Yeast protein-protein interaction binding sites: Prediction from the motif-motif, motif-domain and domain-domain levels

Molecular BioSystems

Volumn 6, Issue 11, 2010, Pages 2164-2173

  Pang, Erli ^a   Lin, Kui ^a  

^a BEIJING NORMAL UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ARTICLE; BINDING SITE; GENETICS; METABOLISM; METHODOLOGY; MUTATION; PREDICTIVE VALUE; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN BINDING; PROTEIN DATABASE; PROTEIN DOMAIN; REPRODUCIBILITY; SACCHAROMYCES CEREVISIAE;

BINDING SITES; DATABASES, PROTEIN; MUTATION; PREDICTIVE VALUE OF TESTS; PROTEIN BINDING; PROTEIN INTERACTION DOMAINS AND MOTIFS; PROTEIN INTERACTION MAPPING; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; SACCHAROMYCES CEREVISIAE;

EID: 77957899565     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c0mb00038h     Document Type: Article

References (47)

1. O. Keskin N. Tuncbag A. Gursoy Curr. Pharm. Biotechnol. 2008 9 67 76
2. N. Tuncbag G. Kar O. Keskin A. Gursoy R. Nussinov Briefings Bioinf. 2009 10 217 232
3. M. G. Kann Briefings. Bioinf. 2007 8 333 346
4. P. Uetz L. Giot G. Cagney T. A. Mansfield R. S. Judson J. R. Knight D. Lockshon V. Narayan M. Srinivasan P. Pochart A. Qureshi-Emili Y. Li B. Godwin D. Conover T. Kalbfleisch G. Vijayadamodar M. J. Yang M. Johnston S. Fields J. M. Rothberg Nature 2000 403 623 627
5. T. Ito T. Chiba R. Ozawa M. Yoshida M. Hattori Y. Sakaki Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 4569 4574
6. Y. Ho A. Gruhler A. Heilbut G. D. Bader L. Moore S. L. Adams A. Millar P. Taylor K. Bennett K. Boutilier L. Y. Yang C. Wolting I. Donaldson S. Schandorff J. Shewnarane M. Vo J. Taggart M. Goudreault B. Muskat C. Alfarano D. Dewar Z. Lin K. Michalickova A. R. Willems H. Sassi P. A. Nielsen K. J. Rasmussen J. R. Andersen L. E. Johansen L. H. Hansen H. Jespersen A. Podtelejnikov E. Nielsen J. Crawford V. Poulsen B. D. Sorensen J. Matthiesen R. C. Hendrickson F. Gleeson T. Pawson M. F. Moran D. Durocher M. Mann C. W. V. Hogue D. Figeys M. Tyers Nature 2002 415 180 183
7. G. Rigaut A. Shevchenko B. Rutz M. Wilm M. Mann B. Seraphin Nat. Biotechnol. 1999 17 1030 1032
8. O. Puig F. Caspary G. Rigaut B. Rutz E. Bouveret E. Bragado-Nilsson M. Wilm B. Seraphin Methods 2001 24 218 229
9. K. Tarassov V. Messier C. R. Landry S. Radinovic M. M. S. Molina I. Shames Y. Malitskaya J. Vogel H. Bussey S. W. Michnick Science 2008 320 1465 1470
10. T. Dandekar B. Snel M. Huynen P. Bork Trends Biochem. Sci. 1998 23 324 328
11. A. J. Enright I. Iliopoulos N. C. Kyrpides C. A. Ouzounis Nature 1999 402 86 90
12. C. S. Goh A. A. Bogan M. Joachimiak D. Walther F. E. Cohen J. Mol. Biol. 2000 299 283 293
13. E. M. Marcotte M. Pellegrini H. L. Ng D. W. Rice T. O. Yeates D. Eisenberg Science 1999 285 751 753
14. X. M. Wu L. Zhu J. Guo D. Y. Zhang K. Lin Nucleic Acids Res. 2006 34 2137 2150
15. C. M. Deane L. Salwinski I. Xenarios D. Eisenberg Mol. Cell. Proteomics 2002 1 349 356
16. E. Sprinzak S. Sattath H. Margalit J. Mol. Biol. 2003 327 919 923
17. T. Pawson P. Nash Science 2003 300 445 452
18. P. Puntervoll R. Linding C. Gemund S. Chabanis-Davidson M. Mattingsdal S. Cameron D. M. A. Martin G. Ausiello B. Brannetti A. Costantini F. Ferre V. Maselli A. Via G. Cesareni F. Diella G. Superti-Furga L. Wyrwicz C. Ramu C. McGuigan R. Gudavalli I. Letunic P. Bork L. Rychlewski B. Kuster M. Helmer-Citterich W. N. Hunter R. Aasland T. J. Gibson Nucleic Acids Res. 2003 31 3625 3630
19. E. Sprinzak H. Margalit J. Mol. Biol. 2001 311 681 692
20. S. K. Ng Z. Zhang S. H. Tan Bioinformatics 2003 19 923 929
21. M. H. Deng S. Mehta F. Z. Sun T. Chen Genome Res. 2002 12 1540 1548
22. H. Lee M. H. Deng F. Z. Sun T. Chen BMC Bioinf 2006 7 269
23. R. Riley C. Lee C. Sabatti D. Eisenberg Genome Biol. 2005 6 R89
24. K. S. Guimaraes R. Jothi E. Zotenko T. M. Przytycka Genome Biol. 2006 7 R104
25. T. M. W. Nye C. Berzuini W. R. Gilks M. M. Babu S. A. Teichmann Bioinformatics 2005 21 993 1001
26. M. Iqbal A. A. Freitas C. G. Johnson M. Vergassola Bioinformatics 2008 24 2064 2070
27. H. Q. Li J. Y. Li Bioinformatics 2005 21 314 324
28. S. H. Tan W. Hugo W. K. Sung S. K. Ng BMC Bioinf. 2006 7 502
29. J. Guo X. M. Wu D. Y. Zhang K. Lin Nucleic Acids Res. 2008 36 2002 2011
30. H. D. Wang E. Segal A. Ben-Hur Q. R. Li M. Vidal D. Koller Genome Biol. 2007 8 R192
31. T. Reguly A. Breitkreutz L. Boucher B.-J. Breitkreutz G. C. Hon C. L. Myers A. Parsons H. Friesen R. Oughtred A. Tong C. Stark Y. Ho D. Botstein B. Andrews C. Boone O. G. Troyanskya T. Ideker K. Dolinski N. N. Batada M. Tyers J. Biol. 2006 5 11
32. C. Stark B. J. Breitkreutz T. Reguly L. Boucher A. Breitkreutz M. Tyers Nucleic Acids Res. 2006 34 D535 D539
33. X. M. Wu L. Zhu J. Guo C. Fu H. J. Zhou D. Dong Z. B. Li D. Y. Zhang K. Lin BMC Bioinf. 2006 7 S16
34. B. J. Mayer J. Cell Sci. 2001 114 1253 1263
35. R. D. Finn M. Marshall A. Bateman Bioinformatics 2005 21 410 412
36. B. Schwikowski P. Uetz S. Fields Nat. Biotechnol. 2000 18 1257 1261
37. C. von Mering R. Krause B. Snel M. Cornell S. G. Oliver S. Fields P. Bork Nature 2002 417 399 403
38. N. A. P. Mouchel J. R. Jenkins FEBS Lett. 2006 580 51 57
39. B. Nelson A. B. Parsons M. Evangelista K. Schaefer K. Kennedy S. Ritchie T. L. Petryshen C. Boone Genetics 2004 166 67 77
40. X. M. Wu J. Guo D. Y. Zhang K. Lin Proteomics 2009 9 4812 4824
41. R. D. Finn J. Tate J. Mistry P. C. Coggill S. J. Sammut H. R. Hotz G. Ceric K. Forslund S. R. Eddy E. L. L. Sonnhammer A. Bateman Nucleic Acids Res. 2008 36 D281 D288
42. N. Hulo A. Bairoch V. Bulliard L. Cerutti E. De Castro P. S. Langendijk-Genevaux M. Pagni C. J. A. Sigrist Nucleic Acids Res. 2006 34 D227 D230
43. A. Gattiker E. Gasteiger A. Bairoch Appl. Bioinf. 2002 1 107 108
44. I. Xenarios L. Salwinski X. Q. J. Duan P. Higney S. M. Kim D. Eisenberg Nucleic Acids Res. 2002 30 303 305
45. U. Guldener M. Munsterkotter M. Oesterheld P. Pagel A. Ruepp H. W. Mewes V. Stumpflen Nucleic Acids Res. 2006 34 D436 D441
46. J. D. Storey J. R. Stat. Soc., Ser. B: Stat. Methodol. 2002 64 479 498
47. J. D. Storey R. Tibshirani Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 9440 9445