. Electroanalysis 2003, 15, 913-947
34. Heller, I.; Janssens, A. M.; Mannik, J.; Minot, E. D.; Lemay, S. G.; Dekker, C. Nano Lett. 2007, 8, 591-595
35. Zhou, X.; Moran-Mirabal, J. M.; Craighead, H. G.; McEuen, P. L. Nat. Nanotechnol. 2007, 2, 185-190
36. Salford, L. G. B. A. E.; Eberhardt, J. L.; Malmgren, L.; Persson, B. R. R. Environ. Health Perspect. 2003, 111, 881
37. de Pomerai, D. I.; Smith, B.; Dawe, A.; North, K.; Smith, T.; Archer, D. B.; Duce, I. R.; Jones, D.; Candido, E. P. M. FEBS Lett. 2003, 543, 93-97
38. Benabid, A. L. Curr. Opin. Neurobiol. 2003, 13, 696-706
39. Blanchard, B. J.; Thomas, V. L.; Ingram, V. M. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2002, 293, 1197-1203
40. Tyner, K. M.; Kopelman, R.; Philbert, M. A. Biophys. J. 2007, 93, 1163-1174
41. Toschi, F.; Lugli, F.; Biscarini, F.; Zerbetto, F. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 369-376
42. Budi, A.; Legge, F. S.; Treutlein, H.; Yarovsky, I. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 22641-22648
43. Budi, A.; Legge, F. S.; Treutlein, H.; Yarovsky, I. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 5748-5756
44. Budi, A.; Legge, F. S.; Treutlein, H.; Yarovsky, I. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 7916-7924
45. Cramer, T.; Zerbetto, F.; García, R. Langmuir 2008, 24, 6116-6120
46. Cramer, T.; Steinbrecher, T.; Koslowski, T.; Case, D. A.; Biscarini, F.; Zerbetto, F. Phys. Rev. B 2009, 79, 155316
47. Xu, D.; Phillips, J. C.; Schulten, K. J. Phys. Chem. 1996, 100, 12108-12121
48. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kale, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802
49. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092
50. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593
51. Petersen, H. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 3668-3679
52. Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 1977, 23, 327-341
53. MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616
54. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J. r; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
55. Feller, S. E.; Zhang, Y.; Pastor, R. W.; Brooks, B. R. J. Chem. Phys. 1995, 103, 4613-4621
56. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
57. Frishman, D. A. P. Proteins: Struct. Funct. Genet. 1995, 23, 566-579
58. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38
59. Tsemekhman, K.; Goldschmidt, L.; Eisenberg, D.; Baker, D. Protein Sci. 2007, 16, 761-764
60. Bitan, G.; Vollers, S. S.; Teplow, D. B. J. Biol. Chem. 2003, 278, 34882-34889
61. Urbanc, B.; Cruz, L.; Yun, S.; Buldyrev, S. V.; Bitan, G.; Teplow, D. B.; Stanley, H. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 17345-17350
62. Röhrig, U. F.; Laio, A.; Tantalo, N.; Parrinello, M.; Petronzio, R. Biophys. J. 2006, 91, 3217-3229