Sequence-dependent interaction of β-peptides with membranes

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 42, 2010, Pages 13585-13592

  Mondal, Jagannath ^a   Zhu, Xiao ^a   Cui, Qiang ^a   Yethiraj, Arun ^a  

^a UNIVERSITY OF WISCONSIN MADISON   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ADSORPTION; AMINO ACIDS; BINDING ENERGY; MEMBRANES; MICROORGANISMS; MOLECULES; OLIGOMERS; PEPTIDES; STRUCTURAL DESIGN;

AMPHIPHILICITY; AMPHIPHILICS; ANTI-MICROBIAL ACTIVITY; ANTI-MICROBIAL AGENT; BINDING PROCESS; BINDING PROPERTIES; EXPERIMENTAL STUDIES; HELICAL STRUCTURES; IMPLICIT SOLVENTS; LIPID MEMBRANES; MEMBRANE ACTIVITY; MEMBRANE MODELS; MEMBRANE PENETRATION; RATIONAL DESIGN; REGULAR SECONDARY STRUCTURES; SEQUENCE-DEPENDENT;

COMPUTER SIMULATION;

EID: 77958460527     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp1070242     Document Type: Article

References (58)

1. Tamba, Y.; Yamazaki, M. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 4846
2. Gregory, S. M.; Cavenaugh, A.; Journigan, V.; Pokorny, A. P.; Almeida, P. Biophys. J. 2008, 94, 1667
3. Arouri, A.; Dathe, M.; Blume, A. Biochem. Biophys. Acta 2009, 1788, 650
4. Epand, R. M.; Epand, R. F. Biochem. Biophys. Acta 2009, 1788, 289
5. Leontiadou, H.; Mark, A. E.; Marrink, S. J. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 12156
6. Sengupta, D.; Leontiadou, H.; Mark, A. E.; Marrink, S. J. Biochim. Biophys. Acta 2008, 1778, 2308
7. Thogersen, L.; Schiott, B.; Vossegaard, T.; Nielsen, N. C.; Takjkhorshid, E. Biophys. J. 2008, 4337, 95
8. Jean-Francois, F.; Elezgaray, J.; Berson, P.; Vacher, P.; Durfourc, E. J. Biophys. J. 2008, 5748, 95
9. Khandelia, H.; Karznessis, Y. N. J. Phys. Chem. B 2007, 242, 111
10. Hsu, J. C.; Yip, C. M. Biophys. J. 2007, L100
11. Stavrakoudis, A.; Tsoulos, I. G.; Shenkarev, Z. O.; Ovchinnikova, T. V. Biophys. J. 2009, 92, 143
12. Appelt, C.; Eisenmenger, F.; Kuhne, R.; Schiemeder, P.; Sodehill, J. A. Biophys. J. 2005, 89, 2296
13. Lopez, C. F.; Nielsen, S. O.; Srinivas, G.; Degardo, W. F.; Klein, M. L. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 649
14. Bond, P. J.; Parton, D.; Clark, J. F.; Sansom, M. S. Biophys. J. 2008, 95, 3802
15. Cheng, R. P.; Gellman, S. H.; Degrado, W. F. Chem. Rev. 2001, 101, 3219
16. Gellman, S. H. Acc. Chem. Res. 1998, 31, 173
17. Raguse, T.; Porter, E. A.; Weisblum, B.; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12774
18. Raguse, T. L.; Porter, E. A.; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12774
19. Porter, E. A.; Weisblum, B.; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 7324
20. Schmitt, M. A.; Weisblum, B.; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 417
21. Karlsson, A. J.; Pomerantz, W. L.; Gellman, S. H.; Palecek, S. P. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 12630
22. Karlsson, A. J.; Pomerantz, W. L.; Neilsen, J. K.; Gellman, S. H.; Palecek, S. P. ACS Chem. Biol. 2009, 4, 567
23. Mowery, B. P.; Lee, S. E.; Kissounko, D. A.; Epand, R. F.; Weisblum, B.; Stahl, S. S.; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 15474
24. Mowery, B. P.; Lindner, A. H.; Weisblum, B.; Stahl, S. S.; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 9735
25. Epand, R. F.; Mowery, B. P.; Lee, S. E.; Stahl, S. S.; Lehrer, R. I.; Gellman, S. H.; Epand, R. M. J. Mol. Biol. 2008, 379, 38
26. Feig, M. Methods Biol. 2008, 443, 181
27. Zhu, X.; Yethiraj, A.; Cui, Q. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1538
28. Zhu, X.; Konig, P.; Gellman, S. H.; Yethiraj, A.; Cui, Q. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 5439
29. Zhu, X.; Konig, P.; Hoffman, M.; Yethiraj, A.; Cui, Q. J. Comput. Chem. 2010, 31, 2063
30. MacKerell, A., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiórkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616
31. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, D.; States, J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187
32. Im, W.; Feig, M.; Brooks, C. L., III Biophys. J. 2003, 85, 2900
33. Im, W.; Brooks, C. L., III Proc. Nat. Acad. Sci. 2005, 102, 6771
34. Chen, J. H.; Im, W.; Brooks, C. L. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 3728
35. Nina, M.; Beglov, D.; Roux, B. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 5239
36. Nina, M.; Im, W.; Roux, B. Biophys. Chem. 1999, 78, 89
37. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327
38. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011
39. Grossfield, A. WHAM: the weighted histogram analysis method, version 2.0; http://membrane.urmc.rochester.edu/content/wham.
40. Klauda, J. B.; Brooks, B. R.; Mackerell, A. D.; Venable, R. M.; Pastor, R. W. J. Phys.Chem. B 2005, 109, 5300
41. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
42. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306
43. van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701
44. Nosé, S. Mol. Phys. 1984, 52, 255
45. Hoover, W. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695
46. Parrinello, M.; Rahman, A. J. Appl. Phys. 1981, 52, 7182
47. Nosé, S.; Klein, M. L. Mol. Phys. 1983, 50, 1055
48. Babakhani, A.; Gorfe, A. A.; Kim, J. E.; McCammon, J. A. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 10528
49. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H.; Fraaije, J. G. E. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463
50. Miyamoto, S.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 1992, 13, 952
51. Darden, T.; York, D.; Pederson, L. G. J. Chem. Phys. 1993, 98, 952
52. Essman, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pederson, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577
53. Wimley, W.; White, S. H. Nat. Struct. Mol. Biol. 1996, 3, 842
54. Langham, A. A.; Khandelia, Y. N.; Kaznessis, Y. N. Biopolymers 2006, 84, 219
55. Shepherd, C. M.; Vogel, H. J.; Tieleman, D. P. Biochem. Chem. 2003, 370, 233
56. Huang, H. W. Biochim. Biophys. Acta 2006, 1758, 1292-1302
57. Orsi, M.; Haubertin, D. Y.; Sanderson, W. E.; Essex, J. W. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 802-815
58. Wu, Z.; Cui, Q.; Yethiraj, A. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 10524